Sequences - Rnomics 📊 Palace

        ☰
    
        Rnomics 📊 Palace
    
                       Back to Rnomics Platform
            
                       Open Session

1 warning:

Access restricted to public data.
Please sign in at Rnomics Platform to access your data.

Navigation

Home

Sequences

Sequence HLA-DQA1.bAug05

GAAGATTCCAATTTAATGTCCTCCCTTTATTCATAGAACAATTCCTCAAGTCCACTCTGAGTAGAGGCTGCATCACAAGGGGATTGCCCCGTCTCCTTCC AGGGCTCTTAATACAAACTCTTCAACTAGTAACTGAGATGTCACCATAGGGGATTTTTCTAATTGGCCAAAACCTGACTTGGCAGGGTTTGGTTTGGGTG TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT CTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGTGATGAGCCCCTGTGGAGGTGAAGACATTGTGGCTGACCACGTTGCCTCTTGTGGTGTAAACTTGTACC AGTTTTACGGTCCCTCTGGCCAGTACACCCATGAATTTGATGGAGATGAGCAGTTCTACGTGGACCTGGAGAGGAAGGAGACTGCCTGGCGGTGGCCTGA GTTCAGCAAATTTGGAGGTTTTGACCCGCAGGGTGCACTGAGAAACATGGCTGTGGCAAAACACAACTTGAACATCATGATTAAACGCTACAACTCTACC GCTGCTACCAATGAGGTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCGTGACACTGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTGGACAACATCTTTC CTCCTGTGGTCAACATCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGAAGGTGTTTCTGAGACCAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATCATTCCTTCTTCAA GATCAGTTACCTCACCTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGCAAGGTGGAGCACTGGGGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAAACACTGGGAGCCT GAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTGTGCCCTGGGGTTGTCTGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGCACTGTCTTCATCA TCCAAGGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCATTGTGAATCCCATCCTGGAAGGGAAGGTGCATCGCCATCTACAGGAGCAGAAGAAT GGACTTGCTAAATGACCTAGCACTATTCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCTCACCTTTTCTCTGGGACTTAAGC TGCTATATCCCCTCAGAGCTCACAAATGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAATGTTACCTACAAAGACATGCCTG GGGTAAGCCACCCGGCTACCTAATTCCTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATGAGATCTATGTCAAATTTTTCCAT CTTTCATCCAGGGCTGACTGAAACTATGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTCCCAGATCATTTTTCATGTCCAGT AACACAGAAGCCACCAAGTACAGTATAGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCTTGTGTTCCCACCCTTGGCACTGC CACCCACCCCTCAATTCAGGCAACAATGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAATTTTAGAACCAAAAAATAAGTCT GTACTAATTTCAATGTGGCTTTTAAAAGTATGACAGAGAAATAAGTTAGGATAAAGGAAATTTGAATCTCAAAAATATCAAAAGTAAAAATGTATTCTCA AAACTTTAAATTTATGAAGAATGATGACAGTAGAAGCCTTCCTCTTCCCTTGTCACCTTGAGATAAAAATTCTTTAGGCAGGAAAAGAAATGGAAGTCAG AAAAACATTAGAATAAGACAATAATGTGGGTGTCTGAAAAGGAACAAATACTTATTCCTCACATAGGGTTAGTGACAATGGGAAAAGGGACGGGAGTAGA AGCCACAGACATATCTAGGAGCCCTGAATAGAGGCGCAGTCTGCCTCACCTCCTGAATGAAGCTGTACTAGATAACCATGTAGCTTTCCCTGTGCCACTC TGGCATGAAGGAGACAGTATAGTGAATATGGCTACAGGATGTTTCTTGGAAACATGCCAATATCTTCAGAAATCCCCAGCCCTTTCCCCTAACCCCTCCT GACTAAGGAAAGCATGAGCTTATGAGAGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGGGTGCTGTGTCCTCCACTGGATTC GCCATCTCCGAGGAGAAACTCTCACAGAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCATGAGGATATTTCTAACCATGCTA CCTGCATCAGTGAGTTTAAATTTTAATTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTGGTGCAAAGAACCCTAAATCCAAA TCCAGGACTCAGTACTTTGAAGCTAGTATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTTTTCTCATCCACAATGTAGGAGTA ATAATACTTTCCTTGCAGAGTTATTGATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACATGAACACATAAGAAAACATTGTGG TTATATTTATAATTAATTTATTTAAAAGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAATGATTTAGGAGATTCAAATGTAG AGCTATGGGTGAATTTCTTTTCATATGATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGGATTGGTAAGAGAACTCTTAGCAC TAGAAGTTGTAATATTTGACTTTGGTTTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTTTATTCAAGGTATATCATATACAA CAGATCTTTATGCCTGTTTACTTTGGGGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGGAATCAGTAAGCACAGGAAATCTG AACCAGTGATGATCATGAAAATGTCCATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATACCACAATGGTGAAAAATGTCATTA TACATTTGCTCAAATCCACAGAATATATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATGATGTGCCAATGTAAGTTCATAAA TTATAGCAAATGTACCACTCAGATGGGAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCTGGCAGCAGTCCCCAGCCTTTTTG GCAGCAGGGACCAGTTTTATGGAAGACAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAACTGTGAAACTATTCCACCTCAGA TCAACAAGCATTAGTTAGATTCTCATAAGGAACATGCAACCTAGATCTCTTGCATGCACAGTTAAAAATAGGGTTCGCACTCCTATGAGAATCTAATGCC ACCACTGATCTGACGGAAGGCGGGGCTCAGTTGGTAATGCTGGCTCACCCACTGCGTGGTCCAGTTTCTAACAGGCCACCAACTGGTACTGGTCCATGGC CCGGGGGTTGGGGACCTCTGGGATACCTCTGCACCTTCTGCTCAGTTTTTCTGTGAACCTACAACCGCTTTAAAATAAGGTCTATTTTTAAAAAGGAAAA GAGAAGGTAACCAATTATGATCCTAAATGTGTAAAATAAAAATTTTAGTATGAAAAACAGTCACATTAAAATGCACAACGTGCTAAGAAGCTTTTAGCAA TAGGGTTTCAAATATATTTCATATACATTTCAATGATTCGTGAGGCAAGAACCCAGCATTTTGGAGTTGTGTGCATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT GTGTGTGTCTGTAATATAAGGGGTATACTGAATGGCATAATGACCAGAGTCATGCAGAAATCTACAAATGCTGCCCAACTCAGACTCCTTCCTCAAGCAG CACTGTGGAAAGCAAATTTAATGATAGCAGTATTTTATTAAAAGGATGTATTCAAAAAATATTTACGTAATGTTAAAATAGCAGAATTAAAACTAATTCT AAAAAATAAGAGTAAATAGTTCTTTTTATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTGCCTGATTTAAAATCATGCAATTC TTAAACAATTATTTGAGCTATTTGAATTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCACACTATTTAAAATTTACAAAATTA GTGGGTCACAGAGGCTCGTGCTTGTGATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAACAGCTGCCTGGGCAACAAAG CAAGACCTTGTCTCTACAACACAAAAATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTGAGGCAAGAGGAGTGCTTGAGCCC AGGAGTTCAATACTTCAGTGGGCTAAGATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATCTCTAAAAGTAAATAAATAAATAA AACTTACAAAATTTTAAAAATCAAATGAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAATTAAACATTTTATTACAAATGAAG CACTTCATGCACAGACTGGCACATAGTAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTCCAACTAACAAATCCCACAGTGAA TGACATCACAGGGATGCAACCAACAAGATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCAACAATTCAAGAGAGAGAGAGAAG AGAAGCTATACATTTTAAAAGGCTGAAGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGACTGTATTAAGGAATTATCTAATT TTAGTGTGGTAATGAGATTGCTGTTATGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATGAATGAAA

HLA-DQA1.F3 (forward primer)
HLA-DQA1.R3 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

EDSNLMSSLYS*NNSSSPL*VEAASQGDCPVSF QGS*YKLFN**LRCHHRGFF*LAKT*LGRVWFGC LQISLS*GPHNYSTAQNTNC*GCLGKRMILNKA LLLGALALTTVMSPCGGEDIVADHVASCGVNLY QFYGPSGQYTHEFDGDEQFYVDLERKETAWRWPE FSKFGGFDPQGALRNMAVAKHNLNIMIKRYNST AATNEVPEVTVFSKSPVTLGQPNTLICLVDNIF PPVVNITWLSNGQSVTEGVSETSFLSKSDHSFFK ISYLTFLPSADEIYDCKVEHWGLDQPLLKHWEP EIPAPMSELTETVVCALGLSVGLMGIVVGTVFI IQGLRSVGASRHQGPL*IPSWKGRCIAIYRSRRM DLLNDLALFSGPIYHIPFLLQIFLLSPFLWDLS CYIPSELTNAFTFFP*PPDFFFLFSNVTYKDMP GVSHPAT*FLSNLHLKSPRKQ*IPFMRSMSNFSI FHPGLTETMANNWGTLMFQSNLTSFPRSFFMSS NTEATKYSIA**YVDFLADINISCFLVFPPLAL PPTPQFRQQ*N*WIPSALGPELL*QKF*NQKISL Y*FQCGF*KYDREIS*DKGNLNLKNIKSKNVFS KL*IYEE**Q*KPSSSLVTLR*KFFRQEKKWKS EKH*NKTIMWVSEKEQILIPHIGLVTMGKGTGVE ATDISRSPE*RRSLPHLLNEAVLDNHVAFPVPL WHEGDSIVNMATGCFLETCQYLQKSPALSPNPS *LRKA*AYERNPRKNNTVETM*QQQWVLCPPLDS PSPRRNSHRGNGSAATSWL*TAMKSMRIFLTML PASVSLNFNWRKNTKH*CNN*YSIVWCKEP*IQ IQDSVL*S*YFKLYKCVKSLTFLALLFSSTM*E* *YFPCRVIDKI*IILIFSQCLTHST*THKKTLW LYL*LIYLKEWIILYEKHFCFSQPLNDLGDSNV ELWVNFFSYDN*RIFFFFQNERG*DWIGKRTLST RSCNI*LWFSTL*EGIYSLLMAHKCLFKVYHIQ QIFMPVYFGEEVKIVQGENNLKHRLGISKHRKS EPVMIMKMSITEHR*FSGQ*NYSV*YHNGEKCHY TFAQIHRIYNTKS*T*CKLWTLGDNDVPM*VHK L*QMYHSDGRCC*WGRLCMCGSRVYLAAVPSLF GSRDQFYGRQFFHR*LGEWGYDLGMKL*NYSTSD QQALVRFS*GTCNLDLLHAQLKIGFALL*ESNA TTDLTEGGAQLVMLAHPLRGPVSNRPPTGTGPW PGGWGPLGYLCTFCSVFL*TYNRFKIRSIFKKEK RR*PIMILNV*NKNFSMKNSHIKMHNVLRSF*Q *GFKYISYTFQ*FVRQEPSILELCAFVCVCVCV CVCL*YKGYTEWHNDQSHAEIYKCCPTQTPSSSS TVESKFNDSSILLKGCIQKIFT*C*NSRIKTNS KK*E*IVLFIS*KCRAYYQ*GYRSTCLI*NHAI LKQLFELFELFQITHIKCDFINT*YHTI*NLQN* WVTEARACDLSTLEANRGGLLEARSSTAAWATK QDLVSTTQK*INAWRHSCSPSYSRG*GKRSA*A QEFNTSVG*DCATVLTPA*AAEQDSISKSK*INK TYKILKIK*NMSGLYLPHLN*GLEELNILLQMK HFMHRLAHSK*SIGVNNLCYCYFLESN*QIPQ* MTSQGCNQQDPEYGNFY*INNSISSATIQERERR EAIHFKRLKKYMNQICMRQSEKLTPTVLRNYLI LVW**DCCYVF*KVIIL*IFIIK*L*MK

Frame 1

KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPS RALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL CCWGPSL*PP**APVEVKTLWLTTLPLVV*TCT SFTVPLASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGL SSANLEVLTRRVH*ETWLWQNTT*TS*LNATTLP LLPMRFLRSQCFPSLP*HWVSPTPSFVLWTTSF LLWSTSHG*AMGSQSQKVFLRPASSPRVIIPSS RSVTSPSSLLLMRFMTARWSTGAWTSLF*NTGSL RFQPLCQSSQRLWSVPWGCLWASWALWWALSSS SKACVQLVLPDTKGHCESHPGREGASPSTGAEE WTC*MT*HYSLARFIISLFSSKYFSSHLFSGT*A AISPQSSQMPLHSFPDLLIFFFFSQMLPTKTCL G*ATRLPNSSVTSI*NLQGSNKFLL*DLCQIFP SFIQG*LKLWLIIGVLLCFNPI*PHFPDHFSCPV TQKPPSTV*PDNMLIS*LTLIFLASLCSHPWHC HPPLNSGNNEINGYRLPLAQNCYSKNFRTKK*V CTNFNVAFKSMTEK*VRIKEI*ISKISKVKMYSQ NFKFMKNDDSRSLPLPLSP*DKNSLGRKRNGSQ KNIRIRQ*CGCLKRNKYLFLT*G**QWEKGRE* KPQTYLGALNRGAVCLTS*MKLY*ITM*LSLCHS GMKETV**IWLQDVSWKHANIFRNPQPFPLTPP D*GKHELMRETLGRTTQLRQCSSSSGCCVLHWI RHLRGETLTEEMGQQRPHGSKQL*NP*GYF*PCY LHQ*V*ILIGEKIQNINAIIDTV*FGAKNPKSK SRTQYFEASILNFINV*SL*HFWPYFSHPQCRS NNTFLAELLIKFE*F*YLVNALHIVHEHIRKHCG YIYN*FI*KNGSYYMKSTFVFLSLLMI*EIQM* SYG*ISFHMIIEGYFSFSRMREAEIGLVRELLA LEVVIFDFGFQLSKREYIPSLWPISVYSRYIIYN RSLCLFTLGKK*R*FKEKII*NTDWESVSTGNL NQ**S*KCPSQSTDDFQGNKTILFDTTMVKNVI IHLLKSTEYITPRVRLNVNYGLWVIMMCQCKFIN YSKCTTQMGDVANGGGYACVGAECIWQQSPAFL AAGTSFMEDNFSTDSWGNGGMIWG*NCETIPPQ INKH*LDSHKEHAT*ISCMHS*K*GSHSYENLMP PLI*RKAGLSW*CWLTHCVVQFLTGHQLVLVHG PGVGDLWDTSAPSAQFFCEPTTALK*GLFLKRK REGNQL*S*MCKIKILV*KTVTLKCTTC*EAFSN RVSNIFHIHFNDS*GKNPAFWSCVHLCVCVCVC VCVCNIRGILNGIMTRVMQKSTNAAQLRLLPQA ALWKANLMIAVFY*KDVFKKYLRNVKIAELKLIL KNKSK*FFLSAKNVGPTINRVTDLPA*FKIMQF LNNYLSYLNYFRLHT*SVTSLILNITLFKIYKI SGSQRLVLVILALWRPIGEDCLKPGVQQLPGQQS KTLSLQHKNKLMHGGTPVVPATLEAEARGVLEP RSSILQWAKIVPLCSLQPRQQSRTPSLKVNK*I KLTKF*KSNEICQVCTYHI*TRDLKN*TFYYK*S TSCTDWHIVSSR*VLTICVIVIFWSPTNKSHSE *HHRDATNKIQNMETSTR*TTPFLQQQFKRERE EKLYILKG*RNI*TKFV*GNQKN*HRLY*GII*F *CGNEIAVMFSKKSLYFRFS**NNYE*

Frame 2

RFQFNVLPLFIEQFLKSTLSRGCITRGLPRLLP GLLIQTLQLVTEMSP*GIFLIGQNLTWQGLVWV SSDFLVLRSSQLLYSSEHQLLRLPWEEDDPKQS SAAGGPRSDHRDEPLWR*RHCG*PRCLLWCKLVP VLRSLWPVHP*I*WR*AVLRGPGEEGDCLAVA* VQQIWRF*PAGCTEKHGCGKTQLEHHD*TLQLY RCYQ*GS*GHSVFQVSRDTGSAQHPHLSCGQHLS SCGQHHMAEQWAVSHRRCF*DQLPLQE*SFLLQ DQLPHLPPFC**DL*LQGGALGPGPASSETLGA *DSSPYVRAHRDCGLCPGVVCGPHGHCGGHCLHH PRPAFSWCFQTPRAIVNPILEGKVHRHLQEQKN GLAK*PSTILWPDLSYPFSPPNISPLTFSLGLK LLYPLRAHKCLYILSLTS*FFFSFLKCYLQRHAW GKPPGYLIPQ*PPSKISKEAINSFYEIYVKFFH LSSRAD*NYG**LGYSYVSIQFNLISQIIFHVQ *HRSHQVQYSLIIC*FLS*H*YFLLPCVPTLGTA THPSIQATMKLMDTVCPWPRIVIAKILEPKNKS VLISMWLLKV*QRNKLG*RKFESQKYQK*KCIL KTLNL*RMMTVEAFLFPCHLEIKIL*AGKEMEVR KTLE*DNNVGV*KGTNTYSSHRVSDNGKRDGSR SHRHI*EP*IEAQSASPPE*SCTR*PCSFPCAT LA*RRQYSEYGYRMFLGNMPISSEIPSPFP*PLL TKESMSL*EKP*EEQHS*DNVAAAVGAVSSTGF AISEEKLSQRKWVSSDLMALNSYEIHEDISNHA TCISEFKF*LEKKYKTLMQ*LIQYSLVQRTLNPN PGLSTLKLVF*TL*MCEVSNISGLTFLIHNVGV IILSLQSY**NLNNFDI*SMPYT*YMNT*ENIV VIFIINLFKRMDHII*KALLFFSAS**FRRFKCR AMGEFLFI**LKDIFLFPE*ERLRLDW*ENS*H *KL*YLTLVFNSLRGNIFPPYGP*VFIQGISYT TDLYACLLWGRSEDSSRRK*FKTQTGNQ*AQEI* TSDDHENVHHRAQMIFRAIKLFCLIPQW*KMSL YICSNPQNI*HQELDLM*TMDFG***CANVSS* IIANVPLRWEMLLMGEAMHVWEQSVSGSSPQPFW QQGPVLWKTIFPQIVGGMGV*SGDETVKLFHLR STSIS*ILIRNMQPRSLACTVKNRVRTPMRI*C HH*SDGRRGSVGNAGSPTAWSSF*QATNWYWSMA RGLGTSGIPLHLLLSFSVNLQPL*NKVYF*KGK EKVTNYDPKCVK*KF*YEKQSH*NAQRAKKLLA IGFQIYFIYISMIREARTQHFGVVCICVCVCVCV CVSVI*GVY*MA**PESCRNLQMLPNSDSFLKQ HCGKQI***QYFIKRMYSKNIYVMLK*QN*N*F *KIRVNSSFYQLKM*GLLSIGLQIYLPDLKSCNS *TII*AI*IISDYTHKV*LH*YLISHYLKFTKL VGHRGSCL*S*HFGGQ*GRIA*SQEFNSCLGNK ARPCLYNTKIN*CMAALL*SQLL*RLRQEECLSP GVQYFSGLRLCHCAHSSLGSRAGLHL*K*INK* NLQNFKNQMKYVRFVPTTFKLGT*RIKHFITNE ALHAQTGT**VVDRC*QFVLLLFSGVQLTNPTVN DITGMQPTRSRIWKLLLDKQLHFFSNNSREREK RSYTF*KAEEIYEPNLYEAIRKTDTDCIKELSN FSVVMRLLLCFLKSHYTLDFHNKIIMNE

Sequence HLA-DQA1.eAug05

GAAGATTCCAATTTAATGTCCTCCCTTTATTCATAGAACAATTCCTCAAGTCCACTCTGAGTAGAGGCTGCATCACAAGGGGATTGCCCCGTCTCCTTCC AGGGCTCTTAATACAAACTCTTCAACTAGTAACTGAGATGTCACCATAGGGGATTTTTCTAATTGGCCAAAACCTGACTTGGCAGGGTTTGGTTTGGGTG TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT CTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGTGATGAGCCCCTGTGGAGGTGAAGACATTGTGGGATCCATCTCTGACTCCCTGCTCCTTTATAGAGATG GACAGTGGGTTTGTAAAACAAAAGTTGAAAAGTCAGATAGTTAAAAGGGGAAGTGAACTGGAAGGTACTTTAAACTTTCACAACTTTATTAACCGTGGCT GCTCCCATTATGATTTTGTTCGGCAGTGGAAGTTTCACCTGCTTCTCCAGAGCGCTTGGCGTCTTTGTTCCAAATTTCCTTTCTTCAACCTCACACCAGA GTGCCCTGGTCAGGCTTGGCTCATTCATTAGGCACAATGTGGGCAGTGCAGGGGACCCTCCATACTGTAAAGCCACATGAGAAGGTTTTAACTCCTTTTA AAATTAGAAAAATAATGGAATATTAGAGCCTAAGAAAATGTTTTAACTTTTAATTCAGCCTAGATTATATTGTCTTTATACCAATTCAGTCATAAAATAT AATTTTCCATATTTTTGTGGAGGAAGAGGCCCATACAAGCAAGAATGCTCGGGGCTCACATGTCAGAATGCAGCCTTGGTCATGACTGATCCTGGCCTTC GTATGGTTCTGCTACCTGTGTGCCTGCCCGTCTTCCCCAAAATCTATGTGGTCCTCGAATATAGCAACTGTCATTCAATACACATGTTTGAGCACACAGT GAGCTAAGTTTTAAGGATTCAAAGATGAAAAGTCATGCTGTCTTCCCTGCAGAGGGTGCTCAGATTAGTGATGGAAACAGTATGGGGTGCAGGAAAGCAG AAGGCCATTGCTGAGCAGGGCAGTGGACCCAGCAGAGGCTGAAACAATACAAGTGACTTGGTTCCAGGTGGGCCAGCAGGGTGACGTCCTCTAGCAAAAT TTGGCACCCAAGACAAGTACCAGAAGAAAAGAAAGACTGCATGTATTCCACATATATTCATGTTTGAACAAGGAGTCAAGATTTATGGCAAGGATAAGGA GGCTTTGTTGGTGACCTGTTAAGACCAACCAGGGCAGTCATGCTGGATAGGGAAGAAGCTGACCACGTTGCCTCTTGTGGTGTAAACTTGTACCAGTTTT ACGGTCCCTCTGGCCAGTACACCCATGAATTTGATGGAGATGAGCAGTTCTACGTGGACCTGGAGAGGAAGGAGACTGCCTGGCGGTGGCCTGAGTTCAG CAAATTTGGAGGTTTTGACCCGCAGGGTGCACTGAGAAACATGGCTGTGGCAAAACACAACTTGAACATCATGATTAAACGCTACAACTCTACCGCTGCT ACCAATGAGGTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCGTGACACTGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTGGACAACATCTTTCCTCCTG TGGTCAACATCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGAAGGTGTTTCTGAGACCAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATCATTCCTTCTTCAAGATCAG TTACCTCACCTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGCAAGGTGGAGCACTGGGGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAAACACTGGGAGCCTGAGATT CCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTGTGCCCTGGGGTTGTCTGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGCACTGTCTTCATCATCCAAG GCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCATTGTGAATCCCATCCTGGAAGGGAAGGTGCATCGCCATCTACAGGAGCAGAAGAATGGACTT GCTAAATGACCTAGCACTATTCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCTCACCTTTTCTCTGGGACTTAAGCTGCTAT ATCCCCTCAGAGCTCACAAATGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAATGTTACCTACAAAGACATGCCTGGGGTAA GCCACCCGGCTACCTAATTCCTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATGAGATCTATGTCAAATTTTTCCATCTTTCA TCCAGGGCTGACTGAAACTATGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTCCCAGATCATTTTTCATGTCCAGTAACACA GAAGCCACCAAGTACAGTATAGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCTTGTGTTCCCACCCTTGGCACTGCCACCCA CCCCTCAATTCAGGCAACAATGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAATTTTAGAACCAAAAAATAAGTCTGTACTA ATTTCAATGTGGCTTTTAAAAGTATGACAGAGAAATAAGTTAGGATAAAGGAAATTTGAATCTCAAAAATATCAAAAGTAAAAATGTATTCTCAAAACTT TAAATTTATGAAGAATGATGACAGTAGAAGCCTTCCTCTTCCCTTGTCACCTTGAGATAAAAATTCTTTAGGCAGGAAAAGAAATGGAAGTCAGAAAAAC ATTAGAATAAGACAATAATGTGGGTGTCTGAAAAGGAACAAATACTTATTCCTCACATAGGGTTAGTGACAATGGGAAAAGGGACGGGAGTAGAAGCCAC AGACATATCTAGGAGCCCTGAATAGAGGCGCAGTCTGCCTCACCTCCTGAATGAAGCTGTACTAGATAACCATGTAGCTTTCCCTGTGCCACTCTGGCAT GAAGGAGACAGTATAGTGAATATGGCTACAGGATGTTTCTTGGAAACATGCCAATATCTTCAGAAATCCCCAGCCCTTTCCCCTAACCCCTCCTGACTAA GGAAAGCATGAGCTTATGAGAGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGGGTGCTGTGTCCTCCACTGGATTCGCCATC TCCGAGGAGAAACTCTCACAGAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCATGAGGATATTTCTAACCATGCTACCTGCA TCAGTGAGTTTAAATTTTAATTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTGGTGCAAAGAACCCTAAATCCAAATCCAGG ACTCAGTACTTTGAAGCTAGTATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTTTTCTCATCCACAATGTAGGAGTAATAATA CTTTCCTTGCAGAGTTATTGATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACATGAACACATAAGAAAACATTGTGGTTATAT TTATAATTAATTTATTTAAAAGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAATGATTTAGGAGATTCAAATGTAGAGCTAT GGGTGAATTTCTTTTCATATGATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGGATTGGTAAGAGAACTCTTAGCACTAGAAG TTGTAATATTTGACTTTGGTTTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTTTATTCAAGGTATATCATATACAACAGATC TTTATGCCTGTTTACTTTGGGGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGGAATCAGTAAGCACAGGAAATCTGAACCAG TGATGATCATGAAAATGTCCATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATACCACAATGGTGAAAAATGTCATTATACATT TGCTCAAATCCACAGAATATATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATGATGTGCCAATGTAAGTTCATAAATTATAG CAAATGTACCACTCAGATGGGAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCTGGCAGCAGTCCCCAGCCTTTTTGGCAGCA GGGACCAGTTTTATGGAAGACAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAACTGTGAAACTATTCCACCTCAGATCAACA AGCATTAGTTAGATTCTCATAAGGAACATGCAACCTAGATCTCTTGCATGCACAGTTAAAAATAGGGTTCGCACTCCTATGAGAATCTAATGCCACCACT GATCTGACGGAAGGCGGGGCTCAGTTGGTAATGCTGGCTCACCCACTGCGTGGTCCAGTTTCTAACAGGCCACCAACTGGTACTGGTCCATGGCCCGGGG GTTGGGGACCTCTGGGATACCTCTGCACCTTCTGCTCAGTTTTTCTGTGAACCTACAACCGCTTTAAAATAAGGTCTATTTTTAAAAAGGAAAAGAGAAG GTAACCAATTATGATCCTAAATGTGTAAAATAAAAATTTTAGTATGAAAAACAGTCACATTAAAATGCACAACGTGCTAAGAAGCTTTTAGCAATAGGGT TTCAAATATATTTCATATACATTTCAATGATTCGTGAGGCAAGAACCCAGCATTTTGGAGTTGTGTGCATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT GTCTGTAATATAAGGGGTATACTGAATGGCATAATGACCAGAGTCATGCAGAAATCTACAAATGCTGCCCAACTCAGACTCCTTCCTCAAGCAGCACTGT GGAAAGCAAATTTAATGATAGCAGTATTTTATTAAAAGGATGTATTCAAAAAATATTTACGTAATGTTAAAATAGCAGAATTAAAACTAATTCTAAAAAA TAAGAGTAAATAGTTCTTTTTATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTGCCTGATTTAAAATCATGCAATTCTTAAAC AATTATTTGAGCTATTTGAATTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCACACTATTTAAAATTTACAAAATTAGTGGGT CACAGAGGCTCGTGCTTGTGATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAACAGCTGCCTGGGCAACAAAGCAAGAC CTTGTCTCTACAACACAAAAATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTGAGGCAAGAGGAGTGCTTGAGCCCAGGAGT TCAATACTTCAGTGGGCTAAGATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATCTCTAAAAGTAAATAAATAAATAAAACTTA CAAAATTTTAAAAATCAAATGAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAATTAAACATTTTATTACAAATGAAGCACTTC ATGCACAGACTGGCACATAGTAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTCCAACTAACAAATCCCACAGTGAATGACAT CACAGGGATGCAACCAACAAGATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCAACAATTCAAGAGAGAGAGAGAAGAGAAGC TATACATTTTAAAAGGCTGAAGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGACTGTATTAAGGAATTATCTAATTTTAGTG TGGTAATGAGATTGCTGTTATGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATGAATGAAA

HLA-DQA1.F3 (forward primer)
HLA-DQA1.R3 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

EDSNLMSSLYS*NNSSSPL*VEAASQGDCPVSF QGS*YKLFN**LRCHHRGFF*LAKT*LGRVWFGC LQISLS*GPHNYSTAQNTNC*GCLGKRMILNKA LLLGALALTTVMSPCGGEDIVGSISDSLLLYRD GQWVCKTKVEKSDS*KGK*TGRYFKLSQLY*PWL LPL*FCSAVEVSPASPERLASLFQISFLQPHTR VPWSGLAHSLGTMWAVQGTLHTVKPHEKVLTPF KIRKIMEY*SLRKCFNF*FSLDYIVFIPIQS*NI IFHIFVEEEAHTSKNARGSHVRMQPWS*LILAF VWFCYLCACPSSPKSMWSSNIATVIQYTCLSTQ *AKF*GFKDEKSCCLPCRGCSD**WKQYGVQESR RPLLSRAVDPAEAETIQVTWFQVGQQGDVL*QN LAPKTSTRRKERLHVFHIYSCLNKESRFMARIR RLCW*PVKTNQGSHAG*GRS*PRCLLWCKLVPVL RSLWPVHP*I*WR*AVLRGPGEEGDCLAVA*VQ QIWRF*PAGCTEKHGCGKTQLEHHD*TLQLYRC YQ*GS*GHSVFQVSRDTGSAQHPHLSCGQHLSSC GQHHMAEQWAVSHRRCF*DQLPLQE*SFLLQDQ LPHLPPFC**DL*LQGGALGPGPASSETLGA*D SSPYVRAHRDCGLCPGVVCGPHGHCGGHCLHHPR PAFSWCFQTPRAIVNPILEGKVHRHLQEQKNGL AK*PSTILWPDLSYPFSPPNISPLTFSLGLKLL YPLRAHKCLYILSLTS*FFFSFLKCYLQRHAWGK PPGYLIPQ*PPSKISKEAINSFYEIYVKFFHLS SRAD*NYG**LGYSYVSIQFNLISQIIFHVQ*H RSHQVQYSLIIC*FLS*H*YFLLPCVPTLGTATH PSIQATMKLMDTVCPWPRIVIAKILEPKNKSVL ISMWLLKV*QRNKLG*RKFESQKYQK*KCILKT LNL*RMMTVEAFLFPCHLEIKIL*AGKEMEVRKT LE*DNNVGV*KGTNTYSSHRVSDNGKRDGSRSH RHI*EP*IEAQSASPPE*SCTR*PCSFPCATLA *RRQYSEYGYRMFLGNMPISSEIPSPFP*PLLTK ESMSL*EKP*EEQHS*DNVAAAVGAVSSTGFAI SEEKLSQRKWVSSDLMALNSYEIHEDISNHATC ISEFKF*LEKKYKTLMQ*LIQYSLVQRTLNPNPG LSTLKLVF*TL*MCEVSNISGLTFLIHNVGVII LSLQSY**NLNNFDI*SMPYT*YMNT*ENIVVI FIINLFKRMDHII*KALLFFSAS**FRRFKCRAM GEFLFI**LKDIFLFPE*ERLRLDW*ENS*H*K L*YLTLVFNSLRGNIFPPYGP*VFIQGISYTTD LYACLLWGRSEDSSRRK*FKTQTGNQ*AQEI*TS DDHENVHHRAQMIFRAIKLFCLIPQW*KMSLYI CSNPQNI*HQELDLM*TMDFG***CANVSS*II ANVPLRWEMLLMGEAMHVWEQSVSGSSPQPFWQQ GPVLWKTIFPQIVGGMGV*SGDETVKLFHLRST SIS*ILIRNMQPRSLACTVKNRVRTPMRI*CHH *SDGRRGSVGNAGSPTAWSSF*QATNWYWSMARG LGTSGIPLHLLLSFSVNLQPL*NKVYF*KGKEK VTNYDPKCVK*KF*YEKQSH*NAQRAKKLLAIG FQIYFIYISMIREARTQHFGVVCICVCVCVCVCV SVI*GVY*MA**PESCRNLQMLPNSDSFLKQHC GKQI***QYFIKRMYSKNIYVMLK*QN*N*F*K IRVNSSFYQLKM*GLLSIGLQIYLPDLKSCNS*T II*AI*IISDYTHKV*LH*YLISHYLKFTKLVG HRGSCL*S*HFGGQ*GRIA*SQEFNSCLGNKAR PCLYNTKIN*CMAALL*SQLL*RLRQEECLSPGV QYFSGLRLCHCAHSSLGSRAGLHL*K*INK*NL QNFKNQMKYVRFVPTTFKLGT*RIKHFITNEAL HAQTGT**VVDRC*QFVLLLFSGVQLTNPTVNDI TGMQPTRSRIWKLLLDKQLHFFSNNSREREKRS YTF*KAEEIYEPNLYEAIRKTDTDCIKELSNFS VVMRLLLCFLKSHYTLDFHNKIIMNE

Frame 1

KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPS RALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL CCWGPSL*PP**APVEVKTLWDPSLTPCSFIEM DSGFVKQKLKSQIVKRGSELEGTLNFHNFINRG CSHYDFVRQWKFHLLLQSAWRLCSKFPFFNLTPE CPGQAWLIH*AQCGQCRGPSIL*SHMRRF*LLL KLEK*WNIRA*ENVLTFNSA*IILSLYQFSHKI *FSIFLWRKRPIQARMLGAHMSECSLGHD*SWPS YGSATCVPARLPQNLCGPRI*QLSFNTHV*AHS ELSFKDSKMKSHAVFPAEGAQISDGNSMGCRKA EGHC*AGQWTQQRLKQYK*LGSRWASRVTSSSKI WHPRQVPEEKKDCMYSTYIHV*TRSQDLWQG*G GFVGDLLRPTRAVMLDREEADHVASCGVNLYQF YGPSGQYTHEFDGDEQFYVDLERKETAWRWPEFS KFGGFDPQGALRNMAVAKHNLNIMIKRYNSTAA TNEVPEVTVFSKSPVTLGQPNTLICLVDNIFPP VVNITWLSNGQSVTEGVSETSFLSKSDHSFFKIS YLTFLPSADEIYDCKVEHWGLDQPLLKHWEPEI PAPMSELTETVVCALGLSVGLMGIVVGTVFIIQ GLRSVGASRHQGPL*IPSWKGRCIAIYRSRRMDL LNDLALFSGPIYHIPFLLQIFLLSPFLWDLSCY IPSELTNAFTFFP*PPDFFFLFSNVTYKDMPGV SHPAT*FLSNLHLKSPRKQ*IPFMRSMSNFSIFH PGLTETMANNWGTLMFQSNLTSFPRSFFMSSNT EATKYSIA**YVDFLADINISCFLVFPPLALPP TPQFRQQ*N*WIPSALGPELL*QKF*NQKISLY* FQCGF*KYDREIS*DKGNLNLKNIKSKNVFSKL *IYEE**Q*KPSSSLVTLR*KFFRQEKKWKSEK H*NKTIMWVSEKEQILIPHIGLVTMGKGTGVEAT DISRSPE*RRSLPHLLNEAVLDNHVAFPVPLWH EGDSIVNMATGCFLETCQYLQKSPALSPNPS*L RKA*AYERNPRKNNTVETM*QQQWVLCPPLDSPS PRRNSHRGNGSAATSWL*TAMKSMRIFLTMLPA SVSLNFNWRKNTKH*CNN*YSIVWCKEP*IQIQ DSVL*S*YFKLYKCVKSLTFLALLFSSTM*E**Y FPCRVIDKI*IILIFSQCLTHST*THKKTLWLY L*LIYLKEWIILYEKHFCFSQPLNDLGDSNVEL WVNFFSYDN*RIFFFFQNERG*DWIGKRTLSTRS CNI*LWFSTL*EGIYSLLMAHKCLFKVYHIQQI FMPVYFGEEVKIVQGENNLKHRLGISKHRKSEP VMIMKMSITEHR*FSGQ*NYSV*YHNGEKCHYTF AQIHRIYNTKS*T*CKLWTLGDNDVPM*VHKL* QMYHSDGRCC*WGRLCMCGSRVYLAAVPSLFGS RDQFYGRQFFHR*LGEWGYDLGMKL*NYSTSDQQ ALVRFS*GTCNLDLLHAQLKIGFALL*ESNATT DLTEGGAQLVMLAHPLRGPVSNRPPTGTGPWPG GWGPLGYLCTFCSVFL*TYNRFKIRSIFKKEKRR *PIMILNV*NKNFSMKNSHIKMHNVLRSF*Q*G FKYISYTFQ*FVRQEPSILELCAFVCVCVCVCV CL*YKGYTEWHNDQSHAEIYKCCPTQTPSSSSTV ESKFNDSSILLKGCIQKIFT*C*NSRIKTNSKK *E*IVLFIS*KCRAYYQ*GYRSTCLI*NHAILK QLFELFELFQITHIKCDFINT*YHTI*NLQN*WV TEARACDLSTLEANRGGLLEARSSTAAWATKQD LVSTTQK*INAWRHSCSPSYSRG*GKRSA*AQE FNTSVG*DCATVLTPA*AAEQDSISKSK*INKTY KILKIK*NMSGLYLPHLN*GLEELNILLQMKHF MHRLAHSK*SIGVNNLCYCYFLESN*QIPQ*MT SQGCNQQDPEYGNFY*INNSISSATIQERERREA IHFKRLKKYMNQICMRQSEKLTPTVLRNYLILV W**DCCYVF*KVIIL*IFIIK*L*MK

Frame 2

RFQFNVLPLFIEQFLKSTLSRGCITRGLPRLLP GLLIQTLQLVTEMSP*GIFLIGQNLTWQGLVWV SSDFLVLRSSQLLYSSEHQLLRLPWEEDDPKQS SAAGGPRSDHRDEPLWR*RHCGIHL*LPAPL*RW TVGL*NKS*KVR*LKGEVNWKVL*TFTTLLTVA APIMILFGSGSFTCFSRALGVFVPNFLSSTSHQ SALVRLGSFIRHNVGSAGDPPYCKAT*EGFNSF* N*KNNGILEPKKMF*LLIQPRLYCLYTNSVIKY NFPYFCGGRGPYKQECSGLTCQNAALVMTDPGL RMVLLPVCLPVFPKIYVVLEYSNCHSIHMFEHTV S*VLRIQR*KVMLSSLQRVLRLVMETVWGAGKQ KAIAEQGSGPSRG*NNTSDLVPGGPAG*RPLAK FGTQDKYQKKRKTACIPHIFMFEQGVKIYGKDKE ALLVTC*DQPGQSCWIGKKLTTLPLVV*TCTSF TVPLASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGLSS ANLEVLTRRVH*ETWLWQNTT*TS*LNATTLPLL PMRFLRSQCFPSLP*HWVSPTPSFVLWTTSFLL WSTSHG*AMGSQSQKVFLRPASSPRVIIPSSRS VTSPSSLLLMRFMTARWSTGAWTSLF*NTGSLRF QPLCQSSQRLWSVPWGCLWASWALWWALSSSSK ACVQLVLPDTKGHCESHPGREGASPSTGAEEWT C*MT*HYSLARFIISLFSSKYFSSHLFSGT*AAI SPQSSQMPLHSFPDLLIFFFFSQMLPTKTCLG* ATRLPNSSVTSI*NLQGSNKFLL*DLCQIFPSF IQG*LKLWLIIGVLLCFNPI*PHFPDHFSCPVTQ KPPSTV*PDNMLIS*LTLIFLASLCSHPWHCHP PLNSGNNEINGYRLPLAQNCYSKNFRTKK*VCT NFNVAFKSMTEK*VRIKEI*ISKISKVKMYSQNF KFMKNDDSRSLPLPLSP*DKNSLGRKRNGSQKN IRIRQ*CGCLKRNKYLFLT*G**QWEKGRE*KP QTYLGALNRGAVCLTS*MKLY*ITM*LSLCHSGM KETV**IWLQDVSWKHANIFRNPQPFPLTPPD* GKHELMRETLGRTTQLRQCSSSSGCCVLHWIRH LRGETLTEEMGQQRPHGSKQL*NP*GYF*PCYLH Q*V*ILIGEKIQNINAIIDTV*FGAKNPKSKSR TQYFEASILNFINV*SL*HFWPYFSHPQCRSNN TFLAELLIKFE*F*YLVNALHIVHEHIRKHCGYI YN*FI*KNGSYYMKSTFVFLSLLMI*EIQM*SY G*ISFHMIIEGYFSFSRMREAEIGLVRELLALE VVIFDFGFQLSKREYIPSLWPISVYSRYIIYNRS LCLFTLGKK*R*FKEKII*NTDWESVSTGNLNQ **S*KCPSQSTDDFQGNKTILFDTTMVKNVIIH LLKSTEYITPRVRLNVNYGLWVIMMCQCKFINYS KCTTQMGDVANGGGYACVGAECIWQQSPAFLAA GTSFMEDNFSTDSWGNGGMIWG*NCETIPPQIN KH*LDSHKEHAT*ISCMHS*K*GSHSYENLMPPL I*RKAGLSW*CWLTHCVVQFLTGHQLVLVHGPG VGDLWDTSAPSAQFFCEPTTALK*GLFLKRKRE GNQL*S*MCKIKILV*KTVTLKCTTC*EAFSNRV SNIFHIHFNDS*GKNPAFWSCVHLCVCVCVCVC VCNIRGILNGIMTRVMQKSTNAAQLRLLPQAAL WKANLMIAVFY*KDVFKKYLRNVKIAELKLILKN KSK*FFLSAKNVGPTINRVTDLPA*FKIMQFLN NYLSYLNYFRLHT*SVTSLILNITLFKIYKISG SQRLVLVILALWRPIGEDCLKPGVQQLPGQQSKT LSLQHKNKLMHGGTPVVPATLEAEARGVLEPRS SILQWAKIVPLCSLQPRQQSRTPSLKVNK*IKL TKF*KSNEICQVCTYHI*TRDLKN*TFYYK*STS CTDWHIVSSR*VLTICVIVIFWSPTNKSHSE*H HRDATNKIQNMETSTR*TTPFLQQQFKREREEK LYILKG*RNI*TKFV*GNQKN*HRLY*GII*F*C GNEIAVMFSKKSLYFRFS**NNYE*

Sequence HLA-DQA1.iAug05

GAAGATTCCAATTTAATGTCCTCCCTTTATTCATAGAACAATTCCTCAAGTCCACTCTGAGTAGAGGCTGCATCACAAGGGGATTGCCCCGTCTCCTTCC AGGGCTCTTAATACAAACTCTTCAACTAGTAACTGAGATGTCACCATAGGGGATTTTTCTAATTGGCCAAAACCTGACTTGGCAGGGTTTGGTTTGGGTG TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT CTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGTGATGAGCCCCTGTGGAGGTGAAGACATTGTGGCTGACCACGTTGCCTCTTGTGGTGTAAACTTGTACC AGTTTTACGGTCCCTCTGGCCAGTACACCCATGAATTTGATGGAGATGAGCAGTTCTACGTGGACCTGGAGAGGAAGGAGACTGCCTGGCGGTGGCCTGA GTTCAGCAAATTTGGAGGTTTTGACCCGCAGGGTGCACTGAGAAACATGGCTGTGGCAAAACACAACTTGAACATCATGATTAAACGCTACAACTCTACC GCTGCTACCAATGGTATGCGTCCACCATTCTGCCTCTCTTTACTTAAGTTATCCCTCCATACCAGGGTTCATTATTTTCTTCCCAAGAGGTCCCCAGATC TTCTTATGGCAATTGCTGAAATTTTATCATCTCCCATCTCTAAAATCACATATTCCCATGTAATACAAGGGTCTTTCCATTATGCATTCAGCAAATCCTT CTAGGAGAGGTCTCATCAACCTCCTACTTTATTAAACATGCCCACAGAGAGAAGGGCACAGGAATAAAGCAGAGGCAATGTGTCGTTGCTCCCAAGCAGA AGGTAAATAAGACCTCTTTGACTATCAGGTGGTGAAATGCTGGTAGGAGGGCTCTTCCAGGATGTAATGCAGAACTTCAGGGCAGAGCTATTCACACTTC ACACCAGTGCTGTTTCCTCACCACAGAGGTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCGTGACACTGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTG GACAACATCTTTCCTCCTGTGGTCAACATCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGAAGGTGTTTCTGAGACCAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATC ATTCCTTCTTCAAGATCAGTTACCTCACCTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGCAAGGTGGAGCACTGGGGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAA ACACTGGGAGCCTGAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTGTGCCCTGGGGTTGTCTGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGC ACTGTCTTCATCATCCAAGGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCATTGTGAATCCCATCCTGGAAGGGAAGGTAAGATTGAGACTGGT TACAGTTGAAGCGGCAGTATGAAAGGAAGGAAAGTGGGAGGGCGTTGTGGACATGAATGTGGTTGAAAGTTGTAGGGGAATTGGGAAGTGGCATGATGAT GACACAGGAGCCCCCTCGGACCCATTGATCTCATGTCTGCCCTGTTGCAGGTGCATCGCCATCTACAGGAGCAGAAGAATGGACTTGCTAAATGACCTAG CACTATTCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCTCACCTTTTCTCTGGGACTTAAGCTGCTATATCCCCTCAGAGCT CACAAATGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAATGTTACCTACAAAGACATGCCTGGGGTAAGCCACCCGGCTACC TAATTCCTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATGAGATCTATGTCAAATTTTTCCATCTTTCATCCAGGGCTGACTG AAACTATGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTCCCAGATCATTTTTCATGTCCAGTAACACAGAAGCCACCAAGTA CAGTATAGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCTTGTGTTCCCACCCTTGGCACTGCCACCCACCCCTCAATTCAGG CAACAATGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAATTTTAGAACCAAAAAATAAGTCTGTACTAATTTCAATGTGGCT TTTAAAAGTATGACAGAGAAATAAGTTAGGATAAAGGAAATTTGAATCTCAAAAATATCAAAAGTAAAAATGTATTCTCAAAACTTTAAATTTATGAAGA ATGATGACAGTAGAAGCCTTCCTCTTCCCTTGTCACCTTGAGATAAAAATTCTTTAGGCAGGAAAAGAAATGGAAGTCAGAAAAACATTAGAATAAGACA ATAATGTGGGTGTCTGAAAAGGAACAAATACTTATTCCTCACATAGGGTTAGTGACAATGGGAAAAGGGACGGGAGTAGAAGCCACAGACATATCTAGGA GCCCTGAATAGAGGCGCAGTCTGCCTCACCTCCTGAATGAAGCTGTACTAGATAACCATGTAGCTTTCCCTGTGCCACTCTGGCATGAAGGAGACAGTAT AGTGAATATGGCTACAGGATGTTTCTTGGAAACATGCCAATATCTTCAGAAATCCCCAGCCCTTTCCCCTAACCCCTCCTGACTAAGGAAAGCATGAGCT TATGAGAGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGGGTGCTGTGTCCTCCACTGGATTCGCCATCTCCGAGGAGAAACT CTCACAGAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCATGAGGATATTTCTAACCATGCTACCTGCATCAGTGAGTTTAAA TTTTAATTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTGGTGCAAAGAACCCTAAATCCAAATCCAGGACTCAGTACTTTGA AGCTAGTATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTTTTCTCATCCACAATGTAGGAGTAATAATACTTTCCTTGCAGAG TTATTGATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACATGAACACATAAGAAAACATTGTGGTTATATTTATAATTAATTTA TTTAAAAGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAATGATTTAGGAGATTCAAATGTAGAGCTATGGGTGAATTTCTTT TCATATGATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGGATTGGTAAGAGAACTCTTAGCACTAGAAGTTGTAATATTTGAC TTTGGTTTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTTTATTCAAGGTATATCATATACAACAGATCTTTATGCCTGTTTA CTTTGGGGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGGAATCAGTAAGCACAGGAAATCTGAACCAGTGATGATCATGAAA ATGTCCATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATACCACAATGGTGAAAAATGTCATTATACATTTGCTCAAATCCACA GAATATATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATGATGTGCCAATGTAAGTTCATAAATTATAGCAAATGTACCACTC AGATGGGAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCTGGCAGCAGTCCCCAGCCTTTTTGGCAGCAGGGACCAGTTTTAT GGAAGACAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAACTGTGAAACTATTCCACCTCAGATCAACAAGCATTAGTTAGAT TCTCATAAGGAACATGCAACCTAGATCTCTTGCATGCACAGTTAAAAATAGGGTTCGCACTCCTATGAGAATCTAATGCCACCACTGATCTGACGGAAGG CGGGGCTCAGTTGGTAATGCTGGCTCACCCACTGCGTGGTCCAGTTTCTAACAGGCCACCAACTGGTACTGGTCCATGGCCCGGGGGTTGGGGACCTCTG GGATACCTCTGCACCTTCTGCTCAGTTTTTCTGTGAACCTACAACCGCTTTAAAATAAGGTCTATTTTTAAAAAGGAAAAGAGAAGGTAACCAATTATGA TCCTAAATGTGTAAAATAAAAATTTTAGTATGAAAAACAGTCACATTAAAATGCACAACGTGCTAAGAAGCTTTTAGCAATAGGGTTTCAAATATATTTC ATATACATTTCAATGATTCGTGAGGCAAGAACCCAGCATTTTGGAGTTGTGTGCATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTAATATAAG GGGTATACTGAATGGCATAATGACCAGAGTCATGCAGAAATCTACAAATGCTGCCCAACTCAGACTCCTTCCTCAAGCAGCACTGTGGAAAGCAAATTTA ATGATAGCAGTATTTTATTAAAAGGATGTATTCAAAAAATATTTACGTAATGTTAAAATAGCAGAATTAAAACTAATTCTAAAAAATAAGAGTAAATAGT TCTTTTTATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTGCCTGATTTAAAATCATGCAATTCTTAAACAATTATTTGAGCTA TTTGAATTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCACACTATTTAAAATTTACAAAATTAGTGGGTCACAGAGGCTCGTG CTTGTGATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAACAGCTGCCTGGGCAACAAAGCAAGACCTTGTCTCTACAAC ACAAAAATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTGAGGCAAGAGGAGTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAATACTTCAGTG GGCTAAGATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATCTCTAAAAGTAAATAAATAAATAAAACTTACAAAATTTTAAAAA TCAAATGAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAATTAAACATTTTATTACAAATGAAGCACTTCATGCACAGACTGGC ACATAGTAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTCCAACTAACAAATCCCACAGTGAATGACATCACAGGGATGCAAC CAACAAGATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCAACAATTCAAGAGAGAGAGAGAAGAGAAGCTATACATTTTAAAA GGCTGAAGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGACTGTATTAAGGAATTATCTAATTTTAGTGTGGTAATGAGATTG CTGTTATGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATGAATGAAA

HLA-DQA1.F3 (forward primer)
HLA-DQA1.R3 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

EDSNLMSSLYS*NNSSSPL*VEAASQGDCPVSF QGS*YKLFN**LRCHHRGFF*LAKT*LGRVWFGC LQISLS*GPHNYSTAQNTNC*GCLGKRMILNKA LLLGALALTTVMSPCGGEDIVADHVASCGVNLY QFYGPSGQYTHEFDGDEQFYVDLERKETAWRWPE FSKFGGFDPQGALRNMAVAKHNLNIMIKRYNST AATNGMRPPFCLSLLKLSLHTRVHYFLPKRSPD LLMAIAEILSSPISKITYSHVIQGSFHYAFSKSF *ERSHQPPTLLNMPTERRAQE*SRGNVSLLPSR R*IRPL*LSGGEMLVGGLFQDVMQNFRAELFTL HTSAVSSPQRFLRSQCFPSLP*HWVSPTPSFVLW TTSFLLWSTSHG*AMGSQSQKVFLRPASSPRVI IPSSRSVTSPSSLLLMRFMTARWSTGAWTSLF* NTGSLRFQPLCQSSQRLWSVPWGCLWASWALWWA LSSSSKACVQLVLPDTKGHCESHPGREGKIETG YS*SGSMKGRKVGGRCGHECG*KL*GNWEVA** *HRSPLGPIDLMSALLQVHRHLQEQKNGLAK*PS TILWPDLSYPFSPPNISPLTFSLGLKLLYPLRA HKCLYILSLTS*FFFSFLKCYLQRHAWGKPPGY LIPQ*PPSKISKEAINSFYEIYVKFFHLSSRAD* NYG**LGYSYVSIQFNLISQIIFHVQ*HRSHQV QYSLIIC*FLS*H*YFLLPCVPTLGTATHPSIQ ATMKLMDTVCPWPRIVIAKILEPKNKSVLISMWL LKV*QRNKLG*RKFESQKYQK*KCILKTLNL*R MMTVEAFLFPCHLEIKIL*AGKEMEVRKTLE*D NNVGV*KGTNTYSSHRVSDNGKRDGSRSHRHI*E P*IEAQSASPPE*SCTR*PCSFPCATLA*RRQY SEYGYRMFLGNMPISSEIPSPFP*PLLTKESMS L*EKP*EEQHS*DNVAAAVGAVSSTGFAISEEKL SQRKWVSSDLMALNSYEIHEDISNHATCISEFK F*LEKKYKTLMQ*LIQYSLVQRTLNPNPGLSTL KLVF*TL*MCEVSNISGLTFLIHNVGVIILSLQS Y**NLNNFDI*SMPYT*YMNT*ENIVVIFIINL FKRMDHII*KALLFFSAS**FRRFKCRAMGEFL FI**LKDIFLFPE*ERLRLDW*ENS*H*KL*YLT LVFNSLRGNIFPPYGP*VFIQGISYTTDLYACL LWGRSEDSSRRK*FKTQTGNQ*AQEI*TSDDHE NVHHRAQMIFRAIKLFCLIPQW*KMSLYICSNPQ NI*HQELDLM*TMDFG***CANVSS*IIANVPL RWEMLLMGEAMHVWEQSVSGSSPQPFWQQGPVL WKTIFPQIVGGMGV*SGDETVKLFHLRSTSIS*I LIRNMQPRSLACTVKNRVRTPMRI*CHH*SDGR RGSVGNAGSPTAWSSF*QATNWYWSMARGLGTS GIPLHLLLSFSVNLQPL*NKVYF*KGKEKVTNYD PKCVK*KF*YEKQSH*NAQRAKKLLAIGFQIYF IYISMIREARTQHFGVVCICVCVCVCVCVSVI* GVY*MA**PESCRNLQMLPNSDSFLKQHCGKQI* **QYFIKRMYSKNIYVMLK*QN*N*F*KIRVNS SFYQLKM*GLLSIGLQIYLPDLKSCNS*TII*A I*IISDYTHKV*LH*YLISHYLKFTKLVGHRGSC L*S*HFGGQ*GRIA*SQEFNSCLGNKARPCLYN TKIN*CMAALL*SQLL*RLRQEECLSPGVQYFS GLRLCHCAHSSLGSRAGLHL*K*INK*NLQNFKN QMKYVRFVPTTFKLGT*RIKHFITNEALHAQTG T**VVDRC*QFVLLLFSGVQLTNPTVNDITGMQ PTRSRIWKLLLDKQLHFFSNNSREREKRSYTF*K AEEIYEPNLYEAIRKTDTDCIKELSNFSVVMRL LLCFLKSHYTLDFHNKIIMNE

Frame 1

KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPS RALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL CCWGPSL*PP**APVEVKTLWLTTLPLVV*TCT SFTVPLASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGL SSANLEVLTRRVH*ETWLWQNTT*TS*LNATTLP LLPMVCVHHSASLYLSYPSIPGFIIFFPRGPQI FLWQLLKFYHLPSLKSHIPM*YKGLSIMHSANP SRRGLINLLLY*TCPQREGHRNKAEAMCRCSQAE GK*DLFDYQVVKCW*EGSSRM*CRTSGQSYSHF TPVLFPHHRGS*GHSVFQVSRDTGSAQHPHLSC GQHLSSCGQHHMAEQWAVSHRRCF*DQLPLQE*S FLLQDQLPHLPPFC**DL*LQGGALGPGPASSE TLGA*DSSPYVRAHRDCGLCPGVVCGPHGHCGG HCLHHPRPAFSWCFQTPRAIVNPILEGKVRLRLV TVEAAV*KEGKWEGVVDMNVVESCRGIGKWHDD DTGAPSDPLISCLPCCRCIAIYRSRRMDLLNDL ALFSGPIYHIPFLLQIFLLSPFLWDLSCYIPSEL TNAFTFFP*PPDFFFLFSNVTYKDMPGVSHPAT *FLSNLHLKSPRKQ*IPFMRSMSNFSIFHPGLT ETMANNWGTLMFQSNLTSFPRSFFMSSNTEATKY SIA**YVDFLADINISCFLVFPPLALPPTPQFR QQ*N*WIPSALGPELL*QKF*NQKISLY*FQCG F*KYDREIS*DKGNLNLKNIKSKNVFSKL*IYEE **Q*KPSSSLVTLR*KFFRQEKKWKSEKH*NKT IMWVSEKEQILIPHIGLVTMGKGTGVEATDISR SPE*RRSLPHLLNEAVLDNHVAFPVPLWHEGDSI VNMATGCFLETCQYLQKSPALSPNPS*LRKA*A YERNPRKNNTVETM*QQQWVLCPPLDSPSPRRN SHRGNGSAATSWL*TAMKSMRIFLTMLPASVSLN FNWRKNTKH*CNN*YSIVWCKEP*IQIQDSVL* S*YFKLYKCVKSLTFLALLFSSTM*E**YFPCR VIDKI*IILIFSQCLTHST*THKKTLWLYL*LIY LKEWIILYEKHFCFSQPLNDLGDSNVELWVNFF SYDN*RIFFFFQNERG*DWIGKRTLSTRSCNI* LWFSTL*EGIYSLLMAHKCLFKVYHIQQIFMPVY FGEEVKIVQGENNLKHRLGISKHRKSEPVMIMK MSITEHR*FSGQ*NYSV*YHNGEKCHYTFAQIH RIYNTKS*T*CKLWTLGDNDVPM*VHKL*QMYHS DGRCC*WGRLCMCGSRVYLAAVPSLFGSRDQFY GRQFFHR*LGEWGYDLGMKL*NYSTSDQQALVR FS*GTCNLDLLHAQLKIGFALL*ESNATTDLTEG GAQLVMLAHPLRGPVSNRPPTGTGPWPGGWGPL GYLCTFCSVFL*TYNRFKIRSIFKKEKRR*PIM ILNV*NKNFSMKNSHIKMHNVLRSF*Q*GFKYIS YTFQ*FVRQEPSILELCAFVCVCVCVCVCL*YK GYTEWHNDQSHAEIYKCCPTQTPSSSSTVESKF NDSSILLKGCIQKIFT*C*NSRIKTNSKK*E*IV LFIS*KCRAYYQ*GYRSTCLI*NHAILKQLFEL FELFQITHIKCDFINT*YHTI*NLQN*WVTEAR ACDLSTLEANRGGLLEARSSTAAWATKQDLVSTT QK*INAWRHSCSPSYSRG*GKRSA*AQEFNTSV G*DCATVLTPA*AAEQDSISKSK*INKTYKILK IK*NMSGLYLPHLN*GLEELNILLQMKHFMHRLA HSK*SIGVNNLCYCYFLESN*QIPQ*MTSQGCN QQDPEYGNFY*INNSISSATIQERERREAIHFK RLKKYMNQICMRQSEKLTPTVLRNYLILVW**DC CYVF*KVIIL*IFIIK*L*MK

Frame 2

RFQFNVLPLFIEQFLKSTLSRGCITRGLPRLLP GLLIQTLQLVTEMSP*GIFLIGQNLTWQGLVWV SSDFLVLRSSQLLYSSEHQLLRLPWEEDDPKQS SAAGGPRSDHRDEPLWR*RHCG*PRCLLWCKLVP VLRSLWPVHP*I*WR*AVLRGPGEEGDCLAVA* VQQIWRF*PAGCTEKHGCGKTQLEHHD*TLQLY RCYQWYASTILPLFT*VIPPYQGSLFSSQEVPRS SYGNC*NFIISHL*NHIFPCNTRVFPLCIQQIL LGEVSSTSYFIKHAHREKGTGIKQRQCVVAPKQ KVNKTSLTIRW*NAGRRALPGCNAELQGRAIHTS HQCCFLTTEVPEVTVFSKSPVTLGQPNTLICLV DNIFPPVVNITWLSNGQSVTEGVSETSFLSKSD HSFFKISYLTFLPSADEIYDCKVEHWGLDQPLLK HWEPEIPAPMSELTETVVCALGLSVGLMGIVVG TVFIIQGLRSVGASRHQGPL*IPSWKGR*D*DW LQLKRQYERKESGRALWT*MWLKVVGELGSGMMM TQEPPRTH*SHVCPVAGASPSTGAEEWTC*MT* HYSLARFIISLFSSKYFSSHLFSGT*AAISPQS SQMPLHSFPDLLIFFFFSQMLPTKTCLG*ATRLP NSSVTSI*NLQGSNKFLL*DLCQIFPSFIQG*L KLWLIIGVLLCFNPI*PHFPDHFSCPVTQKPPS TV*PDNMLIS*LTLIFLASLCSHPWHCHPPLNSG NNEINGYRLPLAQNCYSKNFRTKK*VCTNFNVA FKSMTEK*VRIKEI*ISKISKVKMYSQNFKFMK NDDSRSLPLPLSP*DKNSLGRKRNGSQKNIRIRQ *CGCLKRNKYLFLT*G**QWEKGRE*KPQTYLG ALNRGAVCLTS*MKLY*ITM*LSLCHSGMKETV **IWLQDVSWKHANIFRNPQPFPLTPPD*GKHEL MRETLGRTTQLRQCSSSSGCCVLHWIRHLRGET LTEEMGQQRPHGSKQL*NP*GYF*PCYLHQ*V* ILIGEKIQNINAIIDTV*FGAKNPKSKSRTQYFE ASILNFINV*SL*HFWPYFSHPQCRSNNTFLAE LLIKFE*F*YLVNALHIVHEHIRKHCGYIYN*F I*KNGSYYMKSTFVFLSLLMI*EIQM*SYG*ISF HMIIEGYFSFSRMREAEIGLVRELLALEVVIFD FGFQLSKREYIPSLWPISVYSRYIIYNRSLCLF TLGKK*R*FKEKII*NTDWESVSTGNLNQ**S*K CPSQSTDDFQGNKTILFDTTMVKNVIIHLLKST EYITPRVRLNVNYGLWVIMMCQCKFINYSKCTT QMGDVANGGGYACVGAECIWQQSPAFLAAGTSFM EDNFSTDSWGNGGMIWG*NCETIPPQINKH*LD SHKEHAT*ISCMHS*K*GSHSYENLMPPLI*RK AGLSW*CWLTHCVVQFLTGHQLVLVHGPGVGDLW DTSAPSAQFFCEPTTALK*GLFLKRKREGNQL* S*MCKIKILV*KTVTLKCTTC*EAFSNRVSNIF HIHFNDS*GKNPAFWSCVHLCVCVCVCVCVCNIR GILNGIMTRVMQKSTNAAQLRLLPQAALWKANL MIAVFY*KDVFKKYLRNVKIAELKLILKNKSK* FFLSAKNVGPTINRVTDLPA*FKIMQFLNNYLSY LNYFRLHT*SVTSLILNITLFKIYKISGSQRLV LVILALWRPIGEDCLKPGVQQLPGQQSKTLSLQ HKNKLMHGGTPVVPATLEAEARGVLEPRSSILQW AKIVPLCSLQPRQQSRTPSLKVNK*IKLTKF*K SNEICQVCTYHI*TRDLKN*TFYYK*STSCTDW HIVSSR*VLTICVIVIFWSPTNKSHSE*HHRDAT NKIQNMETSTR*TTPFLQQQFKREREEKLYILK G*RNI*TKFV*GNQKN*HRLY*GII*F*CGNEI AVMFSKKSLYFRFS**NNYE*

Sequence HLA-DQA1.kAug05

GAAGATTCCAATTTAATGTCCTCCCTTTATTCATAGAACAATTCCTCAAGTCCACTCTGAGTAGAGGCTGCATCACAAGGGGATTGCCCCGTCTCCTTCC AGGGCTCTTAATACAAACTCTTCAACTAGTAACTGAGATGTCACCATAGGGGATTTTTCTAATTGGCCAAAACCTGACTTGGCAGGGTTTGGTTTGGGTG TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT CTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGTGATGAGCCCCTGTGGAGGTGAAGACATTGTGGCTGACCACGTTGCCTCTTGTGGTGTAAACTTGTACC AGTTTTACGGTCCCTCTGGCCAGTACACCCATGAATTTGATGGAGATGAGCAGTTCTACGTGGACCTGGAGAGGAAGGAGACTGCCTGGCGGTGGCCTGA GTTCAGCAAATTTGGAGGTTTTGACCCGCAGGGTGCACTGAGAAACATGGCTGTGGCAAGGTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCGTGACAC TGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTGGACAACATCTTTCCTCCTGTGGTCAACATCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGAAGGTGT TTCTGAGACCAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATCATTCCTTCTTCAAGATCAGTTACCTCACCTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGCAAGGTG GAGCACTGGGGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAAACACTGGGAGCCTGAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTGTGCCCTGGGGT TGTCTGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGCACTGTCTTCATCATCCAAGGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCATTGTGAATCCC ATCCTGGAAGGGAAGGTAAGATTGAGACTGGTTACAGTTGAAGCGGCAGTATGAAAGGAAGGAAAGTGGGAGGGCGTTGTGGACATGAATGTGGTTGAAA GTTGTAGGGGAATTGGGAAGTGGCATGATGATGACACAGGAGCCCCCTCGGACCCATTGATCTCATGTCTGCCCTGTTGCAGGTGCATCGCCATCTACAG GAGCAGAAGAATGGACTTGCTAAATGACCTAGCACTATTCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCTCACCTTTTCTC TGGGACTTAAGCTGCTATATCCCCTCAGAGCTCACAAATGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAATGTTACCTACA AAGACATGCCTGGGGTAAGCCACCCGGCTACCTAATTCCTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATGAGATCTATGTC AAATTTTTCCATCTTTCATCCAGGGCTGACTGAAACTATGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTCCCAGATCATTT TTCATGTCCAGTAACACAGAAGCCACCAAGTACAGTATAGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCTTGTGTTCCCAC CCTTGGCACTGCCACCCACCCCTCAATTCAGGCAACAATGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAATTTTAGAACCA AAAAATAAGTCTGTACTAATTTCAATGTGGCTTTTAAAAGTATGACAGAGAAATAAGTTAGGATAAAGGAAATTTGAATCTCAAAAATATCAAAAGTAAA AATGTATTCTCAAAACTTTAAATTTATGAAGAATGATGACAGTAGAAGCCTTCCTCTTCCCTTGTCACCTTGAGATAAAAATTCTTTAGGCAGGAAAAGA AATGGAAGTCAGAAAAACATTAGAATAAGACAATAATGTGGGTGTCTGAAAAGGAACAAATACTTATTCCTCACATAGGGTTAGTGACAATGGGAAAAGG GACGGGAGTAGAAGCCACAGACATATCTAGGAGCCCTGAATAGAGGCGCAGTCTGCCTCACCTCCTGAATGAAGCTGTACTAGATAACCATGTAGCTTTC CCTGTGCCACTCTGGCATGAAGGAGACAGTATAGTGAATATGGCTACAGGATGTTTCTTGGAAACATGCCAATATCTTCAGAAATCCCCAGCCCTTTCCC CTAACCCCTCCTGACTAAGGAAAGCATGAGCTTATGAGAGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGGGTGCTGTGTCC TCCACTGGATTCGCCATCTCCGAGGAGAAACTCTCACAGAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCATGAGGATATTT CTAACCATGCTACCTGCATCAGTGAGTTTAAATTTTAATTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTGGTGCAAAGAAC CCTAAATCCAAATCCAGGACTCAGTACTTTGAAGCTAGTATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTTTTCTCATCCAC AATGTAGGAGTAATAATACTTTCCTTGCAGAGTTATTGATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACATGAACACATAAG AAAACATTGTGGTTATATTTATAATTAATTTATTTAAAAGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAATGATTTAGGAG ATTCAAATGTAGAGCTATGGGTGAATTTCTTTTCATATGATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGGATTGGTAAGAG AACTCTTAGCACTAGAAGTTGTAATATTTGACTTTGGTTTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTTTATTCAAGGTA TATCATATACAACAGATCTTTATGCCTGTTTACTTTGGGGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGGAATCAGTAAGC ACAGGAAATCTGAACCAGTGATGATCATGAAAATGTCCATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATACCACAATGGTGA AAAATGTCATTATACATTTGCTCAAATCCACAGAATATATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATGATGTGCCAATG TAAGTTCATAAATTATAGCAAATGTACCACTCAGATGGGAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCTGGCAGCAGTCC CCAGCCTTTTTGGCAGCAGGGACCAGTTTTATGGAAGACAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAACTGTGAAACTA TTCCACCTCAGATCAACAAGCATTAGTTAGATTCTCATAAGGAACATGCAACCTAGATCTCTTGCATGCACAGTTAAAAATAGGGTTCGCACTCCTATGA GAATCTAATGCCACCACTGATCTGACGGAAGGCGGGGCTCAGTTGGTAATGCTGGCTCACCCACTGCGTGGTCCAGTTTCTAACAGGCCACCAACTGGTA CTGGTCCATGGCCCGGGGGTTGGGGACCTCTGGGATACCTCTGCACCTTCTGCTCAGTTTTTCTGTGAACCTACAACCGCTTTAAAATAAGGTCTATTTT TAAAAAGGAAAAGAGAAGGTAACCAATTATGATCCTAAATGTGTAAAATAAAAATTTTAGTATGAAAAACAGTCACATTAAAATGCACAACGTGCTAAGA AGCTTTTAGCAATAGGGTTTCAAATATATTTCATATACATTTCAATGATTCGTGAGGCAAGAACCCAGCATTTTGGAGTTGTGTGCATTTGTGTGTGTGT GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTAATATAAGGGGTATACTGAATGGCATAATGACCAGAGTCATGCAGAAATCTACAAATGCTGCCCAACTCAGACTCC TTCCTCAAGCAGCACTGTGGAAAGCAAATTTAATGATAGCAGTATTTTATTAAAAGGATGTATTCAAAAAATATTTACGTAATGTTAAAATAGCAGAATT AAAACTAATTCTAAAAAATAAGAGTAAATAGTTCTTTTTATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTGCCTGATTTAAA ATCATGCAATTCTTAAACAATTATTTGAGCTATTTGAATTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCACACTATTTAAAA TTTACAAAATTAGTGGGTCACAGAGGCTCGTGCTTGTGATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAACAGCTGCC TGGGCAACAAAGCAAGACCTTGTCTCTACAACACAAAAATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTGAGGCAAGAGGA GTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAATACTTCAGTGGGCTAAGATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATCTCTAAAAGTAA ATAAATAAATAAAACTTACAAAATTTTAAAAATCAAATGAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAATTAAACATTTTA TTACAAATGAAGCACTTCATGCACAGACTGGCACATAGTAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTCCAACTAACAAA TCCCACAGTGAATGACATCACAGGGATGCAACCAACAAGATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCAACAATTCAAGA GAGAGAGAGAAGAGAAGCTATACATTTTAAAAGGCTGAAGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGACTGTATTAAGG AATTATCTAATTTTAGTGTGGTAATGAGATTGCTGTTATGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATGAATGAAA

HLA-DQA1.F3 (forward primer)
HLA-DQA1.R3 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

EDSNLMSSLYS*NNSSSPL*VEAASQGDCPVSF QGS*YKLFN**LRCHHRGFF*LAKT*LGRVWFGC LQISLS*GPHNYSTAQNTNC*GCLGKRMILNKA LLLGALALTTVMSPCGGEDIVADHVASCGVNLY QFYGPSGQYTHEFDGDEQFYVDLERKETAWRWPE FSKFGGFDPQGALRNMAVARFLRSQCFPSLP*H WVSPTPSFVLWTTSFLLWSTSHG*AMGSQSQKV FLRPASSPRVIIPSSRSVTSPSSLLLMRFMTARW STGAWTSLF*NTGSLRFQPLCQSSQRLWSVPWG CLWASWALWWALSSSSKACVQLVLPDTKGHCES HPGREGKIETGYS*SGSMKGRKVGGRCGHECG*K L*GNWEVA***HRSPLGPIDLMSALLQVHRHLQ EQKNGLAK*PSTILWPDLSYPFSPPNISPLTFS LGLKLLYPLRAHKCLYILSLTS*FFFSFLKCYLQ RHAWGKPPGYLIPQ*PPSKISKEAINSFYEIYV KFFHLSSRAD*NYG**LGYSYVSIQFNLISQII FHVQ*HRSHQVQYSLIIC*FLS*H*YFLLPCVPT LGTATHPSIQATMKLMDTVCPWPRIVIAKILEP KNKSVLISMWLLKV*QRNKLG*RKFESQKYQK* KCILKTLNL*RMMTVEAFLFPCHLEIKIL*AGKE MEVRKTLE*DNNVGV*KGTNTYSSHRVSDNGKR DGSRSHRHI*EP*IEAQSASPPE*SCTR*PCSF PCATLA*RRQYSEYGYRMFLGNMPISSEIPSPFP *PLLTKESMSL*EKP*EEQHS*DNVAAAVGAVS STGFAISEEKLSQRKWVSSDLMALNSYEIHEDI SNHATCISEFKF*LEKKYKTLMQ*LIQYSLVQRT LNPNPGLSTLKLVF*TL*MCEVSNISGLTFLIH NVGVIILSLQSY**NLNNFDI*SMPYT*YMNT* ENIVVIFIINLFKRMDHII*KALLFFSAS**FRR FKCRAMGEFLFI**LKDIFLFPE*ERLRLDW*E NS*H*KL*YLTLVFNSLRGNIFPPYGP*VFIQG ISYTTDLYACLLWGRSEDSSRRK*FKTQTGNQ*A QEI*TSDDHENVHHRAQMIFRAIKLFCLIPQW* KMSLYICSNPQNI*HQELDLM*TMDFG***CAN VSS*IIANVPLRWEMLLMGEAMHVWEQSVSGSSP QPFWQQGPVLWKTIFPQIVGGMGV*SGDETVKL FHLRSTSIS*ILIRNMQPRSLACTVKNRVRTPM RI*CHH*SDGRRGSVGNAGSPTAWSSF*QATNWY WSMARGLGTSGIPLHLLLSFSVNLQPL*NKVYF *KGKEKVTNYDPKCVK*KF*YEKQSH*NAQRAK KLLAIGFQIYFIYISMIREARTQHFGVVCICVCV CVCVCVSVI*GVY*MA**PESCRNLQMLPNSDS FLKQHCGKQI***QYFIKRMYSKNIYVMLK*QN *N*F*KIRVNSSFYQLKM*GLLSIGLQIYLPDLK SCNS*TII*AI*IISDYTHKV*LH*YLISHYLK FTKLVGHRGSCL*S*HFGGQ*GRIA*SQEFNSC LGNKARPCLYNTKIN*CMAALL*SQLL*RLRQEE CLSPGVQYFSGLRLCHCAHSSLGSRAGLHL*K* INK*NLQNFKNQMKYVRFVPTTFKLGT*RIKHF ITNEALHAQTGT**VVDRC*QFVLLLFSGVQLTN PTVNDITGMQPTRSRIWKLLLDKQLHFFSNNSR EREKRSYTF*KAEEIYEPNLYEAIRKTDTDCIK ELSNFSVVMRLLLCFLKSHYTLDFHNKIIMNE

Frame 1

KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPS RALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL CCWGPSL*PP**APVEVKTLWLTTLPLVV*TCT SFTVPLASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGL SSANLEVLTRRVH*ETWLWQGS*GHSVFQVSRDT GSAQHPHLSCGQHLSSCGQHHMAEQWAVSHRRC F*DQLPLQE*SFLLQDQLPHLPPFC**DL*LQG GALGPGPASSETLGA*DSSPYVRAHRDCGLCPGV VCGPHGHCGGHCLHHPRPAFSWCFQTPRAIVNP ILEGKVRLRLVTVEAAV*KEGKWEGVVDMNVVE SCRGIGKWHDDDTGAPSDPLISCLPCCRCIAIYR SRRMDLLNDLALFSGPIYHIPFLLQIFLLSPFL WDLSCYIPSELTNAFTFFP*PPDFFFLFSNVTY KDMPGVSHPAT*FLSNLHLKSPRKQ*IPFMRSMS NFSIFHPGLTETMANNWGTLMFQSNLTSFPRSF FMSSNTEATKYSIA**YVDFLADINISCFLVFP PLALPPTPQFRQQ*N*WIPSALGPELL*QKF*NQ KISLY*FQCGF*KYDREIS*DKGNLNLKNIKSK NVFSKL*IYEE**Q*KPSSSLVTLR*KFFRQEK KWKSEKH*NKTIMWVSEKEQILIPHIGLVTMGKG TGVEATDISRSPE*RRSLPHLLNEAVLDNHVAF PVPLWHEGDSIVNMATGCFLETCQYLQKSPALS PNPS*LRKA*AYERNPRKNNTVETM*QQQWVLCP PLDSPSPRRNSHRGNGSAATSWL*TAMKSMRIF LTMLPASVSLNFNWRKNTKH*CNN*YSIVWCKE P*IQIQDSVL*S*YFKLYKCVKSLTFLALLFSST M*E**YFPCRVIDKI*IILIFSQCLTHST*THK KTLWLYL*LIYLKEWIILYEKHFCFSQPLNDLG DSNVELWVNFFSYDN*RIFFFFQNERG*DWIGKR TLSTRSCNI*LWFSTL*EGIYSLLMAHKCLFKV YHIQQIFMPVYFGEEVKIVQGENNLKHRLGISK HRKSEPVMIMKMSITEHR*FSGQ*NYSV*YHNGE KCHYTFAQIHRIYNTKS*T*CKLWTLGDNDVPM *VHKL*QMYHSDGRCC*WGRLCMCGSRVYLAAV PSLFGSRDQFYGRQFFHR*LGEWGYDLGMKL*NY STSDQQALVRFS*GTCNLDLLHAQLKIGFALL* ESNATTDLTEGGAQLVMLAHPLRGPVSNRPPTG TGPWPGGWGPLGYLCTFCSVFL*TYNRFKIRSIF KKEKRR*PIMILNV*NKNFSMKNSHIKMHNVLR SF*Q*GFKYISYTFQ*FVRQEPSILELCAFVCV CVCVCVCL*YKGYTEWHNDQSHAEIYKCCPTQTP SSSSTVESKFNDSSILLKGCIQKIFT*C*NSRI KTNSKK*E*IVLFIS*KCRAYYQ*GYRSTCLI* NHAILKQLFELFELFQITHIKCDFINT*YHTI*N LQN*WVTEARACDLSTLEANRGGLLEARSSTAA WATKQDLVSTTQK*INAWRHSCSPSYSRG*GKR SA*AQEFNTSVG*DCATVLTPA*AAEQDSISKSK *INKTYKILKIK*NMSGLYLPHLN*GLEELNIL LQMKHFMHRLAHSK*SIGVNNLCYCYFLESN*Q IPQ*MTSQGCNQQDPEYGNFY*INNSISSATIQE RERREAIHFKRLKKYMNQICMRQSEKLTPTVLR NYLILVW**DCCYVF*KVIIL*IFIIK*L*MK

Frame 2

RFQFNVLPLFIEQFLKSTLSRGCITRGLPRLLP GLLIQTLQLVTEMSP*GIFLIGQNLTWQGLVWV SSDFLVLRSSQLLYSSEHQLLRLPWEEDDPKQS SAAGGPRSDHRDEPLWR*RHCG*PRCLLWCKLVP VLRSLWPVHP*I*WR*AVLRGPGEEGDCLAVA* VQQIWRF*PAGCTEKHGCGKVPEVTVFSKSPVT LGQPNTLICLVDNIFPPVVNITWLSNGQSVTEGV SETSFLSKSDHSFFKISYLTFLPSADEIYDCKV EHWGLDQPLLKHWEPEIPAPMSELTETVVCALG LSVGLMGIVVGTVFIIQGLRSVGASRHQGPL*IP SWKGR*D*DWLQLKRQYERKESGRALWT*MWLK VVGELGSGMMMTQEPPRTH*SHVCPVAGASPST GAEEWTC*MT*HYSLARFIISLFSSKYFSSHLFS GT*AAISPQSSQMPLHSFPDLLIFFFFSQMLPT KTCLG*ATRLPNSSVTSI*NLQGSNKFLL*DLC QIFPSFIQG*LKLWLIIGVLLCFNPI*PHFPDHF SCPVTQKPPSTV*PDNMLIS*LTLIFLASLCSH PWHCHPPLNSGNNEINGYRLPLAQNCYSKNFRT KK*VCTNFNVAFKSMTEK*VRIKEI*ISKISKVK MYSQNFKFMKNDDSRSLPLPLSP*DKNSLGRKR NGSQKNIRIRQ*CGCLKRNKYLFLT*G**QWEK GRE*KPQTYLGALNRGAVCLTS*MKLY*ITM*LS LCHSGMKETV**IWLQDVSWKHANIFRNPQPFP LTPPD*GKHELMRETLGRTTQLRQCSSSSGCCV LHWIRHLRGETLTEEMGQQRPHGSKQL*NP*GYF *PCYLHQ*V*ILIGEKIQNINAIIDTV*FGAKN PKSKSRTQYFEASILNFINV*SL*HFWPYFSHP QCRSNNTFLAELLIKFE*F*YLVNALHIVHEHIR KHCGYIYN*FI*KNGSYYMKSTFVFLSLLMI*E IQM*SYG*ISFHMIIEGYFSFSRMREAEIGLVR ELLALEVVIFDFGFQLSKREYIPSLWPISVYSRY IIYNRSLCLFTLGKK*R*FKEKII*NTDWESVS TGNLNQ**S*KCPSQSTDDFQGNKTILFDTTMV KNVIIHLLKSTEYITPRVRLNVNYGLWVIMMCQC KFINYSKCTTQMGDVANGGGYACVGAECIWQQS PAFLAAGTSFMEDNFSTDSWGNGGMIWG*NCET IPPQINKH*LDSHKEHAT*ISCMHS*K*GSHSYE NLMPPLI*RKAGLSW*CWLTHCVVQFLTGHQLV LVHGPGVGDLWDTSAPSAQFFCEPTTALK*GLF LKRKREGNQL*S*MCKIKILV*KTVTLKCTTC*E AFSNRVSNIFHIHFNDS*GKNPAFWSCVHLCVC VCVCVCVCNIRGILNGIMTRVMQKSTNAAQLRL LPQAALWKANLMIAVFY*KDVFKKYLRNVKIAEL KLILKNKSK*FFLSAKNVGPTINRVTDLPA*FK IMQFLNNYLSYLNYFRLHT*SVTSLILNITLFK IYKISGSQRLVLVILALWRPIGEDCLKPGVQQLP GQQSKTLSLQHKNKLMHGGTPVVPATLEAEARG VLEPRSSILQWAKIVPLCSLQPRQQSRTPSLKV NK*IKLTKF*KSNEICQVCTYHI*TRDLKN*TFY YK*STSCTDWHIVSSR*VLTICVIVIFWSPTNK SHSE*HHRDATNKIQNMETSTR*TTPFLQQQFK REREEKLYILKG*RNI*TKFV*GNQKN*HRLY*G II*F*CGNEIAVMFSKKSLYFRFS**NNYE*

Sequence HLA-DQA1.dAug05

GAAGATTCCAATTTAATGTCCTCCCTTTATTCATAGAACAATTCCTCAAGTCCACTCTGAGTAGAGGCTGCATCACAAGGGGATTGCCCCGTCTCCTTCC AGGGCTCTTAATACAAACTCTTCAACTAGTAACTGAGATGTCACCATAGGGGATTTTTCTAATTGGCCAAAACCTGACTTGGCAGGGTTTGGTTTGGGTG TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT CTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGTGATGAGCCCCTGTGGAGGTGAAGACATTGTGGCTGACCACGTTGCCTCTTGTGGTGTAAACTTGTACC AGTTTTACGGTCCCTCTGGCCAGTACACCCATGAATTTGATGGAGATGAGCAGTTCTACGTGGACCTGGAGAGGAAGGAGACTGCCTGGCGGTGGCCTGA GTTCAGCAAATTTGGAGGTTTTGACCCGCAGGGTGCACTGAGAAACATGGCTGTGGCAAAACACAACTTGAACATCATGATTAAACGCTACAACTCTACC GCTGCTACCAATGAGGTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCGTGACACTGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTGGACAACATCTTTC CTCCTGTGGTCAACATCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGAAGGTGTTTCTGAGACCAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATCATTCCTTCTTCAA GATCAGTTACCTCACCTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGCAAGGTGGAGCACTGGGGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAAACACTGGGGTAAG GATGAGTTTCATCATTTTTTGATTCTTTCTTGTCTGTCAAGTTCAGAACTTCCTGCCTTTTACTCCTATATCCAAAAACTTGTTTTCCACACTTCATGGG TTTCTTTTCTGTCTCTCTTTTTTTTTTGAAAGAATAAAGCAAAAAAAGCAGAGATTTATTGAAAATGAAAGTACACTCTACAGGATGGGAGTGGGCCTGC CACTTCATGGTTTTCTAATGATAGACTTCACTCTTCTCCCTAAGCCTGGGGCCTTGAGTCTTTGCAGAGCCAACCCTCTACCCCATCCCATCCCACACAC ATGCACATGAGCACACTCTGCATTCTGACCTCAACAACTTCACTTCCACAGAGCCTGAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTG TGCCCTGGGGTTGTCTGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGCACTGTCTTCATCATCCAAGGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCA TTGTGAATCCCATCCTGGAAGGGAAGGTAAGATTGAGACTGGTTACAGTTGAAGCGGCAGTATGAAAGGAAGGAAAGTGGGAGGGCGTTGTGGACATGAA TGTGGTTGAAAGTTGTAGGGGAATTGGGAAGTGGCATGATGATGACACAGGAGCCCCCTCGGACCCATTGATCTCATGTCTGCCCTGTTGCAGGTGCATC GCCATCTACAGGAGCAGAAGAATGGACTTGCTAAATGACCTAGCACTATTCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCT CACCTTTTCTCTGGGACTTAAGCTGCTATATCCCCTCAGAGCTCACAAATGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAA TGTTACCTACAAAGACATGCCTGGGGTAAGCCACCCGGCTACCTAATTCCTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATG AGATCTATGTCAAATTTTTCCATCTTTCATCCAGGGCTGACTGAAACTATGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTC CCAGATCATTTTTCATGTCCAGTAACACAGAAGCCACCAAGTACAGTATAGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCT TGTGTTCCCACCCTTGGCACTGCCACCCACCCCTCAATTCAGGCAACAATGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAA TTTTAGAACCAAAAAATAAGTCTGTACTAATTTCAATGTGGCTTTTAAAAGTATGACAGAGAAATAAGTTAGGATAAAGGAAATTTGAATCTCAAAAATA TCAAAAGTAAAAATGTATTCTCAAAACTTTAAATTTATGAAGAATGATGACAGTAGAAGCCTTCCTCTTCCCTTGTCACCTTGAGATAAAAATTCTTTAG GCAGGAAAAGAAATGGAAGTCAGAAAAACATTAGAATAAGACAATAATGTGGGTGTCTGAAAAGGAACAAATACTTATTCCTCACATAGGGTTAGTGACA ATGGGAAAAGGGACGGGAGTAGAAGCCACAGACATATCTAGGAGCCCTGAATAGAGGCGCAGTCTGCCTCACCTCCTGAATGAAGCTGTACTAGATAACC ATGTAGCTTTCCCTGTGCCACTCTGGCATGAAGGAGACAGTATAGTGAATATGGCTACAGGATGTTTCTTGGAAACATGCCAATATCTTCAGAAATCCCC AGCCCTTTCCCCTAACCCCTCCTGACTAAGGAAAGCATGAGCTTATGAGAGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGG GTGCTGTGTCCTCCACTGGATTCGCCATCTCCGAGGAGAAACTCTCACAGAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCA TGAGGATATTTCTAACCATGCTACCTGCATCAGTGAGTTTAAATTTTAATTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTG GTGCAAAGAACCCTAAATCCAAATCCAGGACTCAGTACTTTGAAGCTAGTATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTT TTCTCATCCACAATGTAGGAGTAATAATACTTTCCTTGCAGAGTTATTGATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACAT GAACACATAAGAAAACATTGTGGTTATATTTATAATTAATTTATTTAAAAGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAA TGATTTAGGAGATTCAAATGTAGAGCTATGGGTGAATTTCTTTTCATATGATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGG ATTGGTAAGAGAACTCTTAGCACTAGAAGTTGTAATATTTGACTTTGGTTTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTT TATTCAAGGTATATCATATACAACAGATCTTTATGCCTGTTTACTTTGGGGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGG AATCAGTAAGCACAGGAAATCTGAACCAGTGATGATCATGAAAATGTCCATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATAC CACAATGGTGAAAAATGTCATTATACATTTGCTCAAATCCACAGAATATATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATG ATGTGCCAATGTAAGTTCATAAATTATAGCAAATGTACCACTCAGATGGGAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCT GGCAGCAGTCCCCAGCCTTTTTGGCAGCAGGGACCAGTTTTATGGAAGACAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAA CTGTGAAACTATTCCACCTCAGATCAACAAGCATTAGTTAGATTCTCATAAGGAACATGCAACCTAGATCTCTTGCATGCACAGTTAAAAATAGGGTTCG CACTCCTATGAGAATCTAATGCCACCACTGATCTGACGGAAGGCGGGGCTCAGTTGGTAATGCTGGCTCACCCACTGCGTGGTCCAGTTTCTAACAGGCC ACCAACTGGTACTGGTCCATGGCCCGGGGGTTGGGGACCTCTGGGATACCTCTGCACCTTCTGCTCAGTTTTTCTGTGAACCTACAACCGCTTTAAAATA AGGTCTATTTTTAAAAAGGAAAAGAGAAGGTAACCAATTATGATCCTAAATGTGTAAAATAAAAATTTTAGTATGAAAAACAGTCACATTAAAATGCACA ACGTGCTAAGAAGCTTTTAGCAATAGGGTTTCAAATATATTTCATATACATTTCAATGATTCGTGAGGCAAGAACCCAGCATTTTGGAGTTGTGTGCATT TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTAATATAAGGGGTATACTGAATGGCATAATGACCAGAGTCATGCAGAAATCTACAAATGCTGCCCA ACTCAGACTCCTTCCTCAAGCAGCACTGTGGAAAGCAAATTTAATGATAGCAGTATTTTATTAAAAGGATGTATTCAAAAAATATTTACGTAATGTTAAA ATAGCAGAATTAAAACTAATTCTAAAAAATAAGAGTAAATAGTTCTTTTTATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTG CCTGATTTAAAATCATGCAATTCTTAAACAATTATTTGAGCTATTTGAATTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCAC ACTATTTAAAATTTACAAAATTAGTGGGTCACAGAGGCTCGTGCTTGTGATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTT CAACAGCTGCCTGGGCAACAAAGCAAGACCTTGTCTCTACAACACAAAAATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTG AGGCAAGAGGAGTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAATACTTCAGTGGGCTAAGATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATC TCTAAAAGTAAATAAATAAATAAAACTTACAAAATTTTAAAAATCAAATGAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAAT TAAACATTTTATTACAAATGAAGCACTTCATGCACAGACTGGCACATAGTAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTC CAACTAACAAATCCCACAGTGAATGACATCACAGGGATGCAACCAACAAGATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCA ACAATTCAAGAGAGAGAGAGAAGAGAAGCTATACATTTTAAAAGGCTGAAGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGA CTGTATTAAGGAATTATCTAATTTTAGTGTGGTAATGAGATTGCTGTTATGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATG AATGAAA

HLA-DQA1.F3 (forward primer)
HLA-DQA1.R3 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

EDSNLMSSLYS*NNSSSPL*VEAASQGDCPVSF QGS*YKLFN**LRCHHRGFF*LAKT*LGRVWFGC LQISLS*GPHNYSTAQNTNC*GCLGKRMILNKA LLLGALALTTVMSPCGGEDIVADHVASCGVNLY QFYGPSGQYTHEFDGDEQFYVDLERKETAWRWPE FSKFGGFDPQGALRNMAVAKHNLNIMIKRYNST AATNEVPEVTVFSKSPVTLGQPNTLICLVDNIF PPVVNITWLSNGQSVTEGVSETSFLSKSDHSFFK ISYLTFLPSADEIYDCKVEHWGLDQPLLKHWGK DEFHHFLILSCLSSSELPAFYSYIQKLVFHTSW VSFLSLFFF*KNKAKKAEIY*K*KYTLQDGSGPA TSWFSNDRLHSSP*AWGLESLQSQPSTPSHPTH MHMSTLCILTSTTSLPQSLRFQPLCQSSQRLWS VPWGCLWASWALWWALSSSSKACVQLVLPDTKGH CESHPGREGKIETGYS*SGSMKGRKVGGRCGHE CG*KL*GNWEVA***HRSPLGPIDLMSALLQVH RHLQEQKNGLAK*PSTILWPDLSYPFSPPNISPL TFSLGLKLLYPLRAHKCLYILSLTS*FFFSFLK CYLQRHAWGKPPGYLIPQ*PPSKISKEAINSFY EIYVKFFHLSSRAD*NYG**LGYSYVSIQFNLIS QIIFHVQ*HRSHQVQYSLIIC*FLS*H*YFLLP CVPTLGTATHPSIQATMKLMDTVCPWPRIVIAK ILEPKNKSVLISMWLLKV*QRNKLG*RKFESQKY QK*KCILKTLNL*RMMTVEAFLFPCHLEIKIL* AGKEMEVRKTLE*DNNVGV*KGTNTYSSHRVSD NGKRDGSRSHRHI*EP*IEAQSASPPE*SCTR*P CSFPCATLA*RRQYSEYGYRMFLGNMPISSEIP SPFP*PLLTKESMSL*EKP*EEQHS*DNVAAAV GAVSSTGFAISEEKLSQRKWVSSDLMALNSYEIH EDISNHATCISEFKF*LEKKYKTLMQ*LIQYSL VQRTLNPNPGLSTLKLVF*TL*MCEVSNISGLT FLIHNVGVIILSLQSY**NLNNFDI*SMPYT*YM NT*ENIVVIFIINLFKRMDHII*KALLFFSAS* *FRRFKCRAMGEFLFI**LKDIFLFPE*ERLRL DW*ENS*H*KL*YLTLVFNSLRGNIFPPYGP*VF IQGISYTTDLYACLLWGRSEDSSRRK*FKTQTG NQ*AQEI*TSDDHENVHHRAQMIFRAIKLFCLI PQW*KMSLYICSNPQNI*HQELDLM*TMDFG*** CANVSS*IIANVPLRWEMLLMGEAMHVWEQSVS GSSPQPFWQQGPVLWKTIFPQIVGGMGV*SGDE TVKLFHLRSTSIS*ILIRNMQPRSLACTVKNRVR TPMRI*CHH*SDGRRGSVGNAGSPTAWSSF*QA TNWYWSMARGLGTSGIPLHLLLSFSVNLQPL*N KVYF*KGKEKVTNYDPKCVK*KF*YEKQSH*NAQ RAKKLLAIGFQIYFIYISMIREARTQHFGVVCI CVCVCVCVCVSVI*GVY*MA**PESCRNLQMLP NSDSFLKQHCGKQI***QYFIKRMYSKNIYVMLK *QN*N*F*KIRVNSSFYQLKM*GLLSIGLQIYL PDLKSCNS*TII*AI*IISDYTHKV*LH*YLIS HYLKFTKLVGHRGSCL*S*HFGGQ*GRIA*SQEF NSCLGNKARPCLYNTKIN*CMAALL*SQLL*RL RQEECLSPGVQYFSGLRLCHCAHSSLGSRAGLH L*K*INK*NLQNFKNQMKYVRFVPTTFKLGT*RI KHFITNEALHAQTGT**VVDRC*QFVLLLFSGV QLTNPTVNDITGMQPTRSRIWKLLLDKQLHFFS NNSREREKRSYTF*KAEEIYEPNLYEAIRKTDTD CIKELSNFSVVMRLLLCFLKSHYTLDFHNKIIM NE

Frame 1

KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPS RALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL CCWGPSL*PP**APVEVKTLWLTTLPLVV*TCT SFTVPLASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGL SSANLEVLTRRVH*ETWLWQNTT*TS*LNATTLP LLPMRFLRSQCFPSLP*HWVSPTPSFVLWTTSF LLWSTSHG*AMGSQSQKVFLRPASSPRVIIPSS RSVTSPSSLLLMRFMTARWSTGAWTSLF*NTGVR MSFIIF*FFLVCQVQNFLPFTPISKNLFSTLHG FLFCLSFFFERIKQKKQRFIENESTLYRMGVGL PLHGFLMIDFTLLPKPGALSLCRANPLPHPIPHT CT*AHSAF*PQQLHFHRA*DSSPYVRAHRDCGL CPGVVCGPHGHCGGHCLHHPRPAFSWCFQTPRA IVNPILEGKVRLRLVTVEAAV*KEGKWEGVVDMN VVESCRGIGKWHDDDTGAPSDPLISCLPCCRCI AIYRSRRMDLLNDLALFSGPIYHIPFLLQIFLL SPFLWDLSCYIPSELTNAFTFFP*PPDFFFLFSN VTYKDMPGVSHPAT*FLSNLHLKSPRKQ*IPFM RSMSNFSIFHPGLTETMANNWGTLMFQSNLTSF PRSFFMSSNTEATKYSIA**YVDFLADINISCFL VFPPLALPPTPQFRQQ*N*WIPSALGPELL*QK F*NQKISLY*FQCGF*KYDREIS*DKGNLNLKN IKSKNVFSKL*IYEE**Q*KPSSSLVTLR*KFFR QEKKWKSEKH*NKTIMWVSEKEQILIPHIGLVT MGKGTGVEATDISRSPE*RRSLPHLLNEAVLDN HVAFPVPLWHEGDSIVNMATGCFLETCQYLQKSP ALSPNPS*LRKA*AYERNPRKNNTVETM*QQQW VLCPPLDSPSPRRNSHRGNGSAATSWL*TAMKS MRIFLTMLPASVSLNFNWRKNTKH*CNN*YSIVW CKEP*IQIQDSVL*S*YFKLYKCVKSLTFLALL FSSTM*E**YFPCRVIDKI*IILIFSQCLTHST *THKKTLWLYL*LIYLKEWIILYEKHFCFSQPLN DLGDSNVELWVNFFSYDN*RIFFFFQNERG*DW IGKRTLSTRSCNI*LWFSTL*EGIYSLLMAHKC LFKVYHIQQIFMPVYFGEEVKIVQGENNLKHRLG ISKHRKSEPVMIMKMSITEHR*FSGQ*NYSV*Y HNGEKCHYTFAQIHRIYNTKS*T*CKLWTLGDN DVPM*VHKL*QMYHSDGRCC*WGRLCMCGSRVYL AAVPSLFGSRDQFYGRQFFHR*LGEWGYDLGMK L*NYSTSDQQALVRFS*GTCNLDLLHAQLKIGF ALL*ESNATTDLTEGGAQLVMLAHPLRGPVSNRP PTGTGPWPGGWGPLGYLCTFCSVFL*TYNRFKI RSIFKKEKRR*PIMILNV*NKNFSMKNSHIKMH NVLRSF*Q*GFKYISYTFQ*FVRQEPSILELCAF VCVCVCVCVCL*YKGYTEWHNDQSHAEIYKCCP TQTPSSSSTVESKFNDSSILLKGCIQKIFT*C* NSRIKTNSKK*E*IVLFIS*KCRAYYQ*GYRSTC LI*NHAILKQLFELFELFQITHIKCDFINT*YH TI*NLQN*WVTEARACDLSTLEANRGGLLEARS STAAWATKQDLVSTTQK*INAWRHSCSPSYSRG* GKRSA*AQEFNTSVG*DCATVLTPA*AAEQDSI SKSK*INKTYKILKIK*NMSGLYLPHLN*GLEE LNILLQMKHFMHRLAHSK*SIGVNNLCYCYFLES N*QIPQ*MTSQGCNQQDPEYGNFY*INNSISSA TIQERERREAIHFKRLKKYMNQICMRQSEKLTP TVLRNYLILVW**DCCYVF*KVIIL*IFIIK*L* MK

Frame 2

RFQFNVLPLFIEQFLKSTLSRGCITRGLPRLLP GLLIQTLQLVTEMSP*GIFLIGQNLTWQGLVWV SSDFLVLRSSQLLYSSEHQLLRLPWEEDDPKQS SAAGGPRSDHRDEPLWR*RHCG*PRCLLWCKLVP VLRSLWPVHP*I*WR*AVLRGPGEEGDCLAVA* VQQIWRF*PAGCTEKHGCGKTQLEHHD*TLQLY RCYQ*GS*GHSVFQVSRDTGSAQHPHLSCGQHLS SCGQHHMAEQWAVSHRRCF*DQLPLQE*SFLLQ DQLPHLPPFC**DL*LQGGALGPGPASSETLG* G*VSSFFDSFLSVKFRTSCLLLLYPKTCFPHFMG FFSVSLFFLKE*SKKSRDLLKMKVHSTGWEWAC HFMVF***TSLFSLSLGP*VFAEPTLYPIPSHT HAHEHTLHSDLNNFTSTEPEIPAPMSELTETVVC ALGLSVGLMGIVVGTVFIIQGLRSVGASRHQGP L*IPSWKGR*D*DWLQLKRQYERKESGRALWT* MWLKVVGELGSGMMMTQEPPRTH*SHVCPVAGAS PSTGAEEWTC*MT*HYSLARFIISLFSSKYFSS HLFSGT*AAISPQSSQMPLHSFPDLLIFFFFSQ MLPTKTCLG*ATRLPNSSVTSI*NLQGSNKFLL* DLCQIFPSFIQG*LKLWLIIGVLLCFNPI*PHF PDHFSCPVTQKPPSTV*PDNMLIS*LTLIFLAS LCSHPWHCHPPLNSGNNEINGYRLPLAQNCYSKN FRTKK*VCTNFNVAFKSMTEK*VRIKEI*ISKI SKVKMYSQNFKFMKNDDSRSLPLPLSP*DKNSL GRKRNGSQKNIRIRQ*CGCLKRNKYLFLT*G**Q WEKGRE*KPQTYLGALNRGAVCLTS*MKLY*IT M*LSLCHSGMKETV**IWLQDVSWKHANIFRNP QPFPLTPPD*GKHELMRETLGRTTQLRQCSSSSG CCVLHWIRHLRGETLTEEMGQQRPHGSKQL*NP *GYF*PCYLHQ*V*ILIGEKIQNINAIIDTV*F GAKNPKSKSRTQYFEASILNFINV*SL*HFWPYF SHPQCRSNNTFLAELLIKFE*F*YLVNALHIVH EHIRKHCGYIYN*FI*KNGSYYMKSTFVFLSLL MI*EIQM*SYG*ISFHMIIEGYFSFSRMREAEIG LVRELLALEVVIFDFGFQLSKREYIPSLWPISV YSRYIIYNRSLCLFTLGKK*R*FKEKII*NTDW ESVSTGNLNQ**S*KCPSQSTDDFQGNKTILFDT TMVKNVIIHLLKSTEYITPRVRLNVNYGLWVIM MCQCKFINYSKCTTQMGDVANGGGYACVGAECI WQQSPAFLAAGTSFMEDNFSTDSWGNGGMIWG*N CETIPPQINKH*LDSHKEHAT*ISCMHS*K*GS HSYENLMPPLI*RKAGLSW*CWLTHCVVQFLTG HQLVLVHGPGVGDLWDTSAPSAQFFCEPTTALK* GLFLKRKREGNQL*S*MCKIKILV*KTVTLKCT TC*EAFSNRVSNIFHIHFNDS*GKNPAFWSCVH LCVCVCVCVCVCNIRGILNGIMTRVMQKSTNAAQ LRLLPQAALWKANLMIAVFY*KDVFKKYLRNVK IAELKLILKNKSK*FFLSAKNVGPTINRVTDLP A*FKIMQFLNNYLSYLNYFRLHT*SVTSLILNIT LFKIYKISGSQRLVLVILALWRPIGEDCLKPGV QQLPGQQSKTLSLQHKNKLMHGGTPVVPATLEA EARGVLEPRSSILQWAKIVPLCSLQPRQQSRTPS LKVNK*IKLTKF*KSNEICQVCTYHI*TRDLKN *TFYYK*STSCTDWHIVSSR*VLTICVIVIFWS PTNKSHSE*HHRDATNKIQNMETSTR*TTPFLQQ QFKREREEKLYILKG*RNI*TKFV*GNQKN*HR LY*GII*F*CGNEIAVMFSKKSLYFRFS**NNY E*

Sequence HLA-DQA1.hAug05

GAAGATTCCAATTTAATGTCCTCCCTTTATTCATAGAACAATTCCTCAAGTCCACTCTGAGTAGAGGCTGCATCACAAGGGGATTGCCCCGTCTCCTTCC AGGGCTCTTAATACAAACTCTTCAACTAGTAACTGAGATGTCACCATAGGGGATTTTTCTAATTGGCCAAAACCTGACTTGGCAGGGTTTGGTTTGGGTG TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT CTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGTGATGAGCCCCTGTGGAGCTGACCACGTTGCCTCTTGTGGTGTAAACTTGTACCAGTTTTACGGTCCCT CTGGCCAGTACACCCATGAATTTGATGGAGATGAGCAGTTCTACGTGGACCTGGAGAGGAAGGAGACTGCCTGGCGGTGGCCTGAGTTCAGCAAATTTGG AGGTTTTGACCCGCAGGGTGCACTGAGAAACATGGCTGTGGCAAAACACAACTTGAACATCATGATTAAACGCTACAACTCTACCGCTGCTACCAATGAG GTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCGTGACACTGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTGGACAACATCTTTCCTCCTGTGGTCAACA TCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGAAGGTGTTTCTGAGACCAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATCATTCCTTCTTCAAGATCAGTTACCTCAC CTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGCAAGGTGGAGCACTGGGGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAAACACTGGGGTAAGGATGAGTTTCATCAT TTTTTGATTCTTTCTTGTCTGTCAAGTTCAGAACTTCCTGCCTTTTACTCCTATATCCAAAAACTTGTTTTCCACACTTCATGGGTTTCTTTTCTGTCTC TCTTTTTTTTTTGAAAGAATAAAGCAAAAAAAGCAGAGATTTATTGAAAATGAAAGTACACTCTACAGGATGGGAGTGGGCCTGCCACTTCATGGTTTTC TAATGATAGACTTCACTCTTCTCCCTAAGCCTGGGGCCTTGAGTCTTTGCAGAGCCAACCCTCTACCCCATCCCATCCCACACACATGCACATGAGCACA CTCTGCATTCTGACCTCAACAACTTCACTTCCACAGAGCCTGAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTGTGCCCTGGGGTTGTC TGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGCACTGTCTTCATCATCCAAGGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCATTGTGAATCCCATCC TGGAAGGGAAGGTAAGATTGAGACTGGTTACAGTTGAAGCGGCAGTATGAAAGGAAGGAAAGTGGGAGGGCGTTGTGGACATGAATGTGGTTGAAAGTTG TAGGGGAATTGGGAAGTGGCATGATGATGACACAGGAGCCCCCTCGGACCCATTGATCTCATGTCTGCCCTGTTGCAGGTGCATCGCCATCTACAGGAGC AGAAGAATGGACTTGCTAAATGACCTAGCACTATTCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCTCACCTTTTCTCTGGG ACTTAAGCTGCTATATCCCCTCAGAGCTCACAAATGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAATGTTACCTACAAAGA CATGCCTGGGGTAAGCCACCCGGCTACCTAATTCCTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATGAGATCTATGTCAAAT TTTTCCATCTTTCATCCAGGGCTGACTGAAACTATGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTCCCAGATCATTTTTCA TGTCCAGTAACACAGAAGCCACCAAGTACAGTATAGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCTTGTGTTCCCACCCTT GGCACTGCCACCCACCCCTCAATTCAGGCAACAATGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAATTTTAGAACCAAAAA ATAAGTCTGTACTAATTTCAATGTGGCTTTTAAAAGTATGACAGAGAAATAAGTTAGGATAAAGGAAATTTGAATCTCAAAAATATCAAAAGTAAAAATG TATTCTCAAAACTTTAAATTTATGAAGAATGATGACAGTAGAAGCCTTCCTCTTCCCTTGTCACCTTGAGATAAAAATTCTTTAGGCAGGAAAAGAAATG GAAGTCAGAAAAACATTAGAATAAGACAATAATGTGGGTGTCTGAAAAGGAACAAATACTTATTCCTCACATAGGGTTAGTGACAATGGGAAAAGGGACG GGAGTAGAAGCCACAGACATATCTAGGAGCCCTGAATAGAGGCGCAGTCTGCCTCACCTCCTGAATGAAGCTGTACTAGATAACCATGTAGCTTTCCCTG TGCCACTCTGGCATGAAGGAGACAGTATAGTGAATATGGCTACAGGATGTTTCTTGGAAACATGCCAATATCTTCAGAAATCCCCAGCCCTTTCCCCTAA CCCCTCCTGACTAAGGAAAGCATGAGCTTATGAGAGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGGGTGCTGTGTCCTCCA CTGGATTCGCCATCTCCGAGGAGAAACTCTCACAGAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCATGAGGATATTTCTAA CCATGCTACCTGCATCAGTGAGTTTAAATTTTAATTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTGGTGCAAAGAACCCTA AATCCAAATCCAGGACTCAGTACTTTGAAGCTAGTATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTTTTCTCATCCACAATG TAGGAGTAATAATACTTTCCTTGCAGAGTTATTGATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACATGAACACATAAGAAAA CATTGTGGTTATATTTATAATTAATTTATTTAAAAGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAATGATTTAGGAGATTC AAATGTAGAGCTATGGGTGAATTTCTTTTCATATGATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGGATTGGTAAGAGAACT CTTAGCACTAGAAGTTGTAATATTTGACTTTGGTTTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTTTATTCAAGGTATATC ATATACAACAGATCTTTATGCCTGTTTACTTTGGGGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGGAATCAGTAAGCACAG GAAATCTGAACCAGTGATGATCATGAAAATGTCCATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATACCACAATGGTGAAAAA TGTCATTATACATTTGCTCAAATCCACAGAATATATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATGATGTGCCAATGTAAG TTCATAAATTATAGCAAATGTACCACTCAGATGGGAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCTGGCAGCAGTCCCCAG CCTTTTTGGCAGCAGGGACCAGTTTTATGGAAGACAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAACTGTGAAACTATTCC ACCTCAGATCAACAAGCATTAGTTAGATTCTCATAAGGAACATGCAACCTAGATCTCTTGCATGCACAGTTAAAAATAGGGTTCGCACTCCTATGAGAAT CTAATGCCACCACTGATCTGACGGAAGGCGGGGCTCAGTTGGTAATGCTGGCTCACCCACTGCGTGGTCCAGTTTCTAACAGGCCACCAACTGGTACTGG TCCATGGCCCGGGGGTTGGGGACCTCTGGGATACCTCTGCACCTTCTGCTCAGTTTTTCTGTGAACCTACAACCGCTTTAAAATAAGGTCTATTTTTAAA AAGGAAAAGAGAAGGTAACCAATTATGATCCTAAATGTGTAAAATAAAAATTTTAGTATGAAAAACAGTCACATTAAAATGCACAACGTGCTAAGAAGCT TTTAGCAATAGGGTTTCAAATATATTTCATATACATTTCAATGATTCGTGAGGCAAGAACCCAGCATTTTGGAGTTGTGTGCATTTGTGTGTGTGTGTGT GTGTGTGTGTGTGTGTCTGTAATATAAGGGGTATACTGAATGGCATAATGACCAGAGTCATGCAGAAATCTACAAATGCTGCCCAACTCAGACTCCTTCC TCAAGCAGCACTGTGGAAAGCAAATTTAATGATAGCAGTATTTTATTAAAAGGATGTATTCAAAAAATATTTACGTAATGTTAAAATAGCAGAATTAAAA CTAATTCTAAAAAATAAGAGTAAATAGTTCTTTTTATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTGCCTGATTTAAAATCA TGCAATTCTTAAACAATTATTTGAGCTATTTGAATTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCACACTATTTAAAATTTA CAAAATTAGTGGGTCACAGAGGCTCGTGCTTGTGATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAACAGCTGCCTGGG CAACAAAGCAAGACCTTGTCTCTACAACACAAAAATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTGAGGCAAGAGGAGTGC TTGAGCCCAGGAGTTCAATACTTCAGTGGGCTAAGATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATCTCTAAAAGTAAATAA ATAAATAAAACTTACAAAATTTTAAAAATCAAATGAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAATTAAACATTTTATTAC AAATGAAGCACTTCATGCACAGACTGGCACATAGTAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTCCAACTAACAAATCCC ACAGTGAATGACATCACAGGGATGCAACCAACAAGATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCAACAATTCAAGAGAGA GAGAGAAGAGAAGCTATACATTTTAAAAGGCTGAAGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGACTGTATTAAGGAATT ATCTAATTTTAGTGTGGTAATGAGATTGCTGTTATGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATGAATGAAA

HLA-DQA1.F3 (forward primer)
HLA-DQA1.R3 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

EDSNLMSSLYS*NNSSSPL*VEAASQGDCPVSF QGS*YKLFN**LRCHHRGFF*LAKT*LGRVWFGC LQISLS*GPHNYSTAQNTNC*GCLGKRMILNKA LLLGALALTTVMSPCGADHVASCGVNLYQFYGP SGQYTHEFDGDEQFYVDLERKETAWRWPEFSKFG GFDPQGALRNMAVAKHNLNIMIKRYNSTAATNE VPEVTVFSKSPVTLGQPNTLICLVDNIFPPVVN ITWLSNGQSVTEGVSETSFLSKSDHSFFKISYLT FLPSADEIYDCKVEHWGLDQPLLKHWGKDEFHH FLILSCLSSSELPAFYSYIQKLVFHTSWVSFLS LFFF*KNKAKKAEIY*K*KYTLQDGSGPATSWFS NDRLHSSP*AWGLESLQSQPSTPSHPTHMHMST LCILTSTTSLPQSLRFQPLCQSSQRLWSVPWGC LWASWALWWALSSSSKACVQLVLPDTKGHCESHP GREGKIETGYS*SGSMKGRKVGGRCGHECG*KL *GNWEVA***HRSPLGPIDLMSALLQVHRHLQE QKNGLAK*PSTILWPDLSYPFSPPNISPLTFSLG LKLLYPLRAHKCLYILSLTS*FFFSFLKCYLQR HAWGKPPGYLIPQ*PPSKISKEAINSFYEIYVK FFHLSSRAD*NYG**LGYSYVSIQFNLISQIIFH VQ*HRSHQVQYSLIIC*FLS*H*YFLLPCVPTL GTATHPSIQATMKLMDTVCPWPRIVIAKILEPK NKSVLISMWLLKV*QRNKLG*RKFESQKYQK*KC ILKTLNL*RMMTVEAFLFPCHLEIKIL*AGKEM EVRKTLE*DNNVGV*KGTNTYSSHRVSDNGKRD GSRSHRHI*EP*IEAQSASPPE*SCTR*PCSFPC ATLA*RRQYSEYGYRMFLGNMPISSEIPSPFP* PLLTKESMSL*EKP*EEQHS*DNVAAAVGAVSS TGFAISEEKLSQRKWVSSDLMALNSYEIHEDISN HATCISEFKF*LEKKYKTLMQ*LIQYSLVQRTL NPNPGLSTLKLVF*TL*MCEVSNISGLTFLIHN VGVIILSLQSY**NLNNFDI*SMPYT*YMNT*EN IVVIFIINLFKRMDHII*KALLFFSAS**FRRF KCRAMGEFLFI**LKDIFLFPE*ERLRLDW*EN S*H*KL*YLTLVFNSLRGNIFPPYGP*VFIQGIS YTTDLYACLLWGRSEDSSRRK*FKTQTGNQ*AQ EI*TSDDHENVHHRAQMIFRAIKLFCLIPQW*K MSLYICSNPQNI*HQELDLM*TMDFG***CANVS S*IIANVPLRWEMLLMGEAMHVWEQSVSGSSPQ PFWQQGPVLWKTIFPQIVGGMGV*SGDETVKLF HLRSTSIS*ILIRNMQPRSLACTVKNRVRTPMRI *CHH*SDGRRGSVGNAGSPTAWSSF*QATNWYW SMARGLGTSGIPLHLLLSFSVNLQPL*NKVYF* KGKEKVTNYDPKCVK*KF*YEKQSH*NAQRAKKL LAIGFQIYFIYISMIREARTQHFGVVCICVCVC VCVCVSVI*GVY*MA**PESCRNLQMLPNSDSF LKQHCGKQI***QYFIKRMYSKNIYVMLK*QN*N *F*KIRVNSSFYQLKM*GLLSIGLQIYLPDLKS CNS*TII*AI*IISDYTHKV*LH*YLISHYLKF TKLVGHRGSCL*S*HFGGQ*GRIA*SQEFNSCLG NKARPCLYNTKIN*CMAALL*SQLL*RLRQEEC LSPGVQYFSGLRLCHCAHSSLGSRAGLHL*K*I NK*NLQNFKNQMKYVRFVPTTFKLGT*RIKHFIT NEALHAQTGT**VVDRC*QFVLLLFSGVQLTNP TVNDITGMQPTRSRIWKLLLDKQLHFFSNNSRE REKRSYTF*KAEEIYEPNLYEAIRKTDTDCIKEL SNFSVVMRLLLCFLKSHYTLDFHNKIIMNE

Frame 1

KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPS RALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL CCWGPSL*PP**APVELTTLPLVV*TCTSFTVP LASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGLSSANL EVLTRRVH*ETWLWQNTT*TS*LNATTLPLLPMR FLRSQCFPSLP*HWVSPTPSFVLWTTSFLLWST SHG*AMGSQSQKVFLRPASSPRVIIPSSRSVTS PSSLLLMRFMTARWSTGAWTSLF*NTGVRMSFII F*FFLVCQVQNFLPFTPISKNLFSTLHGFLFCL SFFFERIKQKKQRFIENESTLYRMGVGLPLHGF LMIDFTLLPKPGALSLCRANPLPHPIPHTCT*AH SAF*PQQLHFHRA*DSSPYVRAHRDCGLCPGVV CGPHGHCGGHCLHHPRPAFSWCFQTPRAIVNPI LEGKVRLRLVTVEAAV*KEGKWEGVVDMNVVESC RGIGKWHDDDTGAPSDPLISCLPCCRCIAIYRS RRMDLLNDLALFSGPIYHIPFLLQIFLLSPFLW DLSCYIPSELTNAFTFFP*PPDFFFLFSNVTYKD MPGVSHPAT*FLSNLHLKSPRKQ*IPFMRSMSN FSIFHPGLTETMANNWGTLMFQSNLTSFPRSFF MSSNTEATKYSIA**YVDFLADINISCFLVFPPL ALPPTPQFRQQ*N*WIPSALGPELL*QKF*NQK ISLY*FQCGF*KYDREIS*DKGNLNLKNIKSKN VFSKL*IYEE**Q*KPSSSLVTLR*KFFRQEKKW KSEKH*NKTIMWVSEKEQILIPHIGLVTMGKGT GVEATDISRSPE*RRSLPHLLNEAVLDNHVAFP VPLWHEGDSIVNMATGCFLETCQYLQKSPALSPN PS*LRKA*AYERNPRKNNTVETM*QQQWVLCPP LDSPSPRRNSHRGNGSAATSWL*TAMKSMRIFL TMLPASVSLNFNWRKNTKH*CNN*YSIVWCKEP* IQIQDSVL*S*YFKLYKCVKSLTFLALLFSSTM *E**YFPCRVIDKI*IILIFSQCLTHST*THKK TLWLYL*LIYLKEWIILYEKHFCFSQPLNDLGDS NVELWVNFFSYDN*RIFFFFQNERG*DWIGKRT LSTRSCNI*LWFSTL*EGIYSLLMAHKCLFKVY HIQQIFMPVYFGEEVKIVQGENNLKHRLGISKHR KSEPVMIMKMSITEHR*FSGQ*NYSV*YHNGEK CHYTFAQIHRIYNTKS*T*CKLWTLGDNDVPM* VHKL*QMYHSDGRCC*WGRLCMCGSRVYLAAVPS LFGSRDQFYGRQFFHR*LGEWGYDLGMKL*NYS TSDQQALVRFS*GTCNLDLLHAQLKIGFALL*E SNATTDLTEGGAQLVMLAHPLRGPVSNRPPTGTG PWPGGWGPLGYLCTFCSVFL*TYNRFKIRSIFK KEKRR*PIMILNV*NKNFSMKNSHIKMHNVLRS F*Q*GFKYISYTFQ*FVRQEPSILELCAFVCVCV CVCVCL*YKGYTEWHNDQSHAEIYKCCPTQTPS SSSTVESKFNDSSILLKGCIQKIFT*C*NSRIK TNSKK*E*IVLFIS*KCRAYYQ*GYRSTCLI*NH AILKQLFELFELFQITHIKCDFINT*YHTI*NL QN*WVTEARACDLSTLEANRGGLLEARSSTAAW ATKQDLVSTTQK*INAWRHSCSPSYSRG*GKRSA *AQEFNTSVG*DCATVLTPA*AAEQDSISKSK* INKTYKILKIK*NMSGLYLPHLN*GLEELNILL QMKHFMHRLAHSK*SIGVNNLCYCYFLESN*QIP Q*MTSQGCNQQDPEYGNFY*INNSISSATIQER ERREAIHFKRLKKYMNQICMRQSEKLTPTVLRN YLILVW**DCCYVF*KVIIL*IFIIK*L*MK

Frame 2

RFQFNVLPLFIEQFLKSTLSRGCITRGLPRLLP GLLIQTLQLVTEMSP*GIFLIGQNLTWQGLVWV SSDFLVLRSSQLLYSSEHQLLRLPWEEDDPKQS SAAGGPRSDHRDEPLWS*PRCLLWCKLVPVLRSL WPVHP*I*WR*AVLRGPGEEGDCLAVA*VQQIW RF*PAGCTEKHGCGKTQLEHHD*TLQLYRCYQ* GS*GHSVFQVSRDTGSAQHPHLSCGQHLSSCGQH HMAEQWAVSHRRCF*DQLPLQE*SFLLQDQLPH LPPFC**DL*LQGGALGPGPASSETLG*G*VSS FFDSFLSVKFRTSCLLLLYPKTCFPHFMGFFSVS LFFLKE*SKKSRDLLKMKVHSTGWEWACHFMVF ***TSLFSLSLGP*VFAEPTLYPIPSHTHAHEH TLHSDLNNFTSTEPEIPAPMSELTETVVCALGLS VGLMGIVVGTVFIIQGLRSVGASRHQGPL*IPS WKGR*D*DWLQLKRQYERKESGRALWT*MWLKV VGELGSGMMMTQEPPRTH*SHVCPVAGASPSTGA EEWTC*MT*HYSLARFIISLFSSKYFSSHLFSG T*AAISPQSSQMPLHSFPDLLIFFFFSQMLPTK TCLG*ATRLPNSSVTSI*NLQGSNKFLL*DLCQI FPSFIQG*LKLWLIIGVLLCFNPI*PHFPDHFS CPVTQKPPSTV*PDNMLIS*LTLIFLASLCSHP WHCHPPLNSGNNEINGYRLPLAQNCYSKNFRTKK *VCTNFNVAFKSMTEK*VRIKEI*ISKISKVKM YSQNFKFMKNDDSRSLPLPLSP*DKNSLGRKRN GSQKNIRIRQ*CGCLKRNKYLFLT*G**QWEKGR E*KPQTYLGALNRGAVCLTS*MKLY*ITM*LSL CHSGMKETV**IWLQDVSWKHANIFRNPQPFPL TPPD*GKHELMRETLGRTTQLRQCSSSSGCCVLH WIRHLRGETLTEEMGQQRPHGSKQL*NP*GYF* PCYLHQ*V*ILIGEKIQNINAIIDTV*FGAKNP KSKSRTQYFEASILNFINV*SL*HFWPYFSHPQC RSNNTFLAELLIKFE*F*YLVNALHIVHEHIRK HCGYIYN*FI*KNGSYYMKSTFVFLSLLMI*EI QM*SYG*ISFHMIIEGYFSFSRMREAEIGLVREL LALEVVIFDFGFQLSKREYIPSLWPISVYSRYI IYNRSLCLFTLGKK*R*FKEKII*NTDWESVST GNLNQ**S*KCPSQSTDDFQGNKTILFDTTMVKN VIIHLLKSTEYITPRVRLNVNYGLWVIMMCQCK FINYSKCTTQMGDVANGGGYACVGAECIWQQSP AFLAAGTSFMEDNFSTDSWGNGGMIWG*NCETIP PQINKH*LDSHKEHAT*ISCMHS*K*GSHSYEN LMPPLI*RKAGLSW*CWLTHCVVQFLTGHQLVL VHGPGVGDLWDTSAPSAQFFCEPTTALK*GLFLK RKREGNQL*S*MCKIKILV*KTVTLKCTTC*EA FSNRVSNIFHIHFNDS*GKNPAFWSCVHLCVCV CVCVCVCNIRGILNGIMTRVMQKSTNAAQLRLLP QAALWKANLMIAVFY*KDVFKKYLRNVKIAELK LILKNKSK*FFLSAKNVGPTINRVTDLPA*FKI MQFLNNYLSYLNYFRLHT*SVTSLILNITLFKIY KISGSQRLVLVILALWRPIGEDCLKPGVQQLPG QQSKTLSLQHKNKLMHGGTPVVPATLEAEARGV LEPRSSILQWAKIVPLCSLQPRQQSRTPSLKVNK *IKLTKF*KSNEICQVCTYHI*TRDLKN*TFYY K*STSCTDWHIVSSR*VLTICVIVIFWSPTNKS HSE*HHRDATNKIQNMETSTR*TTPFLQQQFKRE REEKLYILKG*RNI*TKFV*GNQKN*HRLY*GI I*F*CGNEIAVMFSKKSLYFRFS**NNYE*

Sequence HLA-DQA1.lAug05

GAAGATTCCAATTTAATGTCCTCCCTTTATTCATAGAACAATTCCTCAAGTCCACTCTGAGTAGAGGCTGCATCACAAGGGGATTGCCCCGTCTCCTTCC AGGGCTCTTAATACAAACTCTTCAACTAGTAACTGAGATGTCACCATAGGGGATTTTTCTAATTGGCCAAAACCTGACTTGGCAGGGTTTGGTTTGGGTG TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT CTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGTGATGAGCCCCTGTGGAGGTGAAGACATTGTGGAGGTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCG TGACACTGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTGGACAACATCTTTCCTCCTGTGGTCAACATCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGA AGGTGTTTCTGAGACCAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATCATTCCTTCTTCAAGATCAGTTACCTCACCTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGC AAGGTGGAGCACTGGGGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAAACACTGGGGTAAGGATGAGTTTCATCATTTTTTGATTCTTTCTTGTCTGTCAAGTTCAGAAC TTCCTGCCTTTTACTCCTATATCCAAAAACTTGTTTTCCACACTTCATGGGTTTCTTTTCTGTCTCTCTTTTTTTTTTGAAAGAATAAAGCAAAAAAAGC AGAGATTTATTGAAAATGAAAGTACACTCTACAGGATGGGAGTGGGCCTGCCACTTCATGGTTTTCTAATGATAGACTTCACTCTTCTCCCTAAGCCTGG GGCCTTGAGTCTTTGCAGAGCCAACCCTCTACCCCATCCCATCCCACACACATGCACATGAGCACACTCTGCATTCTGACCTCAACAACTTCACTTCCAC AGAGCCTGAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTGTGCCCTGGGGTTGTCTGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGCACTGTC TTCATCATCCAAGGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCATTGTGAATCCCATCCTGGAAGGGAAGGTAAGATTGAGACTGGTTACAGT TGAAGCGGCAGTATGAAAGGAAGGAAAGTGGGAGGGCGTTGTGGACATGAATGTGGTTGAAAGTTGTAGGGGAATTGGGAAGTGGCATGATGATGACACA GGAGCCCCCTCGGACCCATTGATCTCATGTCTGCCCTGTTGCAGGTGCATCGCCATCTACAGGAGCAGAAGAATGGACTTGCTAAATGACCTAGCACTAT TCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCTCACCTTTTCTCTGGGACTTAAGCTGCTATATCCCCTCAGAGCTCACAAA TGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAATGTTACCTACAAAGACATGCCTGGGGTAAGCCACCCGGCTACCTAATTC CTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATGAGATCTATGTCAAATTTTTCCATCTTTCATCCAGGGCTGACTGAAACTA TGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTCCCAGATCATTTTTCATGTCCAGTAACACAGAAGCCACCAAGTACAGTAT AGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCTTGTGTTCCCACCCTTGGCACTGCCACCCACCCCTCAATTCAGGCAACAA TGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAATTTTAGAACCAAAAAATAAGTCTGTACTAATTTCAATGTGGCTTTTAAA AGTATGACAGAGAAATAAGTTAGGATAAAGGAAATTTGAATCTCAAAAATATCAAAAGTAAAAATGTATTCTCAAAACTTTAAATTTATGAAGAATGATG ACAGTAGAAGCCTTCCTCTTCCCTTGTCACCTTGAGATAAAAATTCTTTAGGCAGGAAAAGAAATGGAAGTCAGAAAAACATTAGAATAAGACAATAATG TGGGTGTCTGAAAAGGAACAAATACTTATTCCTCACATAGGGTTAGTGACAATGGGAAAAGGGACGGGAGTAGAAGCCACAGACATATCTAGGAGCCCTG AATAGAGGCGCAGTCTGCCTCACCTCCTGAATGAAGCTGTACTAGATAACCATGTAGCTTTCCCTGTGCCACTCTGGCATGAAGGAGACAGTATAGTGAA TATGGCTACAGGATGTTTCTTGGAAACATGCCAATATCTTCAGAAATCCCCAGCCCTTTCCCCTAACCCCTCCTGACTAAGGAAAGCATGAGCTTATGAG AGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGGGTGCTGTGTCCTCCACTGGATTCGCCATCTCCGAGGAGAAACTCTCACA GAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCATGAGGATATTTCTAACCATGCTACCTGCATCAGTGAGTTTAAATTTTAA TTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTGGTGCAAAGAACCCTAAATCCAAATCCAGGACTCAGTACTTTGAAGCTAG TATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTTTTCTCATCCACAATGTAGGAGTAATAATACTTTCCTTGCAGAGTTATTG ATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACATGAACACATAAGAAAACATTGTGGTTATATTTATAATTAATTTATTTAAA AGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAATGATTTAGGAGATTCAAATGTAGAGCTATGGGTGAATTTCTTTTCATAT GATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGGATTGGTAAGAGAACTCTTAGCACTAGAAGTTGTAATATTTGACTTTGGT TTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTTTATTCAAGGTATATCATATACAACAGATCTTTATGCCTGTTTACTTTGG GGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGGAATCAGTAAGCACAGGAAATCTGAACCAGTGATGATCATGAAAATGTCC ATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATACCACAATGGTGAAAAATGTCATTATACATTTGCTCAAATCCACAGAATAT ATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATGATGTGCCAATGTAAGTTCATAAATTATAGCAAATGTACCACTCAGATGG GAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCTGGCAGCAGTCCCCAGCCTTTTTGGCAGCAGGGACCAGTTTTATGGAAGA CAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAACTGTGAAACTATTCCACCTCAGATCAACAAGCATTAGTTAGATTCTCAT AAGGAACATGCAACCTAGATCTCTTGCATGCACAGTTAAAAATAGGGTTCGCACTCCTATGAGAATCTAATGCCACCACTGATCTGACGGAAGGCGGGGC TCAGTTGGTAATGCTGGCTCACCCACTGCGTGGTCCAGTTTCTAACAGGCCACCAACTGGTACTGGTCCATGGCCCGGGGGTTGGGGACCTCTGGGATAC CTCTGCACCTTCTGCTCAGTTTTTCTGTGAACCTACAACCGCTTTAAAATAAGGTCTATTTTTAAAAAGGAAAAGAGAAGGTAACCAATTATGATCCTAA ATGTGTAAAATAAAAATTTTAGTATGAAAAACAGTCACATTAAAATGCACAACGTGCTAAGAAGCTTTTAGCAATAGGGTTTCAAATATATTTCATATAC ATTTCAATGATTCGTGAGGCAAGAACCCAGCATTTTGGAGTTGTGTGCATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTAATATAAGGGGTAT ACTGAATGGCATAATGACCAGAGTCATGCAGAAATCTACAAATGCTGCCCAACTCAGACTCCTTCCTCAAGCAGCACTGTGGAAAGCAAATTTAATGATA GCAGTATTTTATTAAAAGGATGTATTCAAAAAATATTTACGTAATGTTAAAATAGCAGAATTAAAACTAATTCTAAAAAATAAGAGTAAATAGTTCTTTT TATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTGCCTGATTTAAAATCATGCAATTCTTAAACAATTATTTGAGCTATTTGAA TTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCACACTATTTAAAATTTACAAAATTAGTGGGTCACAGAGGCTCGTGCTTGTG ATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAACAGCTGCCTGGGCAACAAAGCAAGACCTTGTCTCTACAACACAAAA ATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTGAGGCAAGAGGAGTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAATACTTCAGTGGGCTAA GATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATCTCTAAAAGTAAATAAATAAATAAAACTTACAAAATTTTAAAAATCAAAT GAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAATTAAACATTTTATTACAAATGAAGCACTTCATGCACAGACTGGCACATAG TAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTCCAACTAACAAATCCCACAGTGAATGACATCACAGGGATGCAACCAACAA GATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCAACAATTCAAGAGAGAGAGAGAAGAGAAGCTATACATTTTAAAAGGCTGA AGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGACTGTATTAAGGAATTATCTAATTTTAGTGTGGTAATGAGATTGCTGTTA TGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATGAATGAAA

HLA-DQA1.F3 (forward primer)
HLA-DQA1.R3 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

EDSNLMSSLYS*NNSSSPL*VEAASQGDCPVSF QGS*YKLFN**LRCHHRGFF*LAKT*LGRVWFGC LQISLS*GPHNYSTAQNTNC*GCLGKRMILNKA LLLGALALTTVMSPCGGEDIVEVPEVTVFSKSP VTLGQPNTLICLVDNIFPPVVNITWLSNGQSVTE GVSETSFLSKSDHSFFKISYLTFLPSADEIYDC KVEHWGLDQPLLKHWGKDEFHHFLILSCLSSSE LPAFYSYIQKLVFHTSWVSFLSLFFF*KNKAKKA EIY*K*KYTLQDGSGPATSWFSNDRLHSSP*AW GLESLQSQPSTPSHPTHMHMSTLCILTSTTSLP QSLRFQPLCQSSQRLWSVPWGCLWASWALWWALS SSSKACVQLVLPDTKGHCESHPGREGKIETGYS *SGSMKGRKVGGRCGHECG*KL*GNWEVA***H RSPLGPIDLMSALLQVHRHLQEQKNGLAK*PSTI LWPDLSYPFSPPNISPLTFSLGLKLLYPLRAHK CLYILSLTS*FFFSFLKCYLQRHAWGKPPGYLI PQ*PPSKISKEAINSFYEIYVKFFHLSSRAD*NY G**LGYSYVSIQFNLISQIIFHVQ*HRSHQVQY SLIIC*FLS*H*YFLLPCVPTLGTATHPSIQAT MKLMDTVCPWPRIVIAKILEPKNKSVLISMWLLK V*QRNKLG*RKFESQKYQK*KCILKTLNL*RMM TVEAFLFPCHLEIKIL*AGKEMEVRKTLE*DNN VGV*KGTNTYSSHRVSDNGKRDGSRSHRHI*EP* IEAQSASPPE*SCTR*PCSFPCATLA*RRQYSE YGYRMFLGNMPISSEIPSPFP*PLLTKESMSL* EKP*EEQHS*DNVAAAVGAVSSTGFAISEEKLSQ RKWVSSDLMALNSYEIHEDISNHATCISEFKF* LEKKYKTLMQ*LIQYSLVQRTLNPNPGLSTLKL VF*TL*MCEVSNISGLTFLIHNVGVIILSLQSY* *NLNNFDI*SMPYT*YMNT*ENIVVIFIINLFK RMDHII*KALLFFSAS**FRRFKCRAMGEFLFI **LKDIFLFPE*ERLRLDW*ENS*H*KL*YLTLV FNSLRGNIFPPYGP*VFIQGISYTTDLYACLLW GRSEDSSRRK*FKTQTGNQ*AQEI*TSDDHENV HHRAQMIFRAIKLFCLIPQW*KMSLYICSNPQNI *HQELDLM*TMDFG***CANVSS*IIANVPLRW EMLLMGEAMHVWEQSVSGSSPQPFWQQGPVLWK TIFPQIVGGMGV*SGDETVKLFHLRSTSIS*ILI RNMQPRSLACTVKNRVRTPMRI*CHH*SDGRRG SVGNAGSPTAWSSF*QATNWYWSMARGLGTSGI PLHLLLSFSVNLQPL*NKVYF*KGKEKVTNYDPK CVK*KF*YEKQSH*NAQRAKKLLAIGFQIYFIY ISMIREARTQHFGVVCICVCVCVCVCVSVI*GV Y*MA**PESCRNLQMLPNSDSFLKQHCGKQI*** QYFIKRMYSKNIYVMLK*QN*N*F*KIRVNSSF YQLKM*GLLSIGLQIYLPDLKSCNS*TII*AI* IISDYTHKV*LH*YLISHYLKFTKLVGHRGSCL* S*HFGGQ*GRIA*SQEFNSCLGNKARPCLYNTK IN*CMAALL*SQLL*RLRQEECLSPGVQYFSGL RLCHCAHSSLGSRAGLHL*K*INK*NLQNFKNQM KYVRFVPTTFKLGT*RIKHFITNEALHAQTGT* *VVDRC*QFVLLLFSGVQLTNPTVNDITGMQPT RSRIWKLLLDKQLHFFSNNSREREKRSYTF*KAE EIYEPNLYEAIRKTDTDCIKELSNFSVVMRLLL CFLKSHYTLDFHNKIIMNE

Frame 1

KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPS RALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL CCWGPSL*PP**APVEVKTLWRFLRSQCFPSLP *HWVSPTPSFVLWTTSFLLWSTSHG*AMGSQSQ KVFLRPASSPRVIIPSSRSVTSPSSLLLMRFMTA RWSTGAWTSLF*NTGVRMSFIIF*FFLVCQVQN FLPFTPISKNLFSTLHGFLFCLSFFFERIKQKK QRFIENESTLYRMGVGLPLHGFLMIDFTLLPKPG ALSLCRANPLPHPIPHTCT*AHSAF*PQQLHFH RA*DSSPYVRAHRDCGLCPGVVCGPHGHCGGHC LHHPRPAFSWCFQTPRAIVNPILEGKVRLRLVTV EAAV*KEGKWEGVVDMNVVESCRGIGKWHDDDT GAPSDPLISCLPCCRCIAIYRSRRMDLLNDLAL FSGPIYHIPFLLQIFLLSPFLWDLSCYIPSELTN AFTFFP*PPDFFFLFSNVTYKDMPGVSHPAT*F LSNLHLKSPRKQ*IPFMRSMSNFSIFHPGLTET MANNWGTLMFQSNLTSFPRSFFMSSNTEATKYSI A**YVDFLADINISCFLVFPPLALPPTPQFRQQ *N*WIPSALGPELL*QKF*NQKISLY*FQCGF* KYDREIS*DKGNLNLKNIKSKNVFSKL*IYEE** Q*KPSSSLVTLR*KFFRQEKKWKSEKH*NKTIM WVSEKEQILIPHIGLVTMGKGTGVEATDISRSP E*RRSLPHLLNEAVLDNHVAFPVPLWHEGDSIVN MATGCFLETCQYLQKSPALSPNPS*LRKA*AYE RNPRKNNTVETM*QQQWVLCPPLDSPSPRRNSH RGNGSAATSWL*TAMKSMRIFLTMLPASVSLNFN WRKNTKH*CNN*YSIVWCKEP*IQIQDSVL*S* YFKLYKCVKSLTFLALLFSSTM*E**YFPCRVI DKI*IILIFSQCLTHST*THKKTLWLYL*LIYLK EWIILYEKHFCFSQPLNDLGDSNVELWVNFFSY DN*RIFFFFQNERG*DWIGKRTLSTRSCNI*LW FSTL*EGIYSLLMAHKCLFKVYHIQQIFMPVYFG EEVKIVQGENNLKHRLGISKHRKSEPVMIMKMS ITEHR*FSGQ*NYSV*YHNGEKCHYTFAQIHRI YNTKS*T*CKLWTLGDNDVPM*VHKL*QMYHSDG RCC*WGRLCMCGSRVYLAAVPSLFGSRDQFYGR QFFHR*LGEWGYDLGMKL*NYSTSDQQALVRFS *GTCNLDLLHAQLKIGFALL*ESNATTDLTEGGA QLVMLAHPLRGPVSNRPPTGTGPWPGGWGPLGY LCTFCSVFL*TYNRFKIRSIFKKEKRR*PIMIL NV*NKNFSMKNSHIKMHNVLRSF*Q*GFKYISYT FQ*FVRQEPSILELCAFVCVCVCVCVCL*YKGY TEWHNDQSHAEIYKCCPTQTPSSSSTVESKFND SSILLKGCIQKIFT*C*NSRIKTNSKK*E*IVLF IS*KCRAYYQ*GYRSTCLI*NHAILKQLFELFE LFQITHIKCDFINT*YHTI*NLQN*WVTEARAC DLSTLEANRGGLLEARSSTAAWATKQDLVSTTQK *INAWRHSCSPSYSRG*GKRSA*AQEFNTSVG* DCATVLTPA*AAEQDSISKSK*INKTYKILKIK *NMSGLYLPHLN*GLEELNILLQMKHFMHRLAHS K*SIGVNNLCYCYFLESN*QIPQ*MTSQGCNQQ DPEYGNFY*INNSISSATIQERERREAIHFKRL KKYMNQICMRQSEKLTPTVLRNYLILVW**DCCY VF*KVIIL*IFIIK*L*MK

Frame 2

RFQFNVLPLFIEQFLKSTLSRGCITRGLPRLLP GLLIQTLQLVTEMSP*GIFLIGQNLTWQGLVWV SSDFLVLRSSQLLYSSEHQLLRLPWEEDDPKQS SAAGGPRSDHRDEPLWR*RHCGGS*GHSVFQVSR DTGSAQHPHLSCGQHLSSCGQHHMAEQWAVSHR RCF*DQLPLQE*SFLLQDQLPHLPPFC**DL*L QGGALGPGPASSETLG*G*VSSFFDSFLSVKFRT SCLLLLYPKTCFPHFMGFFSVSLFFLKE*SKKS RDLLKMKVHSTGWEWACHFMVF***TSLFSLSL GP*VFAEPTLYPIPSHTHAHEHTLHSDLNNFTST EPEIPAPMSELTETVVCALGLSVGLMGIVVGTV FIIQGLRSVGASRHQGPL*IPSWKGR*D*DWLQ LKRQYERKESGRALWT*MWLKVVGELGSGMMMTQ EPPRTH*SHVCPVAGASPSTGAEEWTC*MT*HY SLARFIISLFSSKYFSSHLFSGT*AAISPQSSQ MPLHSFPDLLIFFFFSQMLPTKTCLG*ATRLPNS SVTSI*NLQGSNKFLL*DLCQIFPSFIQG*LKL WLIIGVLLCFNPI*PHFPDHFSCPVTQKPPSTV *PDNMLIS*LTLIFLASLCSHPWHCHPPLNSGNN EINGYRLPLAQNCYSKNFRTKK*VCTNFNVAFK SMTEK*VRIKEI*ISKISKVKMYSQNFKFMKND DSRSLPLPLSP*DKNSLGRKRNGSQKNIRIRQ*C GCLKRNKYLFLT*G**QWEKGRE*KPQTYLGAL NRGAVCLTS*MKLY*ITM*LSLCHSGMKETV** IWLQDVSWKHANIFRNPQPFPLTPPD*GKHELMR ETLGRTTQLRQCSSSSGCCVLHWIRHLRGETLT EEMGQQRPHGSKQL*NP*GYF*PCYLHQ*V*IL IGEKIQNINAIIDTV*FGAKNPKSKSRTQYFEAS ILNFINV*SL*HFWPYFSHPQCRSNNTFLAELL IKFE*F*YLVNALHIVHEHIRKHCGYIYN*FI* KNGSYYMKSTFVFLSLLMI*EIQM*SYG*ISFHM IIEGYFSFSRMREAEIGLVRELLALEVVIFDFG FQLSKREYIPSLWPISVYSRYIIYNRSLCLFTL GKK*R*FKEKII*NTDWESVSTGNLNQ**S*KCP SQSTDDFQGNKTILFDTTMVKNVIIHLLKSTEY ITPRVRLNVNYGLWVIMMCQCKFINYSKCTTQM GDVANGGGYACVGAECIWQQSPAFLAAGTSFMED NFSTDSWGNGGMIWG*NCETIPPQINKH*LDSH KEHAT*ISCMHS*K*GSHSYENLMPPLI*RKAG LSW*CWLTHCVVQFLTGHQLVLVHGPGVGDLWDT SAPSAQFFCEPTTALK*GLFLKRKREGNQL*S* MCKIKILV*KTVTLKCTTC*EAFSNRVSNIFHI HFNDS*GKNPAFWSCVHLCVCVCVCVCVCNIRGI LNGIMTRVMQKSTNAAQLRLLPQAALWKANLMI AVFY*KDVFKKYLRNVKIAELKLILKNKSK*FF LSAKNVGPTINRVTDLPA*FKIMQFLNNYLSYLN YFRLHT*SVTSLILNITLFKIYKISGSQRLVLV ILALWRPIGEDCLKPGVQQLPGQQSKTLSLQHK NKLMHGGTPVVPATLEAEARGVLEPRSSILQWAK IVPLCSLQPRQQSRTPSLKVNK*IKLTKF*KSN EICQVCTYHI*TRDLKN*TFYYK*STSCTDWHI VSSR*VLTICVIVIFWSPTNKSHSE*HHRDATNK IQNMETSTR*TTPFLQQQFKREREEKLYILKG* RNI*TKFV*GNQKN*HRLY*GII*F*CGNEIAV MFSKKSLYFRFS**NNYE*