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Sequence HLA-DQA1.cAug05

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HLA-DQA1.F1 (forward primer)
HLA-DQA1.R1 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

EDSNLMSSLYS*NNSSSPL*VEAASQGDCPVSF QGS*YKLFN**LRCHHRGFF*LAKT*LGRVWFGC LQISLS*GPHNYSTAQNTNC*GCLGKRMILNKA LLLGALALTTVMSPCGVVADHVASCGVNLYQFY GPSGQYTHEFDGDEQFYVDLERKETAWRWPEFSK FGGFDPQGALRNMAVAKHNLNIMIKRYNSTAAT NEVPEVTVFSKSPVTLGQPNTLICLVDNIFPPV VNITWLSNGQSVTEGVSETSFLSKSDHSFFKISY LTFLPSADEIYDCKVEHWGLDQPLLKHWEPEIP APMSELTETVVCALGLSVGLMGIVVGTVFIIQG LRSVGASRHQGPL*IPSWKGRAD*NYG**LGYSY VSIQFNLISQIIFHVQ*HRSHQVQYSLIIC*FL S*H*YFLLPCVPTLGTATHPSIQATMKLMDTVC PWPRIVIAKILEPKNKSVLISMWLLKV*QRNKLG *RKFESQKYQK*KCILKTLNL*RMMTVEAFLFP CHLEIKIL*AGKEMEVRKTLE*DNNVGV*KGTN TYSSHRVSDNGKRDGSRSHRHI*EP*IEAQSASP PE*SCTR*PCSFPCATLA*RRQYSEYGYRMFLG NMPISSEIPSPFP*PLLTKESMSL*EKP*EEQH S*DNVAAAVGAVSSTGFAISEEKLSQRKWVSSDL MALNSYEIHEDISNHATCISEFKF*LEKKYKTL MQ*LIQYSLVQRTLNPNPGLSTLKLVF*TL*MC EVSNISGLTFLIHNVGVIILSLQSY**NLNNFDI *SMPYT*YMNT*ENIVVIFIINLFKRMDHII*K ALLFFSAS**FRRFKCRAMGEFLFI**LKDIFL FPE*ERLRLDW*ENS*H*KL*YLTLVFNSLRGNI FPPYGP*VFIQGISYTTDLYACLLWGRSEDSSR RK*FKTQTGNQ*AQEI*TSDDHENVHHRAQMIF RAIKLFCLIPQW*KMSLYICSNPQNI*HQELDLM *TMDFG***CANVSS*IIANVPLRWEMLLMGEA MHVWEQSVSGSSPQPFWQQGPVLWKTIFPQIVG GMGV*SGDETVKLFHLRSTSIS*ILIRNMQPRSL ACTVKNRVRTPMRI*CHH*SDGRRGSVGNAGSP TAWSSF*QATNWYWSMARGLGTSGIPLHLLLSF SVNLQPL*NKVYF*KGKEKVTNYDPKCVK*KF*Y EKQSH*NAQRAKKLLAIGFQIYFIYISMIREAR TQHFGVVCICVCVCVCVCVSVI*GVY*MA**PE SCRNLQMLPNSDSFLKQHCGKQI***QYFIKRMY SKNIYVMLK*QN*N*F*KIRVNSSFYQLKM*GL LSIGLQIYLPDLKSCNS*TII*AI*IISDYTHK V*LH*YLISHYLKFTKLVGHRGSCL*S*HFGGQ* GRIA*SQEFNSCLGNKARPCLYNTKIN*CMAAL L*SQLL*RLRQEECLSPGVQYFSGLRLCHCAHS SLGSRAGLHL*K*INK*NLQNFKNQMKYVRFVPT TFKLGT*RIKHFITNEALHAQTGT**VVDRC*Q FVLLLFSGVQLTNPTVNDITGMQPTRSRIWKLL LDKQLHFFSNNSREREKRSYTF*KAEEIYEPNLY EAIRKTDTDCIKELSNFSVVMRLLLCFLKSHYT LDFHNKIIMNE

Frame 1

KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPS RALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL CCWGPSL*PP**APVELWLTTLPLVV*TCTSFT VPLASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGLSSA NLEVLTRRVH*ETWLWQNTT*TS*LNATTLPLLP MRFLRSQCFPSLP*HWVSPTPSFVLWTTSFLLW STSHG*AMGSQSQKVFLRPASSPRVIIPSSRSV TSPSSLLLMRFMTARWSTGAWTSLF*NTGSLRFQ PLCQSSQRLWSVPWGCLWASWALWWALSSSSKA CVQLVLPDTKGHCESHPGREGLTETMANNWGTL MFQSNLTSFPRSFFMSSNTEATKYSIA**YVDFL ADINISCFLVFPPLALPPTPQFRQQ*N*WIPSA LGPELL*QKF*NQKISLY*FQCGF*KYDREIS* DKGNLNLKNIKSKNVFSKL*IYEE**Q*KPSSSL VTLR*KFFRQEKKWKSEKH*NKTIMWVSEKEQI LIPHIGLVTMGKGTGVEATDISRSPE*RRSLPH LLNEAVLDNHVAFPVPLWHEGDSIVNMATGCFLE TCQYLQKSPALSPNPS*LRKA*AYERNPRKNNT VETM*QQQWVLCPPLDSPSPRRNSHRGNGSAAT SWL*TAMKSMRIFLTMLPASVSLNFNWRKNTKH* CNN*YSIVWCKEP*IQIQDSVL*S*YFKLYKCV KSLTFLALLFSSTM*E**YFPCRVIDKI*IILI FSQCLTHST*THKKTLWLYL*LIYLKEWIILYEK HFCFSQPLNDLGDSNVELWVNFFSYDN*RIFFF FQNERG*DWIGKRTLSTRSCNI*LWFSTL*EGI YSLLMAHKCLFKVYHIQQIFMPVYFGEEVKIVQG ENNLKHRLGISKHRKSEPVMIMKMSITEHR*FS GQ*NYSV*YHNGEKCHYTFAQIHRIYNTKS*T* CKLWTLGDNDVPM*VHKL*QMYHSDGRCC*WGRL CMCGSRVYLAAVPSLFGSRDQFYGRQFFHR*LG EWGYDLGMKL*NYSTSDQQALVRFS*GTCNLDL LHAQLKIGFALL*ESNATTDLTEGGAQLVMLAHP LRGPVSNRPPTGTGPWPGGWGPLGYLCTFCSVF L*TYNRFKIRSIFKKEKRR*PIMILNV*NKNFS MKNSHIKMHNVLRSF*Q*GFKYISYTFQ*FVRQE PSILELCAFVCVCVCVCVCL*YKGYTEWHNDQS HAEIYKCCPTQTPSSSSTVESKFNDSSILLKGC IQKIFT*C*NSRIKTNSKK*E*IVLFIS*KCRAY YQ*GYRSTCLI*NHAILKQLFELFELFQITHIK CDFINT*YHTI*NLQN*WVTEARACDLSTLEAN RGGLLEARSSTAAWATKQDLVSTTQK*INAWRHS CSPSYSRG*GKRSA*AQEFNTSVG*DCATVLTP A*AAEQDSISKSK*INKTYKILKIK*NMSGLYL PHLN*GLEELNILLQMKHFMHRLAHSK*SIGVNN LCYCYFLESN*QIPQ*MTSQGCNQQDPEYGNFY *INNSISSATIQERERREAIHFKRLKKYMNQIC MRQSEKLTPTVLRNYLILVW**DCCYVF*KVIIL *IFIIK*L*MK

Frame 2

RFQFNVLPLFIEQFLKSTLSRGCITRGLPRLLP GLLIQTLQLVTEMSP*GIFLIGQNLTWQGLVWV SSDFLVLRSSQLLYSSEHQLLRLPWEEDDPKQS SAAGGPRSDHRDEPLWSCG*PRCLLWCKLVPVLR SLWPVHP*I*WR*AVLRGPGEEGDCLAVA*VQQ IWRF*PAGCTEKHGCGKTQLEHHD*TLQLYRCY Q*GS*GHSVFQVSRDTGSAQHPHLSCGQHLSSCG QHHMAEQWAVSHRRCF*DQLPLQE*SFLLQDQL PHLPPFC**DL*LQGGALGPGPASSETLGA*DS SPYVRAHRDCGLCPGVVCGPHGHCGGHCLHHPRP AFSWCFQTPRAIVNPILEGKG*LKLWLIIGVLL CFNPI*PHFPDHFSCPVTQKPPSTV*PDNMLIS *LTLIFLASLCSHPWHCHPPLNSGNNEINGYRLP LAQNCYSKNFRTKK*VCTNFNVAFKSMTEK*VR IKEI*ISKISKVKMYSQNFKFMKNDDSRSLPLP LSP*DKNSLGRKRNGSQKNIRIRQ*CGCLKRNKY LFLT*G**QWEKGRE*KPQTYLGALNRGAVCLT S*MKLY*ITM*LSLCHSGMKETV**IWLQDVSW KHANIFRNPQPFPLTPPD*GKHELMRETLGRTTQ LRQCSSSSGCCVLHWIRHLRGETLTEEMGQQRP HGSKQL*NP*GYF*PCYLHQ*V*ILIGEKIQNI NAIIDTV*FGAKNPKSKSRTQYFEASILNFINV* SL*HFWPYFSHPQCRSNNTFLAELLIKFE*F*Y LVNALHIVHEHIRKHCGYIYN*FI*KNGSYYMK STFVFLSLLMI*EIQM*SYG*ISFHMIIEGYFSF SRMREAEIGLVRELLALEVVIFDFGFQLSKREY IPSLWPISVYSRYIIYNRSLCLFTLGKK*R*FK EKII*NTDWESVSTGNLNQ**S*KCPSQSTDDFQ GNKTILFDTTMVKNVIIHLLKSTEYITPRVRLN VNYGLWVIMMCQCKFINYSKCTTQMGDVANGGG YACVGAECIWQQSPAFLAAGTSFMEDNFSTDSWG NGGMIWG*NCETIPPQINKH*LDSHKEHAT*IS CMHS*K*GSHSYENLMPPLI*RKAGLSW*CWLT HCVVQFLTGHQLVLVHGPGVGDLWDTSAPSAQFF CEPTTALK*GLFLKRKREGNQL*S*MCKIKILV *KTVTLKCTTC*EAFSNRVSNIFHIHFNDS*GK NPAFWSCVHLCVCVCVCVCVCNIRGILNGIMTRV MQKSTNAAQLRLLPQAALWKANLMIAVFY*KDV FKKYLRNVKIAELKLILKNKSK*FFLSAKNVGP TINRVTDLPA*FKIMQFLNNYLSYLNYFRLHT*S VTSLILNITLFKIYKISGSQRLVLVILALWRPI GEDCLKPGVQQLPGQQSKTLSLQHKNKLMHGGT PVVPATLEAEARGVLEPRSSILQWAKIVPLCSLQ PRQQSRTPSLKVNK*IKLTKF*KSNEICQVCTY HI*TRDLKN*TFYYK*STSCTDWHIVSSR*VLT ICVIVIFWSPTNKSHSE*HHRDATNKIQNMETST R*TTPFLQQQFKREREEKLYILKG*RNI*TKFV *GNQKN*HRLY*GII*F*CGNEIAVMFSKKSLY FRFS**NNYE*

Sequence HLA-DQA1.dAug05

GAAGATTCCAATTTAATGTCCTCCCTTTATTCATAGAACAATTCCTCAAGTCCACTCTGAGTAGAGGCTGCATCACAAGGGGATTGCCCCGTCTCCTTCC AGGGCTCTTAATACAAACTCTTCAACTAGTAACTGAGATGTCACCATAGGGGATTTTTCTAATTGGCCAAAACCTGACTTGGCAGGGTTTGGTTTGGGTG TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT CTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGTGATGAGCCCCTGTGGAGGTGAAGACATTGTGGCTGACCACGTTGCCTCTTGTGGTGTAAACTTGTACC AGTTTTACGGTCCCTCTGGCCAGTACACCCATGAATTTGATGGAGATGAGCAGTTCTACGTGGACCTGGAGAGGAAGGAGACTGCCTGGCGGTGGCCTGA GTTCAGCAAATTTGGAGGTTTTGACCCGCAGGGTGCACTGAGAAACATGGCTGTGGCAAAACACAACTTGAACATCATGATTAAACGCTACAACTCTACC GCTGCTACCAATGAGGTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCGTGACACTGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTGGACAACATCTTTC CTCCTGTGGTCAACATCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGAAGGTGTTTCTGAGACCAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATCATTCCTTCTTCAA GATCAGTTACCTCACCTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGCAAGGTGGAGCACTGGGGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAAACACTGGGGTAAG GATGAGTTTCATCATTTTTTGATTCTTTCTTGTCTGTCAAGTTCAGAACTTCCTGCCTTTTACTCCTATATCCAAAAACTTGTTTTCCACACTTCATGGG TTTCTTTTCTGTCTCTCTTTTTTTTTTGAAAGAATAAAGCAAAAAAAGCAGAGATTTATTGAAAATGAAAGTACACTCTACAGGATGGGAGTGGGCCTGC CACTTCATGGTTTTCTAATGATAGACTTCACTCTTCTCCCTAAGCCTGGGGCCTTGAGTCTTTGCAGAGCCAACCCTCTACCCCATCCCATCCCACACAC ATGCACATGAGCACACTCTGCATTCTGACCTCAACAACTTCACTTCCACAGAGCCTGAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTG TGCCCTGGGGTTGTCTGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGCACTGTCTTCATCATCCAAGGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCA TTGTGAATCCCATCCTGGAAGGGAAGGTAAGATTGAGACTGGTTACAGTTGAAGCGGCAGTATGAAAGGAAGGAAAGTGGGAGGGCGTTGTGGACATGAA TGTGGTTGAAAGTTGTAGGGGAATTGGGAAGTGGCATGATGATGACACAGGAGCCCCCTCGGACCCATTGATCTCATGTCTGCCCTGTTGCAGGTGCATC GCCATCTACAGGAGCAGAAGAATGGACTTGCTAAATGACCTAGCACTATTCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCT CACCTTTTCTCTGGGACTTAAGCTGCTATATCCCCTCAGAGCTCACAAATGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAA TGTTACCTACAAAGACATGCCTGGGGTAAGCCACCCGGCTACCTAATTCCTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATG AGATCTATGTCAAATTTTTCCATCTTTCATCCAGGGCTGACTGAAACTATGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTC CCAGATCATTTTTCATGTCCAGTAACACAGAAGCCACCAAGTACAGTATAGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCT TGTGTTCCCACCCTTGGCACTGCCACCCACCCCTCAATTCAGGCAACAATGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAA TTTTAGAACCAAAAAATAAGTCTGTACTAATTTCAATGTGGCTTTTAAAAGTATGACAGAGAAATAAGTTAGGATAAAGGAAATTTGAATCTCAAAAATA TCAAAAGTAAAAATGTATTCTCAAAACTTTAAATTTATGAAGAATGATGACAGTAGAAGCCTTCCTCTTCCCTTGTCACCTTGAGATAAAAATTCTTTAG GCAGGAAAAGAAATGGAAGTCAGAAAAACATTAGAATAAGACAATAATGTGGGTGTCTGAAAAGGAACAAATACTTATTCCTCACATAGGGTTAGTGACA ATGGGAAAAGGGACGGGAGTAGAAGCCACAGACATATCTAGGAGCCCTGAATAGAGGCGCAGTCTGCCTCACCTCCTGAATGAAGCTGTACTAGATAACC ATGTAGCTTTCCCTGTGCCACTCTGGCATGAAGGAGACAGTATAGTGAATATGGCTACAGGATGTTTCTTGGAAACATGCCAATATCTTCAGAAATCCCC AGCCCTTTCCCCTAACCCCTCCTGACTAAGGAAAGCATGAGCTTATGAGAGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGG GTGCTGTGTCCTCCACTGGATTCGCCATCTCCGAGGAGAAACTCTCACAGAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCA TGAGGATATTTCTAACCATGCTACCTGCATCAGTGAGTTTAAATTTTAATTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTG GTGCAAAGAACCCTAAATCCAAATCCAGGACTCAGTACTTTGAAGCTAGTATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTT TTCTCATCCACAATGTAGGAGTAATAATACTTTCCTTGCAGAGTTATTGATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACAT GAACACATAAGAAAACATTGTGGTTATATTTATAATTAATTTATTTAAAAGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAA TGATTTAGGAGATTCAAATGTAGAGCTATGGGTGAATTTCTTTTCATATGATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGG ATTGGTAAGAGAACTCTTAGCACTAGAAGTTGTAATATTTGACTTTGGTTTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTT TATTCAAGGTATATCATATACAACAGATCTTTATGCCTGTTTACTTTGGGGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGG AATCAGTAAGCACAGGAAATCTGAACCAGTGATGATCATGAAAATGTCCATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATAC CACAATGGTGAAAAATGTCATTATACATTTGCTCAAATCCACAGAATATATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATG ATGTGCCAATGTAAGTTCATAAATTATAGCAAATGTACCACTCAGATGGGAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCT GGCAGCAGTCCCCAGCCTTTTTGGCAGCAGGGACCAGTTTTATGGAAGACAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAA CTGTGAAACTATTCCACCTCAGATCAACAAGCATTAGTTAGATTCTCATAAGGAACATGCAACCTAGATCTCTTGCATGCACAGTTAAAAATAGGGTTCG CACTCCTATGAGAATCTAATGCCACCACTGATCTGACGGAAGGCGGGGCTCAGTTGGTAATGCTGGCTCACCCACTGCGTGGTCCAGTTTCTAACAGGCC ACCAACTGGTACTGGTCCATGGCCCGGGGGTTGGGGACCTCTGGGATACCTCTGCACCTTCTGCTCAGTTTTTCTGTGAACCTACAACCGCTTTAAAATA AGGTCTATTTTTAAAAAGGAAAAGAGAAGGTAACCAATTATGATCCTAAATGTGTAAAATAAAAATTTTAGTATGAAAAACAGTCACATTAAAATGCACA ACGTGCTAAGAAGCTTTTAGCAATAGGGTTTCAAATATATTTCATATACATTTCAATGATTCGTGAGGCAAGAACCCAGCATTTTGGAGTTGTGTGCATT TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTAATATAAGGGGTATACTGAATGGCATAATGACCAGAGTCATGCAGAAATCTACAAATGCTGCCCA ACTCAGACTCCTTCCTCAAGCAGCACTGTGGAAAGCAAATTTAATGATAGCAGTATTTTATTAAAAGGATGTATTCAAAAAATATTTACGTAATGTTAAA ATAGCAGAATTAAAACTAATTCTAAAAAATAAGAGTAAATAGTTCTTTTTATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTG CCTGATTTAAAATCATGCAATTCTTAAACAATTATTTGAGCTATTTGAATTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCAC ACTATTTAAAATTTACAAAATTAGTGGGTCACAGAGGCTCGTGCTTGTGATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTT CAACAGCTGCCTGGGCAACAAAGCAAGACCTTGTCTCTACAACACAAAAATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTG AGGCAAGAGGAGTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAATACTTCAGTGGGCTAAGATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATC TCTAAAAGTAAATAAATAAATAAAACTTACAAAATTTTAAAAATCAAATGAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAAT TAAACATTTTATTACAAATGAAGCACTTCATGCACAGACTGGCACATAGTAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTC CAACTAACAAATCCCACAGTGAATGACATCACAGGGATGCAACCAACAAGATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCA ACAATTCAAGAGAGAGAGAGAAGAGAAGCTATACATTTTAAAAGGCTGAAGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGA CTGTATTAAGGAATTATCTAATTTTAGTGTGGTAATGAGATTGCTGTTATGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATG AATGAAA

HLA-DQA1.F1 (forward primer)
HLA-DQA1.R1 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

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Frame 1

KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPS RALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL CCWGPSL*PP**APVEVKTLWLTTLPLVV*TCT SFTVPLASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGL SSANLEVLTRRVH*ETWLWQNTT*TS*LNATTLP LLPMRFLRSQCFPSLP*HWVSPTPSFVLWTTSF LLWSTSHG*AMGSQSQKVFLRPASSPRVIIPSS RSVTSPSSLLLMRFMTARWSTGAWTSLF*NTGVR MSFIIF*FFLVCQVQNFLPFTPISKNLFSTLHG FLFCLSFFFERIKQKKQRFIENESTLYRMGVGL PLHGFLMIDFTLLPKPGALSLCRANPLPHPIPHT CT*AHSAF*PQQLHFHRA*DSSPYVRAHRDCGL CPGVVCGPHGHCGGHCLHHPRPAFSWCFQTPRA IVNPILEGKVRLRLVTVEAAV*KEGKWEGVVDMN VVESCRGIGKWHDDDTGAPSDPLISCLPCCRCI AIYRSRRMDLLNDLALFSGPIYHIPFLLQIFLL SPFLWDLSCYIPSELTNAFTFFP*PPDFFFLFSN VTYKDMPGVSHPAT*FLSNLHLKSPRKQ*IPFM RSMSNFSIFHPGLTETMANNWGTLMFQSNLTSF PRSFFMSSNTEATKYSIA**YVDFLADINISCFL VFPPLALPPTPQFRQQ*N*WIPSALGPELL*QK F*NQKISLY*FQCGF*KYDREIS*DKGNLNLKN IKSKNVFSKL*IYEE**Q*KPSSSLVTLR*KFFR QEKKWKSEKH*NKTIMWVSEKEQILIPHIGLVT MGKGTGVEATDISRSPE*RRSLPHLLNEAVLDN HVAFPVPLWHEGDSIVNMATGCFLETCQYLQKSP ALSPNPS*LRKA*AYERNPRKNNTVETM*QQQW VLCPPLDSPSPRRNSHRGNGSAATSWL*TAMKS MRIFLTMLPASVSLNFNWRKNTKH*CNN*YSIVW CKEP*IQIQDSVL*S*YFKLYKCVKSLTFLALL FSSTM*E**YFPCRVIDKI*IILIFSQCLTHST *THKKTLWLYL*LIYLKEWIILYEKHFCFSQPLN DLGDSNVELWVNFFSYDN*RIFFFFQNERG*DW IGKRTLSTRSCNI*LWFSTL*EGIYSLLMAHKC LFKVYHIQQIFMPVYFGEEVKIVQGENNLKHRLG ISKHRKSEPVMIMKMSITEHR*FSGQ*NYSV*Y HNGEKCHYTFAQIHRIYNTKS*T*CKLWTLGDN DVPM*VHKL*QMYHSDGRCC*WGRLCMCGSRVYL AAVPSLFGSRDQFYGRQFFHR*LGEWGYDLGMK L*NYSTSDQQALVRFS*GTCNLDLLHAQLKIGF ALL*ESNATTDLTEGGAQLVMLAHPLRGPVSNRP PTGTGPWPGGWGPLGYLCTFCSVFL*TYNRFKI RSIFKKEKRR*PIMILNV*NKNFSMKNSHIKMH NVLRSF*Q*GFKYISYTFQ*FVRQEPSILELCAF VCVCVCVCVCL*YKGYTEWHNDQSHAEIYKCCP TQTPSSSSTVESKFNDSSILLKGCIQKIFT*C* NSRIKTNSKK*E*IVLFIS*KCRAYYQ*GYRSTC LI*NHAILKQLFELFELFQITHIKCDFINT*YH TI*NLQN*WVTEARACDLSTLEANRGGLLEARS STAAWATKQDLVSTTQK*INAWRHSCSPSYSRG* GKRSA*AQEFNTSVG*DCATVLTPA*AAEQDSI SKSK*INKTYKILKIK*NMSGLYLPHLN*GLEE LNILLQMKHFMHRLAHSK*SIGVNNLCYCYFLES N*QIPQ*MTSQGCNQQDPEYGNFY*INNSISSA TIQERERREAIHFKRLKKYMNQICMRQSEKLTP TVLRNYLILVW**DCCYVF*KVIIL*IFIIK*L* MK

Frame 2

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Sequence HLA-DQA1.hAug05

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TTTTTGATTCTTTCTTGTCTGTCAAGTTCAGAACTTCCTGCCTTTTACTCCTATATCCAAAAACTTGTTTTCCACACTTCATGGGTTTCTTTTCTGTCTC TCTTTTTTTTTTGAAAGAATAAAGCAAAAAAAGCAGAGATTTATTGAAAATGAAAGTACACTCTACAGGATGGGAGTGGGCCTGCCACTTCATGGTTTTC TAATGATAGACTTCACTCTTCTCCCTAAGCCTGGGGCCTTGAGTCTTTGCAGAGCCAACCCTCTACCCCATCCCATCCCACACACATGCACATGAGCACA CTCTGCATTCTGACCTCAACAACTTCACTTCCACAGAGCCTGAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTGTGCCCTGGGGTTGTC TGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGCACTGTCTTCATCATCCAAGGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCATTGTGAATCCCATCC TGGAAGGGAAGGTAAGATTGAGACTGGTTACAGTTGAAGCGGCAGTATGAAAGGAAGGAAAGTGGGAGGGCGTTGTGGACATGAATGTGGTTGAAAGTTG TAGGGGAATTGGGAAGTGGCATGATGATGACACAGGAGCCCCCTCGGACCCATTGATCTCATGTCTGCCCTGTTGCAGGTGCATCGCCATCTACAGGAGC AGAAGAATGGACTTGCTAAATGACCTAGCACTATTCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCTCACCTTTTCTCTGGG ACTTAAGCTGCTATATCCCCTCAGAGCTCACAAATGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAATGTTACCTACAAAGA 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CCCCTCCTGACTAAGGAAAGCATGAGCTTATGAGAGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGGGTGCTGTGTCCTCCA CTGGATTCGCCATCTCCGAGGAGAAACTCTCACAGAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCATGAGGATATTTCTAA CCATGCTACCTGCATCAGTGAGTTTAAATTTTAATTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTGGTGCAAAGAACCCTA AATCCAAATCCAGGACTCAGTACTTTGAAGCTAGTATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTTTTCTCATCCACAATG TAGGAGTAATAATACTTTCCTTGCAGAGTTATTGATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACATGAACACATAAGAAAA CATTGTGGTTATATTTATAATTAATTTATTTAAAAGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAATGATTTAGGAGATTC AAATGTAGAGCTATGGGTGAATTTCTTTTCATATGATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGGATTGGTAAGAGAACT CTTAGCACTAGAAGTTGTAATATTTGACTTTGGTTTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTTTATTCAAGGTATATC ATATACAACAGATCTTTATGCCTGTTTACTTTGGGGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGGAATCAGTAAGCACAG 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HLA-DQA1.F1 (forward primer)
HLA-DQA1.R1 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

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Frame 1

KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPS RALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL CCWGPSL*PP**APVELTTLPLVV*TCTSFTVP LASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGLSSANL EVLTRRVH*ETWLWQNTT*TS*LNATTLPLLPMR FLRSQCFPSLP*HWVSPTPSFVLWTTSFLLWST SHG*AMGSQSQKVFLRPASSPRVIIPSSRSVTS PSSLLLMRFMTARWSTGAWTSLF*NTGVRMSFII F*FFLVCQVQNFLPFTPISKNLFSTLHGFLFCL SFFFERIKQKKQRFIENESTLYRMGVGLPLHGF LMIDFTLLPKPGALSLCRANPLPHPIPHTCT*AH SAF*PQQLHFHRA*DSSPYVRAHRDCGLCPGVV CGPHGHCGGHCLHHPRPAFSWCFQTPRAIVNPI LEGKVRLRLVTVEAAV*KEGKWEGVVDMNVVESC RGIGKWHDDDTGAPSDPLISCLPCCRCIAIYRS RRMDLLNDLALFSGPIYHIPFLLQIFLLSPFLW DLSCYIPSELTNAFTFFP*PPDFFFLFSNVTYKD MPGVSHPAT*FLSNLHLKSPRKQ*IPFMRSMSN FSIFHPGLTETMANNWGTLMFQSNLTSFPRSFF MSSNTEATKYSIA**YVDFLADINISCFLVFPPL ALPPTPQFRQQ*N*WIPSALGPELL*QKF*NQK ISLY*FQCGF*KYDREIS*DKGNLNLKNIKSKN VFSKL*IYEE**Q*KPSSSLVTLR*KFFRQEKKW KSEKH*NKTIMWVSEKEQILIPHIGLVTMGKGT GVEATDISRSPE*RRSLPHLLNEAVLDNHVAFP VPLWHEGDSIVNMATGCFLETCQYLQKSPALSPN PS*LRKA*AYERNPRKNNTVETM*QQQWVLCPP LDSPSPRRNSHRGNGSAATSWL*TAMKSMRIFL TMLPASVSLNFNWRKNTKH*CNN*YSIVWCKEP* IQIQDSVL*S*YFKLYKCVKSLTFLALLFSSTM *E**YFPCRVIDKI*IILIFSQCLTHST*THKK TLWLYL*LIYLKEWIILYEKHFCFSQPLNDLGDS NVELWVNFFSYDN*RIFFFFQNERG*DWIGKRT LSTRSCNI*LWFSTL*EGIYSLLMAHKCLFKVY HIQQIFMPVYFGEEVKIVQGENNLKHRLGISKHR KSEPVMIMKMSITEHR*FSGQ*NYSV*YHNGEK CHYTFAQIHRIYNTKS*T*CKLWTLGDNDVPM* VHKL*QMYHSDGRCC*WGRLCMCGSRVYLAAVPS LFGSRDQFYGRQFFHR*LGEWGYDLGMKL*NYS TSDQQALVRFS*GTCNLDLLHAQLKIGFALL*E SNATTDLTEGGAQLVMLAHPLRGPVSNRPPTGTG PWPGGWGPLGYLCTFCSVFL*TYNRFKIRSIFK KEKRR*PIMILNV*NKNFSMKNSHIKMHNVLRS F*Q*GFKYISYTFQ*FVRQEPSILELCAFVCVCV CVCVCL*YKGYTEWHNDQSHAEIYKCCPTQTPS SSSTVESKFNDSSILLKGCIQKIFT*C*NSRIK TNSKK*E*IVLFIS*KCRAYYQ*GYRSTCLI*NH AILKQLFELFELFQITHIKCDFINT*YHTI*NL QN*WVTEARACDLSTLEANRGGLLEARSSTAAW ATKQDLVSTTQK*INAWRHSCSPSYSRG*GKRSA *AQEFNTSVG*DCATVLTPA*AAEQDSISKSK* INKTYKILKIK*NMSGLYLPHLN*GLEELNILL QMKHFMHRLAHSK*SIGVNNLCYCYFLESN*QIP Q*MTSQGCNQQDPEYGNFY*INNSISSATIQER ERREAIHFKRLKKYMNQICMRQSEKLTPTVLRN YLILVW**DCCYVF*KVIIL*IFIIK*L*MK

Frame 2

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Sequence HLA-DQA1.iAug05

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CACAAATGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAATGTTACCTACAAAGACATGCCTGGGGTAAGCCACCCGGCTACC TAATTCCTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATGAGATCTATGTCAAATTTTTCCATCTTTCATCCAGGGCTGACTG AAACTATGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTCCCAGATCATTTTTCATGTCCAGTAACACAGAAGCCACCAAGTA CAGTATAGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCTTGTGTTCCCACCCTTGGCACTGCCACCCACCCCTCAATTCAGG CAACAATGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAATTTTAGAACCAAAAAATAAGTCTGTACTAATTTCAATGTGGCT TTTAAAAGTATGACAGAGAAATAAGTTAGGATAAAGGAAATTTGAATCTCAAAAATATCAAAAGTAAAAATGTATTCTCAAAACTTTAAATTTATGAAGA ATGATGACAGTAGAAGCCTTCCTCTTCCCTTGTCACCTTGAGATAAAAATTCTTTAGGCAGGAAAAGAAATGGAAGTCAGAAAAACATTAGAATAAGACA ATAATGTGGGTGTCTGAAAAGGAACAAATACTTATTCCTCACATAGGGTTAGTGACAATGGGAAAAGGGACGGGAGTAGAAGCCACAGACATATCTAGGA GCCCTGAATAGAGGCGCAGTCTGCCTCACCTCCTGAATGAAGCTGTACTAGATAACCATGTAGCTTTCCCTGTGCCACTCTGGCATGAAGGAGACAGTAT 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HLA-DQA1.F1 (forward primer)
HLA-DQA1.R1 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

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Frame 1

KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPS RALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL CCWGPSL*PP**APVEVKTLWLTTLPLVV*TCT SFTVPLASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGL SSANLEVLTRRVH*ETWLWQNTT*TS*LNATTLP LLPMVCVHHSASLYLSYPSIPGFIIFFPRGPQI FLWQLLKFYHLPSLKSHIPM*YKGLSIMHSANP SRRGLINLLLY*TCPQREGHRNKAEAMCRCSQAE GK*DLFDYQVVKCW*EGSSRM*CRTSGQSYSHF TPVLFPHHRGS*GHSVFQVSRDTGSAQHPHLSC GQHLSSCGQHHMAEQWAVSHRRCF*DQLPLQE*S FLLQDQLPHLPPFC**DL*LQGGALGPGPASSE TLGA*DSSPYVRAHRDCGLCPGVVCGPHGHCGG HCLHHPRPAFSWCFQTPRAIVNPILEGKVRLRLV TVEAAV*KEGKWEGVVDMNVVESCRGIGKWHDD DTGAPSDPLISCLPCCRCIAIYRSRRMDLLNDL ALFSGPIYHIPFLLQIFLLSPFLWDLSCYIPSEL TNAFTFFP*PPDFFFLFSNVTYKDMPGVSHPAT *FLSNLHLKSPRKQ*IPFMRSMSNFSIFHPGLT ETMANNWGTLMFQSNLTSFPRSFFMSSNTEATKY SIA**YVDFLADINISCFLVFPPLALPPTPQFR QQ*N*WIPSALGPELL*QKF*NQKISLY*FQCG F*KYDREIS*DKGNLNLKNIKSKNVFSKL*IYEE **Q*KPSSSLVTLR*KFFRQEKKWKSEKH*NKT IMWVSEKEQILIPHIGLVTMGKGTGVEATDISR SPE*RRSLPHLLNEAVLDNHVAFPVPLWHEGDSI VNMATGCFLETCQYLQKSPALSPNPS*LRKA*A YERNPRKNNTVETM*QQQWVLCPPLDSPSPRRN SHRGNGSAATSWL*TAMKSMRIFLTMLPASVSLN FNWRKNTKH*CNN*YSIVWCKEP*IQIQDSVL* S*YFKLYKCVKSLTFLALLFSSTM*E**YFPCR VIDKI*IILIFSQCLTHST*THKKTLWLYL*LIY LKEWIILYEKHFCFSQPLNDLGDSNVELWVNFF SYDN*RIFFFFQNERG*DWIGKRTLSTRSCNI* LWFSTL*EGIYSLLMAHKCLFKVYHIQQIFMPVY FGEEVKIVQGENNLKHRLGISKHRKSEPVMIMK MSITEHR*FSGQ*NYSV*YHNGEKCHYTFAQIH RIYNTKS*T*CKLWTLGDNDVPM*VHKL*QMYHS DGRCC*WGRLCMCGSRVYLAAVPSLFGSRDQFY GRQFFHR*LGEWGYDLGMKL*NYSTSDQQALVR FS*GTCNLDLLHAQLKIGFALL*ESNATTDLTEG GAQLVMLAHPLRGPVSNRPPTGTGPWPGGWGPL GYLCTFCSVFL*TYNRFKIRSIFKKEKRR*PIM ILNV*NKNFSMKNSHIKMHNVLRSF*Q*GFKYIS YTFQ*FVRQEPSILELCAFVCVCVCVCVCL*YK GYTEWHNDQSHAEIYKCCPTQTPSSSSTVESKF NDSSILLKGCIQKIFT*C*NSRIKTNSKK*E*IV LFIS*KCRAYYQ*GYRSTCLI*NHAILKQLFEL FELFQITHIKCDFINT*YHTI*NLQN*WVTEAR ACDLSTLEANRGGLLEARSSTAAWATKQDLVSTT QK*INAWRHSCSPSYSRG*GKRSA*AQEFNTSV G*DCATVLTPA*AAEQDSISKSK*INKTYKILK IK*NMSGLYLPHLN*GLEELNILLQMKHFMHRLA HSK*SIGVNNLCYCYFLESN*QIPQ*MTSQGCN QQDPEYGNFY*INNSISSATIQERERREAIHFK RLKKYMNQICMRQSEKLTPTVLRNYLILVW**DC CYVF*KVIIL*IFIIK*L*MK

Frame 2

RFQFNVLPLFIEQFLKSTLSRGCITRGLPRLLP GLLIQTLQLVTEMSP*GIFLIGQNLTWQGLVWV SSDFLVLRSSQLLYSSEHQLLRLPWEEDDPKQS SAAGGPRSDHRDEPLWR*RHCG*PRCLLWCKLVP VLRSLWPVHP*I*WR*AVLRGPGEEGDCLAVA* VQQIWRF*PAGCTEKHGCGKTQLEHHD*TLQLY RCYQWYASTILPLFT*VIPPYQGSLFSSQEVPRS SYGNC*NFIISHL*NHIFPCNTRVFPLCIQQIL LGEVSSTSYFIKHAHREKGTGIKQRQCVVAPKQ KVNKTSLTIRW*NAGRRALPGCNAELQGRAIHTS HQCCFLTTEVPEVTVFSKSPVTLGQPNTLICLV DNIFPPVVNITWLSNGQSVTEGVSETSFLSKSD HSFFKISYLTFLPSADEIYDCKVEHWGLDQPLLK HWEPEIPAPMSELTETVVCALGLSVGLMGIVVG TVFIIQGLRSVGASRHQGPL*IPSWKGR*D*DW LQLKRQYERKESGRALWT*MWLKVVGELGSGMMM TQEPPRTH*SHVCPVAGASPSTGAEEWTC*MT* HYSLARFIISLFSSKYFSSHLFSGT*AAISPQS SQMPLHSFPDLLIFFFFSQMLPTKTCLG*ATRLP NSSVTSI*NLQGSNKFLL*DLCQIFPSFIQG*L KLWLIIGVLLCFNPI*PHFPDHFSCPVTQKPPS TV*PDNMLIS*LTLIFLASLCSHPWHCHPPLNSG NNEINGYRLPLAQNCYSKNFRTKK*VCTNFNVA FKSMTEK*VRIKEI*ISKISKVKMYSQNFKFMK NDDSRSLPLPLSP*DKNSLGRKRNGSQKNIRIRQ *CGCLKRNKYLFLT*G**QWEKGRE*KPQTYLG ALNRGAVCLTS*MKLY*ITM*LSLCHSGMKETV **IWLQDVSWKHANIFRNPQPFPLTPPD*GKHEL MRETLGRTTQLRQCSSSSGCCVLHWIRHLRGET LTEEMGQQRPHGSKQL*NP*GYF*PCYLHQ*V* ILIGEKIQNINAIIDTV*FGAKNPKSKSRTQYFE ASILNFINV*SL*HFWPYFSHPQCRSNNTFLAE LLIKFE*F*YLVNALHIVHEHIRKHCGYIYN*F I*KNGSYYMKSTFVFLSLLMI*EIQM*SYG*ISF HMIIEGYFSFSRMREAEIGLVRELLALEVVIFD FGFQLSKREYIPSLWPISVYSRYIIYNRSLCLF TLGKK*R*FKEKII*NTDWESVSTGNLNQ**S*K CPSQSTDDFQGNKTILFDTTMVKNVIIHLLKST EYITPRVRLNVNYGLWVIMMCQCKFINYSKCTT QMGDVANGGGYACVGAECIWQQSPAFLAAGTSFM EDNFSTDSWGNGGMIWG*NCETIPPQINKH*LD SHKEHAT*ISCMHS*K*GSHSYENLMPPLI*RK AGLSW*CWLTHCVVQFLTGHQLVLVHGPGVGDLW DTSAPSAQFFCEPTTALK*GLFLKRKREGNQL* S*MCKIKILV*KTVTLKCTTC*EAFSNRVSNIF HIHFNDS*GKNPAFWSCVHLCVCVCVCVCVCNIR GILNGIMTRVMQKSTNAAQLRLLPQAALWKANL MIAVFY*KDVFKKYLRNVKIAELKLILKNKSK* FFLSAKNVGPTINRVTDLPA*FKIMQFLNNYLSY LNYFRLHT*SVTSLILNITLFKIYKISGSQRLV LVILALWRPIGEDCLKPGVQQLPGQQSKTLSLQ HKNKLMHGGTPVVPATLEAEARGVLEPRSSILQW AKIVPLCSLQPRQQSRTPSLKVNK*IKLTKF*K SNEICQVCTYHI*TRDLKN*TFYYK*STSCTDW HIVSSR*VLTICVIVIFWSPTNKSHSE*HHRDAT NKIQNMETSTR*TTPFLQQQFKREREEKLYILK G*RNI*TKFV*GNQKN*HRLY*GII*F*CGNEI AVMFSKKSLYFRFS**NNYE*

Sequence HLA-DQA1.kAug05

GAAGATTCCAATTTAATGTCCTCCCTTTATTCATAGAACAATTCCTCAAGTCCACTCTGAGTAGAGGCTGCATCACAAGGGGATTGCCCCGTCTCCTTCC AGGGCTCTTAATACAAACTCTTCAACTAGTAACTGAGATGTCACCATAGGGGATTTTTCTAATTGGCCAAAACCTGACTTGGCAGGGTTTGGTTTGGGTG TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT CTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGTGATGAGCCCCTGTGGAGGTGAAGACATTGTGGCTGACCACGTTGCCTCTTGTGGTGTAAACTTGTACC AGTTTTACGGTCCCTCTGGCCAGTACACCCATGAATTTGATGGAGATGAGCAGTTCTACGTGGACCTGGAGAGGAAGGAGACTGCCTGGCGGTGGCCTGA GTTCAGCAAATTTGGAGGTTTTGACCCGCAGGGTGCACTGAGAAACATGGCTGTGGCAAGGTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCGTGACAC TGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTGGACAACATCTTTCCTCCTGTGGTCAACATCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGAAGGTGT TTCTGAGACCAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATCATTCCTTCTTCAAGATCAGTTACCTCACCTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGCAAGGTG GAGCACTGGGGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAAACACTGGGAGCCTGAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTGTGCCCTGGGGT TGTCTGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGCACTGTCTTCATCATCCAAGGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCATTGTGAATCCC ATCCTGGAAGGGAAGGTAAGATTGAGACTGGTTACAGTTGAAGCGGCAGTATGAAAGGAAGGAAAGTGGGAGGGCGTTGTGGACATGAATGTGGTTGAAA GTTGTAGGGGAATTGGGAAGTGGCATGATGATGACACAGGAGCCCCCTCGGACCCATTGATCTCATGTCTGCCCTGTTGCAGGTGCATCGCCATCTACAG GAGCAGAAGAATGGACTTGCTAAATGACCTAGCACTATTCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCTCACCTTTTCTC TGGGACTTAAGCTGCTATATCCCCTCAGAGCTCACAAATGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAATGTTACCTACA AAGACATGCCTGGGGTAAGCCACCCGGCTACCTAATTCCTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATGAGATCTATGTC AAATTTTTCCATCTTTCATCCAGGGCTGACTGAAACTATGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTCCCAGATCATTT TTCATGTCCAGTAACACAGAAGCCACCAAGTACAGTATAGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCTTGTGTTCCCAC CCTTGGCACTGCCACCCACCCCTCAATTCAGGCAACAATGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAATTTTAGAACCA 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AATGTAGGAGTAATAATACTTTCCTTGCAGAGTTATTGATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACATGAACACATAAG AAAACATTGTGGTTATATTTATAATTAATTTATTTAAAAGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAATGATTTAGGAG ATTCAAATGTAGAGCTATGGGTGAATTTCTTTTCATATGATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGGATTGGTAAGAG AACTCTTAGCACTAGAAGTTGTAATATTTGACTTTGGTTTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTTTATTCAAGGTA TATCATATACAACAGATCTTTATGCCTGTTTACTTTGGGGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGGAATCAGTAAGC ACAGGAAATCTGAACCAGTGATGATCATGAAAATGTCCATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATACCACAATGGTGA AAAATGTCATTATACATTTGCTCAAATCCACAGAATATATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATGATGTGCCAATG TAAGTTCATAAATTATAGCAAATGTACCACTCAGATGGGAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCTGGCAGCAGTCC CCAGCCTTTTTGGCAGCAGGGACCAGTTTTATGGAAGACAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAACTGTGAAACTA 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TTTACAAAATTAGTGGGTCACAGAGGCTCGTGCTTGTGATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAACAGCTGCC TGGGCAACAAAGCAAGACCTTGTCTCTACAACACAAAAATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTGAGGCAAGAGGA GTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAATACTTCAGTGGGCTAAGATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATCTCTAAAAGTAA ATAAATAAATAAAACTTACAAAATTTTAAAAATCAAATGAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAATTAAACATTTTA TTACAAATGAAGCACTTCATGCACAGACTGGCACATAGTAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTCCAACTAACAAA TCCCACAGTGAATGACATCACAGGGATGCAACCAACAAGATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCAACAATTCAAGA GAGAGAGAGAAGAGAAGCTATACATTTTAAAAGGCTGAAGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGACTGTATTAAGG AATTATCTAATTTTAGTGTGGTAATGAGATTGCTGTTATGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATGAATGAAA

HLA-DQA1.F1 (forward primer)
HLA-DQA1.R1 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

EDSNLMSSLYS*NNSSSPL*VEAASQGDCPVSF QGS*YKLFN**LRCHHRGFF*LAKT*LGRVWFGC LQISLS*GPHNYSTAQNTNC*GCLGKRMILNKA LLLGALALTTVMSPCGGEDIVADHVASCGVNLY QFYGPSGQYTHEFDGDEQFYVDLERKETAWRWPE FSKFGGFDPQGALRNMAVARFLRSQCFPSLP*H WVSPTPSFVLWTTSFLLWSTSHG*AMGSQSQKV FLRPASSPRVIIPSSRSVTSPSSLLLMRFMTARW STGAWTSLF*NTGSLRFQPLCQSSQRLWSVPWG CLWASWALWWALSSSSKACVQLVLPDTKGHCES HPGREGKIETGYS*SGSMKGRKVGGRCGHECG*K L*GNWEVA***HRSPLGPIDLMSALLQVHRHLQ EQKNGLAK*PSTILWPDLSYPFSPPNISPLTFS LGLKLLYPLRAHKCLYILSLTS*FFFSFLKCYLQ RHAWGKPPGYLIPQ*PPSKISKEAINSFYEIYV KFFHLSSRAD*NYG**LGYSYVSIQFNLISQII FHVQ*HRSHQVQYSLIIC*FLS*H*YFLLPCVPT LGTATHPSIQATMKLMDTVCPWPRIVIAKILEP KNKSVLISMWLLKV*QRNKLG*RKFESQKYQK* KCILKTLNL*RMMTVEAFLFPCHLEIKIL*AGKE MEVRKTLE*DNNVGV*KGTNTYSSHRVSDNGKR DGSRSHRHI*EP*IEAQSASPPE*SCTR*PCSF PCATLA*RRQYSEYGYRMFLGNMPISSEIPSPFP *PLLTKESMSL*EKP*EEQHS*DNVAAAVGAVS STGFAISEEKLSQRKWVSSDLMALNSYEIHEDI SNHATCISEFKF*LEKKYKTLMQ*LIQYSLVQRT LNPNPGLSTLKLVF*TL*MCEVSNISGLTFLIH NVGVIILSLQSY**NLNNFDI*SMPYT*YMNT* ENIVVIFIINLFKRMDHII*KALLFFSAS**FRR FKCRAMGEFLFI**LKDIFLFPE*ERLRLDW*E NS*H*KL*YLTLVFNSLRGNIFPPYGP*VFIQG ISYTTDLYACLLWGRSEDSSRRK*FKTQTGNQ*A QEI*TSDDHENVHHRAQMIFRAIKLFCLIPQW* KMSLYICSNPQNI*HQELDLM*TMDFG***CAN VSS*IIANVPLRWEMLLMGEAMHVWEQSVSGSSP QPFWQQGPVLWKTIFPQIVGGMGV*SGDETVKL FHLRSTSIS*ILIRNMQPRSLACTVKNRVRTPM RI*CHH*SDGRRGSVGNAGSPTAWSSF*QATNWY WSMARGLGTSGIPLHLLLSFSVNLQPL*NKVYF *KGKEKVTNYDPKCVK*KF*YEKQSH*NAQRAK KLLAIGFQIYFIYISMIREARTQHFGVVCICVCV CVCVCVSVI*GVY*MA**PESCRNLQMLPNSDS FLKQHCGKQI***QYFIKRMYSKNIYVMLK*QN *N*F*KIRVNSSFYQLKM*GLLSIGLQIYLPDLK SCNS*TII*AI*IISDYTHKV*LH*YLISHYLK FTKLVGHRGSCL*S*HFGGQ*GRIA*SQEFNSC LGNKARPCLYNTKIN*CMAALL*SQLL*RLRQEE CLSPGVQYFSGLRLCHCAHSSLGSRAGLHL*K* INK*NLQNFKNQMKYVRFVPTTFKLGT*RIKHF ITNEALHAQTGT**VVDRC*QFVLLLFSGVQLTN PTVNDITGMQPTRSRIWKLLLDKQLHFFSNNSR EREKRSYTF*KAEEIYEPNLYEAIRKTDTDCIK ELSNFSVVMRLLLCFLKSHYTLDFHNKIIMNE

Frame 1

KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPS RALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL CCWGPSL*PP**APVEVKTLWLTTLPLVV*TCT SFTVPLASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGL SSANLEVLTRRVH*ETWLWQGS*GHSVFQVSRDT GSAQHPHLSCGQHLSSCGQHHMAEQWAVSHRRC F*DQLPLQE*SFLLQDQLPHLPPFC**DL*LQG GALGPGPASSETLGA*DSSPYVRAHRDCGLCPGV VCGPHGHCGGHCLHHPRPAFSWCFQTPRAIVNP ILEGKVRLRLVTVEAAV*KEGKWEGVVDMNVVE SCRGIGKWHDDDTGAPSDPLISCLPCCRCIAIYR SRRMDLLNDLALFSGPIYHIPFLLQIFLLSPFL WDLSCYIPSELTNAFTFFP*PPDFFFLFSNVTY KDMPGVSHPAT*FLSNLHLKSPRKQ*IPFMRSMS NFSIFHPGLTETMANNWGTLMFQSNLTSFPRSF FMSSNTEATKYSIA**YVDFLADINISCFLVFP PLALPPTPQFRQQ*N*WIPSALGPELL*QKF*NQ KISLY*FQCGF*KYDREIS*DKGNLNLKNIKSK NVFSKL*IYEE**Q*KPSSSLVTLR*KFFRQEK KWKSEKH*NKTIMWVSEKEQILIPHIGLVTMGKG TGVEATDISRSPE*RRSLPHLLNEAVLDNHVAF PVPLWHEGDSIVNMATGCFLETCQYLQKSPALS PNPS*LRKA*AYERNPRKNNTVETM*QQQWVLCP PLDSPSPRRNSHRGNGSAATSWL*TAMKSMRIF LTMLPASVSLNFNWRKNTKH*CNN*YSIVWCKE P*IQIQDSVL*S*YFKLYKCVKSLTFLALLFSST M*E**YFPCRVIDKI*IILIFSQCLTHST*THK KTLWLYL*LIYLKEWIILYEKHFCFSQPLNDLG DSNVELWVNFFSYDN*RIFFFFQNERG*DWIGKR TLSTRSCNI*LWFSTL*EGIYSLLMAHKCLFKV YHIQQIFMPVYFGEEVKIVQGENNLKHRLGISK HRKSEPVMIMKMSITEHR*FSGQ*NYSV*YHNGE KCHYTFAQIHRIYNTKS*T*CKLWTLGDNDVPM *VHKL*QMYHSDGRCC*WGRLCMCGSRVYLAAV PSLFGSRDQFYGRQFFHR*LGEWGYDLGMKL*NY STSDQQALVRFS*GTCNLDLLHAQLKIGFALL* ESNATTDLTEGGAQLVMLAHPLRGPVSNRPPTG TGPWPGGWGPLGYLCTFCSVFL*TYNRFKIRSIF KKEKRR*PIMILNV*NKNFSMKNSHIKMHNVLR SF*Q*GFKYISYTFQ*FVRQEPSILELCAFVCV CVCVCVCL*YKGYTEWHNDQSHAEIYKCCPTQTP SSSSTVESKFNDSSILLKGCIQKIFT*C*NSRI KTNSKK*E*IVLFIS*KCRAYYQ*GYRSTCLI* NHAILKQLFELFELFQITHIKCDFINT*YHTI*N LQN*WVTEARACDLSTLEANRGGLLEARSSTAA WATKQDLVSTTQK*INAWRHSCSPSYSRG*GKR SA*AQEFNTSVG*DCATVLTPA*AAEQDSISKSK *INKTYKILKIK*NMSGLYLPHLN*GLEELNIL LQMKHFMHRLAHSK*SIGVNNLCYCYFLESN*Q IPQ*MTSQGCNQQDPEYGNFY*INNSISSATIQE RERREAIHFKRLKKYMNQICMRQSEKLTPTVLR NYLILVW**DCCYVF*KVIIL*IFIIK*L*MK

Frame 2

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Sequence HLA-DQA1.lAug05

GAAGATTCCAATTTAATGTCCTCCCTTTATTCATAGAACAATTCCTCAAGTCCACTCTGAGTAGAGGCTGCATCACAAGGGGATTGCCCCGTCTCCTTCC AGGGCTCTTAATACAAACTCTTCAACTAGTAACTGAGATGTCACCATAGGGGATTTTTCTAATTGGCCAAAACCTGACTTGGCAGGGTTTGGTTTGGGTG TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT CTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGTGATGAGCCCCTGTGGAGGTGAAGACATTGTGGAGGTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCG TGACACTGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTGGACAACATCTTTCCTCCTGTGGTCAACATCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGA AGGTGTTTCTGAGACCAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATCATTCCTTCTTCAAGATCAGTTACCTCACCTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGC AAGGTGGAGCACTGGGGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAAACACTGGGGTAAGGATGAGTTTCATCATTTTTTGATTCTTTCTTGTCTGTCAAGTTCAGAAC TTCCTGCCTTTTACTCCTATATCCAAAAACTTGTTTTCCACACTTCATGGGTTTCTTTTCTGTCTCTCTTTTTTTTTTGAAAGAATAAAGCAAAAAAAGC AGAGATTTATTGAAAATGAAAGTACACTCTACAGGATGGGAGTGGGCCTGCCACTTCATGGTTTTCTAATGATAGACTTCACTCTTCTCCCTAAGCCTGG GGCCTTGAGTCTTTGCAGAGCCAACCCTCTACCCCATCCCATCCCACACACATGCACATGAGCACACTCTGCATTCTGACCTCAACAACTTCACTTCCAC AGAGCCTGAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTGTGCCCTGGGGTTGTCTGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGCACTGTC TTCATCATCCAAGGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCATTGTGAATCCCATCCTGGAAGGGAAGGTAAGATTGAGACTGGTTACAGT TGAAGCGGCAGTATGAAAGGAAGGAAAGTGGGAGGGCGTTGTGGACATGAATGTGGTTGAAAGTTGTAGGGGAATTGGGAAGTGGCATGATGATGACACA GGAGCCCCCTCGGACCCATTGATCTCATGTCTGCCCTGTTGCAGGTGCATCGCCATCTACAGGAGCAGAAGAATGGACTTGCTAAATGACCTAGCACTAT TCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCTCACCTTTTCTCTGGGACTTAAGCTGCTATATCCCCTCAGAGCTCACAAA TGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAATGTTACCTACAAAGACATGCCTGGGGTAAGCCACCCGGCTACCTAATTC CTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATGAGATCTATGTCAAATTTTTCCATCTTTCATCCAGGGCTGACTGAAACTA TGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTCCCAGATCATTTTTCATGTCCAGTAACACAGAAGCCACCAAGTACAGTAT AGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCTTGTGTTCCCACCCTTGGCACTGCCACCCACCCCTCAATTCAGGCAACAA TGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAATTTTAGAACCAAAAAATAAGTCTGTACTAATTTCAATGTGGCTTTTAAA AGTATGACAGAGAAATAAGTTAGGATAAAGGAAATTTGAATCTCAAAAATATCAAAAGTAAAAATGTATTCTCAAAACTTTAAATTTATGAAGAATGATG ACAGTAGAAGCCTTCCTCTTCCCTTGTCACCTTGAGATAAAAATTCTTTAGGCAGGAAAAGAAATGGAAGTCAGAAAAACATTAGAATAAGACAATAATG TGGGTGTCTGAAAAGGAACAAATACTTATTCCTCACATAGGGTTAGTGACAATGGGAAAAGGGACGGGAGTAGAAGCCACAGACATATCTAGGAGCCCTG AATAGAGGCGCAGTCTGCCTCACCTCCTGAATGAAGCTGTACTAGATAACCATGTAGCTTTCCCTGTGCCACTCTGGCATGAAGGAGACAGTATAGTGAA TATGGCTACAGGATGTTTCTTGGAAACATGCCAATATCTTCAGAAATCCCCAGCCCTTTCCCCTAACCCCTCCTGACTAAGGAAAGCATGAGCTTATGAG AGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGGGTGCTGTGTCCTCCACTGGATTCGCCATCTCCGAGGAGAAACTCTCACA GAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCATGAGGATATTTCTAACCATGCTACCTGCATCAGTGAGTTTAAATTTTAA TTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTGGTGCAAAGAACCCTAAATCCAAATCCAGGACTCAGTACTTTGAAGCTAG TATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTTTTCTCATCCACAATGTAGGAGTAATAATACTTTCCTTGCAGAGTTATTG ATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACATGAACACATAAGAAAACATTGTGGTTATATTTATAATTAATTTATTTAAA AGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAATGATTTAGGAGATTCAAATGTAGAGCTATGGGTGAATTTCTTTTCATAT GATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGGATTGGTAAGAGAACTCTTAGCACTAGAAGTTGTAATATTTGACTTTGGT TTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTTTATTCAAGGTATATCATATACAACAGATCTTTATGCCTGTTTACTTTGG GGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGGAATCAGTAAGCACAGGAAATCTGAACCAGTGATGATCATGAAAATGTCC ATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATACCACAATGGTGAAAAATGTCATTATACATTTGCTCAAATCCACAGAATAT ATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATGATGTGCCAATGTAAGTTCATAAATTATAGCAAATGTACCACTCAGATGG GAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCTGGCAGCAGTCCCCAGCCTTTTTGGCAGCAGGGACCAGTTTTATGGAAGA CAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAACTGTGAAACTATTCCACCTCAGATCAACAAGCATTAGTTAGATTCTCAT AAGGAACATGCAACCTAGATCTCTTGCATGCACAGTTAAAAATAGGGTTCGCACTCCTATGAGAATCTAATGCCACCACTGATCTGACGGAAGGCGGGGC TCAGTTGGTAATGCTGGCTCACCCACTGCGTGGTCCAGTTTCTAACAGGCCACCAACTGGTACTGGTCCATGGCCCGGGGGTTGGGGACCTCTGGGATAC CTCTGCACCTTCTGCTCAGTTTTTCTGTGAACCTACAACCGCTTTAAAATAAGGTCTATTTTTAAAAAGGAAAAGAGAAGGTAACCAATTATGATCCTAA ATGTGTAAAATAAAAATTTTAGTATGAAAAACAGTCACATTAAAATGCACAACGTGCTAAGAAGCTTTTAGCAATAGGGTTTCAAATATATTTCATATAC ATTTCAATGATTCGTGAGGCAAGAACCCAGCATTTTGGAGTTGTGTGCATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTAATATAAGGGGTAT ACTGAATGGCATAATGACCAGAGTCATGCAGAAATCTACAAATGCTGCCCAACTCAGACTCCTTCCTCAAGCAGCACTGTGGAAAGCAAATTTAATGATA GCAGTATTTTATTAAAAGGATGTATTCAAAAAATATTTACGTAATGTTAAAATAGCAGAATTAAAACTAATTCTAAAAAATAAGAGTAAATAGTTCTTTT TATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTGCCTGATTTAAAATCATGCAATTCTTAAACAATTATTTGAGCTATTTGAA TTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCACACTATTTAAAATTTACAAAATTAGTGGGTCACAGAGGCTCGTGCTTGTG ATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAACAGCTGCCTGGGCAACAAAGCAAGACCTTGTCTCTACAACACAAAA ATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTGAGGCAAGAGGAGTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAATACTTCAGTGGGCTAA GATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATCTCTAAAAGTAAATAAATAAATAAAACTTACAAAATTTTAAAAATCAAAT GAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAATTAAACATTTTATTACAAATGAAGCACTTCATGCACAGACTGGCACATAG TAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTCCAACTAACAAATCCCACAGTGAATGACATCACAGGGATGCAACCAACAA GATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCAACAATTCAAGAGAGAGAGAGAAGAGAAGCTATACATTTTAAAAGGCTGA AGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGACTGTATTAAGGAATTATCTAATTTTAGTGTGGTAATGAGATTGCTGTTA TGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATGAATGAAA

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HLA-DQA1.R1 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

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Frame 2

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