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Sequence HLA-DQA1.gAug05

GAAGATTCCAATTTAATGTCCTCCCTTTATTCATAGAACAATTCCTCAAGTCCACTCTGAGTAGAGGCTGCATCACAAGGGGATTGCCCCGTCTCCTTCC AGGGCTCTTAATACAAACTCTTCAACTAGTAACTGAGATGTCACCATAGGGGATTTTTCTAATTGGCCAAAACCTGACTTGGCAGGGTTTGGTTTGGGTG TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT CTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGTGATGAGCCCCTGTGGAGGTGAAGACATTGTGGCTGACCACGTTGCCTCTTGTGGTGTAAACTTGTACC AGTTTTACGGTCCCTCTGGCCAGTACACCCATGAATTTGATGGAGATGAGCAGTTCTACGTGGACCTGGAGAGGAAGGAGACTGCCTGGCGGTGGCCTGA GTTCAGCAAATTTGGAGGTTTTGACCCGCAGGGTGCACTGAGAAACATGGCTGTGGCAAAACACAACTTGAACATCATGATTAAACGCTACAACTCTACC GCTGCTACCAATGAGGTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCGTGACACTGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTGGACAACATCTTTC CTCCTGTGGTCAACATCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGAAGGTGTTTCTGAGACCAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATCATTCCTTCTTCAA GATCAGTTACCTCACCTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGCAAGGTGGAGCACTGGGGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAAACACTGGGTGTTA CCTACAAAGACATGCCTGGGGTAAGCCACCCGGCTACCTAATTCCTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATGAGATC TATGTCAAATTTTTCCATCTTTCATCCAGGGCTGACTGAAACTATGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTCCCAGA TCATTTTTCATGTCCAGTAACACAGAAGCCACCAAGTACAGTATAGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCTTGTGT TCCCACCCTTGGCACTGCCACCCACCCCTCAATTCAGGCAACAATGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAATTTTA GAACCAAAAAATAAGTCTGTACTAATTTCAATGTGGCTTTTAAAAGTATGACAGAGAAATAAGTTAGGATAAAGGAAATTTGAATCTCAAAAATATCAAA AGTAAAAATGTATTCTCAAAACTTTAAATTTATGAAGAATGATGACAGTAGAAGCCTTCCTCTTCCCTTGTCACCTTGAGATAAAAATTCTTTAGGCAGG AAAAGAAATGGAAGTCAGAAAAACATTAGAATAAGACAATAATGTGGGTGTCTGAAAAGGAACAAATACTTATTCCTCACATAGGGTTAGTGACAATGGG AAAAGGGACGGGAGTAGAAGCCACAGACATATCTAGGAGCCCTGAATAGAGGCGCAGTCTGCCTCACCTCCTGAATGAAGCTGTACTAGATAACCATGTA GCTTTCCCTGTGCCACTCTGGCATGAAGGAGACAGTATAGTGAATATGGCTACAGGATGTTTCTTGGAAACATGCCAATATCTTCAGAAATCCCCAGCCC TTTCCCCTAACCCCTCCTGACTAAGGAAAGCATGAGCTTATGAGAGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGGGTGCT GTGTCCTCCACTGGATTCGCCATCTCCGAGGAGAAACTCTCACAGAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCATGAGG ATATTTCTAACCATGCTACCTGCATCAGTGAGTTTAAATTTTAATTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTGGTGCA AAGAACCCTAAATCCAAATCCAGGACTCAGTACTTTGAAGCTAGTATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTTTTCTC ATCCACAATGTAGGAGTAATAATACTTTCCTTGCAGAGTTATTGATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACATGAACA CATAAGAAAACATTGTGGTTATATTTATAATTAATTTATTTAAAAGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAATGATT TAGGAGATTCAAATGTAGAGCTATGGGTGAATTTCTTTTCATATGATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGGATTGG TAAGAGAACTCTTAGCACTAGAAGTTGTAATATTTGACTTTGGTTTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTTTATTC AAGGTATATCATATACAACAGATCTTTATGCCTGTTTACTTTGGGGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGGAATCA GTAAGCACAGGAAATCTGAACCAGTGATGATCATGAAAATGTCCATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATACCACAA TGGTGAAAAATGTCATTATACATTTGCTCAAATCCACAGAATATATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATGATGTG CCAATGTAAGTTCATAAATTATAGCAAATGTACCACTCAGATGGGAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCTGGCAG CAGTCCCCAGCCTTTTTGGCAGCAGGGACCAGTTTTATGGAAGACAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAACTGTG AAACTATTCCACCTCAGATCAACAAGCATTAGTTAGATTCTCATAAGGAACATGCAACCTAGATCTCTTGCATGCACAGTTAAAAATAGGGTTCGCACTC CTATGAGAATCTAATGCCACCACTGATCTGACGGAAGGCGGGGCTCAGTTGGTAATGCTGGCTCACCCACTGCGTGGTCCAGTTTCTAACAGGCCACCAA CTGGTACTGGTCCATGGCCCGGGGGTTGGGGACCTCTGGGATACCTCTGCACCTTCTGCTCAGTTTTTCTGTGAACCTACAACCGCTTTAAAATAAGGTC TATTTTTAAAAAGGAAAAGAGAAGGTAACCAATTATGATCCTAAATGTGTAAAATAAAAATTTTAGTATGAAAAACAGTCACATTAAAATGCACAACGTG CTAAGAAGCTTTTAGCAATAGGGTTTCAAATATATTTCATATACATTTCAATGATTCGTGAGGCAAGAACCCAGCATTTTGGAGTTGTGTGCATTTGTGT GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTAATATAAGGGGTATACTGAATGGCATAATGACCAGAGTCATGCAGAAATCTACAAATGCTGCCCAACTCA GACTCCTTCCTCAAGCAGCACTGTGGAAAGCAAATTTAATGATAGCAGTATTTTATTAAAAGGATGTATTCAAAAAATATTTACGTAATGTTAAAATAGC AGAATTAAAACTAATTCTAAAAAATAAGAGTAAATAGTTCTTTTTATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTGCCTGA TTTAAAATCATGCAATTCTTAAACAATTATTTGAGCTATTTGAATTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCACACTAT TTAAAATTTACAAAATTAGTGGGTCACAGAGGCTCGTGCTTGTGATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAACA GCTGCCTGGGCAACAAAGCAAGACCTTGTCTCTACAACACAAAAATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTGAGGCA AGAGGAGTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAATACTTCAGTGGGCTAAGATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATCTCTAA AAGTAAATAAATAAATAAAACTTACAAAATTTTAAAAATCAAATGAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAATTAAAC ATTTTATTACAAATGAAGCACTTCATGCACAGACTGGCACATAGTAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTCCAACT AACAAATCCCACAGTGAATGACATCACAGGGATGCAACCAACAAGATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCAACAAT TCAAGAGAGAGAGAGAAGAGAAGCTATACATTTTAAAAGGCTGAAGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGACTGTA TTAAGGAATTATCTAATTTTAGTGTGGTAATGAGATTGCTGTTATGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATGAATGA AA

HLA-DQA1.F3 (forward primer)
HLA-DQA1.R3 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

EDSNLMSSLYS*NNSSSPL*VEAASQGDCPVSF QGS*YKLFN**LRCHHRGFF*LAKT*LGRVWFGC LQISLS*GPHNYSTAQNTNC*GCLGKRMILNKA LLLGALALTTVMSPCGGEDIVADHVASCGVNLY QFYGPSGQYTHEFDGDEQFYVDLERKETAWRWPE FSKFGGFDPQGALRNMAVAKHNLNIMIKRYNST AATNEVPEVTVFSKSPVTLGQPNTLICLVDNIF PPVVNITWLSNGQSVTEGVSETSFLSKSDHSFFK ISYLTFLPSADEIYDCKVEHWGLDQPLLKHWVL PTKTCLG*ATRLPNSSVTSI*NLQGSNKFLL*D LCQIFPSFIQG*LKLWLIIGVLLCFNPI*PHFPD HFSCPVTQKPPSTV*PDNMLIS*LTLIFLASLC SHPWHCHPPLNSGNNEINGYRLPLAQNCYSKNF RTKK*VCTNFNVAFKSMTEK*VRIKEI*ISKISK VKMYSQNFKFMKNDDSRSLPLPLSP*DKNSLGR KRNGSQKNIRIRQ*CGCLKRNKYLFLT*G**QW EKGRE*KPQTYLGALNRGAVCLTS*MKLY*ITM* LSLCHSGMKETV**IWLQDVSWKHANIFRNPQP FPLTPPD*GKHELMRETLGRTTQLRQCSSSSGC CVLHWIRHLRGETLTEEMGQQRPHGSKQL*NP*G YF*PCYLHQ*V*ILIGEKIQNINAIIDTV*FGA KNPKSKSRTQYFEASILNFINV*SL*HFWPYFS HPQCRSNNTFLAELLIKFE*F*YLVNALHIVHEH IRKHCGYIYN*FI*KNGSYYMKSTFVFLSLLMI *EIQM*SYG*ISFHMIIEGYFSFSRMREAEIGL VRELLALEVVIFDFGFQLSKREYIPSLWPISVYS RYIIYNRSLCLFTLGKK*R*FKEKII*NTDWES VSTGNLNQ**S*KCPSQSTDDFQGNKTILFDTT MVKNVIIHLLKSTEYITPRVRLNVNYGLWVIMMC QCKFINYSKCTTQMGDVANGGGYACVGAECIWQ QSPAFLAAGTSFMEDNFSTDSWGNGGMIWG*NC ETIPPQINKH*LDSHKEHAT*ISCMHS*K*GSHS YENLMPPLI*RKAGLSW*CWLTHCVVQFLTGHQ LVLVHGPGVGDLWDTSAPSAQFFCEPTTALK*G LFLKRKREGNQL*S*MCKIKILV*KTVTLKCTTC *EAFSNRVSNIFHIHFNDS*GKNPAFWSCVHLC VCVCVCVCVCNIRGILNGIMTRVMQKSTNAAQL RLLPQAALWKANLMIAVFY*KDVFKKYLRNVKIA ELKLILKNKSK*FFLSAKNVGPTINRVTDLPA* FKIMQFLNNYLSYLNYFRLHT*SVTSLILNITL FKIYKISGSQRLVLVILALWRPIGEDCLKPGVQQ LPGQQSKTLSLQHKNKLMHGGTPVVPATLEAEA RGVLEPRSSILQWAKIVPLCSLQPRQQSRTPSL KVNK*IKLTKF*KSNEICQVCTYHI*TRDLKN*T FYYK*STSCTDWHIVSSR*VLTICVIVIFWSPT NKSHSE*HHRDATNKIQNMETSTR*TTPFLQQQ FKREREEKLYILKG*RNI*TKFV*GNQKN*HRLY *GII*F*CGNEIAVMFSKKSLYFRFS**NNYE*

Frame 1

KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPS RALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL CCWGPSL*PP**APVEVKTLWLTTLPLVV*TCT SFTVPLASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGL SSANLEVLTRRVH*ETWLWQNTT*TS*LNATTLP LLPMRFLRSQCFPSLP*HWVSPTPSFVLWTTSF LLWSTSHG*AMGSQSQKVFLRPASSPRVIIPSS RSVTSPSSLLLMRFMTARWSTGAWTSLF*NTGCY LQRHAWGKPPGYLIPQ*PPSKISKEAINSFYEI YVKFFHLSSRAD*NYG**LGYSYVSIQFNLISQ IIFHVQ*HRSHQVQYSLIIC*FLS*H*YFLLPCV PTLGTATHPSIQATMKLMDTVCPWPRIVIAKIL EPKNKSVLISMWLLKV*QRNKLG*RKFESQKYQ K*KCILKTLNL*RMMTVEAFLFPCHLEIKIL*AG KEMEVRKTLE*DNNVGV*KGTNTYSSHRVSDNG KRDGSRSHRHI*EP*IEAQSASPPE*SCTR*PC SFPCATLA*RRQYSEYGYRMFLGNMPISSEIPSP FP*PLLTKESMSL*EKP*EEQHS*DNVAAAVGA VSSTGFAISEEKLSQRKWVSSDLMALNSYEIHE DISNHATCISEFKF*LEKKYKTLMQ*LIQYSLVQ RTLNPNPGLSTLKLVF*TL*MCEVSNISGLTFL IHNVGVIILSLQSY**NLNNFDI*SMPYT*YMN T*ENIVVIFIINLFKRMDHII*KALLFFSAS**F RRFKCRAMGEFLFI**LKDIFLFPE*ERLRLDW *ENS*H*KL*YLTLVFNSLRGNIFPPYGP*VFI QGISYTTDLYACLLWGRSEDSSRRK*FKTQTGNQ *AQEI*TSDDHENVHHRAQMIFRAIKLFCLIPQ W*KMSLYICSNPQNI*HQELDLM*TMDFG***C ANVSS*IIANVPLRWEMLLMGEAMHVWEQSVSGS SPQPFWQQGPVLWKTIFPQIVGGMGV*SGDETV KLFHLRSTSIS*ILIRNMQPRSLACTVKNRVRT PMRI*CHH*SDGRRGSVGNAGSPTAWSSF*QATN WYWSMARGLGTSGIPLHLLLSFSVNLQPL*NKV YF*KGKEKVTNYDPKCVK*KF*YEKQSH*NAQR AKKLLAIGFQIYFIYISMIREARTQHFGVVCICV CVCVCVCVSVI*GVY*MA**PESCRNLQMLPNS DSFLKQHCGKQI***QYFIKRMYSKNIYVMLK* QN*N*F*KIRVNSSFYQLKM*GLLSIGLQIYLPD LKSCNS*TII*AI*IISDYTHKV*LH*YLISHY LKFTKLVGHRGSCL*S*HFGGQ*GRIA*SQEFN SCLGNKARPCLYNTKIN*CMAALL*SQLL*RLRQ EECLSPGVQYFSGLRLCHCAHSSLGSRAGLHL* K*INK*NLQNFKNQMKYVRFVPTTFKLGT*RIK HFITNEALHAQTGT**VVDRC*QFVLLLFSGVQL TNPTVNDITGMQPTRSRIWKLLLDKQLHFFSNN SREREKRSYTF*KAEEIYEPNLYEAIRKTDTDC IKELSNFSVVMRLLLCFLKSHYTLDFHNKIIMNE

Frame 2

RFQFNVLPLFIEQFLKSTLSRGCITRGLPRLLP GLLIQTLQLVTEMSP*GIFLIGQNLTWQGLVWV SSDFLVLRSSQLLYSSEHQLLRLPWEEDDPKQS SAAGGPRSDHRDEPLWR*RHCG*PRCLLWCKLVP VLRSLWPVHP*I*WR*AVLRGPGEEGDCLAVA* VQQIWRF*PAGCTEKHGCGKTQLEHHD*TLQLY RCYQ*GS*GHSVFQVSRDTGSAQHPHLSCGQHLS SCGQHHMAEQWAVSHRRCF*DQLPLQE*SFLLQ DQLPHLPPFC**DL*LQGGALGPGPASSETLGV TYKDMPGVSHPAT*FLSNLHLKSPRKQ*IPFMRS MSNFSIFHPGLTETMANNWGTLMFQSNLTSFPR SFFMSSNTEATKYSIA**YVDFLADINISCFLV FPPLALPPTPQFRQQ*N*WIPSALGPELL*QKF* NQKISLY*FQCGF*KYDREIS*DKGNLNLKNIK SKNVFSKL*IYEE**Q*KPSSSLVTLR*KFFRQ EKKWKSEKH*NKTIMWVSEKEQILIPHIGLVTMG KGTGVEATDISRSPE*RRSLPHLLNEAVLDNHV AFPVPLWHEGDSIVNMATGCFLETCQYLQKSPA LSPNPS*LRKA*AYERNPRKNNTVETM*QQQWVL CPPLDSPSPRRNSHRGNGSAATSWL*TAMKSMR IFLTMLPASVSLNFNWRKNTKH*CNN*YSIVWC KEP*IQIQDSVL*S*YFKLYKCVKSLTFLALLFS STM*E**YFPCRVIDKI*IILIFSQCLTHST*T HKKTLWLYL*LIYLKEWIILYEKHFCFSQPLND LGDSNVELWVNFFSYDN*RIFFFFQNERG*DWIG KRTLSTRSCNI*LWFSTL*EGIYSLLMAHKCLF KVYHIQQIFMPVYFGEEVKIVQGENNLKHRLGI SKHRKSEPVMIMKMSITEHR*FSGQ*NYSV*YHN GEKCHYTFAQIHRIYNTKS*T*CKLWTLGDNDV PM*VHKL*QMYHSDGRCC*WGRLCMCGSRVYLA AVPSLFGSRDQFYGRQFFHR*LGEWGYDLGMKL* NYSTSDQQALVRFS*GTCNLDLLHAQLKIGFAL L*ESNATTDLTEGGAQLVMLAHPLRGPVSNRPP TGTGPWPGGWGPLGYLCTFCSVFL*TYNRFKIRS IFKKEKRR*PIMILNV*NKNFSMKNSHIKMHNV LRSF*Q*GFKYISYTFQ*FVRQEPSILELCAFV CVCVCVCVCL*YKGYTEWHNDQSHAEIYKCCPTQ TPSSSSTVESKFNDSSILLKGCIQKIFT*C*NS RIKTNSKK*E*IVLFIS*KCRAYYQ*GYRSTCL I*NHAILKQLFELFELFQITHIKCDFINT*YHTI *NLQN*WVTEARACDLSTLEANRGGLLEARSST AAWATKQDLVSTTQK*INAWRHSCSPSYSRG*G KRSA*AQEFNTSVG*DCATVLTPA*AAEQDSISK SK*INKTYKILKIK*NMSGLYLPHLN*GLEELN ILLQMKHFMHRLAHSK*SIGVNNLCYCYFLESN *QIPQ*MTSQGCNQQDPEYGNFY*INNSISSATI QERERREAIHFKRLKKYMNQICMRQSEKLTPTV LRNYLILVW**DCCYVF*KVIIL*IFIIK*L*M K

Sequence HLA-DQA1.dAug05

GAAGATTCCAATTTAATGTCCTCCCTTTATTCATAGAACAATTCCTCAAGTCCACTCTGAGTAGAGGCTGCATCACAAGGGGATTGCCCCGTCTCCTTCC AGGGCTCTTAATACAAACTCTTCAACTAGTAACTGAGATGTCACCATAGGGGATTTTTCTAATTGGCCAAAACCTGACTTGGCAGGGTTTGGTTTGGGTG TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT CTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGTGATGAGCCCCTGTGGAGGTGAAGACATTGTGGCTGACCACGTTGCCTCTTGTGGTGTAAACTTGTACC AGTTTTACGGTCCCTCTGGCCAGTACACCCATGAATTTGATGGAGATGAGCAGTTCTACGTGGACCTGGAGAGGAAGGAGACTGCCTGGCGGTGGCCTGA GTTCAGCAAATTTGGAGGTTTTGACCCGCAGGGTGCACTGAGAAACATGGCTGTGGCAAAACACAACTTGAACATCATGATTAAACGCTACAACTCTACC GCTGCTACCAATGAGGTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCGTGACACTGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTGGACAACATCTTTC CTCCTGTGGTCAACATCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGAAGGTGTTTCTGAGACCAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATCATTCCTTCTTCAA GATCAGTTACCTCACCTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGCAAGGTGGAGCACTGGGGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAAACACTGGGGTAAG GATGAGTTTCATCATTTTTTGATTCTTTCTTGTCTGTCAAGTTCAGAACTTCCTGCCTTTTACTCCTATATCCAAAAACTTGTTTTCCACACTTCATGGG TTTCTTTTCTGTCTCTCTTTTTTTTTTGAAAGAATAAAGCAAAAAAAGCAGAGATTTATTGAAAATGAAAGTACACTCTACAGGATGGGAGTGGGCCTGC CACTTCATGGTTTTCTAATGATAGACTTCACTCTTCTCCCTAAGCCTGGGGCCTTGAGTCTTTGCAGAGCCAACCCTCTACCCCATCCCATCCCACACAC ATGCACATGAGCACACTCTGCATTCTGACCTCAACAACTTCACTTCCACAGAGCCTGAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTG TGCCCTGGGGTTGTCTGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGCACTGTCTTCATCATCCAAGGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCA TTGTGAATCCCATCCTGGAAGGGAAGGTAAGATTGAGACTGGTTACAGTTGAAGCGGCAGTATGAAAGGAAGGAAAGTGGGAGGGCGTTGTGGACATGAA TGTGGTTGAAAGTTGTAGGGGAATTGGGAAGTGGCATGATGATGACACAGGAGCCCCCTCGGACCCATTGATCTCATGTCTGCCCTGTTGCAGGTGCATC GCCATCTACAGGAGCAGAAGAATGGACTTGCTAAATGACCTAGCACTATTCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCT CACCTTTTCTCTGGGACTTAAGCTGCTATATCCCCTCAGAGCTCACAAATGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAA TGTTACCTACAAAGACATGCCTGGGGTAAGCCACCCGGCTACCTAATTCCTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATG AGATCTATGTCAAATTTTTCCATCTTTCATCCAGGGCTGACTGAAACTATGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTC CCAGATCATTTTTCATGTCCAGTAACACAGAAGCCACCAAGTACAGTATAGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCT TGTGTTCCCACCCTTGGCACTGCCACCCACCCCTCAATTCAGGCAACAATGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAA TTTTAGAACCAAAAAATAAGTCTGTACTAATTTCAATGTGGCTTTTAAAAGTATGACAGAGAAATAAGTTAGGATAAAGGAAATTTGAATCTCAAAAATA TCAAAAGTAAAAATGTATTCTCAAAACTTTAAATTTATGAAGAATGATGACAGTAGAAGCCTTCCTCTTCCCTTGTCACCTTGAGATAAAAATTCTTTAG GCAGGAAAAGAAATGGAAGTCAGAAAAACATTAGAATAAGACAATAATGTGGGTGTCTGAAAAGGAACAAATACTTATTCCTCACATAGGGTTAGTGACA ATGGGAAAAGGGACGGGAGTAGAAGCCACAGACATATCTAGGAGCCCTGAATAGAGGCGCAGTCTGCCTCACCTCCTGAATGAAGCTGTACTAGATAACC ATGTAGCTTTCCCTGTGCCACTCTGGCATGAAGGAGACAGTATAGTGAATATGGCTACAGGATGTTTCTTGGAAACATGCCAATATCTTCAGAAATCCCC AGCCCTTTCCCCTAACCCCTCCTGACTAAGGAAAGCATGAGCTTATGAGAGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGG GTGCTGTGTCCTCCACTGGATTCGCCATCTCCGAGGAGAAACTCTCACAGAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCA TGAGGATATTTCTAACCATGCTACCTGCATCAGTGAGTTTAAATTTTAATTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTG GTGCAAAGAACCCTAAATCCAAATCCAGGACTCAGTACTTTGAAGCTAGTATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTT TTCTCATCCACAATGTAGGAGTAATAATACTTTCCTTGCAGAGTTATTGATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACAT GAACACATAAGAAAACATTGTGGTTATATTTATAATTAATTTATTTAAAAGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAA TGATTTAGGAGATTCAAATGTAGAGCTATGGGTGAATTTCTTTTCATATGATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGG ATTGGTAAGAGAACTCTTAGCACTAGAAGTTGTAATATTTGACTTTGGTTTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTT TATTCAAGGTATATCATATACAACAGATCTTTATGCCTGTTTACTTTGGGGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGG AATCAGTAAGCACAGGAAATCTGAACCAGTGATGATCATGAAAATGTCCATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATAC CACAATGGTGAAAAATGTCATTATACATTTGCTCAAATCCACAGAATATATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATG ATGTGCCAATGTAAGTTCATAAATTATAGCAAATGTACCACTCAGATGGGAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCT GGCAGCAGTCCCCAGCCTTTTTGGCAGCAGGGACCAGTTTTATGGAAGACAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAA CTGTGAAACTATTCCACCTCAGATCAACAAGCATTAGTTAGATTCTCATAAGGAACATGCAACCTAGATCTCTTGCATGCACAGTTAAAAATAGGGTTCG CACTCCTATGAGAATCTAATGCCACCACTGATCTGACGGAAGGCGGGGCTCAGTTGGTAATGCTGGCTCACCCACTGCGTGGTCCAGTTTCTAACAGGCC ACCAACTGGTACTGGTCCATGGCCCGGGGGTTGGGGACCTCTGGGATACCTCTGCACCTTCTGCTCAGTTTTTCTGTGAACCTACAACCGCTTTAAAATA AGGTCTATTTTTAAAAAGGAAAAGAGAAGGTAACCAATTATGATCCTAAATGTGTAAAATAAAAATTTTAGTATGAAAAACAGTCACATTAAAATGCACA ACGTGCTAAGAAGCTTTTAGCAATAGGGTTTCAAATATATTTCATATACATTTCAATGATTCGTGAGGCAAGAACCCAGCATTTTGGAGTTGTGTGCATT TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTAATATAAGGGGTATACTGAATGGCATAATGACCAGAGTCATGCAGAAATCTACAAATGCTGCCCA ACTCAGACTCCTTCCTCAAGCAGCACTGTGGAAAGCAAATTTAATGATAGCAGTATTTTATTAAAAGGATGTATTCAAAAAATATTTACGTAATGTTAAA ATAGCAGAATTAAAACTAATTCTAAAAAATAAGAGTAAATAGTTCTTTTTATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTG CCTGATTTAAAATCATGCAATTCTTAAACAATTATTTGAGCTATTTGAATTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCAC ACTATTTAAAATTTACAAAATTAGTGGGTCACAGAGGCTCGTGCTTGTGATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTT CAACAGCTGCCTGGGCAACAAAGCAAGACCTTGTCTCTACAACACAAAAATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTG AGGCAAGAGGAGTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAATACTTCAGTGGGCTAAGATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATC TCTAAAAGTAAATAAATAAATAAAACTTACAAAATTTTAAAAATCAAATGAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAAT TAAACATTTTATTACAAATGAAGCACTTCATGCACAGACTGGCACATAGTAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTC CAACTAACAAATCCCACAGTGAATGACATCACAGGGATGCAACCAACAAGATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCA ACAATTCAAGAGAGAGAGAGAAGAGAAGCTATACATTTTAAAAGGCTGAAGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGA CTGTATTAAGGAATTATCTAATTTTAGTGTGGTAATGAGATTGCTGTTATGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATG AATGAAA

HLA-DQA1.F3 (forward primer)
HLA-DQA1.R3 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

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Frame 1

KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPS RALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL CCWGPSL*PP**APVEVKTLWLTTLPLVV*TCT SFTVPLASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGL SSANLEVLTRRVH*ETWLWQNTT*TS*LNATTLP LLPMRFLRSQCFPSLP*HWVSPTPSFVLWTTSF LLWSTSHG*AMGSQSQKVFLRPASSPRVIIPSS RSVTSPSSLLLMRFMTARWSTGAWTSLF*NTGVR MSFIIF*FFLVCQVQNFLPFTPISKNLFSTLHG FLFCLSFFFERIKQKKQRFIENESTLYRMGVGL PLHGFLMIDFTLLPKPGALSLCRANPLPHPIPHT CT*AHSAF*PQQLHFHRA*DSSPYVRAHRDCGL CPGVVCGPHGHCGGHCLHHPRPAFSWCFQTPRA IVNPILEGKVRLRLVTVEAAV*KEGKWEGVVDMN VVESCRGIGKWHDDDTGAPSDPLISCLPCCRCI AIYRSRRMDLLNDLALFSGPIYHIPFLLQIFLL SPFLWDLSCYIPSELTNAFTFFP*PPDFFFLFSN VTYKDMPGVSHPAT*FLSNLHLKSPRKQ*IPFM RSMSNFSIFHPGLTETMANNWGTLMFQSNLTSF PRSFFMSSNTEATKYSIA**YVDFLADINISCFL VFPPLALPPTPQFRQQ*N*WIPSALGPELL*QK F*NQKISLY*FQCGF*KYDREIS*DKGNLNLKN IKSKNVFSKL*IYEE**Q*KPSSSLVTLR*KFFR QEKKWKSEKH*NKTIMWVSEKEQILIPHIGLVT MGKGTGVEATDISRSPE*RRSLPHLLNEAVLDN HVAFPVPLWHEGDSIVNMATGCFLETCQYLQKSP ALSPNPS*LRKA*AYERNPRKNNTVETM*QQQW VLCPPLDSPSPRRNSHRGNGSAATSWL*TAMKS MRIFLTMLPASVSLNFNWRKNTKH*CNN*YSIVW CKEP*IQIQDSVL*S*YFKLYKCVKSLTFLALL FSSTM*E**YFPCRVIDKI*IILIFSQCLTHST *THKKTLWLYL*LIYLKEWIILYEKHFCFSQPLN DLGDSNVELWVNFFSYDN*RIFFFFQNERG*DW IGKRTLSTRSCNI*LWFSTL*EGIYSLLMAHKC LFKVYHIQQIFMPVYFGEEVKIVQGENNLKHRLG ISKHRKSEPVMIMKMSITEHR*FSGQ*NYSV*Y HNGEKCHYTFAQIHRIYNTKS*T*CKLWTLGDN DVPM*VHKL*QMYHSDGRCC*WGRLCMCGSRVYL AAVPSLFGSRDQFYGRQFFHR*LGEWGYDLGMK L*NYSTSDQQALVRFS*GTCNLDLLHAQLKIGF ALL*ESNATTDLTEGGAQLVMLAHPLRGPVSNRP PTGTGPWPGGWGPLGYLCTFCSVFL*TYNRFKI RSIFKKEKRR*PIMILNV*NKNFSMKNSHIKMH NVLRSF*Q*GFKYISYTFQ*FVRQEPSILELCAF VCVCVCVCVCL*YKGYTEWHNDQSHAEIYKCCP TQTPSSSSTVESKFNDSSILLKGCIQKIFT*C* NSRIKTNSKK*E*IVLFIS*KCRAYYQ*GYRSTC LI*NHAILKQLFELFELFQITHIKCDFINT*YH TI*NLQN*WVTEARACDLSTLEANRGGLLEARS STAAWATKQDLVSTTQK*INAWRHSCSPSYSRG* GKRSA*AQEFNTSVG*DCATVLTPA*AAEQDSI SKSK*INKTYKILKIK*NMSGLYLPHLN*GLEE LNILLQMKHFMHRLAHSK*SIGVNNLCYCYFLES N*QIPQ*MTSQGCNQQDPEYGNFY*INNSISSA TIQERERREAIHFKRLKKYMNQICMRQSEKLTP TVLRNYLILVW**DCCYVF*KVIIL*IFIIK*L* MK

Frame 2

RFQFNVLPLFIEQFLKSTLSRGCITRGLPRLLP GLLIQTLQLVTEMSP*GIFLIGQNLTWQGLVWV SSDFLVLRSSQLLYSSEHQLLRLPWEEDDPKQS SAAGGPRSDHRDEPLWR*RHCG*PRCLLWCKLVP VLRSLWPVHP*I*WR*AVLRGPGEEGDCLAVA* VQQIWRF*PAGCTEKHGCGKTQLEHHD*TLQLY RCYQ*GS*GHSVFQVSRDTGSAQHPHLSCGQHLS SCGQHHMAEQWAVSHRRCF*DQLPLQE*SFLLQ DQLPHLPPFC**DL*LQGGALGPGPASSETLG* G*VSSFFDSFLSVKFRTSCLLLLYPKTCFPHFMG FFSVSLFFLKE*SKKSRDLLKMKVHSTGWEWAC HFMVF***TSLFSLSLGP*VFAEPTLYPIPSHT HAHEHTLHSDLNNFTSTEPEIPAPMSELTETVVC ALGLSVGLMGIVVGTVFIIQGLRSVGASRHQGP L*IPSWKGR*D*DWLQLKRQYERKESGRALWT* MWLKVVGELGSGMMMTQEPPRTH*SHVCPVAGAS PSTGAEEWTC*MT*HYSLARFIISLFSSKYFSS HLFSGT*AAISPQSSQMPLHSFPDLLIFFFFSQ MLPTKTCLG*ATRLPNSSVTSI*NLQGSNKFLL* DLCQIFPSFIQG*LKLWLIIGVLLCFNPI*PHF PDHFSCPVTQKPPSTV*PDNMLIS*LTLIFLAS LCSHPWHCHPPLNSGNNEINGYRLPLAQNCYSKN FRTKK*VCTNFNVAFKSMTEK*VRIKEI*ISKI SKVKMYSQNFKFMKNDDSRSLPLPLSP*DKNSL GRKRNGSQKNIRIRQ*CGCLKRNKYLFLT*G**Q WEKGRE*KPQTYLGALNRGAVCLTS*MKLY*IT M*LSLCHSGMKETV**IWLQDVSWKHANIFRNP QPFPLTPPD*GKHELMRETLGRTTQLRQCSSSSG CCVLHWIRHLRGETLTEEMGQQRPHGSKQL*NP *GYF*PCYLHQ*V*ILIGEKIQNINAIIDTV*F GAKNPKSKSRTQYFEASILNFINV*SL*HFWPYF SHPQCRSNNTFLAELLIKFE*F*YLVNALHIVH EHIRKHCGYIYN*FI*KNGSYYMKSTFVFLSLL MI*EIQM*SYG*ISFHMIIEGYFSFSRMREAEIG LVRELLALEVVIFDFGFQLSKREYIPSLWPISV YSRYIIYNRSLCLFTLGKK*R*FKEKII*NTDW ESVSTGNLNQ**S*KCPSQSTDDFQGNKTILFDT TMVKNVIIHLLKSTEYITPRVRLNVNYGLWVIM MCQCKFINYSKCTTQMGDVANGGGYACVGAECI WQQSPAFLAAGTSFMEDNFSTDSWGNGGMIWG*N CETIPPQINKH*LDSHKEHAT*ISCMHS*K*GS HSYENLMPPLI*RKAGLSW*CWLTHCVVQFLTG HQLVLVHGPGVGDLWDTSAPSAQFFCEPTTALK* GLFLKRKREGNQL*S*MCKIKILV*KTVTLKCT TC*EAFSNRVSNIFHIHFNDS*GKNPAFWSCVH LCVCVCVCVCVCNIRGILNGIMTRVMQKSTNAAQ LRLLPQAALWKANLMIAVFY*KDVFKKYLRNVK IAELKLILKNKSK*FFLSAKNVGPTINRVTDLP A*FKIMQFLNNYLSYLNYFRLHT*SVTSLILNIT LFKIYKISGSQRLVLVILALWRPIGEDCLKPGV QQLPGQQSKTLSLQHKNKLMHGGTPVVPATLEA EARGVLEPRSSILQWAKIVPLCSLQPRQQSRTPS LKVNK*IKLTKF*KSNEICQVCTYHI*TRDLKN *TFYYK*STSCTDWHIVSSR*VLTICVIVIFWS PTNKSHSE*HHRDATNKIQNMETSTR*TTPFLQQ QFKREREEKLYILKG*RNI*TKFV*GNQKN*HR LY*GII*F*CGNEIAVMFSKKSLYFRFS**NNY E*

Sequence HLA-DQA1.hAug05

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TTTTTGATTCTTTCTTGTCTGTCAAGTTCAGAACTTCCTGCCTTTTACTCCTATATCCAAAAACTTGTTTTCCACACTTCATGGGTTTCTTTTCTGTCTC TCTTTTTTTTTTGAAAGAATAAAGCAAAAAAAGCAGAGATTTATTGAAAATGAAAGTACACTCTACAGGATGGGAGTGGGCCTGCCACTTCATGGTTTTC TAATGATAGACTTCACTCTTCTCCCTAAGCCTGGGGCCTTGAGTCTTTGCAGAGCCAACCCTCTACCCCATCCCATCCCACACACATGCACATGAGCACA CTCTGCATTCTGACCTCAACAACTTCACTTCCACAGAGCCTGAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTGTGCCCTGGGGTTGTC TGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGCACTGTCTTCATCATCCAAGGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCATTGTGAATCCCATCC TGGAAGGGAAGGTAAGATTGAGACTGGTTACAGTTGAAGCGGCAGTATGAAAGGAAGGAAAGTGGGAGGGCGTTGTGGACATGAATGTGGTTGAAAGTTG TAGGGGAATTGGGAAGTGGCATGATGATGACACAGGAGCCCCCTCGGACCCATTGATCTCATGTCTGCCCTGTTGCAGGTGCATCGCCATCTACAGGAGC AGAAGAATGGACTTGCTAAATGACCTAGCACTATTCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCTCACCTTTTCTCTGGG ACTTAAGCTGCTATATCCCCTCAGAGCTCACAAATGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAATGTTACCTACAAAGA 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CCCCTCCTGACTAAGGAAAGCATGAGCTTATGAGAGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGGGTGCTGTGTCCTCCA CTGGATTCGCCATCTCCGAGGAGAAACTCTCACAGAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCATGAGGATATTTCTAA CCATGCTACCTGCATCAGTGAGTTTAAATTTTAATTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTGGTGCAAAGAACCCTA AATCCAAATCCAGGACTCAGTACTTTGAAGCTAGTATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTTTTCTCATCCACAATG TAGGAGTAATAATACTTTCCTTGCAGAGTTATTGATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACATGAACACATAAGAAAA CATTGTGGTTATATTTATAATTAATTTATTTAAAAGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAATGATTTAGGAGATTC AAATGTAGAGCTATGGGTGAATTTCTTTTCATATGATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGGATTGGTAAGAGAACT CTTAGCACTAGAAGTTGTAATATTTGACTTTGGTTTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTTTATTCAAGGTATATC ATATACAACAGATCTTTATGCCTGTTTACTTTGGGGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGGAATCAGTAAGCACAG 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HLA-DQA1.F3 (forward primer)
HLA-DQA1.R3 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

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Frame 1

KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPS RALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL CCWGPSL*PP**APVELTTLPLVV*TCTSFTVP LASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGLSSANL EVLTRRVH*ETWLWQNTT*TS*LNATTLPLLPMR FLRSQCFPSLP*HWVSPTPSFVLWTTSFLLWST SHG*AMGSQSQKVFLRPASSPRVIIPSSRSVTS PSSLLLMRFMTARWSTGAWTSLF*NTGVRMSFII F*FFLVCQVQNFLPFTPISKNLFSTLHGFLFCL SFFFERIKQKKQRFIENESTLYRMGVGLPLHGF LMIDFTLLPKPGALSLCRANPLPHPIPHTCT*AH SAF*PQQLHFHRA*DSSPYVRAHRDCGLCPGVV CGPHGHCGGHCLHHPRPAFSWCFQTPRAIVNPI LEGKVRLRLVTVEAAV*KEGKWEGVVDMNVVESC RGIGKWHDDDTGAPSDPLISCLPCCRCIAIYRS RRMDLLNDLALFSGPIYHIPFLLQIFLLSPFLW DLSCYIPSELTNAFTFFP*PPDFFFLFSNVTYKD MPGVSHPAT*FLSNLHLKSPRKQ*IPFMRSMSN FSIFHPGLTETMANNWGTLMFQSNLTSFPRSFF MSSNTEATKYSIA**YVDFLADINISCFLVFPPL ALPPTPQFRQQ*N*WIPSALGPELL*QKF*NQK ISLY*FQCGF*KYDREIS*DKGNLNLKNIKSKN VFSKL*IYEE**Q*KPSSSLVTLR*KFFRQEKKW KSEKH*NKTIMWVSEKEQILIPHIGLVTMGKGT GVEATDISRSPE*RRSLPHLLNEAVLDNHVAFP VPLWHEGDSIVNMATGCFLETCQYLQKSPALSPN PS*LRKA*AYERNPRKNNTVETM*QQQWVLCPP LDSPSPRRNSHRGNGSAATSWL*TAMKSMRIFL TMLPASVSLNFNWRKNTKH*CNN*YSIVWCKEP* IQIQDSVL*S*YFKLYKCVKSLTFLALLFSSTM *E**YFPCRVIDKI*IILIFSQCLTHST*THKK TLWLYL*LIYLKEWIILYEKHFCFSQPLNDLGDS NVELWVNFFSYDN*RIFFFFQNERG*DWIGKRT LSTRSCNI*LWFSTL*EGIYSLLMAHKCLFKVY HIQQIFMPVYFGEEVKIVQGENNLKHRLGISKHR KSEPVMIMKMSITEHR*FSGQ*NYSV*YHNGEK CHYTFAQIHRIYNTKS*T*CKLWTLGDNDVPM* VHKL*QMYHSDGRCC*WGRLCMCGSRVYLAAVPS LFGSRDQFYGRQFFHR*LGEWGYDLGMKL*NYS TSDQQALVRFS*GTCNLDLLHAQLKIGFALL*E SNATTDLTEGGAQLVMLAHPLRGPVSNRPPTGTG PWPGGWGPLGYLCTFCSVFL*TYNRFKIRSIFK KEKRR*PIMILNV*NKNFSMKNSHIKMHNVLRS F*Q*GFKYISYTFQ*FVRQEPSILELCAFVCVCV CVCVCL*YKGYTEWHNDQSHAEIYKCCPTQTPS SSSTVESKFNDSSILLKGCIQKIFT*C*NSRIK TNSKK*E*IVLFIS*KCRAYYQ*GYRSTCLI*NH AILKQLFELFELFQITHIKCDFINT*YHTI*NL QN*WVTEARACDLSTLEANRGGLLEARSSTAAW ATKQDLVSTTQK*INAWRHSCSPSYSRG*GKRSA *AQEFNTSVG*DCATVLTPA*AAEQDSISKSK* INKTYKILKIK*NMSGLYLPHLN*GLEELNILL QMKHFMHRLAHSK*SIGVNNLCYCYFLESN*QIP Q*MTSQGCNQQDPEYGNFY*INNSISSATIQER ERREAIHFKRLKKYMNQICMRQSEKLTPTVLRN YLILVW**DCCYVF*KVIIL*IFIIK*L*MK

Frame 2

RFQFNVLPLFIEQFLKSTLSRGCITRGLPRLLP GLLIQTLQLVTEMSP*GIFLIGQNLTWQGLVWV SSDFLVLRSSQLLYSSEHQLLRLPWEEDDPKQS SAAGGPRSDHRDEPLWS*PRCLLWCKLVPVLRSL WPVHP*I*WR*AVLRGPGEEGDCLAVA*VQQIW RF*PAGCTEKHGCGKTQLEHHD*TLQLYRCYQ* GS*GHSVFQVSRDTGSAQHPHLSCGQHLSSCGQH HMAEQWAVSHRRCF*DQLPLQE*SFLLQDQLPH LPPFC**DL*LQGGALGPGPASSETLG*G*VSS FFDSFLSVKFRTSCLLLLYPKTCFPHFMGFFSVS LFFLKE*SKKSRDLLKMKVHSTGWEWACHFMVF ***TSLFSLSLGP*VFAEPTLYPIPSHTHAHEH TLHSDLNNFTSTEPEIPAPMSELTETVVCALGLS VGLMGIVVGTVFIIQGLRSVGASRHQGPL*IPS WKGR*D*DWLQLKRQYERKESGRALWT*MWLKV VGELGSGMMMTQEPPRTH*SHVCPVAGASPSTGA EEWTC*MT*HYSLARFIISLFSSKYFSSHLFSG T*AAISPQSSQMPLHSFPDLLIFFFFSQMLPTK TCLG*ATRLPNSSVTSI*NLQGSNKFLL*DLCQI FPSFIQG*LKLWLIIGVLLCFNPI*PHFPDHFS CPVTQKPPSTV*PDNMLIS*LTLIFLASLCSHP WHCHPPLNSGNNEINGYRLPLAQNCYSKNFRTKK *VCTNFNVAFKSMTEK*VRIKEI*ISKISKVKM YSQNFKFMKNDDSRSLPLPLSP*DKNSLGRKRN GSQKNIRIRQ*CGCLKRNKYLFLT*G**QWEKGR E*KPQTYLGALNRGAVCLTS*MKLY*ITM*LSL CHSGMKETV**IWLQDVSWKHANIFRNPQPFPL TPPD*GKHELMRETLGRTTQLRQCSSSSGCCVLH WIRHLRGETLTEEMGQQRPHGSKQL*NP*GYF* PCYLHQ*V*ILIGEKIQNINAIIDTV*FGAKNP KSKSRTQYFEASILNFINV*SL*HFWPYFSHPQC RSNNTFLAELLIKFE*F*YLVNALHIVHEHIRK HCGYIYN*FI*KNGSYYMKSTFVFLSLLMI*EI QM*SYG*ISFHMIIEGYFSFSRMREAEIGLVREL LALEVVIFDFGFQLSKREYIPSLWPISVYSRYI IYNRSLCLFTLGKK*R*FKEKII*NTDWESVST GNLNQ**S*KCPSQSTDDFQGNKTILFDTTMVKN VIIHLLKSTEYITPRVRLNVNYGLWVIMMCQCK FINYSKCTTQMGDVANGGGYACVGAECIWQQSP AFLAAGTSFMEDNFSTDSWGNGGMIWG*NCETIP PQINKH*LDSHKEHAT*ISCMHS*K*GSHSYEN LMPPLI*RKAGLSW*CWLTHCVVQFLTGHQLVL VHGPGVGDLWDTSAPSAQFFCEPTTALK*GLFLK RKREGNQL*S*MCKIKILV*KTVTLKCTTC*EA FSNRVSNIFHIHFNDS*GKNPAFWSCVHLCVCV CVCVCVCNIRGILNGIMTRVMQKSTNAAQLRLLP QAALWKANLMIAVFY*KDVFKKYLRNVKIAELK LILKNKSK*FFLSAKNVGPTINRVTDLPA*FKI MQFLNNYLSYLNYFRLHT*SVTSLILNITLFKIY KISGSQRLVLVILALWRPIGEDCLKPGVQQLPG QQSKTLSLQHKNKLMHGGTPVVPATLEAEARGV LEPRSSILQWAKIVPLCSLQPRQQSRTPSLKVNK *IKLTKF*KSNEICQVCTYHI*TRDLKN*TFYY K*STSCTDWHIVSSR*VLTICVIVIFWSPTNKS HSE*HHRDATNKIQNMETSTR*TTPFLQQQFKRE REEKLYILKG*RNI*TKFV*GNQKN*HRLY*GI I*F*CGNEIAVMFSKKSLYFRFS**NNYE*

Sequence HLA-DQA1.lAug05

GAAGATTCCAATTTAATGTCCTCCCTTTATTCATAGAACAATTCCTCAAGTCCACTCTGAGTAGAGGCTGCATCACAAGGGGATTGCCCCGTCTCCTTCC AGGGCTCTTAATACAAACTCTTCAACTAGTAACTGAGATGTCACCATAGGGGATTTTTCTAATTGGCCAAAACCTGACTTGGCAGGGTTTGGTTTGGGTG TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT CTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGTGATGAGCCCCTGTGGAGGTGAAGACATTGTGGAGGTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCG TGACACTGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTGGACAACATCTTTCCTCCTGTGGTCAACATCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGA AGGTGTTTCTGAGACCAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATCATTCCTTCTTCAAGATCAGTTACCTCACCTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGC AAGGTGGAGCACTGGGGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAAACACTGGGGTAAGGATGAGTTTCATCATTTTTTGATTCTTTCTTGTCTGTCAAGTTCAGAAC TTCCTGCCTTTTACTCCTATATCCAAAAACTTGTTTTCCACACTTCATGGGTTTCTTTTCTGTCTCTCTTTTTTTTTTGAAAGAATAAAGCAAAAAAAGC AGAGATTTATTGAAAATGAAAGTACACTCTACAGGATGGGAGTGGGCCTGCCACTTCATGGTTTTCTAATGATAGACTTCACTCTTCTCCCTAAGCCTGG GGCCTTGAGTCTTTGCAGAGCCAACCCTCTACCCCATCCCATCCCACACACATGCACATGAGCACACTCTGCATTCTGACCTCAACAACTTCACTTCCAC AGAGCCTGAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTGTGCCCTGGGGTTGTCTGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGCACTGTC TTCATCATCCAAGGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCATTGTGAATCCCATCCTGGAAGGGAAGGTAAGATTGAGACTGGTTACAGT TGAAGCGGCAGTATGAAAGGAAGGAAAGTGGGAGGGCGTTGTGGACATGAATGTGGTTGAAAGTTGTAGGGGAATTGGGAAGTGGCATGATGATGACACA GGAGCCCCCTCGGACCCATTGATCTCATGTCTGCCCTGTTGCAGGTGCATCGCCATCTACAGGAGCAGAAGAATGGACTTGCTAAATGACCTAGCACTAT TCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCTCACCTTTTCTCTGGGACTTAAGCTGCTATATCCCCTCAGAGCTCACAAA TGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAATGTTACCTACAAAGACATGCCTGGGGTAAGCCACCCGGCTACCTAATTC CTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATGAGATCTATGTCAAATTTTTCCATCTTTCATCCAGGGCTGACTGAAACTA TGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTCCCAGATCATTTTTCATGTCCAGTAACACAGAAGCCACCAAGTACAGTAT AGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCTTGTGTTCCCACCCTTGGCACTGCCACCCACCCCTCAATTCAGGCAACAA TGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAATTTTAGAACCAAAAAATAAGTCTGTACTAATTTCAATGTGGCTTTTAAA AGTATGACAGAGAAATAAGTTAGGATAAAGGAAATTTGAATCTCAAAAATATCAAAAGTAAAAATGTATTCTCAAAACTTTAAATTTATGAAGAATGATG ACAGTAGAAGCCTTCCTCTTCCCTTGTCACCTTGAGATAAAAATTCTTTAGGCAGGAAAAGAAATGGAAGTCAGAAAAACATTAGAATAAGACAATAATG TGGGTGTCTGAAAAGGAACAAATACTTATTCCTCACATAGGGTTAGTGACAATGGGAAAAGGGACGGGAGTAGAAGCCACAGACATATCTAGGAGCCCTG AATAGAGGCGCAGTCTGCCTCACCTCCTGAATGAAGCTGTACTAGATAACCATGTAGCTTTCCCTGTGCCACTCTGGCATGAAGGAGACAGTATAGTGAA TATGGCTACAGGATGTTTCTTGGAAACATGCCAATATCTTCAGAAATCCCCAGCCCTTTCCCCTAACCCCTCCTGACTAAGGAAAGCATGAGCTTATGAG AGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGGGTGCTGTGTCCTCCACTGGATTCGCCATCTCCGAGGAGAAACTCTCACA GAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCATGAGGATATTTCTAACCATGCTACCTGCATCAGTGAGTTTAAATTTTAA TTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTGGTGCAAAGAACCCTAAATCCAAATCCAGGACTCAGTACTTTGAAGCTAG TATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTTTTCTCATCCACAATGTAGGAGTAATAATACTTTCCTTGCAGAGTTATTG ATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACATGAACACATAAGAAAACATTGTGGTTATATTTATAATTAATTTATTTAAA AGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAATGATTTAGGAGATTCAAATGTAGAGCTATGGGTGAATTTCTTTTCATAT GATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGGATTGGTAAGAGAACTCTTAGCACTAGAAGTTGTAATATTTGACTTTGGT TTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTTTATTCAAGGTATATCATATACAACAGATCTTTATGCCTGTTTACTTTGG GGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGGAATCAGTAAGCACAGGAAATCTGAACCAGTGATGATCATGAAAATGTCC ATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATACCACAATGGTGAAAAATGTCATTATACATTTGCTCAAATCCACAGAATAT ATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATGATGTGCCAATGTAAGTTCATAAATTATAGCAAATGTACCACTCAGATGG GAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCTGGCAGCAGTCCCCAGCCTTTTTGGCAGCAGGGACCAGTTTTATGGAAGA CAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAACTGTGAAACTATTCCACCTCAGATCAACAAGCATTAGTTAGATTCTCAT AAGGAACATGCAACCTAGATCTCTTGCATGCACAGTTAAAAATAGGGTTCGCACTCCTATGAGAATCTAATGCCACCACTGATCTGACGGAAGGCGGGGC TCAGTTGGTAATGCTGGCTCACCCACTGCGTGGTCCAGTTTCTAACAGGCCACCAACTGGTACTGGTCCATGGCCCGGGGGTTGGGGACCTCTGGGATAC CTCTGCACCTTCTGCTCAGTTTTTCTGTGAACCTACAACCGCTTTAAAATAAGGTCTATTTTTAAAAAGGAAAAGAGAAGGTAACCAATTATGATCCTAA ATGTGTAAAATAAAAATTTTAGTATGAAAAACAGTCACATTAAAATGCACAACGTGCTAAGAAGCTTTTAGCAATAGGGTTTCAAATATATTTCATATAC ATTTCAATGATTCGTGAGGCAAGAACCCAGCATTTTGGAGTTGTGTGCATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTAATATAAGGGGTAT ACTGAATGGCATAATGACCAGAGTCATGCAGAAATCTACAAATGCTGCCCAACTCAGACTCCTTCCTCAAGCAGCACTGTGGAAAGCAAATTTAATGATA GCAGTATTTTATTAAAAGGATGTATTCAAAAAATATTTACGTAATGTTAAAATAGCAGAATTAAAACTAATTCTAAAAAATAAGAGTAAATAGTTCTTTT TATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTGCCTGATTTAAAATCATGCAATTCTTAAACAATTATTTGAGCTATTTGAA TTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCACACTATTTAAAATTTACAAAATTAGTGGGTCACAGAGGCTCGTGCTTGTG ATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAACAGCTGCCTGGGCAACAAAGCAAGACCTTGTCTCTACAACACAAAA ATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTGAGGCAAGAGGAGTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAATACTTCAGTGGGCTAA GATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATCTCTAAAAGTAAATAAATAAATAAAACTTACAAAATTTTAAAAATCAAAT GAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAATTAAACATTTTATTACAAATGAAGCACTTCATGCACAGACTGGCACATAG TAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTCCAACTAACAAATCCCACAGTGAATGACATCACAGGGATGCAACCAACAA GATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCAACAATTCAAGAGAGAGAGAGAAGAGAAGCTATACATTTTAAAAGGCTGA AGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGACTGTATTAAGGAATTATCTAATTTTAGTGTGGTAATGAGATTGCTGTTA TGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATGAATGAAA

HLA-DQA1.F3 (forward primer)
HLA-DQA1.R3 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

EDSNLMSSLYS*NNSSSPL*VEAASQGDCPVSF QGS*YKLFN**LRCHHRGFF*LAKT*LGRVWFGC LQISLS*GPHNYSTAQNTNC*GCLGKRMILNKA LLLGALALTTVMSPCGGEDIVEVPEVTVFSKSP VTLGQPNTLICLVDNIFPPVVNITWLSNGQSVTE GVSETSFLSKSDHSFFKISYLTFLPSADEIYDC KVEHWGLDQPLLKHWGKDEFHHFLILSCLSSSE LPAFYSYIQKLVFHTSWVSFLSLFFF*KNKAKKA EIY*K*KYTLQDGSGPATSWFSNDRLHSSP*AW GLESLQSQPSTPSHPTHMHMSTLCILTSTTSLP QSLRFQPLCQSSQRLWSVPWGCLWASWALWWALS SSSKACVQLVLPDTKGHCESHPGREGKIETGYS *SGSMKGRKVGGRCGHECG*KL*GNWEVA***H RSPLGPIDLMSALLQVHRHLQEQKNGLAK*PSTI LWPDLSYPFSPPNISPLTFSLGLKLLYPLRAHK CLYILSLTS*FFFSFLKCYLQRHAWGKPPGYLI PQ*PPSKISKEAINSFYEIYVKFFHLSSRAD*NY G**LGYSYVSIQFNLISQIIFHVQ*HRSHQVQY SLIIC*FLS*H*YFLLPCVPTLGTATHPSIQAT MKLMDTVCPWPRIVIAKILEPKNKSVLISMWLLK V*QRNKLG*RKFESQKYQK*KCILKTLNL*RMM TVEAFLFPCHLEIKIL*AGKEMEVRKTLE*DNN VGV*KGTNTYSSHRVSDNGKRDGSRSHRHI*EP* IEAQSASPPE*SCTR*PCSFPCATLA*RRQYSE YGYRMFLGNMPISSEIPSPFP*PLLTKESMSL* EKP*EEQHS*DNVAAAVGAVSSTGFAISEEKLSQ RKWVSSDLMALNSYEIHEDISNHATCISEFKF* LEKKYKTLMQ*LIQYSLVQRTLNPNPGLSTLKL VF*TL*MCEVSNISGLTFLIHNVGVIILSLQSY* *NLNNFDI*SMPYT*YMNT*ENIVVIFIINLFK RMDHII*KALLFFSAS**FRRFKCRAMGEFLFI **LKDIFLFPE*ERLRLDW*ENS*H*KL*YLTLV FNSLRGNIFPPYGP*VFIQGISYTTDLYACLLW GRSEDSSRRK*FKTQTGNQ*AQEI*TSDDHENV HHRAQMIFRAIKLFCLIPQW*KMSLYICSNPQNI *HQELDLM*TMDFG***CANVSS*IIANVPLRW EMLLMGEAMHVWEQSVSGSSPQPFWQQGPVLWK TIFPQIVGGMGV*SGDETVKLFHLRSTSIS*ILI RNMQPRSLACTVKNRVRTPMRI*CHH*SDGRRG SVGNAGSPTAWSSF*QATNWYWSMARGLGTSGI PLHLLLSFSVNLQPL*NKVYF*KGKEKVTNYDPK CVK*KF*YEKQSH*NAQRAKKLLAIGFQIYFIY ISMIREARTQHFGVVCICVCVCVCVCVSVI*GV Y*MA**PESCRNLQMLPNSDSFLKQHCGKQI*** QYFIKRMYSKNIYVMLK*QN*N*F*KIRVNSSF YQLKM*GLLSIGLQIYLPDLKSCNS*TII*AI* IISDYTHKV*LH*YLISHYLKFTKLVGHRGSCL* S*HFGGQ*GRIA*SQEFNSCLGNKARPCLYNTK IN*CMAALL*SQLL*RLRQEECLSPGVQYFSGL RLCHCAHSSLGSRAGLHL*K*INK*NLQNFKNQM KYVRFVPTTFKLGT*RIKHFITNEALHAQTGT* *VVDRC*QFVLLLFSGVQLTNPTVNDITGMQPT RSRIWKLLLDKQLHFFSNNSREREKRSYTF*KAE EIYEPNLYEAIRKTDTDCIKELSNFSVVMRLLL CFLKSHYTLDFHNKIIMNE

Frame 1

KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPS RALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL CCWGPSL*PP**APVEVKTLWRFLRSQCFPSLP *HWVSPTPSFVLWTTSFLLWSTSHG*AMGSQSQ KVFLRPASSPRVIIPSSRSVTSPSSLLLMRFMTA RWSTGAWTSLF*NTGVRMSFIIF*FFLVCQVQN FLPFTPISKNLFSTLHGFLFCLSFFFERIKQKK QRFIENESTLYRMGVGLPLHGFLMIDFTLLPKPG ALSLCRANPLPHPIPHTCT*AHSAF*PQQLHFH RA*DSSPYVRAHRDCGLCPGVVCGPHGHCGGHC LHHPRPAFSWCFQTPRAIVNPILEGKVRLRLVTV EAAV*KEGKWEGVVDMNVVESCRGIGKWHDDDT GAPSDPLISCLPCCRCIAIYRSRRMDLLNDLAL FSGPIYHIPFLLQIFLLSPFLWDLSCYIPSELTN AFTFFP*PPDFFFLFSNVTYKDMPGVSHPAT*F LSNLHLKSPRKQ*IPFMRSMSNFSIFHPGLTET MANNWGTLMFQSNLTSFPRSFFMSSNTEATKYSI A**YVDFLADINISCFLVFPPLALPPTPQFRQQ *N*WIPSALGPELL*QKF*NQKISLY*FQCGF* KYDREIS*DKGNLNLKNIKSKNVFSKL*IYEE** Q*KPSSSLVTLR*KFFRQEKKWKSEKH*NKTIM WVSEKEQILIPHIGLVTMGKGTGVEATDISRSP E*RRSLPHLLNEAVLDNHVAFPVPLWHEGDSIVN MATGCFLETCQYLQKSPALSPNPS*LRKA*AYE RNPRKNNTVETM*QQQWVLCPPLDSPSPRRNSH RGNGSAATSWL*TAMKSMRIFLTMLPASVSLNFN WRKNTKH*CNN*YSIVWCKEP*IQIQDSVL*S* YFKLYKCVKSLTFLALLFSSTM*E**YFPCRVI DKI*IILIFSQCLTHST*THKKTLWLYL*LIYLK EWIILYEKHFCFSQPLNDLGDSNVELWVNFFSY DN*RIFFFFQNERG*DWIGKRTLSTRSCNI*LW FSTL*EGIYSLLMAHKCLFKVYHIQQIFMPVYFG EEVKIVQGENNLKHRLGISKHRKSEPVMIMKMS ITEHR*FSGQ*NYSV*YHNGEKCHYTFAQIHRI YNTKS*T*CKLWTLGDNDVPM*VHKL*QMYHSDG RCC*WGRLCMCGSRVYLAAVPSLFGSRDQFYGR QFFHR*LGEWGYDLGMKL*NYSTSDQQALVRFS *GTCNLDLLHAQLKIGFALL*ESNATTDLTEGGA QLVMLAHPLRGPVSNRPPTGTGPWPGGWGPLGY LCTFCSVFL*TYNRFKIRSIFKKEKRR*PIMIL NV*NKNFSMKNSHIKMHNVLRSF*Q*GFKYISYT FQ*FVRQEPSILELCAFVCVCVCVCVCL*YKGY TEWHNDQSHAEIYKCCPTQTPSSSSTVESKFND SSILLKGCIQKIFT*C*NSRIKTNSKK*E*IVLF IS*KCRAYYQ*GYRSTCLI*NHAILKQLFELFE LFQITHIKCDFINT*YHTI*NLQN*WVTEARAC DLSTLEANRGGLLEARSSTAAWATKQDLVSTTQK *INAWRHSCSPSYSRG*GKRSA*AQEFNTSVG* DCATVLTPA*AAEQDSISKSK*INKTYKILKIK *NMSGLYLPHLN*GLEELNILLQMKHFMHRLAHS K*SIGVNNLCYCYFLESN*QIPQ*MTSQGCNQQ DPEYGNFY*INNSISSATIQERERREAIHFKRL KKYMNQICMRQSEKLTPTVLRNYLILVW**DCCY VF*KVIIL*IFIIK*L*MK

Frame 2

RFQFNVLPLFIEQFLKSTLSRGCITRGLPRLLP GLLIQTLQLVTEMSP*GIFLIGQNLTWQGLVWV SSDFLVLRSSQLLYSSEHQLLRLPWEEDDPKQS SAAGGPRSDHRDEPLWR*RHCGGS*GHSVFQVSR DTGSAQHPHLSCGQHLSSCGQHHMAEQWAVSHR RCF*DQLPLQE*SFLLQDQLPHLPPFC**DL*L QGGALGPGPASSETLG*G*VSSFFDSFLSVKFRT SCLLLLYPKTCFPHFMGFFSVSLFFLKE*SKKS RDLLKMKVHSTGWEWACHFMVF***TSLFSLSL GP*VFAEPTLYPIPSHTHAHEHTLHSDLNNFTST EPEIPAPMSELTETVVCALGLSVGLMGIVVGTV FIIQGLRSVGASRHQGPL*IPSWKGR*D*DWLQ LKRQYERKESGRALWT*MWLKVVGELGSGMMMTQ EPPRTH*SHVCPVAGASPSTGAEEWTC*MT*HY SLARFIISLFSSKYFSSHLFSGT*AAISPQSSQ MPLHSFPDLLIFFFFSQMLPTKTCLG*ATRLPNS SVTSI*NLQGSNKFLL*DLCQIFPSFIQG*LKL WLIIGVLLCFNPI*PHFPDHFSCPVTQKPPSTV *PDNMLIS*LTLIFLASLCSHPWHCHPPLNSGNN EINGYRLPLAQNCYSKNFRTKK*VCTNFNVAFK SMTEK*VRIKEI*ISKISKVKMYSQNFKFMKND DSRSLPLPLSP*DKNSLGRKRNGSQKNIRIRQ*C GCLKRNKYLFLT*G**QWEKGRE*KPQTYLGAL NRGAVCLTS*MKLY*ITM*LSLCHSGMKETV** IWLQDVSWKHANIFRNPQPFPLTPPD*GKHELMR ETLGRTTQLRQCSSSSGCCVLHWIRHLRGETLT EEMGQQRPHGSKQL*NP*GYF*PCYLHQ*V*IL IGEKIQNINAIIDTV*FGAKNPKSKSRTQYFEAS ILNFINV*SL*HFWPYFSHPQCRSNNTFLAELL IKFE*F*YLVNALHIVHEHIRKHCGYIYN*FI* KNGSYYMKSTFVFLSLLMI*EIQM*SYG*ISFHM IIEGYFSFSRMREAEIGLVRELLALEVVIFDFG FQLSKREYIPSLWPISVYSRYIIYNRSLCLFTL GKK*R*FKEKII*NTDWESVSTGNLNQ**S*KCP SQSTDDFQGNKTILFDTTMVKNVIIHLLKSTEY ITPRVRLNVNYGLWVIMMCQCKFINYSKCTTQM GDVANGGGYACVGAECIWQQSPAFLAAGTSFMED NFSTDSWGNGGMIWG*NCETIPPQINKH*LDSH KEHAT*ISCMHS*K*GSHSYENLMPPLI*RKAG LSW*CWLTHCVVQFLTGHQLVLVHGPGVGDLWDT SAPSAQFFCEPTTALK*GLFLKRKREGNQL*S* MCKIKILV*KTVTLKCTTC*EAFSNRVSNIFHI HFNDS*GKNPAFWSCVHLCVCVCVCVCVCNIRGI LNGIMTRVMQKSTNAAQLRLLPQAALWKANLMI AVFY*KDVFKKYLRNVKIAELKLILKNKSK*FF LSAKNVGPTINRVTDLPA*FKIMQFLNNYLSYLN YFRLHT*SVTSLILNITLFKIYKISGSQRLVLV ILALWRPIGEDCLKPGVQQLPGQQSKTLSLQHK NKLMHGGTPVVPATLEAEARGVLEPRSSILQWAK IVPLCSLQPRQQSRTPSLKVNK*IKLTKF*KSN EICQVCTYHI*TRDLKN*TFYYK*STSCTDWHI VSSR*VLTICVIVIFWSPTNKSHSE*HHRDATNK IQNMETSTR*TTPFLQQQFKREREEKLYILKG* RNI*TKFV*GNQKN*HRLY*GII*F*CGNEIAV MFSKKSLYFRFS**NNYE*