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Sequence HLA-DQA1.bAug05
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TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT
CTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGTGATGAGCCCCTGTGGAGGTGAAGACATTGTGGCTGACCACGTTGCCTCTTGTGGTGTAAACTTGTACC
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GTTCAGCAAATTTGGAGGTTTTGACCCGCAGGGTGCACTGAGAAACATGGCTGTGGCAAAACACAACTTGAACATCATGATTAAACGCTACAACTCTACC
GCTGCTACCAATGAGGTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCGTGACACTGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTGGACAACATCTTTC
CTCCTGTGGTCAACATCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGAAGGTGTTTCTGAGACCAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATCATTCCTTCTTCAA
GATCAGTTACCTCACCTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGCAAGGTGGAGCACTGGGGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAAACACTGGGAGCCT
GAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTGTGCCCTGGGGTTGTCTGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGCACTGTCTTCATCA
TCCAAGGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCATTGTGAATCCCATCCTGGAAGGGAAGGTGCATCGCCATCTACAGGAGCAGAAGAAT
GGACTTGCTAAATGACCTAGCACTATTCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCTCACCTTTTCTCTGGGACTTAAGC
TGCTATATCCCCTCAGAGCTCACAAATGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAATGTTACCTACAAAGACATGCCTG
GGGTAAGCCACCCGGCTACCTAATTCCTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATGAGATCTATGTCAAATTTTTCCAT
CTTTCATCCAGGGCTGACTGAAACTATGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTCCCAGATCATTTTTCATGTCCAGT
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CACCCACCCCTCAATTCAGGCAACAATGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAATTTTAGAACCAAAAAATAAGTCT
GTACTAATTTCAATGTGGCTTTTAAAAGTATGACAGAGAAATAAGTTAGGATAAAGGAAATTTGAATCTCAAAAATATCAAAAGTAAAAATGTATTCTCA
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AAAAACATTAGAATAAGACAATAATGTGGGTGTCTGAAAAGGAACAAATACTTATTCCTCACATAGGGTTAGTGACAATGGGAAAAGGGACGGGAGTAGA
AGCCACAGACATATCTAGGAGCCCTGAATAGAGGCGCAGTCTGCCTCACCTCCTGAATGAAGCTGTACTAGATAACCATGTAGCTTTCCCTGTGCCACTC
TGGCATGAAGGAGACAGTATAGTGAATATGGCTACAGGATGTTTCTTGGAAACATGCCAATATCTTCAGAAATCCCCAGCCCTTTCCCCTAACCCCTCCT
GACTAAGGAAAGCATGAGCTTATGAGAGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGGGTGCTGTGTCCTCCACTGGATTC
GCCATCTCCGAGGAGAAACTCTCACAGAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCATGAGGATATTTCTAACCATGCTA
CCTGCATCAGTGAGTTTAAATTTTAATTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTGGTGCAAAGAACCCTAAATCCAAA
TCCAGGACTCAGTACTTTGAAGCTAGTATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTTTTCTCATCCACAATGTAGGAGTA
ATAATACTTTCCTTGCAGAGTTATTGATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACATGAACACATAAGAAAACATTGTGG
TTATATTTATAATTAATTTATTTAAAAGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAATGATTTAGGAGATTCAAATGTAG
AGCTATGGGTGAATTTCTTTTCATATGATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGGATTGGTAAGAGAACTCTTAGCAC
TAGAAGTTGTAATATTTGACTTTGGTTTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTTTATTCAAGGTATATCATATACAA
CAGATCTTTATGCCTGTTTACTTTGGGGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGGAATCAGTAAGCACAGGAAATCTG
AACCAGTGATGATCATGAAAATGTCCATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATACCACAATGGTGAAAAATGTCATTA
TACATTTGCTCAAATCCACAGAATATATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATGATGTGCCAATGTAAGTTCATAAA
TTATAGCAAATGTACCACTCAGATGGGAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCTGGCAGCAGTCCCCAGCCTTTTTG
GCAGCAGGGACCAGTTTTATGGAAGACAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAACTGTGAAACTATTCCACCTCAGA
TCAACAAGCATTAGTTAGATTCTCATAAGGAACATGCAACCTAGATCTCTTGCATGCACAGTTAAAAATAGGGTTCGCACTCCTATGAGAATCTAATGCC
ACCACTGATCTGACGGAAGGCGGGGCTCAGTTGGTAATGCTGGCTCACCCACTGCGTGGTCCAGTTTCTAACAGGCCACCAACTGGTACTGGTCCATGGC
CCGGGGGTTGGGGACCTCTGGGATACCTCTGCACCTTCTGCTCAGTTTTTCTGTGAACCTACAACCGCTTTAAAATAAGGTCTATTTTTAAAAAGGAAAA
GAGAAGGTAACCAATTATGATCCTAAATGTGTAAAATAAAAATTTTAGTATGAAAAACAGTCACATTAAAATGCACAACGTGCTAAGAAGCTTTTAGCAA
TAGGGTTTCAAATATATTTCATATACATTTCAATGATTCGTGAGGCAAGAACCCAGCATTTTGGAGTTGTGTGCATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
GTGTGTGTCTGTAATATAAGGGGTATACTGAATGGCATAATGACCAGAGTCATGCAGAAATCTACAAATGCTGCCCAACTCAGACTCCTTCCTCAAGCAG
CACTGTGGAAAGCAAATTTAATGATAGCAGTATTTTATTAAAAGGATGTATTCAAAAAATATTTACGTAATGTTAAAATAGCAGAATTAAAACTAATTCT
AAAAAATAAGAGTAAATAGTTCTTTTTATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTGCCTGATTTAAAATCATGCAATTC
TTAAACAATTATTTGAGCTATTTGAATTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCACACTATTTAAAATTTACAAAATTA
GTGGGTCACAGAGGCTCGTGCTTGTGATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAACAGCTGCCTGGGCAACAAAG
CAAGACCTTGTCTCTACAACACAAAAATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTGAGGCAAGAGGAGTGCTTGAGCCC
AGGAGTTCAATACTTCAGTGGGCTAAGATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATCTCTAAAAGTAAATAAATAAATAA
AACTTACAAAATTTTAAAAATCAAATGAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAATTAAACATTTTATTACAAATGAAG
CACTTCATGCACAGACTGGCACATAGTAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTCCAACTAACAAATCCCACAGTGAA
TGACATCACAGGGATGCAACCAACAAGATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCAACAATTCAAGAGAGAGAGAGAAG
AGAAGCTATACATTTTAAAAGGCTGAAGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGACTGTATTAAGGAATTATCTAATT
TTAGTGTGGTAATGAGATTGCTGTTATGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATGAATGAAA
- HLA-DQA1.F1 (forward primer)
- HLA-DQA1.R1 (reverse primer)
- Intron retention
Frame 0
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LLLGALALTTVMSPCGGEDIVADHVASCGVNLY
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FSKFGGFDPQGALRNMAVAKHNLNIMIKRYNST
AATNEVPEVTVFSKSPVTLGQPNTLICLVDNIF
PPVVNITWLSNGQSVTEGVSETSFLSKSDHSFFK
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EIPAPMSELTETVVCALGLSVGLMGIVVGTVFI
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DLLNDLALFSGPIYHIPFLLQIFLLSPFLWDLS
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FHPGLTETMANNWGTLMFQSNLTSFPRSFFMSS
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Frame 1
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SKACVQLVLPDTKGHCESHPGREGASPSTGAEE
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Frame 2
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YICSNPQNI*HQELDLM*TMDFG***CANVSS*
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QQGPVLWKTIFPQIVGGMGV*SGDETVKLFHLR
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RGLGTSGIPLHLLLSFSVNLQPL*NKVYF*KGK
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CVSVI*GVY*MA**PESCRNLQMLPNSDSFLKQ
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VGHRGSCL*S*HFGGQ*GRIA*SQEFNSCLGNK
ARPCLYNTKIN*CMAALL*SQLL*RLRQEECLSP
GVQYFSGLRLCHCAHSSLGSRAGLHL*K*INK*
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ALHAQTGT**VVDRC*QFVLLLFSGVQLTNPTVN
DITGMQPTRSRIWKLLLDKQLHFFSNNSREREK
RSYTF*KAEEIYEPNLYEAIRKTDTDCIKELSN
FSVVMRLLLCFLKSHYTLDFHNKIIMNE
Sequence HLA-DQA1.eAug05
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TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT
CTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGTGATGAGCCCCTGTGGAGGTGAAGACATTGTGGGATCCATCTCTGACTCCCTGCTCCTTTATAGAGATG
GACAGTGGGTTTGTAAAACAAAAGTTGAAAAGTCAGATAGTTAAAAGGGGAAGTGAACTGGAAGGTACTTTAAACTTTCACAACTTTATTAACCGTGGCT
GCTCCCATTATGATTTTGTTCGGCAGTGGAAGTTTCACCTGCTTCTCCAGAGCGCTTGGCGTCTTTGTTCCAAATTTCCTTTCTTCAACCTCACACCAGA
GTGCCCTGGTCAGGCTTGGCTCATTCATTAGGCACAATGTGGGCAGTGCAGGGGACCCTCCATACTGTAAAGCCACATGAGAAGGTTTTAACTCCTTTTA
AAATTAGAAAAATAATGGAATATTAGAGCCTAAGAAAATGTTTTAACTTTTAATTCAGCCTAGATTATATTGTCTTTATACCAATTCAGTCATAAAATAT
AATTTTCCATATTTTTGTGGAGGAAGAGGCCCATACAAGCAAGAATGCTCGGGGCTCACATGTCAGAATGCAGCCTTGGTCATGACTGATCCTGGCCTTC
GTATGGTTCTGCTACCTGTGTGCCTGCCCGTCTTCCCCAAAATCTATGTGGTCCTCGAATATAGCAACTGTCATTCAATACACATGTTTGAGCACACAGT
GAGCTAAGTTTTAAGGATTCAAAGATGAAAAGTCATGCTGTCTTCCCTGCAGAGGGTGCTCAGATTAGTGATGGAAACAGTATGGGGTGCAGGAAAGCAG
AAGGCCATTGCTGAGCAGGGCAGTGGACCCAGCAGAGGCTGAAACAATACAAGTGACTTGGTTCCAGGTGGGCCAGCAGGGTGACGTCCTCTAGCAAAAT
TTGGCACCCAAGACAAGTACCAGAAGAAAAGAAAGACTGCATGTATTCCACATATATTCATGTTTGAACAAGGAGTCAAGATTTATGGCAAGGATAAGGA
GGCTTTGTTGGTGACCTGTTAAGACCAACCAGGGCAGTCATGCTGGATAGGGAAGAAGCTGACCACGTTGCCTCTTGTGGTGTAAACTTGTACCAGTTTT
ACGGTCCCTCTGGCCAGTACACCCATGAATTTGATGGAGATGAGCAGTTCTACGTGGACCTGGAGAGGAAGGAGACTGCCTGGCGGTGGCCTGAGTTCAG
CAAATTTGGAGGTTTTGACCCGCAGGGTGCACTGAGAAACATGGCTGTGGCAAAACACAACTTGAACATCATGATTAAACGCTACAACTCTACCGCTGCT
ACCAATGAGGTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCGTGACACTGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTGGACAACATCTTTCCTCCTG
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GCTAAATGACCTAGCACTATTCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCTCACCTTTTCTCTGGGACTTAAGCTGCTAT
ATCCCCTCAGAGCTCACAAATGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAATGTTACCTACAAAGACATGCCTGGGGTAA
GCCACCCGGCTACCTAATTCCTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATGAGATCTATGTCAAATTTTTCCATCTTTCA
TCCAGGGCTGACTGAAACTATGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTCCCAGATCATTTTTCATGTCCAGTAACACA
GAAGCCACCAAGTACAGTATAGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCTTGTGTTCCCACCCTTGGCACTGCCACCCA
CCCCTCAATTCAGGCAACAATGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAATTTTAGAACCAAAAAATAAGTCTGTACTA
ATTTCAATGTGGCTTTTAAAAGTATGACAGAGAAATAAGTTAGGATAAAGGAAATTTGAATCTCAAAAATATCAAAAGTAAAAATGTATTCTCAAAACTT
TAAATTTATGAAGAATGATGACAGTAGAAGCCTTCCTCTTCCCTTGTCACCTTGAGATAAAAATTCTTTAGGCAGGAAAAGAAATGGAAGTCAGAAAAAC
ATTAGAATAAGACAATAATGTGGGTGTCTGAAAAGGAACAAATACTTATTCCTCACATAGGGTTAGTGACAATGGGAAAAGGGACGGGAGTAGAAGCCAC
AGACATATCTAGGAGCCCTGAATAGAGGCGCAGTCTGCCTCACCTCCTGAATGAAGCTGTACTAGATAACCATGTAGCTTTCCCTGTGCCACTCTGGCAT
GAAGGAGACAGTATAGTGAATATGGCTACAGGATGTTTCTTGGAAACATGCCAATATCTTCAGAAATCCCCAGCCCTTTCCCCTAACCCCTCCTGACTAA
GGAAAGCATGAGCTTATGAGAGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGGGTGCTGTGTCCTCCACTGGATTCGCCATC
TCCGAGGAGAAACTCTCACAGAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCATGAGGATATTTCTAACCATGCTACCTGCA
TCAGTGAGTTTAAATTTTAATTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTGGTGCAAAGAACCCTAAATCCAAATCCAGG
ACTCAGTACTTTGAAGCTAGTATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTTTTCTCATCCACAATGTAGGAGTAATAATA
CTTTCCTTGCAGAGTTATTGATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACATGAACACATAAGAAAACATTGTGGTTATAT
TTATAATTAATTTATTTAAAAGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAATGATTTAGGAGATTCAAATGTAGAGCTAT
GGGTGAATTTCTTTTCATATGATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGGATTGGTAAGAGAACTCTTAGCACTAGAAG
TTGTAATATTTGACTTTGGTTTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTTTATTCAAGGTATATCATATACAACAGATC
TTTATGCCTGTTTACTTTGGGGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGGAATCAGTAAGCACAGGAAATCTGAACCAG
TGATGATCATGAAAATGTCCATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATACCACAATGGTGAAAAATGTCATTATACATT
TGCTCAAATCCACAGAATATATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATGATGTGCCAATGTAAGTTCATAAATTATAG
CAAATGTACCACTCAGATGGGAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCTGGCAGCAGTCCCCAGCCTTTTTGGCAGCA
GGGACCAGTTTTATGGAAGACAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAACTGTGAAACTATTCCACCTCAGATCAACA
AGCATTAGTTAGATTCTCATAAGGAACATGCAACCTAGATCTCTTGCATGCACAGTTAAAAATAGGGTTCGCACTCCTATGAGAATCTAATGCCACCACT
GATCTGACGGAAGGCGGGGCTCAGTTGGTAATGCTGGCTCACCCACTGCGTGGTCCAGTTTCTAACAGGCCACCAACTGGTACTGGTCCATGGCCCGGGG
GTTGGGGACCTCTGGGATACCTCTGCACCTTCTGCTCAGTTTTTCTGTGAACCTACAACCGCTTTAAAATAAGGTCTATTTTTAAAAAGGAAAAGAGAAG
GTAACCAATTATGATCCTAAATGTGTAAAATAAAAATTTTAGTATGAAAAACAGTCACATTAAAATGCACAACGTGCTAAGAAGCTTTTAGCAATAGGGT
TTCAAATATATTTCATATACATTTCAATGATTCGTGAGGCAAGAACCCAGCATTTTGGAGTTGTGTGCATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
GTCTGTAATATAAGGGGTATACTGAATGGCATAATGACCAGAGTCATGCAGAAATCTACAAATGCTGCCCAACTCAGACTCCTTCCTCAAGCAGCACTGT
GGAAAGCAAATTTAATGATAGCAGTATTTTATTAAAAGGATGTATTCAAAAAATATTTACGTAATGTTAAAATAGCAGAATTAAAACTAATTCTAAAAAA
TAAGAGTAAATAGTTCTTTTTATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTGCCTGATTTAAAATCATGCAATTCTTAAAC
AATTATTTGAGCTATTTGAATTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCACACTATTTAAAATTTACAAAATTAGTGGGT
CACAGAGGCTCGTGCTTGTGATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAACAGCTGCCTGGGCAACAAAGCAAGAC
CTTGTCTCTACAACACAAAAATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTGAGGCAAGAGGAGTGCTTGAGCCCAGGAGT
TCAATACTTCAGTGGGCTAAGATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATCTCTAAAAGTAAATAAATAAATAAAACTTA
CAAAATTTTAAAAATCAAATGAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAATTAAACATTTTATTACAAATGAAGCACTTC
ATGCACAGACTGGCACATAGTAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTCCAACTAACAAATCCCACAGTGAATGACAT
CACAGGGATGCAACCAACAAGATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCAACAATTCAAGAGAGAGAGAGAAGAGAAGC
TATACATTTTAAAAGGCTGAAGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGACTGTATTAAGGAATTATCTAATTTTAGTG
TGGTAATGAGATTGCTGTTATGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATGAATGAAA
- HLA-DQA1.F1 (forward primer)
- HLA-DQA1.R1 (reverse primer)
- Intron retention
Frame 0
EDSNLMSSLYS*NNSSSPL*VEAASQGDCPVSFQGS*YKLFN**LRCHHRGFF*LAKT*LGRVWFGC
LQISLS*GPHNYSTAQNTNC*GCLGKRMILNKA
LLLGALALTTVMSPCGGEDIVGSISDSLLLYRD
GQWVCKTKVEKSDS*KGK*TGRYFKLSQLY*PWL
LPL*FCSAVEVSPASPERLASLFQISFLQPHTR
VPWSGLAHSLGTMWAVQGTLHTVKPHEKVLTPF
KIRKIMEY*SLRKCFNF*FSLDYIVFIPIQS*NI
IFHIFVEEEAHTSKNARGSHVRMQPWS*LILAF
VWFCYLCACPSSPKSMWSSNIATVIQYTCLSTQ
*AKF*GFKDEKSCCLPCRGCSD**WKQYGVQESR
RPLLSRAVDPAEAETIQVTWFQVGQQGDVL*QN
LAPKTSTRRKERLHVFHIYSCLNKESRFMARIR
RLCW*PVKTNQGSHAG*GRS*PRCLLWCKLVPVL
RSLWPVHP*I*WR*AVLRGPGEEGDCLAVA*VQ
QIWRF*PAGCTEKHGCGKTQLEHHD*TLQLYRC
YQ*GS*GHSVFQVSRDTGSAQHPHLSCGQHLSSC
GQHHMAEQWAVSHRRCF*DQLPLQE*SFLLQDQ
LPHLPPFC**DL*LQGGALGPGPASSETLGA*D
SSPYVRAHRDCGLCPGVVCGPHGHCGGHCLHHPR
PAFSWCFQTPRAIVNPILEGKVHRHLQEQKNGL
AK*PSTILWPDLSYPFSPPNISPLTFSLGLKLL
YPLRAHKCLYILSLTS*FFFSFLKCYLQRHAWGK
PPGYLIPQ*PPSKISKEAINSFYEIYVKFFHLS
SRAD*NYG**LGYSYVSIQFNLISQIIFHVQ*H
RSHQVQYSLIIC*FLS*H*YFLLPCVPTLGTATH
PSIQATMKLMDTVCPWPRIVIAKILEPKNKSVL
ISMWLLKV*QRNKLG*RKFESQKYQK*KCILKT
LNL*RMMTVEAFLFPCHLEIKIL*AGKEMEVRKT
LE*DNNVGV*KGTNTYSSHRVSDNGKRDGSRSH
RHI*EP*IEAQSASPPE*SCTR*PCSFPCATLA
*RRQYSEYGYRMFLGNMPISSEIPSPFP*PLLTK
ESMSL*EKP*EEQHS*DNVAAAVGAVSSTGFAI
SEEKLSQRKWVSSDLMALNSYEIHEDISNHATC
ISEFKF*LEKKYKTLMQ*LIQYSLVQRTLNPNPG
LSTLKLVF*TL*MCEVSNISGLTFLIHNVGVII
LSLQSY**NLNNFDI*SMPYT*YMNT*ENIVVI
FIINLFKRMDHII*KALLFFSAS**FRRFKCRAM
GEFLFI**LKDIFLFPE*ERLRLDW*ENS*H*K
L*YLTLVFNSLRGNIFPPYGP*VFIQGISYTTD
LYACLLWGRSEDSSRRK*FKTQTGNQ*AQEI*TS
DDHENVHHRAQMIFRAIKLFCLIPQW*KMSLYI
CSNPQNI*HQELDLM*TMDFG***CANVSS*II
ANVPLRWEMLLMGEAMHVWEQSVSGSSPQPFWQQ
GPVLWKTIFPQIVGGMGV*SGDETVKLFHLRST
SIS*ILIRNMQPRSLACTVKNRVRTPMRI*CHH
*SDGRRGSVGNAGSPTAWSSF*QATNWYWSMARG
LGTSGIPLHLLLSFSVNLQPL*NKVYF*KGKEK
VTNYDPKCVK*KF*YEKQSH*NAQRAKKLLAIG
FQIYFIYISMIREARTQHFGVVCICVCVCVCVCV
SVI*GVY*MA**PESCRNLQMLPNSDSFLKQHC
GKQI***QYFIKRMYSKNIYVMLK*QN*N*F*K
IRVNSSFYQLKM*GLLSIGLQIYLPDLKSCNS*T
II*AI*IISDYTHKV*LH*YLISHYLKFTKLVG
HRGSCL*S*HFGGQ*GRIA*SQEFNSCLGNKAR
PCLYNTKIN*CMAALL*SQLL*RLRQEECLSPGV
QYFSGLRLCHCAHSSLGSRAGLHL*K*INK*NL
QNFKNQMKYVRFVPTTFKLGT*RIKHFITNEAL
HAQTGT**VVDRC*QFVLLLFSGVQLTNPTVNDI
TGMQPTRSRIWKLLLDKQLHFFSNNSREREKRS
YTF*KAEEIYEPNLYEAIRKTDTDCIKELSNFS
VVMRLLLCFLKSHYTLDFHNKIIMNE
Frame 1
KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPSRALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG
VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL
CCWGPSL*PP**APVEVKTLWDPSLTPCSFIEM
DSGFVKQKLKSQIVKRGSELEGTLNFHNFINRG
CSHYDFVRQWKFHLLLQSAWRLCSKFPFFNLTPE
CPGQAWLIH*AQCGQCRGPSIL*SHMRRF*LLL
KLEK*WNIRA*ENVLTFNSA*IILSLYQFSHKI
*FSIFLWRKRPIQARMLGAHMSECSLGHD*SWPS
YGSATCVPARLPQNLCGPRI*QLSFNTHV*AHS
ELSFKDSKMKSHAVFPAEGAQISDGNSMGCRKA
EGHC*AGQWTQQRLKQYK*LGSRWASRVTSSSKI
WHPRQVPEEKKDCMYSTYIHV*TRSQDLWQG*G
GFVGDLLRPTRAVMLDREEADHVASCGVNLYQF
YGPSGQYTHEFDGDEQFYVDLERKETAWRWPEFS
KFGGFDPQGALRNMAVAKHNLNIMIKRYNSTAA
TNEVPEVTVFSKSPVTLGQPNTLICLVDNIFPP
VVNITWLSNGQSVTEGVSETSFLSKSDHSFFKIS
YLTFLPSADEIYDCKVEHWGLDQPLLKHWEPEI
PAPMSELTETVVCALGLSVGLMGIVVGTVFIIQ
GLRSVGASRHQGPL*IPSWKGRCIAIYRSRRMDL
LNDLALFSGPIYHIPFLLQIFLLSPFLWDLSCY
IPSELTNAFTFFP*PPDFFFLFSNVTYKDMPGV
SHPAT*FLSNLHLKSPRKQ*IPFMRSMSNFSIFH
PGLTETMANNWGTLMFQSNLTSFPRSFFMSSNT
EATKYSIA**YVDFLADINISCFLVFPPLALPP
TPQFRQQ*N*WIPSALGPELL*QKF*NQKISLY*
FQCGF*KYDREIS*DKGNLNLKNIKSKNVFSKL
*IYEE**Q*KPSSSLVTLR*KFFRQEKKWKSEK
H*NKTIMWVSEKEQILIPHIGLVTMGKGTGVEAT
DISRSPE*RRSLPHLLNEAVLDNHVAFPVPLWH
EGDSIVNMATGCFLETCQYLQKSPALSPNPS*L
RKA*AYERNPRKNNTVETM*QQQWVLCPPLDSPS
PRRNSHRGNGSAATSWL*TAMKSMRIFLTMLPA
SVSLNFNWRKNTKH*CNN*YSIVWCKEP*IQIQ
DSVL*S*YFKLYKCVKSLTFLALLFSSTM*E**Y
FPCRVIDKI*IILIFSQCLTHST*THKKTLWLY
L*LIYLKEWIILYEKHFCFSQPLNDLGDSNVEL
WVNFFSYDN*RIFFFFQNERG*DWIGKRTLSTRS
CNI*LWFSTL*EGIYSLLMAHKCLFKVYHIQQI
FMPVYFGEEVKIVQGENNLKHRLGISKHRKSEP
VMIMKMSITEHR*FSGQ*NYSV*YHNGEKCHYTF
AQIHRIYNTKS*T*CKLWTLGDNDVPM*VHKL*
QMYHSDGRCC*WGRLCMCGSRVYLAAVPSLFGS
RDQFYGRQFFHR*LGEWGYDLGMKL*NYSTSDQQ
ALVRFS*GTCNLDLLHAQLKIGFALL*ESNATT
DLTEGGAQLVMLAHPLRGPVSNRPPTGTGPWPG
GWGPLGYLCTFCSVFL*TYNRFKIRSIFKKEKRR
*PIMILNV*NKNFSMKNSHIKMHNVLRSF*Q*G
FKYISYTFQ*FVRQEPSILELCAFVCVCVCVCV
CL*YKGYTEWHNDQSHAEIYKCCPTQTPSSSSTV
ESKFNDSSILLKGCIQKIFT*C*NSRIKTNSKK
*E*IVLFIS*KCRAYYQ*GYRSTCLI*NHAILK
QLFELFELFQITHIKCDFINT*YHTI*NLQN*WV
TEARACDLSTLEANRGGLLEARSSTAAWATKQD
LVSTTQK*INAWRHSCSPSYSRG*GKRSA*AQE
FNTSVG*DCATVLTPA*AAEQDSISKSK*INKTY
KILKIK*NMSGLYLPHLN*GLEELNILLQMKHF
MHRLAHSK*SIGVNNLCYCYFLESN*QIPQ*MT
SQGCNQQDPEYGNFY*INNSISSATIQERERREA
IHFKRLKKYMNQICMRQSEKLTPTVLRNYLILV
W**DCCYVF*KVIIL*IFIIK*L*MK
Frame 2
RFQFNVLPLFIEQFLKSTLSRGCITRGLPRLLPGLLIQTLQLVTEMSP*GIFLIGQNLTWQGLVWV
SSDFLVLRSSQLLYSSEHQLLRLPWEEDDPKQS
SAAGGPRSDHRDEPLWR*RHCGIHL*LPAPL*RW
TVGL*NKS*KVR*LKGEVNWKVL*TFTTLLTVA
APIMILFGSGSFTCFSRALGVFVPNFLSSTSHQ
SALVRLGSFIRHNVGSAGDPPYCKAT*EGFNSF*
N*KNNGILEPKKMF*LLIQPRLYCLYTNSVIKY
NFPYFCGGRGPYKQECSGLTCQNAALVMTDPGL
RMVLLPVCLPVFPKIYVVLEYSNCHSIHMFEHTV
S*VLRIQR*KVMLSSLQRVLRLVMETVWGAGKQ
KAIAEQGSGPSRG*NNTSDLVPGGPAG*RPLAK
FGTQDKYQKKRKTACIPHIFMFEQGVKIYGKDKE
ALLVTC*DQPGQSCWIGKKLTTLPLVV*TCTSF
TVPLASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGLSS
ANLEVLTRRVH*ETWLWQNTT*TS*LNATTLPLL
PMRFLRSQCFPSLP*HWVSPTPSFVLWTTSFLL
WSTSHG*AMGSQSQKVFLRPASSPRVIIPSSRS
VTSPSSLLLMRFMTARWSTGAWTSLF*NTGSLRF
QPLCQSSQRLWSVPWGCLWASWALWWALSSSSK
ACVQLVLPDTKGHCESHPGREGASPSTGAEEWT
C*MT*HYSLARFIISLFSSKYFSSHLFSGT*AAI
SPQSSQMPLHSFPDLLIFFFFSQMLPTKTCLG*
ATRLPNSSVTSI*NLQGSNKFLL*DLCQIFPSF
IQG*LKLWLIIGVLLCFNPI*PHFPDHFSCPVTQ
KPPSTV*PDNMLIS*LTLIFLASLCSHPWHCHP
PLNSGNNEINGYRLPLAQNCYSKNFRTKK*VCT
NFNVAFKSMTEK*VRIKEI*ISKISKVKMYSQNF
KFMKNDDSRSLPLPLSP*DKNSLGRKRNGSQKN
IRIRQ*CGCLKRNKYLFLT*G**QWEKGRE*KP
QTYLGALNRGAVCLTS*MKLY*ITM*LSLCHSGM
KETV**IWLQDVSWKHANIFRNPQPFPLTPPD*
GKHELMRETLGRTTQLRQCSSSSGCCVLHWIRH
LRGETLTEEMGQQRPHGSKQL*NP*GYF*PCYLH
Q*V*ILIGEKIQNINAIIDTV*FGAKNPKSKSR
TQYFEASILNFINV*SL*HFWPYFSHPQCRSNN
TFLAELLIKFE*F*YLVNALHIVHEHIRKHCGYI
YN*FI*KNGSYYMKSTFVFLSLLMI*EIQM*SY
G*ISFHMIIEGYFSFSRMREAEIGLVRELLALE
VVIFDFGFQLSKREYIPSLWPISVYSRYIIYNRS
LCLFTLGKK*R*FKEKII*NTDWESVSTGNLNQ
**S*KCPSQSTDDFQGNKTILFDTTMVKNVIIH
LLKSTEYITPRVRLNVNYGLWVIMMCQCKFINYS
KCTTQMGDVANGGGYACVGAECIWQQSPAFLAA
GTSFMEDNFSTDSWGNGGMIWG*NCETIPPQIN
KH*LDSHKEHAT*ISCMHS*K*GSHSYENLMPPL
I*RKAGLSW*CWLTHCVVQFLTGHQLVLVHGPG
VGDLWDTSAPSAQFFCEPTTALK*GLFLKRKRE
GNQL*S*MCKIKILV*KTVTLKCTTC*EAFSNRV
SNIFHIHFNDS*GKNPAFWSCVHLCVCVCVCVC
VCNIRGILNGIMTRVMQKSTNAAQLRLLPQAAL
WKANLMIAVFY*KDVFKKYLRNVKIAELKLILKN
KSK*FFLSAKNVGPTINRVTDLPA*FKIMQFLN
NYLSYLNYFRLHT*SVTSLILNITLFKIYKISG
SQRLVLVILALWRPIGEDCLKPGVQQLPGQQSKT
LSLQHKNKLMHGGTPVVPATLEAEARGVLEPRS
SILQWAKIVPLCSLQPRQQSRTPSLKVNK*IKL
TKF*KSNEICQVCTYHI*TRDLKN*TFYYK*STS
CTDWHIVSSR*VLTICVIVIFWSPTNKSHSE*H
HRDATNKIQNMETSTR*TTPFLQQQFKREREEK
LYILKG*RNI*TKFV*GNQKN*HRLY*GII*F*C
GNEIAVMFSKKSLYFRFS**NNYE*
Sequence HLA-DQA1.dAug05
GAAGATTCCAATTTAATGTCCTCCCTTTATTCATAGAACAATTCCTCAAGTCCACTCTGAGTAGAGGCTGCATCACAAGGGGATTGCCCCGTCTCCTTCCAGGGCTCTTAATACAAACTCTTCAACTAGTAACTGAGATGTCACCATAGGGGATTTTTCTAATTGGCCAAAACCTGACTTGGCAGGGTTTGGTTTGGGTG
TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT
CTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGTGATGAGCCCCTGTGGAGGTGAAGACATTGTGGCTGACCACGTTGCCTCTTGTGGTGTAAACTTGTACC
AGTTTTACGGTCCCTCTGGCCAGTACACCCATGAATTTGATGGAGATGAGCAGTTCTACGTGGACCTGGAGAGGAAGGAGACTGCCTGGCGGTGGCCTGA
GTTCAGCAAATTTGGAGGTTTTGACCCGCAGGGTGCACTGAGAAACATGGCTGTGGCAAAACACAACTTGAACATCATGATTAAACGCTACAACTCTACC
GCTGCTACCAATGAGGTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCGTGACACTGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTGGACAACATCTTTC
CTCCTGTGGTCAACATCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGAAGGTGTTTCTGAGACCAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATCATTCCTTCTTCAA
GATCAGTTACCTCACCTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGCAAGGTGGAGCACTGGGGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAAACACTGGGGTAAG
GATGAGTTTCATCATTTTTTGATTCTTTCTTGTCTGTCAAGTTCAGAACTTCCTGCCTTTTACTCCTATATCCAAAAACTTGTTTTCCACACTTCATGGG
TTTCTTTTCTGTCTCTCTTTTTTTTTTGAAAGAATAAAGCAAAAAAAGCAGAGATTTATTGAAAATGAAAGTACACTCTACAGGATGGGAGTGGGCCTGC
CACTTCATGGTTTTCTAATGATAGACTTCACTCTTCTCCCTAAGCCTGGGGCCTTGAGTCTTTGCAGAGCCAACCCTCTACCCCATCCCATCCCACACAC
ATGCACATGAGCACACTCTGCATTCTGACCTCAACAACTTCACTTCCACAGAGCCTGAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTG
TGCCCTGGGGTTGTCTGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGCACTGTCTTCATCATCCAAGGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCA
TTGTGAATCCCATCCTGGAAGGGAAGGTAAGATTGAGACTGGTTACAGTTGAAGCGGCAGTATGAAAGGAAGGAAAGTGGGAGGGCGTTGTGGACATGAA
TGTGGTTGAAAGTTGTAGGGGAATTGGGAAGTGGCATGATGATGACACAGGAGCCCCCTCGGACCCATTGATCTCATGTCTGCCCTGTTGCAGGTGCATC
GCCATCTACAGGAGCAGAAGAATGGACTTGCTAAATGACCTAGCACTATTCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCT
CACCTTTTCTCTGGGACTTAAGCTGCTATATCCCCTCAGAGCTCACAAATGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAA
TGTTACCTACAAAGACATGCCTGGGGTAAGCCACCCGGCTACCTAATTCCTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATG
AGATCTATGTCAAATTTTTCCATCTTTCATCCAGGGCTGACTGAAACTATGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTC
CCAGATCATTTTTCATGTCCAGTAACACAGAAGCCACCAAGTACAGTATAGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCT
TGTGTTCCCACCCTTGGCACTGCCACCCACCCCTCAATTCAGGCAACAATGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAA
TTTTAGAACCAAAAAATAAGTCTGTACTAATTTCAATGTGGCTTTTAAAAGTATGACAGAGAAATAAGTTAGGATAAAGGAAATTTGAATCTCAAAAATA
TCAAAAGTAAAAATGTATTCTCAAAACTTTAAATTTATGAAGAATGATGACAGTAGAAGCCTTCCTCTTCCCTTGTCACCTTGAGATAAAAATTCTTTAG
GCAGGAAAAGAAATGGAAGTCAGAAAAACATTAGAATAAGACAATAATGTGGGTGTCTGAAAAGGAACAAATACTTATTCCTCACATAGGGTTAGTGACA
ATGGGAAAAGGGACGGGAGTAGAAGCCACAGACATATCTAGGAGCCCTGAATAGAGGCGCAGTCTGCCTCACCTCCTGAATGAAGCTGTACTAGATAACC
ATGTAGCTTTCCCTGTGCCACTCTGGCATGAAGGAGACAGTATAGTGAATATGGCTACAGGATGTTTCTTGGAAACATGCCAATATCTTCAGAAATCCCC
AGCCCTTTCCCCTAACCCCTCCTGACTAAGGAAAGCATGAGCTTATGAGAGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGG
GTGCTGTGTCCTCCACTGGATTCGCCATCTCCGAGGAGAAACTCTCACAGAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCA
TGAGGATATTTCTAACCATGCTACCTGCATCAGTGAGTTTAAATTTTAATTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTG
GTGCAAAGAACCCTAAATCCAAATCCAGGACTCAGTACTTTGAAGCTAGTATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTT
TTCTCATCCACAATGTAGGAGTAATAATACTTTCCTTGCAGAGTTATTGATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACAT
GAACACATAAGAAAACATTGTGGTTATATTTATAATTAATTTATTTAAAAGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAA
TGATTTAGGAGATTCAAATGTAGAGCTATGGGTGAATTTCTTTTCATATGATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGG
ATTGGTAAGAGAACTCTTAGCACTAGAAGTTGTAATATTTGACTTTGGTTTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTT
TATTCAAGGTATATCATATACAACAGATCTTTATGCCTGTTTACTTTGGGGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGG
AATCAGTAAGCACAGGAAATCTGAACCAGTGATGATCATGAAAATGTCCATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATAC
CACAATGGTGAAAAATGTCATTATACATTTGCTCAAATCCACAGAATATATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATG
ATGTGCCAATGTAAGTTCATAAATTATAGCAAATGTACCACTCAGATGGGAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCT
GGCAGCAGTCCCCAGCCTTTTTGGCAGCAGGGACCAGTTTTATGGAAGACAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAA
CTGTGAAACTATTCCACCTCAGATCAACAAGCATTAGTTAGATTCTCATAAGGAACATGCAACCTAGATCTCTTGCATGCACAGTTAAAAATAGGGTTCG
CACTCCTATGAGAATCTAATGCCACCACTGATCTGACGGAAGGCGGGGCTCAGTTGGTAATGCTGGCTCACCCACTGCGTGGTCCAGTTTCTAACAGGCC
ACCAACTGGTACTGGTCCATGGCCCGGGGGTTGGGGACCTCTGGGATACCTCTGCACCTTCTGCTCAGTTTTTCTGTGAACCTACAACCGCTTTAAAATA
AGGTCTATTTTTAAAAAGGAAAAGAGAAGGTAACCAATTATGATCCTAAATGTGTAAAATAAAAATTTTAGTATGAAAAACAGTCACATTAAAATGCACA
ACGTGCTAAGAAGCTTTTAGCAATAGGGTTTCAAATATATTTCATATACATTTCAATGATTCGTGAGGCAAGAACCCAGCATTTTGGAGTTGTGTGCATT
TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTAATATAAGGGGTATACTGAATGGCATAATGACCAGAGTCATGCAGAAATCTACAAATGCTGCCCA
ACTCAGACTCCTTCCTCAAGCAGCACTGTGGAAAGCAAATTTAATGATAGCAGTATTTTATTAAAAGGATGTATTCAAAAAATATTTACGTAATGTTAAA
ATAGCAGAATTAAAACTAATTCTAAAAAATAAGAGTAAATAGTTCTTTTTATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTG
CCTGATTTAAAATCATGCAATTCTTAAACAATTATTTGAGCTATTTGAATTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCAC
ACTATTTAAAATTTACAAAATTAGTGGGTCACAGAGGCTCGTGCTTGTGATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTT
CAACAGCTGCCTGGGCAACAAAGCAAGACCTTGTCTCTACAACACAAAAATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTG
AGGCAAGAGGAGTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAATACTTCAGTGGGCTAAGATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATC
TCTAAAAGTAAATAAATAAATAAAACTTACAAAATTTTAAAAATCAAATGAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAAT
TAAACATTTTATTACAAATGAAGCACTTCATGCACAGACTGGCACATAGTAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTC
CAACTAACAAATCCCACAGTGAATGACATCACAGGGATGCAACCAACAAGATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCA
ACAATTCAAGAGAGAGAGAGAAGAGAAGCTATACATTTTAAAAGGCTGAAGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGA
CTGTATTAAGGAATTATCTAATTTTAGTGTGGTAATGAGATTGCTGTTATGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATG
AATGAAA
- HLA-DQA1.F1 (forward primer)
- HLA-DQA1.R1 (reverse primer)
- Intron retention
Frame 0
EDSNLMSSLYS*NNSSSPL*VEAASQGDCPVSFQGS*YKLFN**LRCHHRGFF*LAKT*LGRVWFGC
LQISLS*GPHNYSTAQNTNC*GCLGKRMILNKA
LLLGALALTTVMSPCGGEDIVADHVASCGVNLY
QFYGPSGQYTHEFDGDEQFYVDLERKETAWRWPE
FSKFGGFDPQGALRNMAVAKHNLNIMIKRYNST
AATNEVPEVTVFSKSPVTLGQPNTLICLVDNIF
PPVVNITWLSNGQSVTEGVSETSFLSKSDHSFFK
ISYLTFLPSADEIYDCKVEHWGLDQPLLKHWGK
DEFHHFLILSCLSSSELPAFYSYIQKLVFHTSW
VSFLSLFFF*KNKAKKAEIY*K*KYTLQDGSGPA
TSWFSNDRLHSSP*AWGLESLQSQPSTPSHPTH
MHMSTLCILTSTTSLPQSLRFQPLCQSSQRLWS
VPWGCLWASWALWWALSSSSKACVQLVLPDTKGH
CESHPGREGKIETGYS*SGSMKGRKVGGRCGHE
CG*KL*GNWEVA***HRSPLGPIDLMSALLQVH
RHLQEQKNGLAK*PSTILWPDLSYPFSPPNISPL
TFSLGLKLLYPLRAHKCLYILSLTS*FFFSFLK
CYLQRHAWGKPPGYLIPQ*PPSKISKEAINSFY
EIYVKFFHLSSRAD*NYG**LGYSYVSIQFNLIS
QIIFHVQ*HRSHQVQYSLIIC*FLS*H*YFLLP
CVPTLGTATHPSIQATMKLMDTVCPWPRIVIAK
ILEPKNKSVLISMWLLKV*QRNKLG*RKFESQKY
QK*KCILKTLNL*RMMTVEAFLFPCHLEIKIL*
AGKEMEVRKTLE*DNNVGV*KGTNTYSSHRVSD
NGKRDGSRSHRHI*EP*IEAQSASPPE*SCTR*P
CSFPCATLA*RRQYSEYGYRMFLGNMPISSEIP
SPFP*PLLTKESMSL*EKP*EEQHS*DNVAAAV
GAVSSTGFAISEEKLSQRKWVSSDLMALNSYEIH
EDISNHATCISEFKF*LEKKYKTLMQ*LIQYSL
VQRTLNPNPGLSTLKLVF*TL*MCEVSNISGLT
FLIHNVGVIILSLQSY**NLNNFDI*SMPYT*YM
NT*ENIVVIFIINLFKRMDHII*KALLFFSAS*
*FRRFKCRAMGEFLFI**LKDIFLFPE*ERLRL
DW*ENS*H*KL*YLTLVFNSLRGNIFPPYGP*VF
IQGISYTTDLYACLLWGRSEDSSRRK*FKTQTG
NQ*AQEI*TSDDHENVHHRAQMIFRAIKLFCLI
PQW*KMSLYICSNPQNI*HQELDLM*TMDFG***
CANVSS*IIANVPLRWEMLLMGEAMHVWEQSVS
GSSPQPFWQQGPVLWKTIFPQIVGGMGV*SGDE
TVKLFHLRSTSIS*ILIRNMQPRSLACTVKNRVR
TPMRI*CHH*SDGRRGSVGNAGSPTAWSSF*QA
TNWYWSMARGLGTSGIPLHLLLSFSVNLQPL*N
KVYF*KGKEKVTNYDPKCVK*KF*YEKQSH*NAQ
RAKKLLAIGFQIYFIYISMIREARTQHFGVVCI
CVCVCVCVCVSVI*GVY*MA**PESCRNLQMLP
NSDSFLKQHCGKQI***QYFIKRMYSKNIYVMLK
*QN*N*F*KIRVNSSFYQLKM*GLLSIGLQIYL
PDLKSCNS*TII*AI*IISDYTHKV*LH*YLIS
HYLKFTKLVGHRGSCL*S*HFGGQ*GRIA*SQEF
NSCLGNKARPCLYNTKIN*CMAALL*SQLL*RL
RQEECLSPGVQYFSGLRLCHCAHSSLGSRAGLH
L*K*INK*NLQNFKNQMKYVRFVPTTFKLGT*RI
KHFITNEALHAQTGT**VVDRC*QFVLLLFSGV
QLTNPTVNDITGMQPTRSRIWKLLLDKQLHFFS
NNSREREKRSYTF*KAEEIYEPNLYEAIRKTDTD
CIKELSNFSVVMRLLLCFLKSHYTLDFHNKIIM
NE
Frame 1
KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPSRALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG
VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL
CCWGPSL*PP**APVEVKTLWLTTLPLVV*TCT
SFTVPLASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGL
SSANLEVLTRRVH*ETWLWQNTT*TS*LNATTLP
LLPMRFLRSQCFPSLP*HWVSPTPSFVLWTTSF
LLWSTSHG*AMGSQSQKVFLRPASSPRVIIPSS
RSVTSPSSLLLMRFMTARWSTGAWTSLF*NTGVR
MSFIIF*FFLVCQVQNFLPFTPISKNLFSTLHG
FLFCLSFFFERIKQKKQRFIENESTLYRMGVGL
PLHGFLMIDFTLLPKPGALSLCRANPLPHPIPHT
CT*AHSAF*PQQLHFHRA*DSSPYVRAHRDCGL
CPGVVCGPHGHCGGHCLHHPRPAFSWCFQTPRA
IVNPILEGKVRLRLVTVEAAV*KEGKWEGVVDMN
VVESCRGIGKWHDDDTGAPSDPLISCLPCCRCI
AIYRSRRMDLLNDLALFSGPIYHIPFLLQIFLL
SPFLWDLSCYIPSELTNAFTFFP*PPDFFFLFSN
VTYKDMPGVSHPAT*FLSNLHLKSPRKQ*IPFM
RSMSNFSIFHPGLTETMANNWGTLMFQSNLTSF
PRSFFMSSNTEATKYSIA**YVDFLADINISCFL
VFPPLALPPTPQFRQQ*N*WIPSALGPELL*QK
F*NQKISLY*FQCGF*KYDREIS*DKGNLNLKN
IKSKNVFSKL*IYEE**Q*KPSSSLVTLR*KFFR
QEKKWKSEKH*NKTIMWVSEKEQILIPHIGLVT
MGKGTGVEATDISRSPE*RRSLPHLLNEAVLDN
HVAFPVPLWHEGDSIVNMATGCFLETCQYLQKSP
ALSPNPS*LRKA*AYERNPRKNNTVETM*QQQW
VLCPPLDSPSPRRNSHRGNGSAATSWL*TAMKS
MRIFLTMLPASVSLNFNWRKNTKH*CNN*YSIVW
CKEP*IQIQDSVL*S*YFKLYKCVKSLTFLALL
FSSTM*E**YFPCRVIDKI*IILIFSQCLTHST
*THKKTLWLYL*LIYLKEWIILYEKHFCFSQPLN
DLGDSNVELWVNFFSYDN*RIFFFFQNERG*DW
IGKRTLSTRSCNI*LWFSTL*EGIYSLLMAHKC
LFKVYHIQQIFMPVYFGEEVKIVQGENNLKHRLG
ISKHRKSEPVMIMKMSITEHR*FSGQ*NYSV*Y
HNGEKCHYTFAQIHRIYNTKS*T*CKLWTLGDN
DVPM*VHKL*QMYHSDGRCC*WGRLCMCGSRVYL
AAVPSLFGSRDQFYGRQFFHR*LGEWGYDLGMK
L*NYSTSDQQALVRFS*GTCNLDLLHAQLKIGF
ALL*ESNATTDLTEGGAQLVMLAHPLRGPVSNRP
PTGTGPWPGGWGPLGYLCTFCSVFL*TYNRFKI
RSIFKKEKRR*PIMILNV*NKNFSMKNSHIKMH
NVLRSF*Q*GFKYISYTFQ*FVRQEPSILELCAF
VCVCVCVCVCL*YKGYTEWHNDQSHAEIYKCCP
TQTPSSSSTVESKFNDSSILLKGCIQKIFT*C*
NSRIKTNSKK*E*IVLFIS*KCRAYYQ*GYRSTC
LI*NHAILKQLFELFELFQITHIKCDFINT*YH
TI*NLQN*WVTEARACDLSTLEANRGGLLEARS
STAAWATKQDLVSTTQK*INAWRHSCSPSYSRG*
GKRSA*AQEFNTSVG*DCATVLTPA*AAEQDSI
SKSK*INKTYKILKIK*NMSGLYLPHLN*GLEE
LNILLQMKHFMHRLAHSK*SIGVNNLCYCYFLES
N*QIPQ*MTSQGCNQQDPEYGNFY*INNSISSA
TIQERERREAIHFKRLKKYMNQICMRQSEKLTP
TVLRNYLILVW**DCCYVF*KVIIL*IFIIK*L*
MK
Frame 2
RFQFNVLPLFIEQFLKSTLSRGCITRGLPRLLPGLLIQTLQLVTEMSP*GIFLIGQNLTWQGLVWV
SSDFLVLRSSQLLYSSEHQLLRLPWEEDDPKQS
SAAGGPRSDHRDEPLWR*RHCG*PRCLLWCKLVP
VLRSLWPVHP*I*WR*AVLRGPGEEGDCLAVA*
VQQIWRF*PAGCTEKHGCGKTQLEHHD*TLQLY
RCYQ*GS*GHSVFQVSRDTGSAQHPHLSCGQHLS
SCGQHHMAEQWAVSHRRCF*DQLPLQE*SFLLQ
DQLPHLPPFC**DL*LQGGALGPGPASSETLG*
G*VSSFFDSFLSVKFRTSCLLLLYPKTCFPHFMG
FFSVSLFFLKE*SKKSRDLLKMKVHSTGWEWAC
HFMVF***TSLFSLSLGP*VFAEPTLYPIPSHT
HAHEHTLHSDLNNFTSTEPEIPAPMSELTETVVC
ALGLSVGLMGIVVGTVFIIQGLRSVGASRHQGP
L*IPSWKGR*D*DWLQLKRQYERKESGRALWT*
MWLKVVGELGSGMMMTQEPPRTH*SHVCPVAGAS
PSTGAEEWTC*MT*HYSLARFIISLFSSKYFSS
HLFSGT*AAISPQSSQMPLHSFPDLLIFFFFSQ
MLPTKTCLG*ATRLPNSSVTSI*NLQGSNKFLL*
DLCQIFPSFIQG*LKLWLIIGVLLCFNPI*PHF
PDHFSCPVTQKPPSTV*PDNMLIS*LTLIFLAS
LCSHPWHCHPPLNSGNNEINGYRLPLAQNCYSKN
FRTKK*VCTNFNVAFKSMTEK*VRIKEI*ISKI
SKVKMYSQNFKFMKNDDSRSLPLPLSP*DKNSL
GRKRNGSQKNIRIRQ*CGCLKRNKYLFLT*G**Q
WEKGRE*KPQTYLGALNRGAVCLTS*MKLY*IT
M*LSLCHSGMKETV**IWLQDVSWKHANIFRNP
QPFPLTPPD*GKHELMRETLGRTTQLRQCSSSSG
CCVLHWIRHLRGETLTEEMGQQRPHGSKQL*NP
*GYF*PCYLHQ*V*ILIGEKIQNINAIIDTV*F
GAKNPKSKSRTQYFEASILNFINV*SL*HFWPYF
SHPQCRSNNTFLAELLIKFE*F*YLVNALHIVH
EHIRKHCGYIYN*FI*KNGSYYMKSTFVFLSLL
MI*EIQM*SYG*ISFHMIIEGYFSFSRMREAEIG
LVRELLALEVVIFDFGFQLSKREYIPSLWPISV
YSRYIIYNRSLCLFTLGKK*R*FKEKII*NTDW
ESVSTGNLNQ**S*KCPSQSTDDFQGNKTILFDT
TMVKNVIIHLLKSTEYITPRVRLNVNYGLWVIM
MCQCKFINYSKCTTQMGDVANGGGYACVGAECI
WQQSPAFLAAGTSFMEDNFSTDSWGNGGMIWG*N
CETIPPQINKH*LDSHKEHAT*ISCMHS*K*GS
HSYENLMPPLI*RKAGLSW*CWLTHCVVQFLTG
HQLVLVHGPGVGDLWDTSAPSAQFFCEPTTALK*
GLFLKRKREGNQL*S*MCKIKILV*KTVTLKCT
TC*EAFSNRVSNIFHIHFNDS*GKNPAFWSCVH
LCVCVCVCVCVCNIRGILNGIMTRVMQKSTNAAQ
LRLLPQAALWKANLMIAVFY*KDVFKKYLRNVK
IAELKLILKNKSK*FFLSAKNVGPTINRVTDLP
A*FKIMQFLNNYLSYLNYFRLHT*SVTSLILNIT
LFKIYKISGSQRLVLVILALWRPIGEDCLKPGV
QQLPGQQSKTLSLQHKNKLMHGGTPVVPATLEA
EARGVLEPRSSILQWAKIVPLCSLQPRQQSRTPS
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PTNKSHSE*HHRDATNKIQNMETSTR*TTPFLQQ
QFKREREEKLYILKG*RNI*TKFV*GNQKN*HR
LY*GII*F*CGNEIAVMFSKKSLYFRFS**NNY
E*
Sequence HLA-DQA1.hAug05
GAAGATTCCAATTTAATGTCCTCCCTTTATTCATAGAACAATTCCTCAAGTCCACTCTGAGTAGAGGCTGCATCACAAGGGGATTGCCCCGTCTCCTTCCAGGGCTCTTAATACAAACTCTTCAACTAGTAACTGAGATGTCACCATAGGGGATTTTTCTAATTGGCCAAAACCTGACTTGGCAGGGTTTGGTTTGGGTG
TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT
CTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGTGATGAGCCCCTGTGGAGCTGACCACGTTGCCTCTTGTGGTGTAAACTTGTACCAGTTTTACGGTCCCT
CTGGCCAGTACACCCATGAATTTGATGGAGATGAGCAGTTCTACGTGGACCTGGAGAGGAAGGAGACTGCCTGGCGGTGGCCTGAGTTCAGCAAATTTGG
AGGTTTTGACCCGCAGGGTGCACTGAGAAACATGGCTGTGGCAAAACACAACTTGAACATCATGATTAAACGCTACAACTCTACCGCTGCTACCAATGAG
GTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCGTGACACTGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTGGACAACATCTTTCCTCCTGTGGTCAACA
TCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGAAGGTGTTTCTGAGACCAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATCATTCCTTCTTCAAGATCAGTTACCTCAC
CTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGCAAGGTGGAGCACTGGGGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAAACACTGGGGTAAGGATGAGTTTCATCAT
TTTTTGATTCTTTCTTGTCTGTCAAGTTCAGAACTTCCTGCCTTTTACTCCTATATCCAAAAACTTGTTTTCCACACTTCATGGGTTTCTTTTCTGTCTC
TCTTTTTTTTTTGAAAGAATAAAGCAAAAAAAGCAGAGATTTATTGAAAATGAAAGTACACTCTACAGGATGGGAGTGGGCCTGCCACTTCATGGTTTTC
TAATGATAGACTTCACTCTTCTCCCTAAGCCTGGGGCCTTGAGTCTTTGCAGAGCCAACCCTCTACCCCATCCCATCCCACACACATGCACATGAGCACA
CTCTGCATTCTGACCTCAACAACTTCACTTCCACAGAGCCTGAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTGTGCCCTGGGGTTGTC
TGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGCACTGTCTTCATCATCCAAGGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCATTGTGAATCCCATCC
TGGAAGGGAAGGTAAGATTGAGACTGGTTACAGTTGAAGCGGCAGTATGAAAGGAAGGAAAGTGGGAGGGCGTTGTGGACATGAATGTGGTTGAAAGTTG
TAGGGGAATTGGGAAGTGGCATGATGATGACACAGGAGCCCCCTCGGACCCATTGATCTCATGTCTGCCCTGTTGCAGGTGCATCGCCATCTACAGGAGC
AGAAGAATGGACTTGCTAAATGACCTAGCACTATTCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCTCACCTTTTCTCTGGG
ACTTAAGCTGCTATATCCCCTCAGAGCTCACAAATGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAATGTTACCTACAAAGA
CATGCCTGGGGTAAGCCACCCGGCTACCTAATTCCTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATGAGATCTATGTCAAAT
TTTTCCATCTTTCATCCAGGGCTGACTGAAACTATGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTCCCAGATCATTTTTCA
TGTCCAGTAACACAGAAGCCACCAAGTACAGTATAGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCTTGTGTTCCCACCCTT
GGCACTGCCACCCACCCCTCAATTCAGGCAACAATGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAATTTTAGAACCAAAAA
ATAAGTCTGTACTAATTTCAATGTGGCTTTTAAAAGTATGACAGAGAAATAAGTTAGGATAAAGGAAATTTGAATCTCAAAAATATCAAAAGTAAAAATG
TATTCTCAAAACTTTAAATTTATGAAGAATGATGACAGTAGAAGCCTTCCTCTTCCCTTGTCACCTTGAGATAAAAATTCTTTAGGCAGGAAAAGAAATG
GAAGTCAGAAAAACATTAGAATAAGACAATAATGTGGGTGTCTGAAAAGGAACAAATACTTATTCCTCACATAGGGTTAGTGACAATGGGAAAAGGGACG
GGAGTAGAAGCCACAGACATATCTAGGAGCCCTGAATAGAGGCGCAGTCTGCCTCACCTCCTGAATGAAGCTGTACTAGATAACCATGTAGCTTTCCCTG
TGCCACTCTGGCATGAAGGAGACAGTATAGTGAATATGGCTACAGGATGTTTCTTGGAAACATGCCAATATCTTCAGAAATCCCCAGCCCTTTCCCCTAA
CCCCTCCTGACTAAGGAAAGCATGAGCTTATGAGAGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGGGTGCTGTGTCCTCCA
CTGGATTCGCCATCTCCGAGGAGAAACTCTCACAGAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCATGAGGATATTTCTAA
CCATGCTACCTGCATCAGTGAGTTTAAATTTTAATTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTGGTGCAAAGAACCCTA
AATCCAAATCCAGGACTCAGTACTTTGAAGCTAGTATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTTTTCTCATCCACAATG
TAGGAGTAATAATACTTTCCTTGCAGAGTTATTGATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACATGAACACATAAGAAAA
CATTGTGGTTATATTTATAATTAATTTATTTAAAAGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAATGATTTAGGAGATTC
AAATGTAGAGCTATGGGTGAATTTCTTTTCATATGATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGGATTGGTAAGAGAACT
CTTAGCACTAGAAGTTGTAATATTTGACTTTGGTTTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTTTATTCAAGGTATATC
ATATACAACAGATCTTTATGCCTGTTTACTTTGGGGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGGAATCAGTAAGCACAG
GAAATCTGAACCAGTGATGATCATGAAAATGTCCATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATACCACAATGGTGAAAAA
TGTCATTATACATTTGCTCAAATCCACAGAATATATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATGATGTGCCAATGTAAG
TTCATAAATTATAGCAAATGTACCACTCAGATGGGAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCTGGCAGCAGTCCCCAG
CCTTTTTGGCAGCAGGGACCAGTTTTATGGAAGACAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAACTGTGAAACTATTCC
ACCTCAGATCAACAAGCATTAGTTAGATTCTCATAAGGAACATGCAACCTAGATCTCTTGCATGCACAGTTAAAAATAGGGTTCGCACTCCTATGAGAAT
CTAATGCCACCACTGATCTGACGGAAGGCGGGGCTCAGTTGGTAATGCTGGCTCACCCACTGCGTGGTCCAGTTTCTAACAGGCCACCAACTGGTACTGG
TCCATGGCCCGGGGGTTGGGGACCTCTGGGATACCTCTGCACCTTCTGCTCAGTTTTTCTGTGAACCTACAACCGCTTTAAAATAAGGTCTATTTTTAAA
AAGGAAAAGAGAAGGTAACCAATTATGATCCTAAATGTGTAAAATAAAAATTTTAGTATGAAAAACAGTCACATTAAAATGCACAACGTGCTAAGAAGCT
TTTAGCAATAGGGTTTCAAATATATTTCATATACATTTCAATGATTCGTGAGGCAAGAACCCAGCATTTTGGAGTTGTGTGCATTTGTGTGTGTGTGTGT
GTGTGTGTGTGTGTGTCTGTAATATAAGGGGTATACTGAATGGCATAATGACCAGAGTCATGCAGAAATCTACAAATGCTGCCCAACTCAGACTCCTTCC
TCAAGCAGCACTGTGGAAAGCAAATTTAATGATAGCAGTATTTTATTAAAAGGATGTATTCAAAAAATATTTACGTAATGTTAAAATAGCAGAATTAAAA
CTAATTCTAAAAAATAAGAGTAAATAGTTCTTTTTATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTGCCTGATTTAAAATCA
TGCAATTCTTAAACAATTATTTGAGCTATTTGAATTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCACACTATTTAAAATTTA
CAAAATTAGTGGGTCACAGAGGCTCGTGCTTGTGATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAACAGCTGCCTGGG
CAACAAAGCAAGACCTTGTCTCTACAACACAAAAATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTGAGGCAAGAGGAGTGC
TTGAGCCCAGGAGTTCAATACTTCAGTGGGCTAAGATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATCTCTAAAAGTAAATAA
ATAAATAAAACTTACAAAATTTTAAAAATCAAATGAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAATTAAACATTTTATTAC
AAATGAAGCACTTCATGCACAGACTGGCACATAGTAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTCCAACTAACAAATCCC
ACAGTGAATGACATCACAGGGATGCAACCAACAAGATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCAACAATTCAAGAGAGA
GAGAGAAGAGAAGCTATACATTTTAAAAGGCTGAAGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGACTGTATTAAGGAATT
ATCTAATTTTAGTGTGGTAATGAGATTGCTGTTATGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATGAATGAAA
- HLA-DQA1.F1 (forward primer)
- HLA-DQA1.R1 (reverse primer)
- Intron retention
Frame 0
EDSNLMSSLYS*NNSSSPL*VEAASQGDCPVSFQGS*YKLFN**LRCHHRGFF*LAKT*LGRVWFGC
LQISLS*GPHNYSTAQNTNC*GCLGKRMILNKA
LLLGALALTTVMSPCGADHVASCGVNLYQFYGP
SGQYTHEFDGDEQFYVDLERKETAWRWPEFSKFG
GFDPQGALRNMAVAKHNLNIMIKRYNSTAATNE
VPEVTVFSKSPVTLGQPNTLICLVDNIFPPVVN
ITWLSNGQSVTEGVSETSFLSKSDHSFFKISYLT
FLPSADEIYDCKVEHWGLDQPLLKHWGKDEFHH
FLILSCLSSSELPAFYSYIQKLVFHTSWVSFLS
LFFF*KNKAKKAEIY*K*KYTLQDGSGPATSWFS
NDRLHSSP*AWGLESLQSQPSTPSHPTHMHMST
LCILTSTTSLPQSLRFQPLCQSSQRLWSVPWGC
LWASWALWWALSSSSKACVQLVLPDTKGHCESHP
GREGKIETGYS*SGSMKGRKVGGRCGHECG*KL
*GNWEVA***HRSPLGPIDLMSALLQVHRHLQE
QKNGLAK*PSTILWPDLSYPFSPPNISPLTFSLG
LKLLYPLRAHKCLYILSLTS*FFFSFLKCYLQR
HAWGKPPGYLIPQ*PPSKISKEAINSFYEIYVK
FFHLSSRAD*NYG**LGYSYVSIQFNLISQIIFH
VQ*HRSHQVQYSLIIC*FLS*H*YFLLPCVPTL
GTATHPSIQATMKLMDTVCPWPRIVIAKILEPK
NKSVLISMWLLKV*QRNKLG*RKFESQKYQK*KC
ILKTLNL*RMMTVEAFLFPCHLEIKIL*AGKEM
EVRKTLE*DNNVGV*KGTNTYSSHRVSDNGKRD
GSRSHRHI*EP*IEAQSASPPE*SCTR*PCSFPC
ATLA*RRQYSEYGYRMFLGNMPISSEIPSPFP*
PLLTKESMSL*EKP*EEQHS*DNVAAAVGAVSS
TGFAISEEKLSQRKWVSSDLMALNSYEIHEDISN
HATCISEFKF*LEKKYKTLMQ*LIQYSLVQRTL
NPNPGLSTLKLVF*TL*MCEVSNISGLTFLIHN
VGVIILSLQSY**NLNNFDI*SMPYT*YMNT*EN
IVVIFIINLFKRMDHII*KALLFFSAS**FRRF
KCRAMGEFLFI**LKDIFLFPE*ERLRLDW*EN
S*H*KL*YLTLVFNSLRGNIFPPYGP*VFIQGIS
YTTDLYACLLWGRSEDSSRRK*FKTQTGNQ*AQ
EI*TSDDHENVHHRAQMIFRAIKLFCLIPQW*K
MSLYICSNPQNI*HQELDLM*TMDFG***CANVS
S*IIANVPLRWEMLLMGEAMHVWEQSVSGSSPQ
PFWQQGPVLWKTIFPQIVGGMGV*SGDETVKLF
HLRSTSIS*ILIRNMQPRSLACTVKNRVRTPMRI
*CHH*SDGRRGSVGNAGSPTAWSSF*QATNWYW
SMARGLGTSGIPLHLLLSFSVNLQPL*NKVYF*
KGKEKVTNYDPKCVK*KF*YEKQSH*NAQRAKKL
LAIGFQIYFIYISMIREARTQHFGVVCICVCVC
VCVCVSVI*GVY*MA**PESCRNLQMLPNSDSF
LKQHCGKQI***QYFIKRMYSKNIYVMLK*QN*N
*F*KIRVNSSFYQLKM*GLLSIGLQIYLPDLKS
CNS*TII*AI*IISDYTHKV*LH*YLISHYLKF
TKLVGHRGSCL*S*HFGGQ*GRIA*SQEFNSCLG
NKARPCLYNTKIN*CMAALL*SQLL*RLRQEEC
LSPGVQYFSGLRLCHCAHSSLGSRAGLHL*K*I
NK*NLQNFKNQMKYVRFVPTTFKLGT*RIKHFIT
NEALHAQTGT**VVDRC*QFVLLLFSGVQLTNP
TVNDITGMQPTRSRIWKLLLDKQLHFFSNNSRE
REKRSYTF*KAEEIYEPNLYEAIRKTDTDCIKEL
SNFSVVMRLLLCFLKSHYTLDFHNKIIMNE
Frame 1
KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPSRALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG
VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL
CCWGPSL*PP**APVELTTLPLVV*TCTSFTVP
LASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGLSSANL
EVLTRRVH*ETWLWQNTT*TS*LNATTLPLLPMR
FLRSQCFPSLP*HWVSPTPSFVLWTTSFLLWST
SHG*AMGSQSQKVFLRPASSPRVIIPSSRSVTS
PSSLLLMRFMTARWSTGAWTSLF*NTGVRMSFII
F*FFLVCQVQNFLPFTPISKNLFSTLHGFLFCL
SFFFERIKQKKQRFIENESTLYRMGVGLPLHGF
LMIDFTLLPKPGALSLCRANPLPHPIPHTCT*AH
SAF*PQQLHFHRA*DSSPYVRAHRDCGLCPGVV
CGPHGHCGGHCLHHPRPAFSWCFQTPRAIVNPI
LEGKVRLRLVTVEAAV*KEGKWEGVVDMNVVESC
RGIGKWHDDDTGAPSDPLISCLPCCRCIAIYRS
RRMDLLNDLALFSGPIYHIPFLLQIFLLSPFLW
DLSCYIPSELTNAFTFFP*PPDFFFLFSNVTYKD
MPGVSHPAT*FLSNLHLKSPRKQ*IPFMRSMSN
FSIFHPGLTETMANNWGTLMFQSNLTSFPRSFF
MSSNTEATKYSIA**YVDFLADINISCFLVFPPL
ALPPTPQFRQQ*N*WIPSALGPELL*QKF*NQK
ISLY*FQCGF*KYDREIS*DKGNLNLKNIKSKN
VFSKL*IYEE**Q*KPSSSLVTLR*KFFRQEKKW
KSEKH*NKTIMWVSEKEQILIPHIGLVTMGKGT
GVEATDISRSPE*RRSLPHLLNEAVLDNHVAFP
VPLWHEGDSIVNMATGCFLETCQYLQKSPALSPN
PS*LRKA*AYERNPRKNNTVETM*QQQWVLCPP
LDSPSPRRNSHRGNGSAATSWL*TAMKSMRIFL
TMLPASVSLNFNWRKNTKH*CNN*YSIVWCKEP*
IQIQDSVL*S*YFKLYKCVKSLTFLALLFSSTM
*E**YFPCRVIDKI*IILIFSQCLTHST*THKK
TLWLYL*LIYLKEWIILYEKHFCFSQPLNDLGDS
NVELWVNFFSYDN*RIFFFFQNERG*DWIGKRT
LSTRSCNI*LWFSTL*EGIYSLLMAHKCLFKVY
HIQQIFMPVYFGEEVKIVQGENNLKHRLGISKHR
KSEPVMIMKMSITEHR*FSGQ*NYSV*YHNGEK
CHYTFAQIHRIYNTKS*T*CKLWTLGDNDVPM*
VHKL*QMYHSDGRCC*WGRLCMCGSRVYLAAVPS
LFGSRDQFYGRQFFHR*LGEWGYDLGMKL*NYS
TSDQQALVRFS*GTCNLDLLHAQLKIGFALL*E
SNATTDLTEGGAQLVMLAHPLRGPVSNRPPTGTG
PWPGGWGPLGYLCTFCSVFL*TYNRFKIRSIFK
KEKRR*PIMILNV*NKNFSMKNSHIKMHNVLRS
F*Q*GFKYISYTFQ*FVRQEPSILELCAFVCVCV
CVCVCL*YKGYTEWHNDQSHAEIYKCCPTQTPS
SSSTVESKFNDSSILLKGCIQKIFT*C*NSRIK
TNSKK*E*IVLFIS*KCRAYYQ*GYRSTCLI*NH
AILKQLFELFELFQITHIKCDFINT*YHTI*NL
QN*WVTEARACDLSTLEANRGGLLEARSSTAAW
ATKQDLVSTTQK*INAWRHSCSPSYSRG*GKRSA
*AQEFNTSVG*DCATVLTPA*AAEQDSISKSK*
INKTYKILKIK*NMSGLYLPHLN*GLEELNILL
QMKHFMHRLAHSK*SIGVNNLCYCYFLESN*QIP
Q*MTSQGCNQQDPEYGNFY*INNSISSATIQER
ERREAIHFKRLKKYMNQICMRQSEKLTPTVLRN
YLILVW**DCCYVF*KVIIL*IFIIK*L*MK
Frame 2
RFQFNVLPLFIEQFLKSTLSRGCITRGLPRLLPGLLIQTLQLVTEMSP*GIFLIGQNLTWQGLVWV
SSDFLVLRSSQLLYSSEHQLLRLPWEEDDPKQS
SAAGGPRSDHRDEPLWS*PRCLLWCKLVPVLRSL
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RF*PAGCTEKHGCGKTQLEHHD*TLQLYRCYQ*
GS*GHSVFQVSRDTGSAQHPHLSCGQHLSSCGQH
HMAEQWAVSHRRCF*DQLPLQE*SFLLQDQLPH
LPPFC**DL*LQGGALGPGPASSETLG*G*VSS
FFDSFLSVKFRTSCLLLLYPKTCFPHFMGFFSVS
LFFLKE*SKKSRDLLKMKVHSTGWEWACHFMVF
***TSLFSLSLGP*VFAEPTLYPIPSHTHAHEH
TLHSDLNNFTSTEPEIPAPMSELTETVVCALGLS
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WKGR*D*DWLQLKRQYERKESGRALWT*MWLKV
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EEWTC*MT*HYSLARFIISLFSSKYFSSHLFSG
T*AAISPQSSQMPLHSFPDLLIFFFFSQMLPTK
TCLG*ATRLPNSSVTSI*NLQGSNKFLL*DLCQI
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CPVTQKPPSTV*PDNMLIS*LTLIFLASLCSHP
WHCHPPLNSGNNEINGYRLPLAQNCYSKNFRTKK
*VCTNFNVAFKSMTEK*VRIKEI*ISKISKVKM
YSQNFKFMKNDDSRSLPLPLSP*DKNSLGRKRN
GSQKNIRIRQ*CGCLKRNKYLFLT*G**QWEKGR
E*KPQTYLGALNRGAVCLTS*MKLY*ITM*LSL
CHSGMKETV**IWLQDVSWKHANIFRNPQPFPL
TPPD*GKHELMRETLGRTTQLRQCSSSSGCCVLH
WIRHLRGETLTEEMGQQRPHGSKQL*NP*GYF*
PCYLHQ*V*ILIGEKIQNINAIIDTV*FGAKNP
KSKSRTQYFEASILNFINV*SL*HFWPYFSHPQC
RSNNTFLAELLIKFE*F*YLVNALHIVHEHIRK
HCGYIYN*FI*KNGSYYMKSTFVFLSLLMI*EI
QM*SYG*ISFHMIIEGYFSFSRMREAEIGLVREL
LALEVVIFDFGFQLSKREYIPSLWPISVYSRYI
IYNRSLCLFTLGKK*R*FKEKII*NTDWESVST
GNLNQ**S*KCPSQSTDDFQGNKTILFDTTMVKN
VIIHLLKSTEYITPRVRLNVNYGLWVIMMCQCK
FINYSKCTTQMGDVANGGGYACVGAECIWQQSP
AFLAAGTSFMEDNFSTDSWGNGGMIWG*NCETIP
PQINKH*LDSHKEHAT*ISCMHS*K*GSHSYEN
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VHGPGVGDLWDTSAPSAQFFCEPTTALK*GLFLK
RKREGNQL*S*MCKIKILV*KTVTLKCTTC*EA
FSNRVSNIFHIHFNDS*GKNPAFWSCVHLCVCV
CVCVCVCNIRGILNGIMTRVMQKSTNAAQLRLLP
QAALWKANLMIAVFY*KDVFKKYLRNVKIAELK
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MQFLNNYLSYLNYFRLHT*SVTSLILNITLFKIY
KISGSQRLVLVILALWRPIGEDCLKPGVQQLPG
QQSKTLSLQHKNKLMHGGTPVVPATLEAEARGV
LEPRSSILQWAKIVPLCSLQPRQQSRTPSLKVNK
*IKLTKF*KSNEICQVCTYHI*TRDLKN*TFYY
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HSE*HHRDATNKIQNMETSTR*TTPFLQQQFKRE
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I*F*CGNEIAVMFSKKSLYFRFS**NNYE*
Sequence HLA-DQA1.iAug05
GAAGATTCCAATTTAATGTCCTCCCTTTATTCATAGAACAATTCCTCAAGTCCACTCTGAGTAGAGGCTGCATCACAAGGGGATTGCCCCGTCTCCTTCCAGGGCTCTTAATACAAACTCTTCAACTAGTAACTGAGATGTCACCATAGGGGATTTTTCTAATTGGCCAAAACCTGACTTGGCAGGGTTTGGTTTGGGTG
TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT
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AGTTTTACGGTCCCTCTGGCCAGTACACCCATGAATTTGATGGAGATGAGCAGTTCTACGTGGACCTGGAGAGGAAGGAGACTGCCTGGCGGTGGCCTGA
GTTCAGCAAATTTGGAGGTTTTGACCCGCAGGGTGCACTGAGAAACATGGCTGTGGCAAAACACAACTTGAACATCATGATTAAACGCTACAACTCTACC
GCTGCTACCAATGGTATGCGTCCACCATTCTGCCTCTCTTTACTTAAGTTATCCCTCCATACCAGGGTTCATTATTTTCTTCCCAAGAGGTCCCCAGATC
TTCTTATGGCAATTGCTGAAATTTTATCATCTCCCATCTCTAAAATCACATATTCCCATGTAATACAAGGGTCTTTCCATTATGCATTCAGCAAATCCTT
CTAGGAGAGGTCTCATCAACCTCCTACTTTATTAAACATGCCCACAGAGAGAAGGGCACAGGAATAAAGCAGAGGCAATGTGTCGTTGCTCCCAAGCAGA
AGGTAAATAAGACCTCTTTGACTATCAGGTGGTGAAATGCTGGTAGGAGGGCTCTTCCAGGATGTAATGCAGAACTTCAGGGCAGAGCTATTCACACTTC
ACACCAGTGCTGTTTCCTCACCACAGAGGTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCGTGACACTGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTG
GACAACATCTTTCCTCCTGTGGTCAACATCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGAAGGTGTTTCTGAGACCAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATC
ATTCCTTCTTCAAGATCAGTTACCTCACCTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGCAAGGTGGAGCACTGGGGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAA
ACACTGGGAGCCTGAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTGTGCCCTGGGGTTGTCTGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGC
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TACAGTTGAAGCGGCAGTATGAAAGGAAGGAAAGTGGGAGGGCGTTGTGGACATGAATGTGGTTGAAAGTTGTAGGGGAATTGGGAAGTGGCATGATGAT
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TAATTCCTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATGAGATCTATGTCAAATTTTTCCATCTTTCATCCAGGGCTGACTG
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CAGTATAGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCTTGTGTTCCCACCCTTGGCACTGCCACCCACCCCTCAATTCAGG
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ATAATGTGGGTGTCTGAAAAGGAACAAATACTTATTCCTCACATAGGGTTAGTGACAATGGGAAAAGGGACGGGAGTAGAAGCCACAGACATATCTAGGA
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AGTGAATATGGCTACAGGATGTTTCTTGGAAACATGCCAATATCTTCAGAAATCCCCAGCCCTTTCCCCTAACCCCTCCTGACTAAGGAAAGCATGAGCT
TATGAGAGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGGGTGCTGTGTCCTCCACTGGATTCGCCATCTCCGAGGAGAAACT
CTCACAGAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCATGAGGATATTTCTAACCATGCTACCTGCATCAGTGAGTTTAAA
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AGCTAGTATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTTTTCTCATCCACAATGTAGGAGTAATAATACTTTCCTTGCAGAG
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TTTGGTTTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTTTATTCAAGGTATATCATATACAACAGATCTTTATGCCTGTTTA
CTTTGGGGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGGAATCAGTAAGCACAGGAAATCTGAACCAGTGATGATCATGAAA
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TCTCATAAGGAACATGCAACCTAGATCTCTTGCATGCACAGTTAAAAATAGGGTTCGCACTCCTATGAGAATCTAATGCCACCACTGATCTGACGGAAGG
CGGGGCTCAGTTGGTAATGCTGGCTCACCCACTGCGTGGTCCAGTTTCTAACAGGCCACCAACTGGTACTGGTCCATGGCCCGGGGGTTGGGGACCTCTG
GGATACCTCTGCACCTTCTGCTCAGTTTTTCTGTGAACCTACAACCGCTTTAAAATAAGGTCTATTTTTAAAAAGGAAAAGAGAAGGTAACCAATTATGA
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ATATACATTTCAATGATTCGTGAGGCAAGAACCCAGCATTTTGGAGTTGTGTGCATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTAATATAAG
GGGTATACTGAATGGCATAATGACCAGAGTCATGCAGAAATCTACAAATGCTGCCCAACTCAGACTCCTTCCTCAAGCAGCACTGTGGAAAGCAAATTTA
ATGATAGCAGTATTTTATTAAAAGGATGTATTCAAAAAATATTTACGTAATGTTAAAATAGCAGAATTAAAACTAATTCTAAAAAATAAGAGTAAATAGT
TCTTTTTATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTGCCTGATTTAAAATCATGCAATTCTTAAACAATTATTTGAGCTA
TTTGAATTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCACACTATTTAAAATTTACAAAATTAGTGGGTCACAGAGGCTCGTG
CTTGTGATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAACAGCTGCCTGGGCAACAAAGCAAGACCTTGTCTCTACAAC
ACAAAAATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTGAGGCAAGAGGAGTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAATACTTCAGTG
GGCTAAGATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATCTCTAAAAGTAAATAAATAAATAAAACTTACAAAATTTTAAAAA
TCAAATGAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAATTAAACATTTTATTACAAATGAAGCACTTCATGCACAGACTGGC
ACATAGTAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTCCAACTAACAAATCCCACAGTGAATGACATCACAGGGATGCAAC
CAACAAGATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCAACAATTCAAGAGAGAGAGAGAAGAGAAGCTATACATTTTAAAA
GGCTGAAGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGACTGTATTAAGGAATTATCTAATTTTAGTGTGGTAATGAGATTG
CTGTTATGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATGAATGAAA
- HLA-DQA1.F1 (forward primer)
- HLA-DQA1.R1 (reverse primer)
- Intron retention
Frame 0
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Frame 1
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GYTEWHNDQSHAEIYKCCPTQTPSSSSTVESKF
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LFIS*KCRAYYQ*GYRSTCLI*NHAILKQLFEL
FELFQITHIKCDFINT*YHTI*NLQN*WVTEAR
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G*DCATVLTPA*AAEQDSISKSK*INKTYKILK
IK*NMSGLYLPHLN*GLEELNILLQMKHFMHRLA
HSK*SIGVNNLCYCYFLESN*QIPQ*MTSQGCN
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CYVF*KVIIL*IFIIK*L*MK
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SYGNC*NFIISHL*NHIFPCNTRVFPLCIQQIL
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KVNKTSLTIRW*NAGRRALPGCNAELQGRAIHTS
HQCCFLTTEVPEVTVFSKSPVTLGQPNTLICLV
DNIFPPVVNITWLSNGQSVTEGVSETSFLSKSD
HSFFKISYLTFLPSADEIYDCKVEHWGLDQPLLK
HWEPEIPAPMSELTETVVCALGLSVGLMGIVVG
TVFIIQGLRSVGASRHQGPL*IPSWKGR*D*DW
LQLKRQYERKESGRALWT*MWLKVVGELGSGMMM
TQEPPRTH*SHVCPVAGASPSTGAEEWTC*MT*
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SQMPLHSFPDLLIFFFFSQMLPTKTCLG*ATRLP
NSSVTSI*NLQGSNKFLL*DLCQIFPSFIQG*L
KLWLIIGVLLCFNPI*PHFPDHFSCPVTQKPPS
TV*PDNMLIS*LTLIFLASLCSHPWHCHPPLNSG
NNEINGYRLPLAQNCYSKNFRTKK*VCTNFNVA
FKSMTEK*VRIKEI*ISKISKVKMYSQNFKFMK
NDDSRSLPLPLSP*DKNSLGRKRNGSQKNIRIRQ
*CGCLKRNKYLFLT*G**QWEKGRE*KPQTYLG
ALNRGAVCLTS*MKLY*ITM*LSLCHSGMKETV
**IWLQDVSWKHANIFRNPQPFPLTPPD*GKHEL
MRETLGRTTQLRQCSSSSGCCVLHWIRHLRGET
LTEEMGQQRPHGSKQL*NP*GYF*PCYLHQ*V*
ILIGEKIQNINAIIDTV*FGAKNPKSKSRTQYFE
ASILNFINV*SL*HFWPYFSHPQCRSNNTFLAE
LLIKFE*F*YLVNALHIVHEHIRKHCGYIYN*F
I*KNGSYYMKSTFVFLSLLMI*EIQM*SYG*ISF
HMIIEGYFSFSRMREAEIGLVRELLALEVVIFD
FGFQLSKREYIPSLWPISVYSRYIIYNRSLCLF
TLGKK*R*FKEKII*NTDWESVSTGNLNQ**S*K
CPSQSTDDFQGNKTILFDTTMVKNVIIHLLKST
EYITPRVRLNVNYGLWVIMMCQCKFINYSKCTT
QMGDVANGGGYACVGAECIWQQSPAFLAAGTSFM
EDNFSTDSWGNGGMIWG*NCETIPPQINKH*LD
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S*MCKIKILV*KTVTLKCTTC*EAFSNRVSNIF
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MIAVFY*KDVFKKYLRNVKIAELKLILKNKSK*
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HKNKLMHGGTPVVPATLEAEARGVLEPRSSILQW
AKIVPLCSLQPRQQSRTPSLKVNK*IKLTKF*K
SNEICQVCTYHI*TRDLKN*TFYYK*STSCTDW
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NKIQNMETSTR*TTPFLQQQFKREREEKLYILK
G*RNI*TKFV*GNQKN*HRLY*GII*F*CGNEI
AVMFSKKSLYFRFS**NNYE*
Sequence HLA-DQA1.kAug05
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TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT
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GAGCAGAAGAATGGACTTGCTAAATGACCTAGCACTATTCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCTCACCTTTTCTC
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AAATTTTTCCATCTTTCATCCAGGGCTGACTGAAACTATGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTCCCAGATCATTT
TTCATGTCCAGTAACACAGAAGCCACCAAGTACAGTATAGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCTTGTGTTCCCAC
CCTTGGCACTGCCACCCACCCCTCAATTCAGGCAACAATGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAATTTTAGAACCA
AAAAATAAGTCTGTACTAATTTCAATGTGGCTTTTAAAAGTATGACAGAGAAATAAGTTAGGATAAAGGAAATTTGAATCTCAAAAATATCAAAAGTAAA
AATGTATTCTCAAAACTTTAAATTTATGAAGAATGATGACAGTAGAAGCCTTCCTCTTCCCTTGTCACCTTGAGATAAAAATTCTTTAGGCAGGAAAAGA
AATGGAAGTCAGAAAAACATTAGAATAAGACAATAATGTGGGTGTCTGAAAAGGAACAAATACTTATTCCTCACATAGGGTTAGTGACAATGGGAAAAGG
GACGGGAGTAGAAGCCACAGACATATCTAGGAGCCCTGAATAGAGGCGCAGTCTGCCTCACCTCCTGAATGAAGCTGTACTAGATAACCATGTAGCTTTC
CCTGTGCCACTCTGGCATGAAGGAGACAGTATAGTGAATATGGCTACAGGATGTTTCTTGGAAACATGCCAATATCTTCAGAAATCCCCAGCCCTTTCCC
CTAACCCCTCCTGACTAAGGAAAGCATGAGCTTATGAGAGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGGGTGCTGTGTCC
TCCACTGGATTCGCCATCTCCGAGGAGAAACTCTCACAGAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCATGAGGATATTT
CTAACCATGCTACCTGCATCAGTGAGTTTAAATTTTAATTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTGGTGCAAAGAAC
CCTAAATCCAAATCCAGGACTCAGTACTTTGAAGCTAGTATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTTTTCTCATCCAC
AATGTAGGAGTAATAATACTTTCCTTGCAGAGTTATTGATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACATGAACACATAAG
AAAACATTGTGGTTATATTTATAATTAATTTATTTAAAAGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAATGATTTAGGAG
ATTCAAATGTAGAGCTATGGGTGAATTTCTTTTCATATGATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGGATTGGTAAGAG
AACTCTTAGCACTAGAAGTTGTAATATTTGACTTTGGTTTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTTTATTCAAGGTA
TATCATATACAACAGATCTTTATGCCTGTTTACTTTGGGGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGGAATCAGTAAGC
ACAGGAAATCTGAACCAGTGATGATCATGAAAATGTCCATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATACCACAATGGTGA
AAAATGTCATTATACATTTGCTCAAATCCACAGAATATATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATGATGTGCCAATG
TAAGTTCATAAATTATAGCAAATGTACCACTCAGATGGGAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCTGGCAGCAGTCC
CCAGCCTTTTTGGCAGCAGGGACCAGTTTTATGGAAGACAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAACTGTGAAACTA
TTCCACCTCAGATCAACAAGCATTAGTTAGATTCTCATAAGGAACATGCAACCTAGATCTCTTGCATGCACAGTTAAAAATAGGGTTCGCACTCCTATGA
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CTGGTCCATGGCCCGGGGGTTGGGGACCTCTGGGATACCTCTGCACCTTCTGCTCAGTTTTTCTGTGAACCTACAACCGCTTTAAAATAAGGTCTATTTT
TAAAAAGGAAAAGAGAAGGTAACCAATTATGATCCTAAATGTGTAAAATAAAAATTTTAGTATGAAAAACAGTCACATTAAAATGCACAACGTGCTAAGA
AGCTTTTAGCAATAGGGTTTCAAATATATTTCATATACATTTCAATGATTCGTGAGGCAAGAACCCAGCATTTTGGAGTTGTGTGCATTTGTGTGTGTGT
GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTAATATAAGGGGTATACTGAATGGCATAATGACCAGAGTCATGCAGAAATCTACAAATGCTGCCCAACTCAGACTCC
TTCCTCAAGCAGCACTGTGGAAAGCAAATTTAATGATAGCAGTATTTTATTAAAAGGATGTATTCAAAAAATATTTACGTAATGTTAAAATAGCAGAATT
AAAACTAATTCTAAAAAATAAGAGTAAATAGTTCTTTTTATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTGCCTGATTTAAA
ATCATGCAATTCTTAAACAATTATTTGAGCTATTTGAATTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCACACTATTTAAAA
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ATAAATAAATAAAACTTACAAAATTTTAAAAATCAAATGAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAATTAAACATTTTA
TTACAAATGAAGCACTTCATGCACAGACTGGCACATAGTAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTCCAACTAACAAA
TCCCACAGTGAATGACATCACAGGGATGCAACCAACAAGATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCAACAATTCAAGA
GAGAGAGAGAAGAGAAGCTATACATTTTAAAAGGCTGAAGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGACTGTATTAAGG
AATTATCTAATTTTAGTGTGGTAATGAGATTGCTGTTATGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATGAATGAAA
- HLA-DQA1.F1 (forward primer)
- HLA-DQA1.R1 (reverse primer)
- Intron retention
Frame 0
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LQISLS*GPHNYSTAQNTNC*GCLGKRMILNKA
LLLGALALTTVMSPCGGEDIVADHVASCGVNLY
QFYGPSGQYTHEFDGDEQFYVDLERKETAWRWPE
FSKFGGFDPQGALRNMAVARFLRSQCFPSLP*H
WVSPTPSFVLWTTSFLLWSTSHG*AMGSQSQKV
FLRPASSPRVIIPSSRSVTSPSSLLLMRFMTARW
STGAWTSLF*NTGSLRFQPLCQSSQRLWSVPWG
CLWASWALWWALSSSSKACVQLVLPDTKGHCES
HPGREGKIETGYS*SGSMKGRKVGGRCGHECG*K
L*GNWEVA***HRSPLGPIDLMSALLQVHRHLQ
EQKNGLAK*PSTILWPDLSYPFSPPNISPLTFS
LGLKLLYPLRAHKCLYILSLTS*FFFSFLKCYLQ
RHAWGKPPGYLIPQ*PPSKISKEAINSFYEIYV
KFFHLSSRAD*NYG**LGYSYVSIQFNLISQII
FHVQ*HRSHQVQYSLIIC*FLS*H*YFLLPCVPT
LGTATHPSIQATMKLMDTVCPWPRIVIAKILEP
KNKSVLISMWLLKV*QRNKLG*RKFESQKYQK*
KCILKTLNL*RMMTVEAFLFPCHLEIKIL*AGKE
MEVRKTLE*DNNVGV*KGTNTYSSHRVSDNGKR
DGSRSHRHI*EP*IEAQSASPPE*SCTR*PCSF
PCATLA*RRQYSEYGYRMFLGNMPISSEIPSPFP
*PLLTKESMSL*EKP*EEQHS*DNVAAAVGAVS
STGFAISEEKLSQRKWVSSDLMALNSYEIHEDI
SNHATCISEFKF*LEKKYKTLMQ*LIQYSLVQRT
LNPNPGLSTLKLVF*TL*MCEVSNISGLTFLIH
NVGVIILSLQSY**NLNNFDI*SMPYT*YMNT*
ENIVVIFIINLFKRMDHII*KALLFFSAS**FRR
FKCRAMGEFLFI**LKDIFLFPE*ERLRLDW*E
NS*H*KL*YLTLVFNSLRGNIFPPYGP*VFIQG
ISYTTDLYACLLWGRSEDSSRRK*FKTQTGNQ*A
QEI*TSDDHENVHHRAQMIFRAIKLFCLIPQW*
KMSLYICSNPQNI*HQELDLM*TMDFG***CAN
VSS*IIANVPLRWEMLLMGEAMHVWEQSVSGSSP
QPFWQQGPVLWKTIFPQIVGGMGV*SGDETVKL
FHLRSTSIS*ILIRNMQPRSLACTVKNRVRTPM
RI*CHH*SDGRRGSVGNAGSPTAWSSF*QATNWY
WSMARGLGTSGIPLHLLLSFSVNLQPL*NKVYF
*KGKEKVTNYDPKCVK*KF*YEKQSH*NAQRAK
KLLAIGFQIYFIYISMIREARTQHFGVVCICVCV
CVCVCVSVI*GVY*MA**PESCRNLQMLPNSDS
FLKQHCGKQI***QYFIKRMYSKNIYVMLK*QN
*N*F*KIRVNSSFYQLKM*GLLSIGLQIYLPDLK
SCNS*TII*AI*IISDYTHKV*LH*YLISHYLK
FTKLVGHRGSCL*S*HFGGQ*GRIA*SQEFNSC
LGNKARPCLYNTKIN*CMAALL*SQLL*RLRQEE
CLSPGVQYFSGLRLCHCAHSSLGSRAGLHL*K*
INK*NLQNFKNQMKYVRFVPTTFKLGT*RIKHF
ITNEALHAQTGT**VVDRC*QFVLLLFSGVQLTN
PTVNDITGMQPTRSRIWKLLLDKQLHFFSNNSR
EREKRSYTF*KAEEIYEPNLYEAIRKTDTDCIK
ELSNFSVVMRLLLCFLKSHYTLDFHNKIIMNE
Frame 1
KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPSRALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG
VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL
CCWGPSL*PP**APVEVKTLWLTTLPLVV*TCT
SFTVPLASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGL
SSANLEVLTRRVH*ETWLWQGS*GHSVFQVSRDT
GSAQHPHLSCGQHLSSCGQHHMAEQWAVSHRRC
F*DQLPLQE*SFLLQDQLPHLPPFC**DL*LQG
GALGPGPASSETLGA*DSSPYVRAHRDCGLCPGV
VCGPHGHCGGHCLHHPRPAFSWCFQTPRAIVNP
ILEGKVRLRLVTVEAAV*KEGKWEGVVDMNVVE
SCRGIGKWHDDDTGAPSDPLISCLPCCRCIAIYR
SRRMDLLNDLALFSGPIYHIPFLLQIFLLSPFL
WDLSCYIPSELTNAFTFFP*PPDFFFLFSNVTY
KDMPGVSHPAT*FLSNLHLKSPRKQ*IPFMRSMS
NFSIFHPGLTETMANNWGTLMFQSNLTSFPRSF
FMSSNTEATKYSIA**YVDFLADINISCFLVFP
PLALPPTPQFRQQ*N*WIPSALGPELL*QKF*NQ
KISLY*FQCGF*KYDREIS*DKGNLNLKNIKSK
NVFSKL*IYEE**Q*KPSSSLVTLR*KFFRQEK
KWKSEKH*NKTIMWVSEKEQILIPHIGLVTMGKG
TGVEATDISRSPE*RRSLPHLLNEAVLDNHVAF
PVPLWHEGDSIVNMATGCFLETCQYLQKSPALS
PNPS*LRKA*AYERNPRKNNTVETM*QQQWVLCP
PLDSPSPRRNSHRGNGSAATSWL*TAMKSMRIF
LTMLPASVSLNFNWRKNTKH*CNN*YSIVWCKE
P*IQIQDSVL*S*YFKLYKCVKSLTFLALLFSST
M*E**YFPCRVIDKI*IILIFSQCLTHST*THK
KTLWLYL*LIYLKEWIILYEKHFCFSQPLNDLG
DSNVELWVNFFSYDN*RIFFFFQNERG*DWIGKR
TLSTRSCNI*LWFSTL*EGIYSLLMAHKCLFKV
YHIQQIFMPVYFGEEVKIVQGENNLKHRLGISK
HRKSEPVMIMKMSITEHR*FSGQ*NYSV*YHNGE
KCHYTFAQIHRIYNTKS*T*CKLWTLGDNDVPM
*VHKL*QMYHSDGRCC*WGRLCMCGSRVYLAAV
PSLFGSRDQFYGRQFFHR*LGEWGYDLGMKL*NY
STSDQQALVRFS*GTCNLDLLHAQLKIGFALL*
ESNATTDLTEGGAQLVMLAHPLRGPVSNRPPTG
TGPWPGGWGPLGYLCTFCSVFL*TYNRFKIRSIF
KKEKRR*PIMILNV*NKNFSMKNSHIKMHNVLR
SF*Q*GFKYISYTFQ*FVRQEPSILELCAFVCV
CVCVCVCL*YKGYTEWHNDQSHAEIYKCCPTQTP
SSSSTVESKFNDSSILLKGCIQKIFT*C*NSRI
KTNSKK*E*IVLFIS*KCRAYYQ*GYRSTCLI*
NHAILKQLFELFELFQITHIKCDFINT*YHTI*N
LQN*WVTEARACDLSTLEANRGGLLEARSSTAA
WATKQDLVSTTQK*INAWRHSCSPSYSRG*GKR
SA*AQEFNTSVG*DCATVLTPA*AAEQDSISKSK
*INKTYKILKIK*NMSGLYLPHLN*GLEELNIL
LQMKHFMHRLAHSK*SIGVNNLCYCYFLESN*Q
IPQ*MTSQGCNQQDPEYGNFY*INNSISSATIQE
RERREAIHFKRLKKYMNQICMRQSEKLTPTVLR
NYLILVW**DCCYVF*KVIIL*IFIIK*L*MK
Frame 2
RFQFNVLPLFIEQFLKSTLSRGCITRGLPRLLPGLLIQTLQLVTEMSP*GIFLIGQNLTWQGLVWV
SSDFLVLRSSQLLYSSEHQLLRLPWEEDDPKQS
SAAGGPRSDHRDEPLWR*RHCG*PRCLLWCKLVP
VLRSLWPVHP*I*WR*AVLRGPGEEGDCLAVA*
VQQIWRF*PAGCTEKHGCGKVPEVTVFSKSPVT
LGQPNTLICLVDNIFPPVVNITWLSNGQSVTEGV
SETSFLSKSDHSFFKISYLTFLPSADEIYDCKV
EHWGLDQPLLKHWEPEIPAPMSELTETVVCALG
LSVGLMGIVVGTVFIIQGLRSVGASRHQGPL*IP
SWKGR*D*DWLQLKRQYERKESGRALWT*MWLK
VVGELGSGMMMTQEPPRTH*SHVCPVAGASPST
GAEEWTC*MT*HYSLARFIISLFSSKYFSSHLFS
GT*AAISPQSSQMPLHSFPDLLIFFFFSQMLPT
KTCLG*ATRLPNSSVTSI*NLQGSNKFLL*DLC
QIFPSFIQG*LKLWLIIGVLLCFNPI*PHFPDHF
SCPVTQKPPSTV*PDNMLIS*LTLIFLASLCSH
PWHCHPPLNSGNNEINGYRLPLAQNCYSKNFRT
KK*VCTNFNVAFKSMTEK*VRIKEI*ISKISKVK
MYSQNFKFMKNDDSRSLPLPLSP*DKNSLGRKR
NGSQKNIRIRQ*CGCLKRNKYLFLT*G**QWEK
GRE*KPQTYLGALNRGAVCLTS*MKLY*ITM*LS
LCHSGMKETV**IWLQDVSWKHANIFRNPQPFP
LTPPD*GKHELMRETLGRTTQLRQCSSSSGCCV
LHWIRHLRGETLTEEMGQQRPHGSKQL*NP*GYF
*PCYLHQ*V*ILIGEKIQNINAIIDTV*FGAKN
PKSKSRTQYFEASILNFINV*SL*HFWPYFSHP
QCRSNNTFLAELLIKFE*F*YLVNALHIVHEHIR
KHCGYIYN*FI*KNGSYYMKSTFVFLSLLMI*E
IQM*SYG*ISFHMIIEGYFSFSRMREAEIGLVR
ELLALEVVIFDFGFQLSKREYIPSLWPISVYSRY
IIYNRSLCLFTLGKK*R*FKEKII*NTDWESVS
TGNLNQ**S*KCPSQSTDDFQGNKTILFDTTMV
KNVIIHLLKSTEYITPRVRLNVNYGLWVIMMCQC
KFINYSKCTTQMGDVANGGGYACVGAECIWQQS
PAFLAAGTSFMEDNFSTDSWGNGGMIWG*NCET
IPPQINKH*LDSHKEHAT*ISCMHS*K*GSHSYE
NLMPPLI*RKAGLSW*CWLTHCVVQFLTGHQLV
LVHGPGVGDLWDTSAPSAQFFCEPTTALK*GLF
LKRKREGNQL*S*MCKIKILV*KTVTLKCTTC*E
AFSNRVSNIFHIHFNDS*GKNPAFWSCVHLCVC
VCVCVCVCNIRGILNGIMTRVMQKSTNAAQLRL
LPQAALWKANLMIAVFY*KDVFKKYLRNVKIAEL
KLILKNKSK*FFLSAKNVGPTINRVTDLPA*FK
IMQFLNNYLSYLNYFRLHT*SVTSLILNITLFK
IYKISGSQRLVLVILALWRPIGEDCLKPGVQQLP
GQQSKTLSLQHKNKLMHGGTPVVPATLEAEARG
VLEPRSSILQWAKIVPLCSLQPRQQSRTPSLKV
NK*IKLTKF*KSNEICQVCTYHI*TRDLKN*TFY
YK*STSCTDWHIVSSR*VLTICVIVIFWSPTNK
SHSE*HHRDATNKIQNMETSTR*TTPFLQQQFK
REREEKLYILKG*RNI*TKFV*GNQKN*HRLY*G
II*F*CGNEIAVMFSKKSLYFRFS**NNYE*
Sequence HLA-DQA1.lAug05
GAAGATTCCAATTTAATGTCCTCCCTTTATTCATAGAACAATTCCTCAAGTCCACTCTGAGTAGAGGCTGCATCACAAGGGGATTGCCCCGTCTCCTTCCAGGGCTCTTAATACAAACTCTTCAACTAGTAACTGAGATGTCACCATAGGGGATTTTTCTAATTGGCCAAAACCTGACTTGGCAGGGTTTGGTTTGGGTG
TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT
CTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGTGATGAGCCCCTGTGGAGGTGAAGACATTGTGGAGGTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCG
TGACACTGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTGGACAACATCTTTCCTCCTGTGGTCAACATCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGA
AGGTGTTTCTGAGACCAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATCATTCCTTCTTCAAGATCAGTTACCTCACCTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGC
AAGGTGGAGCACTGGGGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAAACACTGGGGTAAGGATGAGTTTCATCATTTTTTGATTCTTTCTTGTCTGTCAAGTTCAGAAC
TTCCTGCCTTTTACTCCTATATCCAAAAACTTGTTTTCCACACTTCATGGGTTTCTTTTCTGTCTCTCTTTTTTTTTTGAAAGAATAAAGCAAAAAAAGC
AGAGATTTATTGAAAATGAAAGTACACTCTACAGGATGGGAGTGGGCCTGCCACTTCATGGTTTTCTAATGATAGACTTCACTCTTCTCCCTAAGCCTGG
GGCCTTGAGTCTTTGCAGAGCCAACCCTCTACCCCATCCCATCCCACACACATGCACATGAGCACACTCTGCATTCTGACCTCAACAACTTCACTTCCAC
AGAGCCTGAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTGTGCCCTGGGGTTGTCTGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGCACTGTC
TTCATCATCCAAGGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCATTGTGAATCCCATCCTGGAAGGGAAGGTAAGATTGAGACTGGTTACAGT
TGAAGCGGCAGTATGAAAGGAAGGAAAGTGGGAGGGCGTTGTGGACATGAATGTGGTTGAAAGTTGTAGGGGAATTGGGAAGTGGCATGATGATGACACA
GGAGCCCCCTCGGACCCATTGATCTCATGTCTGCCCTGTTGCAGGTGCATCGCCATCTACAGGAGCAGAAGAATGGACTTGCTAAATGACCTAGCACTAT
TCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCTCACCTTTTCTCTGGGACTTAAGCTGCTATATCCCCTCAGAGCTCACAAA
TGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAATGTTACCTACAAAGACATGCCTGGGGTAAGCCACCCGGCTACCTAATTC
CTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATGAGATCTATGTCAAATTTTTCCATCTTTCATCCAGGGCTGACTGAAACTA
TGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTCCCAGATCATTTTTCATGTCCAGTAACACAGAAGCCACCAAGTACAGTAT
AGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCTTGTGTTCCCACCCTTGGCACTGCCACCCACCCCTCAATTCAGGCAACAA
TGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAATTTTAGAACCAAAAAATAAGTCTGTACTAATTTCAATGTGGCTTTTAAA
AGTATGACAGAGAAATAAGTTAGGATAAAGGAAATTTGAATCTCAAAAATATCAAAAGTAAAAATGTATTCTCAAAACTTTAAATTTATGAAGAATGATG
ACAGTAGAAGCCTTCCTCTTCCCTTGTCACCTTGAGATAAAAATTCTTTAGGCAGGAAAAGAAATGGAAGTCAGAAAAACATTAGAATAAGACAATAATG
TGGGTGTCTGAAAAGGAACAAATACTTATTCCTCACATAGGGTTAGTGACAATGGGAAAAGGGACGGGAGTAGAAGCCACAGACATATCTAGGAGCCCTG
AATAGAGGCGCAGTCTGCCTCACCTCCTGAATGAAGCTGTACTAGATAACCATGTAGCTTTCCCTGTGCCACTCTGGCATGAAGGAGACAGTATAGTGAA
TATGGCTACAGGATGTTTCTTGGAAACATGCCAATATCTTCAGAAATCCCCAGCCCTTTCCCCTAACCCCTCCTGACTAAGGAAAGCATGAGCTTATGAG
AGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGGGTGCTGTGTCCTCCACTGGATTCGCCATCTCCGAGGAGAAACTCTCACA
GAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCATGAGGATATTTCTAACCATGCTACCTGCATCAGTGAGTTTAAATTTTAA
TTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTGGTGCAAAGAACCCTAAATCCAAATCCAGGACTCAGTACTTTGAAGCTAG
TATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTTTTCTCATCCACAATGTAGGAGTAATAATACTTTCCTTGCAGAGTTATTG
ATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACATGAACACATAAGAAAACATTGTGGTTATATTTATAATTAATTTATTTAAA
AGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAATGATTTAGGAGATTCAAATGTAGAGCTATGGGTGAATTTCTTTTCATAT
GATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGGATTGGTAAGAGAACTCTTAGCACTAGAAGTTGTAATATTTGACTTTGGT
TTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTTTATTCAAGGTATATCATATACAACAGATCTTTATGCCTGTTTACTTTGG
GGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGGAATCAGTAAGCACAGGAAATCTGAACCAGTGATGATCATGAAAATGTCC
ATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATACCACAATGGTGAAAAATGTCATTATACATTTGCTCAAATCCACAGAATAT
ATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATGATGTGCCAATGTAAGTTCATAAATTATAGCAAATGTACCACTCAGATGG
GAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCTGGCAGCAGTCCCCAGCCTTTTTGGCAGCAGGGACCAGTTTTATGGAAGA
CAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAACTGTGAAACTATTCCACCTCAGATCAACAAGCATTAGTTAGATTCTCAT
AAGGAACATGCAACCTAGATCTCTTGCATGCACAGTTAAAAATAGGGTTCGCACTCCTATGAGAATCTAATGCCACCACTGATCTGACGGAAGGCGGGGC
TCAGTTGGTAATGCTGGCTCACCCACTGCGTGGTCCAGTTTCTAACAGGCCACCAACTGGTACTGGTCCATGGCCCGGGGGTTGGGGACCTCTGGGATAC
CTCTGCACCTTCTGCTCAGTTTTTCTGTGAACCTACAACCGCTTTAAAATAAGGTCTATTTTTAAAAAGGAAAAGAGAAGGTAACCAATTATGATCCTAA
ATGTGTAAAATAAAAATTTTAGTATGAAAAACAGTCACATTAAAATGCACAACGTGCTAAGAAGCTTTTAGCAATAGGGTTTCAAATATATTTCATATAC
ATTTCAATGATTCGTGAGGCAAGAACCCAGCATTTTGGAGTTGTGTGCATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTAATATAAGGGGTAT
ACTGAATGGCATAATGACCAGAGTCATGCAGAAATCTACAAATGCTGCCCAACTCAGACTCCTTCCTCAAGCAGCACTGTGGAAAGCAAATTTAATGATA
GCAGTATTTTATTAAAAGGATGTATTCAAAAAATATTTACGTAATGTTAAAATAGCAGAATTAAAACTAATTCTAAAAAATAAGAGTAAATAGTTCTTTT
TATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTGCCTGATTTAAAATCATGCAATTCTTAAACAATTATTTGAGCTATTTGAA
TTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCACACTATTTAAAATTTACAAAATTAGTGGGTCACAGAGGCTCGTGCTTGTG
ATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAACAGCTGCCTGGGCAACAAAGCAAGACCTTGTCTCTACAACACAAAA
ATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTGAGGCAAGAGGAGTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAATACTTCAGTGGGCTAA
GATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATCTCTAAAAGTAAATAAATAAATAAAACTTACAAAATTTTAAAAATCAAAT
GAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAATTAAACATTTTATTACAAATGAAGCACTTCATGCACAGACTGGCACATAG
TAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTCCAACTAACAAATCCCACAGTGAATGACATCACAGGGATGCAACCAACAA
GATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCAACAATTCAAGAGAGAGAGAGAAGAGAAGCTATACATTTTAAAAGGCTGA
AGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGACTGTATTAAGGAATTATCTAATTTTAGTGTGGTAATGAGATTGCTGTTA
TGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATGAATGAAA
- HLA-DQA1.F1 (forward primer)
- HLA-DQA1.R1 (reverse primer)
- Intron retention
Frame 0
EDSNLMSSLYS*NNSSSPL*VEAASQGDCPVSFQGS*YKLFN**LRCHHRGFF*LAKT*LGRVWFGC
LQISLS*GPHNYSTAQNTNC*GCLGKRMILNKA
LLLGALALTTVMSPCGGEDIVEVPEVTVFSKSP
VTLGQPNTLICLVDNIFPPVVNITWLSNGQSVTE
GVSETSFLSKSDHSFFKISYLTFLPSADEIYDC
KVEHWGLDQPLLKHWGKDEFHHFLILSCLSSSE
LPAFYSYIQKLVFHTSWVSFLSLFFF*KNKAKKA
EIY*K*KYTLQDGSGPATSWFSNDRLHSSP*AW
GLESLQSQPSTPSHPTHMHMSTLCILTSTTSLP
QSLRFQPLCQSSQRLWSVPWGCLWASWALWWALS
SSSKACVQLVLPDTKGHCESHPGREGKIETGYS
*SGSMKGRKVGGRCGHECG*KL*GNWEVA***H
RSPLGPIDLMSALLQVHRHLQEQKNGLAK*PSTI
LWPDLSYPFSPPNISPLTFSLGLKLLYPLRAHK
CLYILSLTS*FFFSFLKCYLQRHAWGKPPGYLI
PQ*PPSKISKEAINSFYEIYVKFFHLSSRAD*NY
G**LGYSYVSIQFNLISQIIFHVQ*HRSHQVQY
SLIIC*FLS*H*YFLLPCVPTLGTATHPSIQAT
MKLMDTVCPWPRIVIAKILEPKNKSVLISMWLLK
V*QRNKLG*RKFESQKYQK*KCILKTLNL*RMM
TVEAFLFPCHLEIKIL*AGKEMEVRKTLE*DNN
VGV*KGTNTYSSHRVSDNGKRDGSRSHRHI*EP*
IEAQSASPPE*SCTR*PCSFPCATLA*RRQYSE
YGYRMFLGNMPISSEIPSPFP*PLLTKESMSL*
EKP*EEQHS*DNVAAAVGAVSSTGFAISEEKLSQ
RKWVSSDLMALNSYEIHEDISNHATCISEFKF*
LEKKYKTLMQ*LIQYSLVQRTLNPNPGLSTLKL
VF*TL*MCEVSNISGLTFLIHNVGVIILSLQSY*
*NLNNFDI*SMPYT*YMNT*ENIVVIFIINLFK
RMDHII*KALLFFSAS**FRRFKCRAMGEFLFI
**LKDIFLFPE*ERLRLDW*ENS*H*KL*YLTLV
FNSLRGNIFPPYGP*VFIQGISYTTDLYACLLW
GRSEDSSRRK*FKTQTGNQ*AQEI*TSDDHENV
HHRAQMIFRAIKLFCLIPQW*KMSLYICSNPQNI
*HQELDLM*TMDFG***CANVSS*IIANVPLRW
EMLLMGEAMHVWEQSVSGSSPQPFWQQGPVLWK
TIFPQIVGGMGV*SGDETVKLFHLRSTSIS*ILI
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SVGNAGSPTAWSSF*QATNWYWSMARGLGTSGI
PLHLLLSFSVNLQPL*NKVYF*KGKEKVTNYDPK
CVK*KF*YEKQSH*NAQRAKKLLAIGFQIYFIY
ISMIREARTQHFGVVCICVCVCVCVCVSVI*GV
Y*MA**PESCRNLQMLPNSDSFLKQHCGKQI***
QYFIKRMYSKNIYVMLK*QN*N*F*KIRVNSSF
YQLKM*GLLSIGLQIYLPDLKSCNS*TII*AI*
IISDYTHKV*LH*YLISHYLKFTKLVGHRGSCL*
S*HFGGQ*GRIA*SQEFNSCLGNKARPCLYNTK
IN*CMAALL*SQLL*RLRQEECLSPGVQYFSGL
RLCHCAHSSLGSRAGLHL*K*INK*NLQNFKNQM
KYVRFVPTTFKLGT*RIKHFITNEALHAQTGT*
*VVDRC*QFVLLLFSGVQLTNPTVNDITGMQPT
RSRIWKLLLDKQLHFFSNNSREREKRSYTF*KAE
EIYEPNLYEAIRKTDTDCIKELSNFSVVMRLLL
CFLKSHYTLDFHNKIIMNE
Frame 1
KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPSRALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG
VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL
CCWGPSL*PP**APVEVKTLWRFLRSQCFPSLP
*HWVSPTPSFVLWTTSFLLWSTSHG*AMGSQSQ
KVFLRPASSPRVIIPSSRSVTSPSSLLLMRFMTA
RWSTGAWTSLF*NTGVRMSFIIF*FFLVCQVQN
FLPFTPISKNLFSTLHGFLFCLSFFFERIKQKK
QRFIENESTLYRMGVGLPLHGFLMIDFTLLPKPG
ALSLCRANPLPHPIPHTCT*AHSAF*PQQLHFH
RA*DSSPYVRAHRDCGLCPGVVCGPHGHCGGHC
LHHPRPAFSWCFQTPRAIVNPILEGKVRLRLVTV
EAAV*KEGKWEGVVDMNVVESCRGIGKWHDDDT
GAPSDPLISCLPCCRCIAIYRSRRMDLLNDLAL
FSGPIYHIPFLLQIFLLSPFLWDLSCYIPSELTN
AFTFFP*PPDFFFLFSNVTYKDMPGVSHPAT*F
LSNLHLKSPRKQ*IPFMRSMSNFSIFHPGLTET
MANNWGTLMFQSNLTSFPRSFFMSSNTEATKYSI
A**YVDFLADINISCFLVFPPLALPPTPQFRQQ
*N*WIPSALGPELL*QKF*NQKISLY*FQCGF*
KYDREIS*DKGNLNLKNIKSKNVFSKL*IYEE**
Q*KPSSSLVTLR*KFFRQEKKWKSEKH*NKTIM
WVSEKEQILIPHIGLVTMGKGTGVEATDISRSP
E*RRSLPHLLNEAVLDNHVAFPVPLWHEGDSIVN
MATGCFLETCQYLQKSPALSPNPS*LRKA*AYE
RNPRKNNTVETM*QQQWVLCPPLDSPSPRRNSH
RGNGSAATSWL*TAMKSMRIFLTMLPASVSLNFN
WRKNTKH*CNN*YSIVWCKEP*IQIQDSVL*S*
YFKLYKCVKSLTFLALLFSSTM*E**YFPCRVI
DKI*IILIFSQCLTHST*THKKTLWLYL*LIYLK
EWIILYEKHFCFSQPLNDLGDSNVELWVNFFSY
DN*RIFFFFQNERG*DWIGKRTLSTRSCNI*LW
FSTL*EGIYSLLMAHKCLFKVYHIQQIFMPVYFG
EEVKIVQGENNLKHRLGISKHRKSEPVMIMKMS
ITEHR*FSGQ*NYSV*YHNGEKCHYTFAQIHRI
YNTKS*T*CKLWTLGDNDVPM*VHKL*QMYHSDG
RCC*WGRLCMCGSRVYLAAVPSLFGSRDQFYGR
QFFHR*LGEWGYDLGMKL*NYSTSDQQALVRFS
*GTCNLDLLHAQLKIGFALL*ESNATTDLTEGGA
QLVMLAHPLRGPVSNRPPTGTGPWPGGWGPLGY
LCTFCSVFL*TYNRFKIRSIFKKEKRR*PIMIL
NV*NKNFSMKNSHIKMHNVLRSF*Q*GFKYISYT
FQ*FVRQEPSILELCAFVCVCVCVCVCL*YKGY
TEWHNDQSHAEIYKCCPTQTPSSSSTVESKFND
SSILLKGCIQKIFT*C*NSRIKTNSKK*E*IVLF
IS*KCRAYYQ*GYRSTCLI*NHAILKQLFELFE
LFQITHIKCDFINT*YHTI*NLQN*WVTEARAC
DLSTLEANRGGLLEARSSTAAWATKQDLVSTTQK
*INAWRHSCSPSYSRG*GKRSA*AQEFNTSVG*
DCATVLTPA*AAEQDSISKSK*INKTYKILKIK
*NMSGLYLPHLN*GLEELNILLQMKHFMHRLAHS
K*SIGVNNLCYCYFLESN*QIPQ*MTSQGCNQQ
DPEYGNFY*INNSISSATIQERERREAIHFKRL
KKYMNQICMRQSEKLTPTVLRNYLILVW**DCCY
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Frame 2
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