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Sequence HLA-DQA1.jAug05

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CCGAGGAGAAACTCTCACAGAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCATGAGGATATTTCTAACCATGCTACCTGCAT CAGTGAGTTTAAATTTTAATTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTGGTGCAAAGAACCCTAAATCCAAATCCAGGA CTCAGTACTTTGAAGCTAGTATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTTTTCTCATCCACAATGTAGGAGTAATAATAC TTTCCTTGCAGAGTTATTGATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACATGAACACATAAGAAAACATTGTGGTTATATT TATAATTAATTTATTTAAAAGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAATGATTTAGGAGATTCAAATGTAGAGCTATG GGTGAATTTCTTTTCATATGATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGGATTGGTAAGAGAACTCTTAGCACTAGAAGT TGTAATATTTGACTTTGGTTTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTTTATTCAAGGTATATCATATACAACAGATCT TTATGCCTGTTTACTTTGGGGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGGAATCAGTAAGCACAGGAAATCTGAACCAGT GATGATCATGAAAATGTCCATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATACCACAATGGTGAAAAATGTCATTATACATTT GCTCAAATCCACAGAATATATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATGATGTGCCAATGTAAGTTCATAAATTATAGC AAATGTACCACTCAGATGGGAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCTGGCAGCAGTCCCCAGCCTTTTTGGCAGCAG GGACCAGTTTTATGGAAGACAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAACTGTGAAACTATTCCACCTCAGATCAACAA GCATTAGTTAGATTCTCATAAGGAACATGCAACCTAGATCTCTTGCATGCACAGTTAAAAATAGGGTTCGCACTCCTATGAGAATCTAATGCCACCACTG ATCTGACGGAAGGCGGGGCTCAGTTGGTAATGCTGGCTCACCCACTGCGTGGTCCAGTTTCTAACAGGCCACCAACTGGTACTGGTCCATGGCCCGGGGG TTGGGGACCTCTGGGATACCTCTGCACCTTCTGCTCAGTTTTTCTGTGAACCTACAACCGCTTTAAAATAAGGTCTATTTTTAAAAAGGAAAAGAGAAGG TAACCAATTATGATCCTAAATGTGTAAAATAAAAATTTTAGTATGAAAAACAGTCACATTAAAATGCACAACGTGCTAAGAAGCTTTTAGCAATAGGGTT TCAAATATATTTCATATACATTTCAATGATTCGTGAGGCAAGAACCCAGCATTTTGGAGTTGTGTGCATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG TCTGTAATATAAGGGGTATACTGAATGGCATAATGACCAGAGTCATGCAGAAATCTACAAATGCTGCCCAACTCAGACTCCTTCCTCAAGCAGCACTGTG GAAAGCAAATTTAATGATAGCAGTATTTTATTAAAAGGATGTATTCAAAAAATATTTACGTAATGTTAAAATAGCAGAATTAAAACTAATTCTAAAAAAT AAGAGTAAATAGTTCTTTTTATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTGCCTGATTTAAAATCATGCAATTCTTAAACA ATTATTTGAGCTATTTGAATTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCACACTATTTAAAATTTACAAAATTAGTGGGTC ACAGAGGCTCGTGCTTGTGATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAACAGCTGCCTGGGCAACAAAGCAAGACC TTGTCTCTACAACACAAAAATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTGAGGCAAGAGGAGTGCTTGAGCCCAGGAGTT CAATACTTCAGTGGGCTAAGATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATCTCTAAAAGTAAATAAATAAATAAAACTTAC AAAATTTTAAAAATCAAATGAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAATTAAACATTTTATTACAAATGAAGCACTTCA TGCACAGACTGGCACATAGTAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTCCAACTAACAAATCCCACAGTGAATGACATC ACAGGGATGCAACCAACAAGATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCAACAATTCAAGAGAGAGAGAGAAGAGAAGCT ATACATTTTAAAAGGCTGAAGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGACTGTATTAAGGAATTATCTAATTTTAGTGT GGTAATGAGATTGCTGTTATGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATGAATGAAA

HLA-DQA1.F1 (forward primer)
HLA-DQA1.R1 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

EDSNLMSSLYS*NNSSSPL*VEAASQGDCPVSF QGS*YKLFN**LRCHHRGFF*LAKT*LGRVWFGC LQISLS*GPHNYSTAQNTNC*GCLGKRMILNKA LLLGALALTTVMSPCGGEDIVADHVASCGVNLY QFYGPSGQYTHEFDGDEQFYVDLERKETAWRWPE FSKFGGFDPQGALRNMAVAKHNLNIMIKRYNST AATNGMRPPFCLSLLKLSLHTRVHYFLPKRSPD LLMAIAEILSSPISKITYSHVIQGSFHYAFSKSF *ERSHQPPTLLNMPTERRAQE*SRGNVSLLPSR R*IRPL*LSGGEMLVGGLFQDVMQNFRAELFTL HTSAVSSPQRFLRSQCFPSLP*HWVSPTPSFVLW TTSFLLWSTSHG*AMGSQSQKVFLRPASSPRVI IPSSRSVTSPSSLLLMRFMTARWSTGAWTSLF* NTGSLRFQPLCQSSQRLWSVPWGCLWASWALWWA LSSSSKACVQLVLPDTKGHCECIAIYRSRRMDL LNDLALFSGPIYHIPFLLQIFLLSPFLWDLSCY IPSELTNAFTFFP*PPDFFFLFSNVTYKDMPGVS HPAT*FLSNLHLKSPRKQ*IPFMRSMSNFSIFH PGLTETMANNWGTLMFQSNLTSFPRSFFMSSNT EATKYSIA**YVDFLADINISCFLVFPPLALPPT PQFRQQ*N*WIPSALGPELL*QKF*NQKISLY* FQCGF*KYDREIS*DKGNLNLKNIKSKNVFSKL *IYEE**Q*KPSSSLVTLR*KFFRQEKKWKSEKH *NKTIMWVSEKEQILIPHIGLVTMGKGTGVEAT DISRSPE*RRSLPHLLNEAVLDNHVAFPVPLWH EGDSIVNMATGCFLETCQYLQKSPALSPNPS*LR KA*AYERNPRKNNTVETM*QQQWVLCPPLDSPS PRRNSHRGNGSAATSWL*TAMKSMRIFLTMLPA SVSLNFNWRKNTKH*CNN*YSIVWCKEP*IQIQD SVL*S*YFKLYKCVKSLTFLALLFSSTM*E**Y FPCRVIDKI*IILIFSQCLTHST*THKKTLWLY L*LIYLKEWIILYEKHFCFSQPLNDLGDSNVELW VNFFSYDN*RIFFFFQNERG*DWIGKRTLSTRS CNI*LWFSTL*EGIYSLLMAHKCLFKVYHIQQI FMPVYFGEEVKIVQGENNLKHRLGISKHRKSEPV MIMKMSITEHR*FSGQ*NYSV*YHNGEKCHYTF AQIHRIYNTKS*T*CKLWTLGDNDVPM*VHKL* QMYHSDGRCC*WGRLCMCGSRVYLAAVPSLFGSR DQFYGRQFFHR*LGEWGYDLGMKL*NYSTSDQQ ALVRFS*GTCNLDLLHAQLKIGFALL*ESNATT DLTEGGAQLVMLAHPLRGPVSNRPPTGTGPWPGG WGPLGYLCTFCSVFL*TYNRFKIRSIFKKEKRR *PIMILNV*NKNFSMKNSHIKMHNVLRSF*Q*G FKYISYTFQ*FVRQEPSILELCAFVCVCVCVCVC L*YKGYTEWHNDQSHAEIYKCCPTQTPSSSSTV ESKFNDSSILLKGCIQKIFT*C*NSRIKTNSKK *E*IVLFIS*KCRAYYQ*GYRSTCLI*NHAILKQ LFELFELFQITHIKCDFINT*YHTI*NLQN*WV TEARACDLSTLEANRGGLLEARSSTAAWATKQD LVSTTQK*INAWRHSCSPSYSRG*GKRSA*AQEF NTSVG*DCATVLTPA*AAEQDSISKSK*INKTY KILKIK*NMSGLYLPHLN*GLEELNILLQMKHF MHRLAHSK*SIGVNNLCYCYFLESN*QIPQ*MTS QGCNQQDPEYGNFY*INNSISSATIQERERREA IHFKRLKKYMNQICMRQSEKLTPTVLRNYLILV W**DCCYVF*KVIIL*IFIIK*L*MK

Frame 1

KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPS RALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL CCWGPSL*PP**APVEVKTLWLTTLPLVV*TCT SFTVPLASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGL SSANLEVLTRRVH*ETWLWQNTT*TS*LNATTLP LLPMVCVHHSASLYLSYPSIPGFIIFFPRGPQI FLWQLLKFYHLPSLKSHIPM*YKGLSIMHSANP SRRGLINLLLY*TCPQREGHRNKAEAMCRCSQAE GK*DLFDYQVVKCW*EGSSRM*CRTSGQSYSHF TPVLFPHHRGS*GHSVFQVSRDTGSAQHPHLSC GQHLSSCGQHHMAEQWAVSHRRCF*DQLPLQE*S FLLQDQLPHLPPFC**DL*LQGGALGPGPASSE TLGA*DSSPYVRAHRDCGLCPGVVCGPHGHCGG HCLHHPRPAFSWCFQTPRAIVSASPSTGAEEWTC *MT*HYSLARFIISLFSSKYFSSHLFSGT*AAI SPQSSQMPLHSFPDLLIFFFFSQMLPTKTCLG* ATRLPNSSVTSI*NLQGSNKFLL*DLCQIFPSFI QG*LKLWLIIGVLLCFNPI*PHFPDHFSCPVTQ KPPSTV*PDNMLIS*LTLIFLASLCSHPWHCHP PLNSGNNEINGYRLPLAQNCYSKNFRTKK*VCTN FNVAFKSMTEK*VRIKEI*ISKISKVKMYSQNF KFMKNDDSRSLPLPLSP*DKNSLGRKRNGSQKN IRIRQ*CGCLKRNKYLFLT*G**QWEKGRE*KPQ TYLGALNRGAVCLTS*MKLY*ITM*LSLCHSGM KETV**IWLQDVSWKHANIFRNPQPFPLTPPD* GKHELMRETLGRTTQLRQCSSSSGCCVLHWIRHL RGETLTEEMGQQRPHGSKQL*NP*GYF*PCYLH Q*V*ILIGEKIQNINAIIDTV*FGAKNPKSKSR TQYFEASILNFINV*SL*HFWPYFSHPQCRSNNT FLAELLIKFE*F*YLVNALHIVHEHIRKHCGYI YN*FI*KNGSYYMKSTFVFLSLLMI*EIQM*SY G*ISFHMIIEGYFSFSRMREAEIGLVRELLALEV VIFDFGFQLSKREYIPSLWPISVYSRYIIYNRS LCLFTLGKK*R*FKEKII*NTDWESVSTGNLNQ **S*KCPSQSTDDFQGNKTILFDTTMVKNVIIHL LKSTEYITPRVRLNVNYGLWVIMMCQCKFINYS KCTTQMGDVANGGGYACVGAECIWQQSPAFLAA GTSFMEDNFSTDSWGNGGMIWG*NCETIPPQINK H*LDSHKEHAT*ISCMHS*K*GSHSYENLMPPL I*RKAGLSW*CWLTHCVVQFLTGHQLVLVHGPG VGDLWDTSAPSAQFFCEPTTALK*GLFLKRKREG NQL*S*MCKIKILV*KTVTLKCTTC*EAFSNRV SNIFHIHFNDS*GKNPAFWSCVHLCVCVCVCVC VCNIRGILNGIMTRVMQKSTNAAQLRLLPQAALW KANLMIAVFY*KDVFKKYLRNVKIAELKLILKN KSK*FFLSAKNVGPTINRVTDLPA*FKIMQFLN NYLSYLNYFRLHT*SVTSLILNITLFKIYKISGS QRLVLVILALWRPIGEDCLKPGVQQLPGQQSKT LSLQHKNKLMHGGTPVVPATLEAEARGVLEPRS SILQWAKIVPLCSLQPRQQSRTPSLKVNK*IKLT KF*KSNEICQVCTYHI*TRDLKN*TFYYK*STS CTDWHIVSSR*VLTICVIVIFWSPTNKSHSE*H HRDATNKIQNMETSTR*TTPFLQQQFKREREEKL YILKG*RNI*TKFV*GNQKN*HRLY*GII*F*C GNEIAVMFSKKSLYFRFS**NNYE*

Frame 2

RFQFNVLPLFIEQFLKSTLSRGCITRGLPRLLP GLLIQTLQLVTEMSP*GIFLIGQNLTWQGLVWV SSDFLVLRSSQLLYSSEHQLLRLPWEEDDPKQS SAAGGPRSDHRDEPLWR*RHCG*PRCLLWCKLVP VLRSLWPVHP*I*WR*AVLRGPGEEGDCLAVA* VQQIWRF*PAGCTEKHGCGKTQLEHHD*TLQLY RCYQWYASTILPLFT*VIPPYQGSLFSSQEVPRS SYGNC*NFIISHL*NHIFPCNTRVFPLCIQQIL LGEVSSTSYFIKHAHREKGTGIKQRQCVVAPKQ KVNKTSLTIRW*NAGRRALPGCNAELQGRAIHTS HQCCFLTTEVPEVTVFSKSPVTLGQPNTLICLV DNIFPPVVNITWLSNGQSVTEGVSETSFLSKSD HSFFKISYLTFLPSADEIYDCKVEHWGLDQPLLK HWEPEIPAPMSELTETVVCALGLSVGLMGIVVG TVFIIQGLRSVGASRHQGPL*VHRHLQEQKNGL AK*PSTILWPDLSYPFSPPNISPLTFSLGLKLLY PLRAHKCLYILSLTS*FFFSFLKCYLQRHAWGK PPGYLIPQ*PPSKISKEAINSFYEIYVKFFHLS SRAD*NYG**LGYSYVSIQFNLISQIIFHVQ*HR SHQVQYSLIIC*FLS*H*YFLLPCVPTLGTATH PSIQATMKLMDTVCPWPRIVIAKILEPKNKSVL ISMWLLKV*QRNKLG*RKFESQKYQK*KCILKTL NL*RMMTVEAFLFPCHLEIKIL*AGKEMEVRKT LE*DNNVGV*KGTNTYSSHRVSDNGKRDGSRSH RHI*EP*IEAQSASPPE*SCTR*PCSFPCATLA* RRQYSEYGYRMFLGNMPISSEIPSPFP*PLLTK ESMSL*EKP*EEQHS*DNVAAAVGAVSSTGFAI SEEKLSQRKWVSSDLMALNSYEIHEDISNHATCI SEFKF*LEKKYKTLMQ*LIQYSLVQRTLNPNPG LSTLKLVF*TL*MCEVSNISGLTFLIHNVGVII LSLQSY**NLNNFDI*SMPYT*YMNT*ENIVVIF IINLFKRMDHII*KALLFFSAS**FRRFKCRAM GEFLFI**LKDIFLFPE*ERLRLDW*ENS*H*K L*YLTLVFNSLRGNIFPPYGP*VFIQGISYTTDL YACLLWGRSEDSSRRK*FKTQTGNQ*AQEI*TS DDHENVHHRAQMIFRAIKLFCLIPQW*KMSLYI CSNPQNI*HQELDLM*TMDFG***CANVSS*IIA NVPLRWEMLLMGEAMHVWEQSVSGSSPQPFWQQ GPVLWKTIFPQIVGGMGV*SGDETVKLFHLRST SIS*ILIRNMQPRSLACTVKNRVRTPMRI*CHH* SDGRRGSVGNAGSPTAWSSF*QATNWYWSMARG LGTSGIPLHLLLSFSVNLQPL*NKVYF*KGKEK VTNYDPKCVK*KF*YEKQSH*NAQRAKKLLAIGF QIYFIYISMIREARTQHFGVVCICVCVCVCVCV SVI*GVY*MA**PESCRNLQMLPNSDSFLKQHC GKQI***QYFIKRMYSKNIYVMLK*QN*N*F*KI RVNSSFYQLKM*GLLSIGLQIYLPDLKSCNS*T II*AI*IISDYTHKV*LH*YLISHYLKFTKLVG HRGSCL*S*HFGGQ*GRIA*SQEFNSCLGNKARP CLYNTKIN*CMAALL*SQLL*RLRQEECLSPGV QYFSGLRLCHCAHSSLGSRAGLHL*K*INK*NL QNFKNQMKYVRFVPTTFKLGT*RIKHFITNEALH AQTGT**VVDRC*QFVLLLFSGVQLTNPTVNDI TGMQPTRSRIWKLLLDKQLHFFSNNSREREKRS YTF*KAEEIYEPNLYEAIRKTDTDCIKELSNFSV VMRLLLCFLKSHYTLDFHNKIIMNE

Sequence HLA-DQA1.dAug05

GAAGATTCCAATTTAATGTCCTCCCTTTATTCATAGAACAATTCCTCAAGTCCACTCTGAGTAGAGGCTGCATCACAAGGGGATTGCCCCGTCTCCTTCC AGGGCTCTTAATACAAACTCTTCAACTAGTAACTGAGATGTCACCATAGGGGATTTTTCTAATTGGCCAAAACCTGACTTGGCAGGGTTTGGTTTGGGTG TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT CTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGTGATGAGCCCCTGTGGAGGTGAAGACATTGTGGCTGACCACGTTGCCTCTTGTGGTGTAAACTTGTACC AGTTTTACGGTCCCTCTGGCCAGTACACCCATGAATTTGATGGAGATGAGCAGTTCTACGTGGACCTGGAGAGGAAGGAGACTGCCTGGCGGTGGCCTGA GTTCAGCAAATTTGGAGGTTTTGACCCGCAGGGTGCACTGAGAAACATGGCTGTGGCAAAACACAACTTGAACATCATGATTAAACGCTACAACTCTACC GCTGCTACCAATGAGGTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCGTGACACTGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTGGACAACATCTTTC CTCCTGTGGTCAACATCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGAAGGTGTTTCTGAGACCAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATCATTCCTTCTTCAA GATCAGTTACCTCACCTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGCAAGGTGGAGCACTGGGGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAAACACTGGGGTAAG GATGAGTTTCATCATTTTTTGATTCTTTCTTGTCTGTCAAGTTCAGAACTTCCTGCCTTTTACTCCTATATCCAAAAACTTGTTTTCCACACTTCATGGG TTTCTTTTCTGTCTCTCTTTTTTTTTTGAAAGAATAAAGCAAAAAAAGCAGAGATTTATTGAAAATGAAAGTACACTCTACAGGATGGGAGTGGGCCTGC CACTTCATGGTTTTCTAATGATAGACTTCACTCTTCTCCCTAAGCCTGGGGCCTTGAGTCTTTGCAGAGCCAACCCTCTACCCCATCCCATCCCACACAC ATGCACATGAGCACACTCTGCATTCTGACCTCAACAACTTCACTTCCACAGAGCCTGAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTG TGCCCTGGGGTTGTCTGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGCACTGTCTTCATCATCCAAGGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCA TTGTGAATCCCATCCTGGAAGGGAAGGTAAGATTGAGACTGGTTACAGTTGAAGCGGCAGTATGAAAGGAAGGAAAGTGGGAGGGCGTTGTGGACATGAA TGTGGTTGAAAGTTGTAGGGGAATTGGGAAGTGGCATGATGATGACACAGGAGCCCCCTCGGACCCATTGATCTCATGTCTGCCCTGTTGCAGGTGCATC GCCATCTACAGGAGCAGAAGAATGGACTTGCTAAATGACCTAGCACTATTCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCT CACCTTTTCTCTGGGACTTAAGCTGCTATATCCCCTCAGAGCTCACAAATGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAA 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AATCAGTAAGCACAGGAAATCTGAACCAGTGATGATCATGAAAATGTCCATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATAC CACAATGGTGAAAAATGTCATTATACATTTGCTCAAATCCACAGAATATATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATG ATGTGCCAATGTAAGTTCATAAATTATAGCAAATGTACCACTCAGATGGGAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCT GGCAGCAGTCCCCAGCCTTTTTGGCAGCAGGGACCAGTTTTATGGAAGACAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAA CTGTGAAACTATTCCACCTCAGATCAACAAGCATTAGTTAGATTCTCATAAGGAACATGCAACCTAGATCTCTTGCATGCACAGTTAAAAATAGGGTTCG CACTCCTATGAGAATCTAATGCCACCACTGATCTGACGGAAGGCGGGGCTCAGTTGGTAATGCTGGCTCACCCACTGCGTGGTCCAGTTTCTAACAGGCC ACCAACTGGTACTGGTCCATGGCCCGGGGGTTGGGGACCTCTGGGATACCTCTGCACCTTCTGCTCAGTTTTTCTGTGAACCTACAACCGCTTTAAAATA AGGTCTATTTTTAAAAAGGAAAAGAGAAGGTAACCAATTATGATCCTAAATGTGTAAAATAAAAATTTTAGTATGAAAAACAGTCACATTAAAATGCACA ACGTGCTAAGAAGCTTTTAGCAATAGGGTTTCAAATATATTTCATATACATTTCAATGATTCGTGAGGCAAGAACCCAGCATTTTGGAGTTGTGTGCATT TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTAATATAAGGGGTATACTGAATGGCATAATGACCAGAGTCATGCAGAAATCTACAAATGCTGCCCA ACTCAGACTCCTTCCTCAAGCAGCACTGTGGAAAGCAAATTTAATGATAGCAGTATTTTATTAAAAGGATGTATTCAAAAAATATTTACGTAATGTTAAA ATAGCAGAATTAAAACTAATTCTAAAAAATAAGAGTAAATAGTTCTTTTTATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTG CCTGATTTAAAATCATGCAATTCTTAAACAATTATTTGAGCTATTTGAATTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCAC ACTATTTAAAATTTACAAAATTAGTGGGTCACAGAGGCTCGTGCTTGTGATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTT CAACAGCTGCCTGGGCAACAAAGCAAGACCTTGTCTCTACAACACAAAAATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTG AGGCAAGAGGAGTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAATACTTCAGTGGGCTAAGATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATC TCTAAAAGTAAATAAATAAATAAAACTTACAAAATTTTAAAAATCAAATGAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAAT TAAACATTTTATTACAAATGAAGCACTTCATGCACAGACTGGCACATAGTAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTC CAACTAACAAATCCCACAGTGAATGACATCACAGGGATGCAACCAACAAGATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCA ACAATTCAAGAGAGAGAGAGAAGAGAAGCTATACATTTTAAAAGGCTGAAGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGA CTGTATTAAGGAATTATCTAATTTTAGTGTGGTAATGAGATTGCTGTTATGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATG AATGAAA

HLA-DQA1.F1 (forward primer)
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Intron retention

Frame 0

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Frame 1

KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPS RALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL CCWGPSL*PP**APVEVKTLWLTTLPLVV*TCT SFTVPLASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGL SSANLEVLTRRVH*ETWLWQNTT*TS*LNATTLP LLPMRFLRSQCFPSLP*HWVSPTPSFVLWTTSF LLWSTSHG*AMGSQSQKVFLRPASSPRVIIPSS RSVTSPSSLLLMRFMTARWSTGAWTSLF*NTGVR MSFIIF*FFLVCQVQNFLPFTPISKNLFSTLHG FLFCLSFFFERIKQKKQRFIENESTLYRMGVGL PLHGFLMIDFTLLPKPGALSLCRANPLPHPIPHT CT*AHSAF*PQQLHFHRA*DSSPYVRAHRDCGL CPGVVCGPHGHCGGHCLHHPRPAFSWCFQTPRA IVNPILEGKVRLRLVTVEAAV*KEGKWEGVVDMN VVESCRGIGKWHDDDTGAPSDPLISCLPCCRCI AIYRSRRMDLLNDLALFSGPIYHIPFLLQIFLL SPFLWDLSCYIPSELTNAFTFFP*PPDFFFLFSN VTYKDMPGVSHPAT*FLSNLHLKSPRKQ*IPFM RSMSNFSIFHPGLTETMANNWGTLMFQSNLTSF PRSFFMSSNTEATKYSIA**YVDFLADINISCFL VFPPLALPPTPQFRQQ*N*WIPSALGPELL*QK F*NQKISLY*FQCGF*KYDREIS*DKGNLNLKN IKSKNVFSKL*IYEE**Q*KPSSSLVTLR*KFFR QEKKWKSEKH*NKTIMWVSEKEQILIPHIGLVT MGKGTGVEATDISRSPE*RRSLPHLLNEAVLDN HVAFPVPLWHEGDSIVNMATGCFLETCQYLQKSP ALSPNPS*LRKA*AYERNPRKNNTVETM*QQQW VLCPPLDSPSPRRNSHRGNGSAATSWL*TAMKS MRIFLTMLPASVSLNFNWRKNTKH*CNN*YSIVW CKEP*IQIQDSVL*S*YFKLYKCVKSLTFLALL FSSTM*E**YFPCRVIDKI*IILIFSQCLTHST *THKKTLWLYL*LIYLKEWIILYEKHFCFSQPLN DLGDSNVELWVNFFSYDN*RIFFFFQNERG*DW IGKRTLSTRSCNI*LWFSTL*EGIYSLLMAHKC LFKVYHIQQIFMPVYFGEEVKIVQGENNLKHRLG ISKHRKSEPVMIMKMSITEHR*FSGQ*NYSV*Y HNGEKCHYTFAQIHRIYNTKS*T*CKLWTLGDN DVPM*VHKL*QMYHSDGRCC*WGRLCMCGSRVYL AAVPSLFGSRDQFYGRQFFHR*LGEWGYDLGMK L*NYSTSDQQALVRFS*GTCNLDLLHAQLKIGF ALL*ESNATTDLTEGGAQLVMLAHPLRGPVSNRP PTGTGPWPGGWGPLGYLCTFCSVFL*TYNRFKI RSIFKKEKRR*PIMILNV*NKNFSMKNSHIKMH NVLRSF*Q*GFKYISYTFQ*FVRQEPSILELCAF VCVCVCVCVCL*YKGYTEWHNDQSHAEIYKCCP TQTPSSSSTVESKFNDSSILLKGCIQKIFT*C* NSRIKTNSKK*E*IVLFIS*KCRAYYQ*GYRSTC LI*NHAILKQLFELFELFQITHIKCDFINT*YH TI*NLQN*WVTEARACDLSTLEANRGGLLEARS STAAWATKQDLVSTTQK*INAWRHSCSPSYSRG* GKRSA*AQEFNTSVG*DCATVLTPA*AAEQDSI SKSK*INKTYKILKIK*NMSGLYLPHLN*GLEE LNILLQMKHFMHRLAHSK*SIGVNNLCYCYFLES N*QIPQ*MTSQGCNQQDPEYGNFY*INNSISSA TIQERERREAIHFKRLKKYMNQICMRQSEKLTP TVLRNYLILVW**DCCYVF*KVIIL*IFIIK*L* MK

Frame 2

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Sequence HLA-DQA1.hAug05

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TTTTTGATTCTTTCTTGTCTGTCAAGTTCAGAACTTCCTGCCTTTTACTCCTATATCCAAAAACTTGTTTTCCACACTTCATGGGTTTCTTTTCTGTCTC TCTTTTTTTTTTGAAAGAATAAAGCAAAAAAAGCAGAGATTTATTGAAAATGAAAGTACACTCTACAGGATGGGAGTGGGCCTGCCACTTCATGGTTTTC TAATGATAGACTTCACTCTTCTCCCTAAGCCTGGGGCCTTGAGTCTTTGCAGAGCCAACCCTCTACCCCATCCCATCCCACACACATGCACATGAGCACA CTCTGCATTCTGACCTCAACAACTTCACTTCCACAGAGCCTGAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTGTGCCCTGGGGTTGTC TGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGCACTGTCTTCATCATCCAAGGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCATTGTGAATCCCATCC TGGAAGGGAAGGTAAGATTGAGACTGGTTACAGTTGAAGCGGCAGTATGAAAGGAAGGAAAGTGGGAGGGCGTTGTGGACATGAATGTGGTTGAAAGTTG TAGGGGAATTGGGAAGTGGCATGATGATGACACAGGAGCCCCCTCGGACCCATTGATCTCATGTCTGCCCTGTTGCAGGTGCATCGCCATCTACAGGAGC AGAAGAATGGACTTGCTAAATGACCTAGCACTATTCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCTCACCTTTTCTCTGGG ACTTAAGCTGCTATATCCCCTCAGAGCTCACAAATGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAATGTTACCTACAAAGA 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CCCCTCCTGACTAAGGAAAGCATGAGCTTATGAGAGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGGGTGCTGTGTCCTCCA CTGGATTCGCCATCTCCGAGGAGAAACTCTCACAGAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCATGAGGATATTTCTAA CCATGCTACCTGCATCAGTGAGTTTAAATTTTAATTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTGGTGCAAAGAACCCTA AATCCAAATCCAGGACTCAGTACTTTGAAGCTAGTATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTTTTCTCATCCACAATG TAGGAGTAATAATACTTTCCTTGCAGAGTTATTGATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACATGAACACATAAGAAAA CATTGTGGTTATATTTATAATTAATTTATTTAAAAGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAATGATTTAGGAGATTC AAATGTAGAGCTATGGGTGAATTTCTTTTCATATGATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGGATTGGTAAGAGAACT CTTAGCACTAGAAGTTGTAATATTTGACTTTGGTTTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTTTATTCAAGGTATATC ATATACAACAGATCTTTATGCCTGTTTACTTTGGGGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGGAATCAGTAAGCACAG 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HLA-DQA1.F1 (forward primer)
HLA-DQA1.R1 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

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Frame 1

KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPS RALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL CCWGPSL*PP**APVELTTLPLVV*TCTSFTVP LASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGLSSANL EVLTRRVH*ETWLWQNTT*TS*LNATTLPLLPMR FLRSQCFPSLP*HWVSPTPSFVLWTTSFLLWST SHG*AMGSQSQKVFLRPASSPRVIIPSSRSVTS PSSLLLMRFMTARWSTGAWTSLF*NTGVRMSFII F*FFLVCQVQNFLPFTPISKNLFSTLHGFLFCL SFFFERIKQKKQRFIENESTLYRMGVGLPLHGF LMIDFTLLPKPGALSLCRANPLPHPIPHTCT*AH SAF*PQQLHFHRA*DSSPYVRAHRDCGLCPGVV CGPHGHCGGHCLHHPRPAFSWCFQTPRAIVNPI LEGKVRLRLVTVEAAV*KEGKWEGVVDMNVVESC RGIGKWHDDDTGAPSDPLISCLPCCRCIAIYRS RRMDLLNDLALFSGPIYHIPFLLQIFLLSPFLW DLSCYIPSELTNAFTFFP*PPDFFFLFSNVTYKD MPGVSHPAT*FLSNLHLKSPRKQ*IPFMRSMSN FSIFHPGLTETMANNWGTLMFQSNLTSFPRSFF MSSNTEATKYSIA**YVDFLADINISCFLVFPPL ALPPTPQFRQQ*N*WIPSALGPELL*QKF*NQK ISLY*FQCGF*KYDREIS*DKGNLNLKNIKSKN VFSKL*IYEE**Q*KPSSSLVTLR*KFFRQEKKW KSEKH*NKTIMWVSEKEQILIPHIGLVTMGKGT GVEATDISRSPE*RRSLPHLLNEAVLDNHVAFP VPLWHEGDSIVNMATGCFLETCQYLQKSPALSPN PS*LRKA*AYERNPRKNNTVETM*QQQWVLCPP LDSPSPRRNSHRGNGSAATSWL*TAMKSMRIFL TMLPASVSLNFNWRKNTKH*CNN*YSIVWCKEP* IQIQDSVL*S*YFKLYKCVKSLTFLALLFSSTM *E**YFPCRVIDKI*IILIFSQCLTHST*THKK TLWLYL*LIYLKEWIILYEKHFCFSQPLNDLGDS NVELWVNFFSYDN*RIFFFFQNERG*DWIGKRT LSTRSCNI*LWFSTL*EGIYSLLMAHKCLFKVY HIQQIFMPVYFGEEVKIVQGENNLKHRLGISKHR KSEPVMIMKMSITEHR*FSGQ*NYSV*YHNGEK CHYTFAQIHRIYNTKS*T*CKLWTLGDNDVPM* VHKL*QMYHSDGRCC*WGRLCMCGSRVYLAAVPS LFGSRDQFYGRQFFHR*LGEWGYDLGMKL*NYS TSDQQALVRFS*GTCNLDLLHAQLKIGFALL*E SNATTDLTEGGAQLVMLAHPLRGPVSNRPPTGTG PWPGGWGPLGYLCTFCSVFL*TYNRFKIRSIFK KEKRR*PIMILNV*NKNFSMKNSHIKMHNVLRS F*Q*GFKYISYTFQ*FVRQEPSILELCAFVCVCV CVCVCL*YKGYTEWHNDQSHAEIYKCCPTQTPS SSSTVESKFNDSSILLKGCIQKIFT*C*NSRIK TNSKK*E*IVLFIS*KCRAYYQ*GYRSTCLI*NH AILKQLFELFELFQITHIKCDFINT*YHTI*NL QN*WVTEARACDLSTLEANRGGLLEARSSTAAW ATKQDLVSTTQK*INAWRHSCSPSYSRG*GKRSA *AQEFNTSVG*DCATVLTPA*AAEQDSISKSK* INKTYKILKIK*NMSGLYLPHLN*GLEELNILL QMKHFMHRLAHSK*SIGVNNLCYCYFLESN*QIP Q*MTSQGCNQQDPEYGNFY*INNSISSATIQER ERREAIHFKRLKKYMNQICMRQSEKLTPTVLRN YLILVW**DCCYVF*KVIIL*IFIIK*L*MK

Frame 2

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Sequence HLA-DQA1.iAug05

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CACAAATGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAATGTTACCTACAAAGACATGCCTGGGGTAAGCCACCCGGCTACC TAATTCCTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATGAGATCTATGTCAAATTTTTCCATCTTTCATCCAGGGCTGACTG AAACTATGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTCCCAGATCATTTTTCATGTCCAGTAACACAGAAGCCACCAAGTA CAGTATAGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCTTGTGTTCCCACCCTTGGCACTGCCACCCACCCCTCAATTCAGG CAACAATGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAATTTTAGAACCAAAAAATAAGTCTGTACTAATTTCAATGTGGCT TTTAAAAGTATGACAGAGAAATAAGTTAGGATAAAGGAAATTTGAATCTCAAAAATATCAAAAGTAAAAATGTATTCTCAAAACTTTAAATTTATGAAGA ATGATGACAGTAGAAGCCTTCCTCTTCCCTTGTCACCTTGAGATAAAAATTCTTTAGGCAGGAAAAGAAATGGAAGTCAGAAAAACATTAGAATAAGACA ATAATGTGGGTGTCTGAAAAGGAACAAATACTTATTCCTCACATAGGGTTAGTGACAATGGGAAAAGGGACGGGAGTAGAAGCCACAGACATATCTAGGA GCCCTGAATAGAGGCGCAGTCTGCCTCACCTCCTGAATGAAGCTGTACTAGATAACCATGTAGCTTTCCCTGTGCCACTCTGGCATGAAGGAGACAGTAT 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HLA-DQA1.F1 (forward primer)
HLA-DQA1.R1 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

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Frame 1

KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPS RALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL CCWGPSL*PP**APVEVKTLWLTTLPLVV*TCT SFTVPLASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGL SSANLEVLTRRVH*ETWLWQNTT*TS*LNATTLP LLPMVCVHHSASLYLSYPSIPGFIIFFPRGPQI FLWQLLKFYHLPSLKSHIPM*YKGLSIMHSANP SRRGLINLLLY*TCPQREGHRNKAEAMCRCSQAE GK*DLFDYQVVKCW*EGSSRM*CRTSGQSYSHF TPVLFPHHRGS*GHSVFQVSRDTGSAQHPHLSC GQHLSSCGQHHMAEQWAVSHRRCF*DQLPLQE*S FLLQDQLPHLPPFC**DL*LQGGALGPGPASSE TLGA*DSSPYVRAHRDCGLCPGVVCGPHGHCGG HCLHHPRPAFSWCFQTPRAIVNPILEGKVRLRLV TVEAAV*KEGKWEGVVDMNVVESCRGIGKWHDD DTGAPSDPLISCLPCCRCIAIYRSRRMDLLNDL ALFSGPIYHIPFLLQIFLLSPFLWDLSCYIPSEL TNAFTFFP*PPDFFFLFSNVTYKDMPGVSHPAT *FLSNLHLKSPRKQ*IPFMRSMSNFSIFHPGLT ETMANNWGTLMFQSNLTSFPRSFFMSSNTEATKY SIA**YVDFLADINISCFLVFPPLALPPTPQFR QQ*N*WIPSALGPELL*QKF*NQKISLY*FQCG F*KYDREIS*DKGNLNLKNIKSKNVFSKL*IYEE **Q*KPSSSLVTLR*KFFRQEKKWKSEKH*NKT IMWVSEKEQILIPHIGLVTMGKGTGVEATDISR SPE*RRSLPHLLNEAVLDNHVAFPVPLWHEGDSI VNMATGCFLETCQYLQKSPALSPNPS*LRKA*A YERNPRKNNTVETM*QQQWVLCPPLDSPSPRRN SHRGNGSAATSWL*TAMKSMRIFLTMLPASVSLN FNWRKNTKH*CNN*YSIVWCKEP*IQIQDSVL* S*YFKLYKCVKSLTFLALLFSSTM*E**YFPCR VIDKI*IILIFSQCLTHST*THKKTLWLYL*LIY LKEWIILYEKHFCFSQPLNDLGDSNVELWVNFF SYDN*RIFFFFQNERG*DWIGKRTLSTRSCNI* LWFSTL*EGIYSLLMAHKCLFKVYHIQQIFMPVY FGEEVKIVQGENNLKHRLGISKHRKSEPVMIMK MSITEHR*FSGQ*NYSV*YHNGEKCHYTFAQIH RIYNTKS*T*CKLWTLGDNDVPM*VHKL*QMYHS DGRCC*WGRLCMCGSRVYLAAVPSLFGSRDQFY GRQFFHR*LGEWGYDLGMKL*NYSTSDQQALVR FS*GTCNLDLLHAQLKIGFALL*ESNATTDLTEG GAQLVMLAHPLRGPVSNRPPTGTGPWPGGWGPL GYLCTFCSVFL*TYNRFKIRSIFKKEKRR*PIM ILNV*NKNFSMKNSHIKMHNVLRSF*Q*GFKYIS YTFQ*FVRQEPSILELCAFVCVCVCVCVCL*YK GYTEWHNDQSHAEIYKCCPTQTPSSSSTVESKF NDSSILLKGCIQKIFT*C*NSRIKTNSKK*E*IV LFIS*KCRAYYQ*GYRSTCLI*NHAILKQLFEL FELFQITHIKCDFINT*YHTI*NLQN*WVTEAR ACDLSTLEANRGGLLEARSSTAAWATKQDLVSTT QK*INAWRHSCSPSYSRG*GKRSA*AQEFNTSV G*DCATVLTPA*AAEQDSISKSK*INKTYKILK IK*NMSGLYLPHLN*GLEELNILLQMKHFMHRLA HSK*SIGVNNLCYCYFLESN*QIPQ*MTSQGCN QQDPEYGNFY*INNSISSATIQERERREAIHFK RLKKYMNQICMRQSEKLTPTVLRNYLILVW**DC CYVF*KVIIL*IFIIK*L*MK

Frame 2

RFQFNVLPLFIEQFLKSTLSRGCITRGLPRLLP GLLIQTLQLVTEMSP*GIFLIGQNLTWQGLVWV SSDFLVLRSSQLLYSSEHQLLRLPWEEDDPKQS SAAGGPRSDHRDEPLWR*RHCG*PRCLLWCKLVP VLRSLWPVHP*I*WR*AVLRGPGEEGDCLAVA* VQQIWRF*PAGCTEKHGCGKTQLEHHD*TLQLY RCYQWYASTILPLFT*VIPPYQGSLFSSQEVPRS SYGNC*NFIISHL*NHIFPCNTRVFPLCIQQIL LGEVSSTSYFIKHAHREKGTGIKQRQCVVAPKQ KVNKTSLTIRW*NAGRRALPGCNAELQGRAIHTS HQCCFLTTEVPEVTVFSKSPVTLGQPNTLICLV DNIFPPVVNITWLSNGQSVTEGVSETSFLSKSD HSFFKISYLTFLPSADEIYDCKVEHWGLDQPLLK HWEPEIPAPMSELTETVVCALGLSVGLMGIVVG TVFIIQGLRSVGASRHQGPL*IPSWKGR*D*DW LQLKRQYERKESGRALWT*MWLKVVGELGSGMMM TQEPPRTH*SHVCPVAGASPSTGAEEWTC*MT* HYSLARFIISLFSSKYFSSHLFSGT*AAISPQS SQMPLHSFPDLLIFFFFSQMLPTKTCLG*ATRLP NSSVTSI*NLQGSNKFLL*DLCQIFPSFIQG*L KLWLIIGVLLCFNPI*PHFPDHFSCPVTQKPPS TV*PDNMLIS*LTLIFLASLCSHPWHCHPPLNSG NNEINGYRLPLAQNCYSKNFRTKK*VCTNFNVA FKSMTEK*VRIKEI*ISKISKVKMYSQNFKFMK NDDSRSLPLPLSP*DKNSLGRKRNGSQKNIRIRQ *CGCLKRNKYLFLT*G**QWEKGRE*KPQTYLG ALNRGAVCLTS*MKLY*ITM*LSLCHSGMKETV **IWLQDVSWKHANIFRNPQPFPLTPPD*GKHEL MRETLGRTTQLRQCSSSSGCCVLHWIRHLRGET LTEEMGQQRPHGSKQL*NP*GYF*PCYLHQ*V* ILIGEKIQNINAIIDTV*FGAKNPKSKSRTQYFE ASILNFINV*SL*HFWPYFSHPQCRSNNTFLAE LLIKFE*F*YLVNALHIVHEHIRKHCGYIYN*F I*KNGSYYMKSTFVFLSLLMI*EIQM*SYG*ISF HMIIEGYFSFSRMREAEIGLVRELLALEVVIFD FGFQLSKREYIPSLWPISVYSRYIIYNRSLCLF TLGKK*R*FKEKII*NTDWESVSTGNLNQ**S*K CPSQSTDDFQGNKTILFDTTMVKNVIIHLLKST EYITPRVRLNVNYGLWVIMMCQCKFINYSKCTT QMGDVANGGGYACVGAECIWQQSPAFLAAGTSFM EDNFSTDSWGNGGMIWG*NCETIPPQINKH*LD SHKEHAT*ISCMHS*K*GSHSYENLMPPLI*RK AGLSW*CWLTHCVVQFLTGHQLVLVHGPGVGDLW DTSAPSAQFFCEPTTALK*GLFLKRKREGNQL* S*MCKIKILV*KTVTLKCTTC*EAFSNRVSNIF HIHFNDS*GKNPAFWSCVHLCVCVCVCVCVCNIR GILNGIMTRVMQKSTNAAQLRLLPQAALWKANL MIAVFY*KDVFKKYLRNVKIAELKLILKNKSK* FFLSAKNVGPTINRVTDLPA*FKIMQFLNNYLSY LNYFRLHT*SVTSLILNITLFKIYKISGSQRLV LVILALWRPIGEDCLKPGVQQLPGQQSKTLSLQ HKNKLMHGGTPVVPATLEAEARGVLEPRSSILQW AKIVPLCSLQPRQQSRTPSLKVNK*IKLTKF*K SNEICQVCTYHI*TRDLKN*TFYYK*STSCTDW HIVSSR*VLTICVIVIFWSPTNKSHSE*HHRDAT NKIQNMETSTR*TTPFLQQQFKREREEKLYILK G*RNI*TKFV*GNQKN*HRLY*GII*F*CGNEI AVMFSKKSLYFRFS**NNYE*

Sequence HLA-DQA1.kAug05

GAAGATTCCAATTTAATGTCCTCCCTTTATTCATAGAACAATTCCTCAAGTCCACTCTGAGTAGAGGCTGCATCACAAGGGGATTGCCCCGTCTCCTTCC AGGGCTCTTAATACAAACTCTTCAACTAGTAACTGAGATGTCACCATAGGGGATTTTTCTAATTGGCCAAAACCTGACTTGGCAGGGTTTGGTTTGGGTG TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT CTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGTGATGAGCCCCTGTGGAGGTGAAGACATTGTGGCTGACCACGTTGCCTCTTGTGGTGTAAACTTGTACC AGTTTTACGGTCCCTCTGGCCAGTACACCCATGAATTTGATGGAGATGAGCAGTTCTACGTGGACCTGGAGAGGAAGGAGACTGCCTGGCGGTGGCCTGA GTTCAGCAAATTTGGAGGTTTTGACCCGCAGGGTGCACTGAGAAACATGGCTGTGGCAAGGTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCGTGACAC TGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTGGACAACATCTTTCCTCCTGTGGTCAACATCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGAAGGTGT TTCTGAGACCAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATCATTCCTTCTTCAAGATCAGTTACCTCACCTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGCAAGGTG GAGCACTGGGGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAAACACTGGGAGCCTGAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTGTGCCCTGGGGT TGTCTGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGCACTGTCTTCATCATCCAAGGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCATTGTGAATCCC ATCCTGGAAGGGAAGGTAAGATTGAGACTGGTTACAGTTGAAGCGGCAGTATGAAAGGAAGGAAAGTGGGAGGGCGTTGTGGACATGAATGTGGTTGAAA GTTGTAGGGGAATTGGGAAGTGGCATGATGATGACACAGGAGCCCCCTCGGACCCATTGATCTCATGTCTGCCCTGTTGCAGGTGCATCGCCATCTACAG GAGCAGAAGAATGGACTTGCTAAATGACCTAGCACTATTCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCTCACCTTTTCTC TGGGACTTAAGCTGCTATATCCCCTCAGAGCTCACAAATGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAATGTTACCTACA AAGACATGCCTGGGGTAAGCCACCCGGCTACCTAATTCCTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATGAGATCTATGTC AAATTTTTCCATCTTTCATCCAGGGCTGACTGAAACTATGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTCCCAGATCATTT TTCATGTCCAGTAACACAGAAGCCACCAAGTACAGTATAGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCTTGTGTTCCCAC CCTTGGCACTGCCACCCACCCCTCAATTCAGGCAACAATGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAATTTTAGAACCA 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AATGTAGGAGTAATAATACTTTCCTTGCAGAGTTATTGATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACATGAACACATAAG AAAACATTGTGGTTATATTTATAATTAATTTATTTAAAAGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAATGATTTAGGAG ATTCAAATGTAGAGCTATGGGTGAATTTCTTTTCATATGATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGGATTGGTAAGAG AACTCTTAGCACTAGAAGTTGTAATATTTGACTTTGGTTTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTTTATTCAAGGTA TATCATATACAACAGATCTTTATGCCTGTTTACTTTGGGGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGGAATCAGTAAGC ACAGGAAATCTGAACCAGTGATGATCATGAAAATGTCCATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATACCACAATGGTGA AAAATGTCATTATACATTTGCTCAAATCCACAGAATATATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATGATGTGCCAATG TAAGTTCATAAATTATAGCAAATGTACCACTCAGATGGGAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCTGGCAGCAGTCC CCAGCCTTTTTGGCAGCAGGGACCAGTTTTATGGAAGACAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAACTGTGAAACTA 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TTTACAAAATTAGTGGGTCACAGAGGCTCGTGCTTGTGATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAACAGCTGCC TGGGCAACAAAGCAAGACCTTGTCTCTACAACACAAAAATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTGAGGCAAGAGGA GTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAATACTTCAGTGGGCTAAGATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATCTCTAAAAGTAA ATAAATAAATAAAACTTACAAAATTTTAAAAATCAAATGAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAATTAAACATTTTA TTACAAATGAAGCACTTCATGCACAGACTGGCACATAGTAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTCCAACTAACAAA TCCCACAGTGAATGACATCACAGGGATGCAACCAACAAGATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCAACAATTCAAGA GAGAGAGAGAAGAGAAGCTATACATTTTAAAAGGCTGAAGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGACTGTATTAAGG AATTATCTAATTTTAGTGTGGTAATGAGATTGCTGTTATGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATGAATGAAA

HLA-DQA1.F1 (forward primer)
HLA-DQA1.R1 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

EDSNLMSSLYS*NNSSSPL*VEAASQGDCPVSF QGS*YKLFN**LRCHHRGFF*LAKT*LGRVWFGC LQISLS*GPHNYSTAQNTNC*GCLGKRMILNKA LLLGALALTTVMSPCGGEDIVADHVASCGVNLY QFYGPSGQYTHEFDGDEQFYVDLERKETAWRWPE FSKFGGFDPQGALRNMAVARFLRSQCFPSLP*H WVSPTPSFVLWTTSFLLWSTSHG*AMGSQSQKV FLRPASSPRVIIPSSRSVTSPSSLLLMRFMTARW STGAWTSLF*NTGSLRFQPLCQSSQRLWSVPWG CLWASWALWWALSSSSKACVQLVLPDTKGHCES HPGREGKIETGYS*SGSMKGRKVGGRCGHECG*K L*GNWEVA***HRSPLGPIDLMSALLQVHRHLQ EQKNGLAK*PSTILWPDLSYPFSPPNISPLTFS LGLKLLYPLRAHKCLYILSLTS*FFFSFLKCYLQ RHAWGKPPGYLIPQ*PPSKISKEAINSFYEIYV KFFHLSSRAD*NYG**LGYSYVSIQFNLISQII FHVQ*HRSHQVQYSLIIC*FLS*H*YFLLPCVPT LGTATHPSIQATMKLMDTVCPWPRIVIAKILEP KNKSVLISMWLLKV*QRNKLG*RKFESQKYQK* KCILKTLNL*RMMTVEAFLFPCHLEIKIL*AGKE MEVRKTLE*DNNVGV*KGTNTYSSHRVSDNGKR DGSRSHRHI*EP*IEAQSASPPE*SCTR*PCSF PCATLA*RRQYSEYGYRMFLGNMPISSEIPSPFP *PLLTKESMSL*EKP*EEQHS*DNVAAAVGAVS STGFAISEEKLSQRKWVSSDLMALNSYEIHEDI SNHATCISEFKF*LEKKYKTLMQ*LIQYSLVQRT LNPNPGLSTLKLVF*TL*MCEVSNISGLTFLIH NVGVIILSLQSY**NLNNFDI*SMPYT*YMNT* ENIVVIFIINLFKRMDHII*KALLFFSAS**FRR FKCRAMGEFLFI**LKDIFLFPE*ERLRLDW*E NS*H*KL*YLTLVFNSLRGNIFPPYGP*VFIQG ISYTTDLYACLLWGRSEDSSRRK*FKTQTGNQ*A QEI*TSDDHENVHHRAQMIFRAIKLFCLIPQW* KMSLYICSNPQNI*HQELDLM*TMDFG***CAN VSS*IIANVPLRWEMLLMGEAMHVWEQSVSGSSP QPFWQQGPVLWKTIFPQIVGGMGV*SGDETVKL FHLRSTSIS*ILIRNMQPRSLACTVKNRVRTPM RI*CHH*SDGRRGSVGNAGSPTAWSSF*QATNWY WSMARGLGTSGIPLHLLLSFSVNLQPL*NKVYF *KGKEKVTNYDPKCVK*KF*YEKQSH*NAQRAK KLLAIGFQIYFIYISMIREARTQHFGVVCICVCV CVCVCVSVI*GVY*MA**PESCRNLQMLPNSDS FLKQHCGKQI***QYFIKRMYSKNIYVMLK*QN *N*F*KIRVNSSFYQLKM*GLLSIGLQIYLPDLK SCNS*TII*AI*IISDYTHKV*LH*YLISHYLK FTKLVGHRGSCL*S*HFGGQ*GRIA*SQEFNSC LGNKARPCLYNTKIN*CMAALL*SQLL*RLRQEE CLSPGVQYFSGLRLCHCAHSSLGSRAGLHL*K* INK*NLQNFKNQMKYVRFVPTTFKLGT*RIKHF ITNEALHAQTGT**VVDRC*QFVLLLFSGVQLTN PTVNDITGMQPTRSRIWKLLLDKQLHFFSNNSR EREKRSYTF*KAEEIYEPNLYEAIRKTDTDCIK ELSNFSVVMRLLLCFLKSHYTLDFHNKIIMNE

Frame 1

KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPS RALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL CCWGPSL*PP**APVEVKTLWLTTLPLVV*TCT SFTVPLASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGL SSANLEVLTRRVH*ETWLWQGS*GHSVFQVSRDT GSAQHPHLSCGQHLSSCGQHHMAEQWAVSHRRC F*DQLPLQE*SFLLQDQLPHLPPFC**DL*LQG GALGPGPASSETLGA*DSSPYVRAHRDCGLCPGV VCGPHGHCGGHCLHHPRPAFSWCFQTPRAIVNP ILEGKVRLRLVTVEAAV*KEGKWEGVVDMNVVE SCRGIGKWHDDDTGAPSDPLISCLPCCRCIAIYR SRRMDLLNDLALFSGPIYHIPFLLQIFLLSPFL WDLSCYIPSELTNAFTFFP*PPDFFFLFSNVTY KDMPGVSHPAT*FLSNLHLKSPRKQ*IPFMRSMS NFSIFHPGLTETMANNWGTLMFQSNLTSFPRSF FMSSNTEATKYSIA**YVDFLADINISCFLVFP PLALPPTPQFRQQ*N*WIPSALGPELL*QKF*NQ KISLY*FQCGF*KYDREIS*DKGNLNLKNIKSK NVFSKL*IYEE**Q*KPSSSLVTLR*KFFRQEK KWKSEKH*NKTIMWVSEKEQILIPHIGLVTMGKG TGVEATDISRSPE*RRSLPHLLNEAVLDNHVAF PVPLWHEGDSIVNMATGCFLETCQYLQKSPALS PNPS*LRKA*AYERNPRKNNTVETM*QQQWVLCP PLDSPSPRRNSHRGNGSAATSWL*TAMKSMRIF LTMLPASVSLNFNWRKNTKH*CNN*YSIVWCKE P*IQIQDSVL*S*YFKLYKCVKSLTFLALLFSST M*E**YFPCRVIDKI*IILIFSQCLTHST*THK KTLWLYL*LIYLKEWIILYEKHFCFSQPLNDLG DSNVELWVNFFSYDN*RIFFFFQNERG*DWIGKR TLSTRSCNI*LWFSTL*EGIYSLLMAHKCLFKV YHIQQIFMPVYFGEEVKIVQGENNLKHRLGISK HRKSEPVMIMKMSITEHR*FSGQ*NYSV*YHNGE KCHYTFAQIHRIYNTKS*T*CKLWTLGDNDVPM *VHKL*QMYHSDGRCC*WGRLCMCGSRVYLAAV PSLFGSRDQFYGRQFFHR*LGEWGYDLGMKL*NY STSDQQALVRFS*GTCNLDLLHAQLKIGFALL* ESNATTDLTEGGAQLVMLAHPLRGPVSNRPPTG TGPWPGGWGPLGYLCTFCSVFL*TYNRFKIRSIF KKEKRR*PIMILNV*NKNFSMKNSHIKMHNVLR SF*Q*GFKYISYTFQ*FVRQEPSILELCAFVCV CVCVCVCL*YKGYTEWHNDQSHAEIYKCCPTQTP SSSSTVESKFNDSSILLKGCIQKIFT*C*NSRI KTNSKK*E*IVLFIS*KCRAYYQ*GYRSTCLI* NHAILKQLFELFELFQITHIKCDFINT*YHTI*N LQN*WVTEARACDLSTLEANRGGLLEARSSTAA WATKQDLVSTTQK*INAWRHSCSPSYSRG*GKR SA*AQEFNTSVG*DCATVLTPA*AAEQDSISKSK *INKTYKILKIK*NMSGLYLPHLN*GLEELNIL LQMKHFMHRLAHSK*SIGVNNLCYCYFLESN*Q IPQ*MTSQGCNQQDPEYGNFY*INNSISSATIQE RERREAIHFKRLKKYMNQICMRQSEKLTPTVLR NYLILVW**DCCYVF*KVIIL*IFIIK*L*MK

Frame 2

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Sequence HLA-DQA1.lAug05

GAAGATTCCAATTTAATGTCCTCCCTTTATTCATAGAACAATTCCTCAAGTCCACTCTGAGTAGAGGCTGCATCACAAGGGGATTGCCCCGTCTCCTTCC AGGGCTCTTAATACAAACTCTTCAACTAGTAACTGAGATGTCACCATAGGGGATTTTTCTAATTGGCCAAAACCTGACTTGGCAGGGTTTGGTTTGGGTG TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT CTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGTGATGAGCCCCTGTGGAGGTGAAGACATTGTGGAGGTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCG TGACACTGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTGGACAACATCTTTCCTCCTGTGGTCAACATCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGA AGGTGTTTCTGAGACCAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATCATTCCTTCTTCAAGATCAGTTACCTCACCTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGC AAGGTGGAGCACTGGGGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAAACACTGGGGTAAGGATGAGTTTCATCATTTTTTGATTCTTTCTTGTCTGTCAAGTTCAGAAC TTCCTGCCTTTTACTCCTATATCCAAAAACTTGTTTTCCACACTTCATGGGTTTCTTTTCTGTCTCTCTTTTTTTTTTGAAAGAATAAAGCAAAAAAAGC AGAGATTTATTGAAAATGAAAGTACACTCTACAGGATGGGAGTGGGCCTGCCACTTCATGGTTTTCTAATGATAGACTTCACTCTTCTCCCTAAGCCTGG GGCCTTGAGTCTTTGCAGAGCCAACCCTCTACCCCATCCCATCCCACACACATGCACATGAGCACACTCTGCATTCTGACCTCAACAACTTCACTTCCAC AGAGCCTGAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTGTGCCCTGGGGTTGTCTGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGCACTGTC TTCATCATCCAAGGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCATTGTGAATCCCATCCTGGAAGGGAAGGTAAGATTGAGACTGGTTACAGT TGAAGCGGCAGTATGAAAGGAAGGAAAGTGGGAGGGCGTTGTGGACATGAATGTGGTTGAAAGTTGTAGGGGAATTGGGAAGTGGCATGATGATGACACA GGAGCCCCCTCGGACCCATTGATCTCATGTCTGCCCTGTTGCAGGTGCATCGCCATCTACAGGAGCAGAAGAATGGACTTGCTAAATGACCTAGCACTAT TCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCTCACCTTTTCTCTGGGACTTAAGCTGCTATATCCCCTCAGAGCTCACAAA TGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAATGTTACCTACAAAGACATGCCTGGGGTAAGCCACCCGGCTACCTAATTC CTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATGAGATCTATGTCAAATTTTTCCATCTTTCATCCAGGGCTGACTGAAACTA TGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTCCCAGATCATTTTTCATGTCCAGTAACACAGAAGCCACCAAGTACAGTAT AGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCTTGTGTTCCCACCCTTGGCACTGCCACCCACCCCTCAATTCAGGCAACAA TGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAATTTTAGAACCAAAAAATAAGTCTGTACTAATTTCAATGTGGCTTTTAAA AGTATGACAGAGAAATAAGTTAGGATAAAGGAAATTTGAATCTCAAAAATATCAAAAGTAAAAATGTATTCTCAAAACTTTAAATTTATGAAGAATGATG ACAGTAGAAGCCTTCCTCTTCCCTTGTCACCTTGAGATAAAAATTCTTTAGGCAGGAAAAGAAATGGAAGTCAGAAAAACATTAGAATAAGACAATAATG TGGGTGTCTGAAAAGGAACAAATACTTATTCCTCACATAGGGTTAGTGACAATGGGAAAAGGGACGGGAGTAGAAGCCACAGACATATCTAGGAGCCCTG AATAGAGGCGCAGTCTGCCTCACCTCCTGAATGAAGCTGTACTAGATAACCATGTAGCTTTCCCTGTGCCACTCTGGCATGAAGGAGACAGTATAGTGAA TATGGCTACAGGATGTTTCTTGGAAACATGCCAATATCTTCAGAAATCCCCAGCCCTTTCCCCTAACCCCTCCTGACTAAGGAAAGCATGAGCTTATGAG AGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGGGTGCTGTGTCCTCCACTGGATTCGCCATCTCCGAGGAGAAACTCTCACA GAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCATGAGGATATTTCTAACCATGCTACCTGCATCAGTGAGTTTAAATTTTAA TTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTGGTGCAAAGAACCCTAAATCCAAATCCAGGACTCAGTACTTTGAAGCTAG TATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTTTTCTCATCCACAATGTAGGAGTAATAATACTTTCCTTGCAGAGTTATTG ATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACATGAACACATAAGAAAACATTGTGGTTATATTTATAATTAATTTATTTAAA AGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAATGATTTAGGAGATTCAAATGTAGAGCTATGGGTGAATTTCTTTTCATAT GATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGGATTGGTAAGAGAACTCTTAGCACTAGAAGTTGTAATATTTGACTTTGGT TTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTTTATTCAAGGTATATCATATACAACAGATCTTTATGCCTGTTTACTTTGG GGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGGAATCAGTAAGCACAGGAAATCTGAACCAGTGATGATCATGAAAATGTCC ATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATACCACAATGGTGAAAAATGTCATTATACATTTGCTCAAATCCACAGAATAT ATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATGATGTGCCAATGTAAGTTCATAAATTATAGCAAATGTACCACTCAGATGG GAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCTGGCAGCAGTCCCCAGCCTTTTTGGCAGCAGGGACCAGTTTTATGGAAGA CAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAACTGTGAAACTATTCCACCTCAGATCAACAAGCATTAGTTAGATTCTCAT AAGGAACATGCAACCTAGATCTCTTGCATGCACAGTTAAAAATAGGGTTCGCACTCCTATGAGAATCTAATGCCACCACTGATCTGACGGAAGGCGGGGC TCAGTTGGTAATGCTGGCTCACCCACTGCGTGGTCCAGTTTCTAACAGGCCACCAACTGGTACTGGTCCATGGCCCGGGGGTTGGGGACCTCTGGGATAC CTCTGCACCTTCTGCTCAGTTTTTCTGTGAACCTACAACCGCTTTAAAATAAGGTCTATTTTTAAAAAGGAAAAGAGAAGGTAACCAATTATGATCCTAA ATGTGTAAAATAAAAATTTTAGTATGAAAAACAGTCACATTAAAATGCACAACGTGCTAAGAAGCTTTTAGCAATAGGGTTTCAAATATATTTCATATAC ATTTCAATGATTCGTGAGGCAAGAACCCAGCATTTTGGAGTTGTGTGCATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTAATATAAGGGGTAT ACTGAATGGCATAATGACCAGAGTCATGCAGAAATCTACAAATGCTGCCCAACTCAGACTCCTTCCTCAAGCAGCACTGTGGAAAGCAAATTTAATGATA GCAGTATTTTATTAAAAGGATGTATTCAAAAAATATTTACGTAATGTTAAAATAGCAGAATTAAAACTAATTCTAAAAAATAAGAGTAAATAGTTCTTTT TATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTGCCTGATTTAAAATCATGCAATTCTTAAACAATTATTTGAGCTATTTGAA TTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCACACTATTTAAAATTTACAAAATTAGTGGGTCACAGAGGCTCGTGCTTGTG ATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAACAGCTGCCTGGGCAACAAAGCAAGACCTTGTCTCTACAACACAAAA ATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTGAGGCAAGAGGAGTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAATACTTCAGTGGGCTAA GATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATCTCTAAAAGTAAATAAATAAATAAAACTTACAAAATTTTAAAAATCAAAT GAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAATTAAACATTTTATTACAAATGAAGCACTTCATGCACAGACTGGCACATAG TAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTCCAACTAACAAATCCCACAGTGAATGACATCACAGGGATGCAACCAACAA GATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCAACAATTCAAGAGAGAGAGAGAAGAGAAGCTATACATTTTAAAAGGCTGA AGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGACTGTATTAAGGAATTATCTAATTTTAGTGTGGTAATGAGATTGCTGTTA TGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATGAATGAAA

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HLA-DQA1.R1 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

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Frame 2

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