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Sequence HLA-DQA1.aAug05

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HLA-DQA1.F3 (forward primer)
HLA-DQA1.R3 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

KSKII*KVFNKEYKESSKKML*NFFETTRDDRD GVSLC*RGWS*SPDLVIRLLLPPKVLGLQS*ATA PGLLILFFIVQFIQESFPAPVISLSPPAG**AH MD*ERPPIPAKPIDATEM*GSPPEKS*TCPVHK NHSAQNTNC*GCLGKRMILNKALLLGALALTTVM SPCGGEDIVADHVASCGVNLYQFYGPSGQYTHE FDGDEQFYVDLERKETAWRWPEFSKFGGFDPQG ALRNMAVAKHNLNIMIKRYNSTAATNEVPEVTVF SKSPVTLGQPNTLICLVDNIFPPVVNITWLSNG QSVTEGVSETSFLSKSDHSFFKISYLTFLPSAD EIYDCKVEHWGLDQPLLKHWEPEIPAPMSELTET VVCALGLSVGLMGIVVGTVFIIQGLRSVGASRH QGPL*IPSWKGSVTYKDMPGVSHPAT*FLSNLH LKSPRKQ*IPFMRSMSNFSIFHPGLTETMANNWG TLMFQSNLTSFPRSFFMSSNTEATKYSIA**YV DFLADINISCFLVFPPLALPPTPQFRQQ*N*WI PSALGPELL*QKF*NQKISLY*FQCGF*KYDREI S*DKGNLNLKNIKSKNVFSKL*IYEE**Q*KPS SSLVTLR*KFFRQEKKWKSEKH*NKTIMWVSEK EQILIPHIGLVTMGKGTGVEATDISRSPE*RRSL PHLLNEAVLDNHVAFPVPLWHEGDSIVNMATGC FLETCQYLQKSPALSPNPS*LRKA*AYERNPRK NNTVETM*QQQWVLCPPLDSPSPRRNSHRGNGSA ATSWL*TAMKSMRIFLTMLPASVSLNFNWRKNT KH*CNN*YSIVWCKEP*IQIQDSVL*S*YFKLY KCVKSLTFLALLFSSTM*E**YFPCRVIDKI*II LIFSQCLTHST*THKKTLWLYL*LIYLKEWIIL YEKHFCFSQPLNDLGDSNVELWVNFFSYDN*RI FFFFQNERG*DWIGKRTLSTRSCNI*LWFSTL*E GIYSLLMAHKCLFKVYHIQQIFMPVYFGEEVKI VQGENNLKHRLGISKHRKSEPVMIMKMSITEHR *FSGQ*NYSV*YHNGEKCHYTFAQIHRIYNTKS* T*CKLWTLGDNDVPM*VHKL*QMYHSDGRCC*W GRLCMCGSRVYLAAVPSLFGSRDQFYGRQFFHR *LGEWGYDLGMKL*NYSTSDQQALVRFS*GTCNL DLLHAQLKIGFALL*ESNATTDLTEGGAQLVML AHPLRGPVSNRPPTGTGPWPGGWGPLGYLCTFC SVFL*TYNRFKIRSIFKKEKRR*PIMILNV*NKN FSMKNSHIKMHNVLRSF*Q*GFKYISYTFQ*FV RQEPSILELCAFVCVCVCVCVCL*YKGYTEWHN DQSHAEIYKCCPTQTPSSSSTVESKFNDSSILLK GCIQKIFT*C*NSRIKTNSKK*E*IVLFIS*KC RAYYQ*GYRSTCLI*NHAILKQLFELFELFQIT HIKCDFINT*YHTI*NLQN*WVTEARACDLSTLE ANRGGLLEARSSTAAWATKQDLVSTTQK*INAW RHSCSPSYSRG*GKRSA*AQEFNTSVG*DCATV LTPA*AAEQDSISKSK*INKTYKILKIK*NMSGL YLPHLN*GLEELNILLQMKHFMHRLAHSK*SIG VNNLCYCYFLESN*QIPQ*MTSQGCNQQDPEYG NFY*INNSISSATIQERERREAIHFKRLKKYMNQ ICMRQSEKLTPTVLRNYLILVW**DCCYVF*KV IIL*IFIIK*L*MK

Frame 1

RAK*YEKYLTRNIKNHQRKCYKTSLRPQEMIEM GFHCVSEDGLDLLTS*SACFCLPKCWDYSREPP RLASSYYFLLCSLFKRAFQHL**ASARLPDNEPT WIERGLLSLPNLLMLQRCEGAHLRKAEPAQYIK TTQLRTPTAEAALGRG*S*TKLCCWGPSL*PP* *APVEVKTLWLTTLPLVV*TCTSFTVPLASTPMN LMEMSSSTWTWRGRRLPGGGLSSANLEVLTRRV H*ETWLWQNTT*TS*LNATTLPLLPMRFLRSQC FPSLP*HWVSPTPSFVLWTTSFLLWSTSHG*AMG SQSQKVFLRPASSPRVIIPSSRSVTSPSSLLLM RFMTARWSTGAWTSLF*NTGSLRFQPLCQSSQR LWSVPWGCLWASWALWWALSSSSKACVQLVLPDT KGHCESHPGREVLPTKTCLG*ATRLPNSSVTSI *NLQGSNKFLL*DLCQIFPSFIQG*LKLWLIIG VLLCFNPI*PHFPDHFSCPVTQKPPSTV*PDNML IS*LTLIFLASLCSHPWHCHPPLNSGNNEINGY RLPLAQNCYSKNFRTKK*VCTNFNVAFKSMTEK *VRIKEI*ISKISKVKMYSQNFKFMKNDDSRSLP LPLSP*DKNSLGRKRNGSQKNIRIRQ*CGCLKR NKYLFLT*G**QWEKGRE*KPQTYLGALNRGAV CLTS*MKLY*ITM*LSLCHSGMKETV**IWLQDV SWKHANIFRNPQPFPLTPPD*GKHELMRETLGR TTQLRQCSSSSGCCVLHWIRHLRGETLTEEMGQ QRPHGSKQL*NP*GYF*PCYLHQ*V*ILIGEKIQ NINAIIDTV*FGAKNPKSKSRTQYFEASILNFI NV*SL*HFWPYFSHPQCRSNNTFLAELLIKFE* F*YLVNALHIVHEHIRKHCGYIYN*FI*KNGSYY MKSTFVFLSLLMI*EIQM*SYG*ISFHMIIEGY FSFSRMREAEIGLVRELLALEVVIFDFGFQLSK REYIPSLWPISVYSRYIIYNRSLCLFTLGKK*R* FKEKII*NTDWESVSTGNLNQ**S*KCPSQSTD DFQGNKTILFDTTMVKNVIIHLLKSTEYITPRV RLNVNYGLWVIMMCQCKFINYSKCTTQMGDVANG GGYACVGAECIWQQSPAFLAAGTSFMEDNFSTD SWGNGGMIWG*NCETIPPQINKH*LDSHKEHAT *ISCMHS*K*GSHSYENLMPPLI*RKAGLSW*CW LTHCVVQFLTGHQLVLVHGPGVGDLWDTSAPSA QFFCEPTTALK*GLFLKRKREGNQL*S*MCKIK ILV*KTVTLKCTTC*EAFSNRVSNIFHIHFNDS* GKNPAFWSCVHLCVCVCVCVCVCNIRGILNGIM TRVMQKSTNAAQLRLLPQAALWKANLMIAVFY* KDVFKKYLRNVKIAELKLILKNKSK*FFLSAKNV GPTINRVTDLPA*FKIMQFLNNYLSYLNYFRLH T*SVTSLILNITLFKIYKISGSQRLVLVILALW RPIGEDCLKPGVQQLPGQQSKTLSLQHKNKLMHG GTPVVPATLEAEARGVLEPRSSILQWAKIVPLC SLQPRQQSRTPSLKVNK*IKLTKF*KSNEICQV CTYHI*TRDLKN*TFYYK*STSCTDWHIVSSR*V LTICVIVIFWSPTNKSHSE*HHRDATNKIQNME TSTR*TTPFLQQQFKREREEKLYILKG*RNI*T KFV*GNQKN*HRLY*GII*F*CGNEIAVMFSKKS LYFRFS**NNYE*

Frame 2

EQNNMKSI*QGI*RIIKENVIKLL*DHKR**RW GFTVLARMVLIS*PRDPPASASQSAGITVVSHR AWPPHIIFYCAVYSRELSSTCDKPQPACRIMSP HGLREASYPCQTY*CYRDVREPT*EKLNLPST*K PLSSEHQLLRLPWEEDDPKQSSAAGGPRSDHRD EPLWR*RHCG*PRCLLWCKLVPVLRSLWPVHP* I*WR*AVLRGPGEEGDCLAVA*VQQIWRF*PAGC TEKHGCGKTQLEHHD*TLQLYRCYQ*GS*GHSV FQVSRDTGSAQHPHLSCGQHLSSCGQHHMAEQW AVSHRRCF*DQLPLQE*SFLLQDQLPHLPPFC** DL*LQGGALGPGPASSETLGA*DSSPYVRAHRD CGLCPGVVCGPHGHCGGHCLHHPRPAFSWCFQT PRAIVNPILEGKCYLQRHAWGKPPGYLIPQ*PPS KISKEAINSFYEIYVKFFHLSSRAD*NYG**LG YSYVSIQFNLISQIIFHVQ*HRSHQVQYSLIIC *FLS*H*YFLLPCVPTLGTATHPSIQATMKLMDT VCPWPRIVIAKILEPKNKSVLISMWLLKV*QRN KLG*RKFESQKYQK*KCILKTLNL*RMMTVEAF LFPCHLEIKIL*AGKEMEVRKTLE*DNNVGV*KG TNTYSSHRVSDNGKRDGSRSHRHI*EP*IEAQS ASPPE*SCTR*PCSFPCATLA*RRQYSEYGYRM FLGNMPISSEIPSPFP*PLLTKESMSL*EKP*EE QHS*DNVAAAVGAVSSTGFAISEEKLSQRKWVS SDLMALNSYEIHEDISNHATCISEFKF*LEKKY KTLMQ*LIQYSLVQRTLNPNPGLSTLKLVF*TL* MCEVSNISGLTFLIHNVGVIILSLQSY**NLNN FDI*SMPYT*YMNT*ENIVVIFIINLFKRMDHI I*KALLFFSAS**FRRFKCRAMGEFLFI**LKDI FLFPE*ERLRLDW*ENS*H*KL*YLTLVFNSLR GNIFPPYGP*VFIQGISYTTDLYACLLWGRSED SSRRK*FKTQTGNQ*AQEI*TSDDHENVHHRAQM IFRAIKLFCLIPQW*KMSLYICSNPQNI*HQEL DLM*TMDFG***CANVSS*IIANVPLRWEMLLM GEAMHVWEQSVSGSSPQPFWQQGPVLWKTIFPQI VGGMGV*SGDETVKLFHLRSTSIS*ILIRNMQP RSLACTVKNRVRTPMRI*CHH*SDGRRGSVGNA GSPTAWSSF*QATNWYWSMARGLGTSGIPLHLLL SFSVNLQPL*NKVYF*KGKEKVTNYDPKCVK*K F*YEKQSH*NAQRAKKLLAIGFQIYFIYISMIR EARTQHFGVVCICVCVCVCVCVSVI*GVY*MA** PESCRNLQMLPNSDSFLKQHCGKQI***QYFIK RMYSKNIYVMLK*QN*N*F*KIRVNSSFYQLKM *GLLSIGLQIYLPDLKSCNS*TII*AI*IISDYT HKV*LH*YLISHYLKFTKLVGHRGSCL*S*HFG GQ*GRIA*SQEFNSCLGNKARPCLYNTKIN*CM AALL*SQLL*RLRQEECLSPGVQYFSGLRLCHCA HSSLGSRAGLHL*K*INK*NLQNFKNQMKYVRF VPTTFKLGT*RIKHFITNEALHAQTGT**VVDR C*QFVLLLFSGVQLTNPTVNDITGMQPTRSRIWK LLLDKQLHFFSNNSREREKRSYTF*KAEEIYEP NLYEAIRKTDTDCIKELSNFSVVMRLLLCFLKS HYTLDFHNKIIMNE

Sequence HLA-DQA1.iAug05

GAAGATTCCAATTTAATGTCCTCCCTTTATTCATAGAACAATTCCTCAAGTCCACTCTGAGTAGAGGCTGCATCACAAGGGGATTGCCCCGTCTCCTTCC AGGGCTCTTAATACAAACTCTTCAACTAGTAACTGAGATGTCACCATAGGGGATTTTTCTAATTGGCCAAAACCTGACTTGGCAGGGTTTGGTTTGGGTG TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT CTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGTGATGAGCCCCTGTGGAGGTGAAGACATTGTGGCTGACCACGTTGCCTCTTGTGGTGTAAACTTGTACC AGTTTTACGGTCCCTCTGGCCAGTACACCCATGAATTTGATGGAGATGAGCAGTTCTACGTGGACCTGGAGAGGAAGGAGACTGCCTGGCGGTGGCCTGA GTTCAGCAAATTTGGAGGTTTTGACCCGCAGGGTGCACTGAGAAACATGGCTGTGGCAAAACACAACTTGAACATCATGATTAAACGCTACAACTCTACC GCTGCTACCAATGGTATGCGTCCACCATTCTGCCTCTCTTTACTTAAGTTATCCCTCCATACCAGGGTTCATTATTTTCTTCCCAAGAGGTCCCCAGATC TTCTTATGGCAATTGCTGAAATTTTATCATCTCCCATCTCTAAAATCACATATTCCCATGTAATACAAGGGTCTTTCCATTATGCATTCAGCAAATCCTT CTAGGAGAGGTCTCATCAACCTCCTACTTTATTAAACATGCCCACAGAGAGAAGGGCACAGGAATAAAGCAGAGGCAATGTGTCGTTGCTCCCAAGCAGA AGGTAAATAAGACCTCTTTGACTATCAGGTGGTGAAATGCTGGTAGGAGGGCTCTTCCAGGATGTAATGCAGAACTTCAGGGCAGAGCTATTCACACTTC ACACCAGTGCTGTTTCCTCACCACAGAGGTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCGTGACACTGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTG GACAACATCTTTCCTCCTGTGGTCAACATCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGAAGGTGTTTCTGAGACCAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATC ATTCCTTCTTCAAGATCAGTTACCTCACCTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGCAAGGTGGAGCACTGGGGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAA ACACTGGGAGCCTGAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTGTGCCCTGGGGTTGTCTGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGC ACTGTCTTCATCATCCAAGGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCATTGTGAATCCCATCCTGGAAGGGAAGGTAAGATTGAGACTGGT TACAGTTGAAGCGGCAGTATGAAAGGAAGGAAAGTGGGAGGGCGTTGTGGACATGAATGTGGTTGAAAGTTGTAGGGGAATTGGGAAGTGGCATGATGAT GACACAGGAGCCCCCTCGGACCCATTGATCTCATGTCTGCCCTGTTGCAGGTGCATCGCCATCTACAGGAGCAGAAGAATGGACTTGCTAAATGACCTAG CACTATTCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCTCACCTTTTCTCTGGGACTTAAGCTGCTATATCCCCTCAGAGCT CACAAATGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAATGTTACCTACAAAGACATGCCTGGGGTAAGCCACCCGGCTACC TAATTCCTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATGAGATCTATGTCAAATTTTTCCATCTTTCATCCAGGGCTGACTG AAACTATGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTCCCAGATCATTTTTCATGTCCAGTAACACAGAAGCCACCAAGTA CAGTATAGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCTTGTGTTCCCACCCTTGGCACTGCCACCCACCCCTCAATTCAGG CAACAATGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAATTTTAGAACCAAAAAATAAGTCTGTACTAATTTCAATGTGGCT TTTAAAAGTATGACAGAGAAATAAGTTAGGATAAAGGAAATTTGAATCTCAAAAATATCAAAAGTAAAAATGTATTCTCAAAACTTTAAATTTATGAAGA ATGATGACAGTAGAAGCCTTCCTCTTCCCTTGTCACCTTGAGATAAAAATTCTTTAGGCAGGAAAAGAAATGGAAGTCAGAAAAACATTAGAATAAGACA ATAATGTGGGTGTCTGAAAAGGAACAAATACTTATTCCTCACATAGGGTTAGTGACAATGGGAAAAGGGACGGGAGTAGAAGCCACAGACATATCTAGGA GCCCTGAATAGAGGCGCAGTCTGCCTCACCTCCTGAATGAAGCTGTACTAGATAACCATGTAGCTTTCCCTGTGCCACTCTGGCATGAAGGAGACAGTAT AGTGAATATGGCTACAGGATGTTTCTTGGAAACATGCCAATATCTTCAGAAATCCCCAGCCCTTTCCCCTAACCCCTCCTGACTAAGGAAAGCATGAGCT TATGAGAGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGGGTGCTGTGTCCTCCACTGGATTCGCCATCTCCGAGGAGAAACT CTCACAGAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCATGAGGATATTTCTAACCATGCTACCTGCATCAGTGAGTTTAAA TTTTAATTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTGGTGCAAAGAACCCTAAATCCAAATCCAGGACTCAGTACTTTGA AGCTAGTATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTTTTCTCATCCACAATGTAGGAGTAATAATACTTTCCTTGCAGAG TTATTGATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACATGAACACATAAGAAAACATTGTGGTTATATTTATAATTAATTTA TTTAAAAGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAATGATTTAGGAGATTCAAATGTAGAGCTATGGGTGAATTTCTTT TCATATGATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGGATTGGTAAGAGAACTCTTAGCACTAGAAGTTGTAATATTTGAC TTTGGTTTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTTTATTCAAGGTATATCATATACAACAGATCTTTATGCCTGTTTA CTTTGGGGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGGAATCAGTAAGCACAGGAAATCTGAACCAGTGATGATCATGAAA ATGTCCATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATACCACAATGGTGAAAAATGTCATTATACATTTGCTCAAATCCACA GAATATATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATGATGTGCCAATGTAAGTTCATAAATTATAGCAAATGTACCACTC AGATGGGAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCTGGCAGCAGTCCCCAGCCTTTTTGGCAGCAGGGACCAGTTTTAT GGAAGACAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAACTGTGAAACTATTCCACCTCAGATCAACAAGCATTAGTTAGAT TCTCATAAGGAACATGCAACCTAGATCTCTTGCATGCACAGTTAAAAATAGGGTTCGCACTCCTATGAGAATCTAATGCCACCACTGATCTGACGGAAGG CGGGGCTCAGTTGGTAATGCTGGCTCACCCACTGCGTGGTCCAGTTTCTAACAGGCCACCAACTGGTACTGGTCCATGGCCCGGGGGTTGGGGACCTCTG GGATACCTCTGCACCTTCTGCTCAGTTTTTCTGTGAACCTACAACCGCTTTAAAATAAGGTCTATTTTTAAAAAGGAAAAGAGAAGGTAACCAATTATGA TCCTAAATGTGTAAAATAAAAATTTTAGTATGAAAAACAGTCACATTAAAATGCACAACGTGCTAAGAAGCTTTTAGCAATAGGGTTTCAAATATATTTC ATATACATTTCAATGATTCGTGAGGCAAGAACCCAGCATTTTGGAGTTGTGTGCATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTAATATAAG GGGTATACTGAATGGCATAATGACCAGAGTCATGCAGAAATCTACAAATGCTGCCCAACTCAGACTCCTTCCTCAAGCAGCACTGTGGAAAGCAAATTTA ATGATAGCAGTATTTTATTAAAAGGATGTATTCAAAAAATATTTACGTAATGTTAAAATAGCAGAATTAAAACTAATTCTAAAAAATAAGAGTAAATAGT TCTTTTTATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTGCCTGATTTAAAATCATGCAATTCTTAAACAATTATTTGAGCTA TTTGAATTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCACACTATTTAAAATTTACAAAATTAGTGGGTCACAGAGGCTCGTG CTTGTGATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAACAGCTGCCTGGGCAACAAAGCAAGACCTTGTCTCTACAAC ACAAAAATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTGAGGCAAGAGGAGTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAATACTTCAGTG GGCTAAGATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATCTCTAAAAGTAAATAAATAAATAAAACTTACAAAATTTTAAAAA TCAAATGAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAATTAAACATTTTATTACAAATGAAGCACTTCATGCACAGACTGGC ACATAGTAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTCCAACTAACAAATCCCACAGTGAATGACATCACAGGGATGCAAC CAACAAGATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCAACAATTCAAGAGAGAGAGAGAAGAGAAGCTATACATTTTAAAA GGCTGAAGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGACTGTATTAAGGAATTATCTAATTTTAGTGTGGTAATGAGATTG CTGTTATGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATGAATGAAA

HLA-DQA1.F3 (forward primer)
HLA-DQA1.R3 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

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Frame 1

KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPS RALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL CCWGPSL*PP**APVEVKTLWLTTLPLVV*TCT SFTVPLASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGL SSANLEVLTRRVH*ETWLWQNTT*TS*LNATTLP LLPMVCVHHSASLYLSYPSIPGFIIFFPRGPQI FLWQLLKFYHLPSLKSHIPM*YKGLSIMHSANP SRRGLINLLLY*TCPQREGHRNKAEAMCRCSQAE GK*DLFDYQVVKCW*EGSSRM*CRTSGQSYSHF TPVLFPHHRGS*GHSVFQVSRDTGSAQHPHLSC GQHLSSCGQHHMAEQWAVSHRRCF*DQLPLQE*S FLLQDQLPHLPPFC**DL*LQGGALGPGPASSE TLGA*DSSPYVRAHRDCGLCPGVVCGPHGHCGG HCLHHPRPAFSWCFQTPRAIVNPILEGKVRLRLV TVEAAV*KEGKWEGVVDMNVVESCRGIGKWHDD DTGAPSDPLISCLPCCRCIAIYRSRRMDLLNDL ALFSGPIYHIPFLLQIFLLSPFLWDLSCYIPSEL TNAFTFFP*PPDFFFLFSNVTYKDMPGVSHPAT *FLSNLHLKSPRKQ*IPFMRSMSNFSIFHPGLT ETMANNWGTLMFQSNLTSFPRSFFMSSNTEATKY SIA**YVDFLADINISCFLVFPPLALPPTPQFR QQ*N*WIPSALGPELL*QKF*NQKISLY*FQCG F*KYDREIS*DKGNLNLKNIKSKNVFSKL*IYEE **Q*KPSSSLVTLR*KFFRQEKKWKSEKH*NKT IMWVSEKEQILIPHIGLVTMGKGTGVEATDISR SPE*RRSLPHLLNEAVLDNHVAFPVPLWHEGDSI VNMATGCFLETCQYLQKSPALSPNPS*LRKA*A YERNPRKNNTVETM*QQQWVLCPPLDSPSPRRN SHRGNGSAATSWL*TAMKSMRIFLTMLPASVSLN FNWRKNTKH*CNN*YSIVWCKEP*IQIQDSVL* S*YFKLYKCVKSLTFLALLFSSTM*E**YFPCR VIDKI*IILIFSQCLTHST*THKKTLWLYL*LIY LKEWIILYEKHFCFSQPLNDLGDSNVELWVNFF SYDN*RIFFFFQNERG*DWIGKRTLSTRSCNI* LWFSTL*EGIYSLLMAHKCLFKVYHIQQIFMPVY FGEEVKIVQGENNLKHRLGISKHRKSEPVMIMK MSITEHR*FSGQ*NYSV*YHNGEKCHYTFAQIH RIYNTKS*T*CKLWTLGDNDVPM*VHKL*QMYHS DGRCC*WGRLCMCGSRVYLAAVPSLFGSRDQFY GRQFFHR*LGEWGYDLGMKL*NYSTSDQQALVR FS*GTCNLDLLHAQLKIGFALL*ESNATTDLTEG GAQLVMLAHPLRGPVSNRPPTGTGPWPGGWGPL GYLCTFCSVFL*TYNRFKIRSIFKKEKRR*PIM ILNV*NKNFSMKNSHIKMHNVLRSF*Q*GFKYIS YTFQ*FVRQEPSILELCAFVCVCVCVCVCL*YK GYTEWHNDQSHAEIYKCCPTQTPSSSSTVESKF NDSSILLKGCIQKIFT*C*NSRIKTNSKK*E*IV LFIS*KCRAYYQ*GYRSTCLI*NHAILKQLFEL FELFQITHIKCDFINT*YHTI*NLQN*WVTEAR ACDLSTLEANRGGLLEARSSTAAWATKQDLVSTT QK*INAWRHSCSPSYSRG*GKRSA*AQEFNTSV G*DCATVLTPA*AAEQDSISKSK*INKTYKILK IK*NMSGLYLPHLN*GLEELNILLQMKHFMHRLA HSK*SIGVNNLCYCYFLESN*QIPQ*MTSQGCN QQDPEYGNFY*INNSISSATIQERERREAIHFK RLKKYMNQICMRQSEKLTPTVLRNYLILVW**DC CYVF*KVIIL*IFIIK*L*MK

Frame 2

RFQFNVLPLFIEQFLKSTLSRGCITRGLPRLLP GLLIQTLQLVTEMSP*GIFLIGQNLTWQGLVWV SSDFLVLRSSQLLYSSEHQLLRLPWEEDDPKQS SAAGGPRSDHRDEPLWR*RHCG*PRCLLWCKLVP VLRSLWPVHP*I*WR*AVLRGPGEEGDCLAVA* VQQIWRF*PAGCTEKHGCGKTQLEHHD*TLQLY RCYQWYASTILPLFT*VIPPYQGSLFSSQEVPRS SYGNC*NFIISHL*NHIFPCNTRVFPLCIQQIL LGEVSSTSYFIKHAHREKGTGIKQRQCVVAPKQ KVNKTSLTIRW*NAGRRALPGCNAELQGRAIHTS HQCCFLTTEVPEVTVFSKSPVTLGQPNTLICLV DNIFPPVVNITWLSNGQSVTEGVSETSFLSKSD HSFFKISYLTFLPSADEIYDCKVEHWGLDQPLLK HWEPEIPAPMSELTETVVCALGLSVGLMGIVVG TVFIIQGLRSVGASRHQGPL*IPSWKGR*D*DW LQLKRQYERKESGRALWT*MWLKVVGELGSGMMM TQEPPRTH*SHVCPVAGASPSTGAEEWTC*MT* HYSLARFIISLFSSKYFSSHLFSGT*AAISPQS SQMPLHSFPDLLIFFFFSQMLPTKTCLG*ATRLP NSSVTSI*NLQGSNKFLL*DLCQIFPSFIQG*L KLWLIIGVLLCFNPI*PHFPDHFSCPVTQKPPS TV*PDNMLIS*LTLIFLASLCSHPWHCHPPLNSG NNEINGYRLPLAQNCYSKNFRTKK*VCTNFNVA FKSMTEK*VRIKEI*ISKISKVKMYSQNFKFMK NDDSRSLPLPLSP*DKNSLGRKRNGSQKNIRIRQ *CGCLKRNKYLFLT*G**QWEKGRE*KPQTYLG ALNRGAVCLTS*MKLY*ITM*LSLCHSGMKETV **IWLQDVSWKHANIFRNPQPFPLTPPD*GKHEL MRETLGRTTQLRQCSSSSGCCVLHWIRHLRGET LTEEMGQQRPHGSKQL*NP*GYF*PCYLHQ*V* ILIGEKIQNINAIIDTV*FGAKNPKSKSRTQYFE ASILNFINV*SL*HFWPYFSHPQCRSNNTFLAE LLIKFE*F*YLVNALHIVHEHIRKHCGYIYN*F I*KNGSYYMKSTFVFLSLLMI*EIQM*SYG*ISF HMIIEGYFSFSRMREAEIGLVRELLALEVVIFD FGFQLSKREYIPSLWPISVYSRYIIYNRSLCLF TLGKK*R*FKEKII*NTDWESVSTGNLNQ**S*K CPSQSTDDFQGNKTILFDTTMVKNVIIHLLKST EYITPRVRLNVNYGLWVIMMCQCKFINYSKCTT QMGDVANGGGYACVGAECIWQQSPAFLAAGTSFM EDNFSTDSWGNGGMIWG*NCETIPPQINKH*LD SHKEHAT*ISCMHS*K*GSHSYENLMPPLI*RK AGLSW*CWLTHCVVQFLTGHQLVLVHGPGVGDLW DTSAPSAQFFCEPTTALK*GLFLKRKREGNQL* S*MCKIKILV*KTVTLKCTTC*EAFSNRVSNIF HIHFNDS*GKNPAFWSCVHLCVCVCVCVCVCNIR GILNGIMTRVMQKSTNAAQLRLLPQAALWKANL MIAVFY*KDVFKKYLRNVKIAELKLILKNKSK* FFLSAKNVGPTINRVTDLPA*FKIMQFLNNYLSY LNYFRLHT*SVTSLILNITLFKIYKISGSQRLV LVILALWRPIGEDCLKPGVQQLPGQQSKTLSLQ HKNKLMHGGTPVVPATLEAEARGVLEPRSSILQW AKIVPLCSLQPRQQSRTPSLKVNK*IKLTKF*K SNEICQVCTYHI*TRDLKN*TFYYK*STSCTDW HIVSSR*VLTICVIVIFWSPTNKSHSE*HHRDAT NKIQNMETSTR*TTPFLQQQFKREREEKLYILK G*RNI*TKFV*GNQKN*HRLY*GII*F*CGNEI AVMFSKKSLYFRFS**NNYE*

Sequence HLA-DQA1.kAug05

GAAGATTCCAATTTAATGTCCTCCCTTTATTCATAGAACAATTCCTCAAGTCCACTCTGAGTAGAGGCTGCATCACAAGGGGATTGCCCCGTCTCCTTCC AGGGCTCTTAATACAAACTCTTCAACTAGTAACTGAGATGTCACCATAGGGGATTTTTCTAATTGGCCAAAACCTGACTTGGCAGGGTTTGGTTTGGGTG TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT CTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGTGATGAGCCCCTGTGGAGGTGAAGACATTGTGGCTGACCACGTTGCCTCTTGTGGTGTAAACTTGTACC AGTTTTACGGTCCCTCTGGCCAGTACACCCATGAATTTGATGGAGATGAGCAGTTCTACGTGGACCTGGAGAGGAAGGAGACTGCCTGGCGGTGGCCTGA GTTCAGCAAATTTGGAGGTTTTGACCCGCAGGGTGCACTGAGAAACATGGCTGTGGCAAGGTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCGTGACAC TGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTGGACAACATCTTTCCTCCTGTGGTCAACATCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGAAGGTGT TTCTGAGACCAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATCATTCCTTCTTCAAGATCAGTTACCTCACCTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGCAAGGTG GAGCACTGGGGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAAACACTGGGAGCCTGAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTGTGCCCTGGGGT TGTCTGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGCACTGTCTTCATCATCCAAGGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCATTGTGAATCCC ATCCTGGAAGGGAAGGTAAGATTGAGACTGGTTACAGTTGAAGCGGCAGTATGAAAGGAAGGAAAGTGGGAGGGCGTTGTGGACATGAATGTGGTTGAAA GTTGTAGGGGAATTGGGAAGTGGCATGATGATGACACAGGAGCCCCCTCGGACCCATTGATCTCATGTCTGCCCTGTTGCAGGTGCATCGCCATCTACAG GAGCAGAAGAATGGACTTGCTAAATGACCTAGCACTATTCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCTCACCTTTTCTC TGGGACTTAAGCTGCTATATCCCCTCAGAGCTCACAAATGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAATGTTACCTACA AAGACATGCCTGGGGTAAGCCACCCGGCTACCTAATTCCTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATGAGATCTATGTC AAATTTTTCCATCTTTCATCCAGGGCTGACTGAAACTATGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTCCCAGATCATTT TTCATGTCCAGTAACACAGAAGCCACCAAGTACAGTATAGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCTTGTGTTCCCAC CCTTGGCACTGCCACCCACCCCTCAATTCAGGCAACAATGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAATTTTAGAACCA AAAAATAAGTCTGTACTAATTTCAATGTGGCTTTTAAAAGTATGACAGAGAAATAAGTTAGGATAAAGGAAATTTGAATCTCAAAAATATCAAAAGTAAA AATGTATTCTCAAAACTTTAAATTTATGAAGAATGATGACAGTAGAAGCCTTCCTCTTCCCTTGTCACCTTGAGATAAAAATTCTTTAGGCAGGAAAAGA AATGGAAGTCAGAAAAACATTAGAATAAGACAATAATGTGGGTGTCTGAAAAGGAACAAATACTTATTCCTCACATAGGGTTAGTGACAATGGGAAAAGG GACGGGAGTAGAAGCCACAGACATATCTAGGAGCCCTGAATAGAGGCGCAGTCTGCCTCACCTCCTGAATGAAGCTGTACTAGATAACCATGTAGCTTTC CCTGTGCCACTCTGGCATGAAGGAGACAGTATAGTGAATATGGCTACAGGATGTTTCTTGGAAACATGCCAATATCTTCAGAAATCCCCAGCCCTTTCCC CTAACCCCTCCTGACTAAGGAAAGCATGAGCTTATGAGAGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGGGTGCTGTGTCC TCCACTGGATTCGCCATCTCCGAGGAGAAACTCTCACAGAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCATGAGGATATTT CTAACCATGCTACCTGCATCAGTGAGTTTAAATTTTAATTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTGGTGCAAAGAAC CCTAAATCCAAATCCAGGACTCAGTACTTTGAAGCTAGTATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTTTTCTCATCCAC AATGTAGGAGTAATAATACTTTCCTTGCAGAGTTATTGATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACATGAACACATAAG AAAACATTGTGGTTATATTTATAATTAATTTATTTAAAAGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAATGATTTAGGAG ATTCAAATGTAGAGCTATGGGTGAATTTCTTTTCATATGATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGGATTGGTAAGAG AACTCTTAGCACTAGAAGTTGTAATATTTGACTTTGGTTTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTTTATTCAAGGTA TATCATATACAACAGATCTTTATGCCTGTTTACTTTGGGGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGGAATCAGTAAGC ACAGGAAATCTGAACCAGTGATGATCATGAAAATGTCCATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATACCACAATGGTGA AAAATGTCATTATACATTTGCTCAAATCCACAGAATATATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATGATGTGCCAATG TAAGTTCATAAATTATAGCAAATGTACCACTCAGATGGGAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCTGGCAGCAGTCC CCAGCCTTTTTGGCAGCAGGGACCAGTTTTATGGAAGACAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAACTGTGAAACTA TTCCACCTCAGATCAACAAGCATTAGTTAGATTCTCATAAGGAACATGCAACCTAGATCTCTTGCATGCACAGTTAAAAATAGGGTTCGCACTCCTATGA GAATCTAATGCCACCACTGATCTGACGGAAGGCGGGGCTCAGTTGGTAATGCTGGCTCACCCACTGCGTGGTCCAGTTTCTAACAGGCCACCAACTGGTA CTGGTCCATGGCCCGGGGGTTGGGGACCTCTGGGATACCTCTGCACCTTCTGCTCAGTTTTTCTGTGAACCTACAACCGCTTTAAAATAAGGTCTATTTT TAAAAAGGAAAAGAGAAGGTAACCAATTATGATCCTAAATGTGTAAAATAAAAATTTTAGTATGAAAAACAGTCACATTAAAATGCACAACGTGCTAAGA AGCTTTTAGCAATAGGGTTTCAAATATATTTCATATACATTTCAATGATTCGTGAGGCAAGAACCCAGCATTTTGGAGTTGTGTGCATTTGTGTGTGTGT GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTAATATAAGGGGTATACTGAATGGCATAATGACCAGAGTCATGCAGAAATCTACAAATGCTGCCCAACTCAGACTCC TTCCTCAAGCAGCACTGTGGAAAGCAAATTTAATGATAGCAGTATTTTATTAAAAGGATGTATTCAAAAAATATTTACGTAATGTTAAAATAGCAGAATT AAAACTAATTCTAAAAAATAAGAGTAAATAGTTCTTTTTATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTGCCTGATTTAAA ATCATGCAATTCTTAAACAATTATTTGAGCTATTTGAATTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCACACTATTTAAAA TTTACAAAATTAGTGGGTCACAGAGGCTCGTGCTTGTGATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAACAGCTGCC TGGGCAACAAAGCAAGACCTTGTCTCTACAACACAAAAATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTGAGGCAAGAGGA GTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAATACTTCAGTGGGCTAAGATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATCTCTAAAAGTAA ATAAATAAATAAAACTTACAAAATTTTAAAAATCAAATGAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAATTAAACATTTTA TTACAAATGAAGCACTTCATGCACAGACTGGCACATAGTAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTCCAACTAACAAA TCCCACAGTGAATGACATCACAGGGATGCAACCAACAAGATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCAACAATTCAAGA GAGAGAGAGAAGAGAAGCTATACATTTTAAAAGGCTGAAGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGACTGTATTAAGG AATTATCTAATTTTAGTGTGGTAATGAGATTGCTGTTATGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATGAATGAAA

HLA-DQA1.F3 (forward primer)
HLA-DQA1.R3 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

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Frame 1

KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPS RALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL CCWGPSL*PP**APVEVKTLWLTTLPLVV*TCT SFTVPLASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGL SSANLEVLTRRVH*ETWLWQGS*GHSVFQVSRDT GSAQHPHLSCGQHLSSCGQHHMAEQWAVSHRRC F*DQLPLQE*SFLLQDQLPHLPPFC**DL*LQG GALGPGPASSETLGA*DSSPYVRAHRDCGLCPGV VCGPHGHCGGHCLHHPRPAFSWCFQTPRAIVNP ILEGKVRLRLVTVEAAV*KEGKWEGVVDMNVVE SCRGIGKWHDDDTGAPSDPLISCLPCCRCIAIYR SRRMDLLNDLALFSGPIYHIPFLLQIFLLSPFL WDLSCYIPSELTNAFTFFP*PPDFFFLFSNVTY KDMPGVSHPAT*FLSNLHLKSPRKQ*IPFMRSMS NFSIFHPGLTETMANNWGTLMFQSNLTSFPRSF FMSSNTEATKYSIA**YVDFLADINISCFLVFP PLALPPTPQFRQQ*N*WIPSALGPELL*QKF*NQ KISLY*FQCGF*KYDREIS*DKGNLNLKNIKSK NVFSKL*IYEE**Q*KPSSSLVTLR*KFFRQEK KWKSEKH*NKTIMWVSEKEQILIPHIGLVTMGKG TGVEATDISRSPE*RRSLPHLLNEAVLDNHVAF PVPLWHEGDSIVNMATGCFLETCQYLQKSPALS PNPS*LRKA*AYERNPRKNNTVETM*QQQWVLCP PLDSPSPRRNSHRGNGSAATSWL*TAMKSMRIF LTMLPASVSLNFNWRKNTKH*CNN*YSIVWCKE P*IQIQDSVL*S*YFKLYKCVKSLTFLALLFSST M*E**YFPCRVIDKI*IILIFSQCLTHST*THK KTLWLYL*LIYLKEWIILYEKHFCFSQPLNDLG DSNVELWVNFFSYDN*RIFFFFQNERG*DWIGKR TLSTRSCNI*LWFSTL*EGIYSLLMAHKCLFKV YHIQQIFMPVYFGEEVKIVQGENNLKHRLGISK HRKSEPVMIMKMSITEHR*FSGQ*NYSV*YHNGE KCHYTFAQIHRIYNTKS*T*CKLWTLGDNDVPM *VHKL*QMYHSDGRCC*WGRLCMCGSRVYLAAV PSLFGSRDQFYGRQFFHR*LGEWGYDLGMKL*NY STSDQQALVRFS*GTCNLDLLHAQLKIGFALL* ESNATTDLTEGGAQLVMLAHPLRGPVSNRPPTG TGPWPGGWGPLGYLCTFCSVFL*TYNRFKIRSIF KKEKRR*PIMILNV*NKNFSMKNSHIKMHNVLR SF*Q*GFKYISYTFQ*FVRQEPSILELCAFVCV CVCVCVCL*YKGYTEWHNDQSHAEIYKCCPTQTP SSSSTVESKFNDSSILLKGCIQKIFT*C*NSRI KTNSKK*E*IVLFIS*KCRAYYQ*GYRSTCLI* NHAILKQLFELFELFQITHIKCDFINT*YHTI*N LQN*WVTEARACDLSTLEANRGGLLEARSSTAA WATKQDLVSTTQK*INAWRHSCSPSYSRG*GKR SA*AQEFNTSVG*DCATVLTPA*AAEQDSISKSK *INKTYKILKIK*NMSGLYLPHLN*GLEELNIL LQMKHFMHRLAHSK*SIGVNNLCYCYFLESN*Q IPQ*MTSQGCNQQDPEYGNFY*INNSISSATIQE RERREAIHFKRLKKYMNQICMRQSEKLTPTVLR NYLILVW**DCCYVF*KVIIL*IFIIK*L*MK

Frame 2

RFQFNVLPLFIEQFLKSTLSRGCITRGLPRLLP GLLIQTLQLVTEMSP*GIFLIGQNLTWQGLVWV SSDFLVLRSSQLLYSSEHQLLRLPWEEDDPKQS SAAGGPRSDHRDEPLWR*RHCG*PRCLLWCKLVP VLRSLWPVHP*I*WR*AVLRGPGEEGDCLAVA* VQQIWRF*PAGCTEKHGCGKVPEVTVFSKSPVT LGQPNTLICLVDNIFPPVVNITWLSNGQSVTEGV SETSFLSKSDHSFFKISYLTFLPSADEIYDCKV EHWGLDQPLLKHWEPEIPAPMSELTETVVCALG LSVGLMGIVVGTVFIIQGLRSVGASRHQGPL*IP SWKGR*D*DWLQLKRQYERKESGRALWT*MWLK VVGELGSGMMMTQEPPRTH*SHVCPVAGASPST GAEEWTC*MT*HYSLARFIISLFSSKYFSSHLFS GT*AAISPQSSQMPLHSFPDLLIFFFFSQMLPT KTCLG*ATRLPNSSVTSI*NLQGSNKFLL*DLC QIFPSFIQG*LKLWLIIGVLLCFNPI*PHFPDHF SCPVTQKPPSTV*PDNMLIS*LTLIFLASLCSH PWHCHPPLNSGNNEINGYRLPLAQNCYSKNFRT KK*VCTNFNVAFKSMTEK*VRIKEI*ISKISKVK MYSQNFKFMKNDDSRSLPLPLSP*DKNSLGRKR NGSQKNIRIRQ*CGCLKRNKYLFLT*G**QWEK GRE*KPQTYLGALNRGAVCLTS*MKLY*ITM*LS LCHSGMKETV**IWLQDVSWKHANIFRNPQPFP LTPPD*GKHELMRETLGRTTQLRQCSSSSGCCV LHWIRHLRGETLTEEMGQQRPHGSKQL*NP*GYF *PCYLHQ*V*ILIGEKIQNINAIIDTV*FGAKN PKSKSRTQYFEASILNFINV*SL*HFWPYFSHP QCRSNNTFLAELLIKFE*F*YLVNALHIVHEHIR KHCGYIYN*FI*KNGSYYMKSTFVFLSLLMI*E IQM*SYG*ISFHMIIEGYFSFSRMREAEIGLVR ELLALEVVIFDFGFQLSKREYIPSLWPISVYSRY IIYNRSLCLFTLGKK*R*FKEKII*NTDWESVS TGNLNQ**S*KCPSQSTDDFQGNKTILFDTTMV KNVIIHLLKSTEYITPRVRLNVNYGLWVIMMCQC KFINYSKCTTQMGDVANGGGYACVGAECIWQQS PAFLAAGTSFMEDNFSTDSWGNGGMIWG*NCET IPPQINKH*LDSHKEHAT*ISCMHS*K*GSHSYE NLMPPLI*RKAGLSW*CWLTHCVVQFLTGHQLV LVHGPGVGDLWDTSAPSAQFFCEPTTALK*GLF LKRKREGNQL*S*MCKIKILV*KTVTLKCTTC*E AFSNRVSNIFHIHFNDS*GKNPAFWSCVHLCVC VCVCVCVCNIRGILNGIMTRVMQKSTNAAQLRL LPQAALWKANLMIAVFY*KDVFKKYLRNVKIAEL KLILKNKSK*FFLSAKNVGPTINRVTDLPA*FK IMQFLNNYLSYLNYFRLHT*SVTSLILNITLFK IYKISGSQRLVLVILALWRPIGEDCLKPGVQQLP GQQSKTLSLQHKNKLMHGGTPVVPATLEAEARG VLEPRSSILQWAKIVPLCSLQPRQQSRTPSLKV NK*IKLTKF*KSNEICQVCTYHI*TRDLKN*TFY YK*STSCTDWHIVSSR*VLTICVIVIFWSPTNK SHSE*HHRDATNKIQNMETSTR*TTPFLQQQFK REREEKLYILKG*RNI*TKFV*GNQKN*HRLY*G II*F*CGNEIAVMFSKKSLYFRFS**NNYE*

Sequence HLA-DQA1.dAug05

GAAGATTCCAATTTAATGTCCTCCCTTTATTCATAGAACAATTCCTCAAGTCCACTCTGAGTAGAGGCTGCATCACAAGGGGATTGCCCCGTCTCCTTCC AGGGCTCTTAATACAAACTCTTCAACTAGTAACTGAGATGTCACCATAGGGGATTTTTCTAATTGGCCAAAACCTGACTTGGCAGGGTTTGGTTTGGGTG TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT CTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGTGATGAGCCCCTGTGGAGGTGAAGACATTGTGGCTGACCACGTTGCCTCTTGTGGTGTAAACTTGTACC AGTTTTACGGTCCCTCTGGCCAGTACACCCATGAATTTGATGGAGATGAGCAGTTCTACGTGGACCTGGAGAGGAAGGAGACTGCCTGGCGGTGGCCTGA GTTCAGCAAATTTGGAGGTTTTGACCCGCAGGGTGCACTGAGAAACATGGCTGTGGCAAAACACAACTTGAACATCATGATTAAACGCTACAACTCTACC GCTGCTACCAATGAGGTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCGTGACACTGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTGGACAACATCTTTC CTCCTGTGGTCAACATCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGAAGGTGTTTCTGAGACCAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATCATTCCTTCTTCAA GATCAGTTACCTCACCTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGCAAGGTGGAGCACTGGGGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAAACACTGGGGTAAG GATGAGTTTCATCATTTTTTGATTCTTTCTTGTCTGTCAAGTTCAGAACTTCCTGCCTTTTACTCCTATATCCAAAAACTTGTTTTCCACACTTCATGGG TTTCTTTTCTGTCTCTCTTTTTTTTTTGAAAGAATAAAGCAAAAAAAGCAGAGATTTATTGAAAATGAAAGTACACTCTACAGGATGGGAGTGGGCCTGC CACTTCATGGTTTTCTAATGATAGACTTCACTCTTCTCCCTAAGCCTGGGGCCTTGAGTCTTTGCAGAGCCAACCCTCTACCCCATCCCATCCCACACAC ATGCACATGAGCACACTCTGCATTCTGACCTCAACAACTTCACTTCCACAGAGCCTGAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTG TGCCCTGGGGTTGTCTGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGCACTGTCTTCATCATCCAAGGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCA TTGTGAATCCCATCCTGGAAGGGAAGGTAAGATTGAGACTGGTTACAGTTGAAGCGGCAGTATGAAAGGAAGGAAAGTGGGAGGGCGTTGTGGACATGAA TGTGGTTGAAAGTTGTAGGGGAATTGGGAAGTGGCATGATGATGACACAGGAGCCCCCTCGGACCCATTGATCTCATGTCTGCCCTGTTGCAGGTGCATC GCCATCTACAGGAGCAGAAGAATGGACTTGCTAAATGACCTAGCACTATTCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCT CACCTTTTCTCTGGGACTTAAGCTGCTATATCCCCTCAGAGCTCACAAATGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAA 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AGCCCTTTCCCCTAACCCCTCCTGACTAAGGAAAGCATGAGCTTATGAGAGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGG GTGCTGTGTCCTCCACTGGATTCGCCATCTCCGAGGAGAAACTCTCACAGAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCA TGAGGATATTTCTAACCATGCTACCTGCATCAGTGAGTTTAAATTTTAATTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTG GTGCAAAGAACCCTAAATCCAAATCCAGGACTCAGTACTTTGAAGCTAGTATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTT TTCTCATCCACAATGTAGGAGTAATAATACTTTCCTTGCAGAGTTATTGATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACAT GAACACATAAGAAAACATTGTGGTTATATTTATAATTAATTTATTTAAAAGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAA TGATTTAGGAGATTCAAATGTAGAGCTATGGGTGAATTTCTTTTCATATGATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGG ATTGGTAAGAGAACTCTTAGCACTAGAAGTTGTAATATTTGACTTTGGTTTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTT TATTCAAGGTATATCATATACAACAGATCTTTATGCCTGTTTACTTTGGGGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGG AATCAGTAAGCACAGGAAATCTGAACCAGTGATGATCATGAAAATGTCCATCACAGAGCACAGATGATTTTCAGGGCAATAAAACTATTCTGTTTGATAC CACAATGGTGAAAAATGTCATTATACATTTGCTCAAATCCACAGAATATATAACACCAAGAGTTAGACTTAATGTAAACTATGGACTTTGGGTGATAATG ATGTGCCAATGTAAGTTCATAAATTATAGCAAATGTACCACTCAGATGGGAGATGTTGCTAATGGGGGAGGCTATGCATGTGTGGGAGCAGAGTGTATCT GGCAGCAGTCCCCAGCCTTTTTGGCAGCAGGGACCAGTTTTATGGAAGACAATTTTTCCACAGATAGTTGGGGGAATGGGGGTATGATCTGGGGATGAAA CTGTGAAACTATTCCACCTCAGATCAACAAGCATTAGTTAGATTCTCATAAGGAACATGCAACCTAGATCTCTTGCATGCACAGTTAAAAATAGGGTTCG CACTCCTATGAGAATCTAATGCCACCACTGATCTGACGGAAGGCGGGGCTCAGTTGGTAATGCTGGCTCACCCACTGCGTGGTCCAGTTTCTAACAGGCC ACCAACTGGTACTGGTCCATGGCCCGGGGGTTGGGGACCTCTGGGATACCTCTGCACCTTCTGCTCAGTTTTTCTGTGAACCTACAACCGCTTTAAAATA AGGTCTATTTTTAAAAAGGAAAAGAGAAGGTAACCAATTATGATCCTAAATGTGTAAAATAAAAATTTTAGTATGAAAAACAGTCACATTAAAATGCACA ACGTGCTAAGAAGCTTTTAGCAATAGGGTTTCAAATATATTTCATATACATTTCAATGATTCGTGAGGCAAGAACCCAGCATTTTGGAGTTGTGTGCATT TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTAATATAAGGGGTATACTGAATGGCATAATGACCAGAGTCATGCAGAAATCTACAAATGCTGCCCA ACTCAGACTCCTTCCTCAAGCAGCACTGTGGAAAGCAAATTTAATGATAGCAGTATTTTATTAAAAGGATGTATTCAAAAAATATTTACGTAATGTTAAA ATAGCAGAATTAAAACTAATTCTAAAAAATAAGAGTAAATAGTTCTTTTTATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTG CCTGATTTAAAATCATGCAATTCTTAAACAATTATTTGAGCTATTTGAATTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCAC ACTATTTAAAATTTACAAAATTAGTGGGTCACAGAGGCTCGTGCTTGTGATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTT CAACAGCTGCCTGGGCAACAAAGCAAGACCTTGTCTCTACAACACAAAAATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTG AGGCAAGAGGAGTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAATACTTCAGTGGGCTAAGATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATC TCTAAAAGTAAATAAATAAATAAAACTTACAAAATTTTAAAAATCAAATGAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAAT TAAACATTTTATTACAAATGAAGCACTTCATGCACAGACTGGCACATAGTAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTC CAACTAACAAATCCCACAGTGAATGACATCACAGGGATGCAACCAACAAGATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCA ACAATTCAAGAGAGAGAGAGAAGAGAAGCTATACATTTTAAAAGGCTGAAGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGA CTGTATTAAGGAATTATCTAATTTTAGTGTGGTAATGAGATTGCTGTTATGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATG AATGAAA

HLA-DQA1.F3 (forward primer)
HLA-DQA1.R3 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

EDSNLMSSLYS*NNSSSPL*VEAASQGDCPVSF QGS*YKLFN**LRCHHRGFF*LAKT*LGRVWFGC LQISLS*GPHNYSTAQNTNC*GCLGKRMILNKA LLLGALALTTVMSPCGGEDIVADHVASCGVNLY QFYGPSGQYTHEFDGDEQFYVDLERKETAWRWPE FSKFGGFDPQGALRNMAVAKHNLNIMIKRYNST AATNEVPEVTVFSKSPVTLGQPNTLICLVDNIF PPVVNITWLSNGQSVTEGVSETSFLSKSDHSFFK ISYLTFLPSADEIYDCKVEHWGLDQPLLKHWGK DEFHHFLILSCLSSSELPAFYSYIQKLVFHTSW VSFLSLFFF*KNKAKKAEIY*K*KYTLQDGSGPA TSWFSNDRLHSSP*AWGLESLQSQPSTPSHPTH MHMSTLCILTSTTSLPQSLRFQPLCQSSQRLWS VPWGCLWASWALWWALSSSSKACVQLVLPDTKGH CESHPGREGKIETGYS*SGSMKGRKVGGRCGHE CG*KL*GNWEVA***HRSPLGPIDLMSALLQVH RHLQEQKNGLAK*PSTILWPDLSYPFSPPNISPL TFSLGLKLLYPLRAHKCLYILSLTS*FFFSFLK CYLQRHAWGKPPGYLIPQ*PPSKISKEAINSFY EIYVKFFHLSSRAD*NYG**LGYSYVSIQFNLIS QIIFHVQ*HRSHQVQYSLIIC*FLS*H*YFLLP CVPTLGTATHPSIQATMKLMDTVCPWPRIVIAK ILEPKNKSVLISMWLLKV*QRNKLG*RKFESQKY QK*KCILKTLNL*RMMTVEAFLFPCHLEIKIL* AGKEMEVRKTLE*DNNVGV*KGTNTYSSHRVSD NGKRDGSRSHRHI*EP*IEAQSASPPE*SCTR*P CSFPCATLA*RRQYSEYGYRMFLGNMPISSEIP SPFP*PLLTKESMSL*EKP*EEQHS*DNVAAAV GAVSSTGFAISEEKLSQRKWVSSDLMALNSYEIH EDISNHATCISEFKF*LEKKYKTLMQ*LIQYSL VQRTLNPNPGLSTLKLVF*TL*MCEVSNISGLT FLIHNVGVIILSLQSY**NLNNFDI*SMPYT*YM NT*ENIVVIFIINLFKRMDHII*KALLFFSAS* *FRRFKCRAMGEFLFI**LKDIFLFPE*ERLRL DW*ENS*H*KL*YLTLVFNSLRGNIFPPYGP*VF IQGISYTTDLYACLLWGRSEDSSRRK*FKTQTG NQ*AQEI*TSDDHENVHHRAQMIFRAIKLFCLI PQW*KMSLYICSNPQNI*HQELDLM*TMDFG*** CANVSS*IIANVPLRWEMLLMGEAMHVWEQSVS GSSPQPFWQQGPVLWKTIFPQIVGGMGV*SGDE TVKLFHLRSTSIS*ILIRNMQPRSLACTVKNRVR TPMRI*CHH*SDGRRGSVGNAGSPTAWSSF*QA TNWYWSMARGLGTSGIPLHLLLSFSVNLQPL*N KVYF*KGKEKVTNYDPKCVK*KF*YEKQSH*NAQ RAKKLLAIGFQIYFIYISMIREARTQHFGVVCI CVCVCVCVCVSVI*GVY*MA**PESCRNLQMLP NSDSFLKQHCGKQI***QYFIKRMYSKNIYVMLK *QN*N*F*KIRVNSSFYQLKM*GLLSIGLQIYL PDLKSCNS*TII*AI*IISDYTHKV*LH*YLIS HYLKFTKLVGHRGSCL*S*HFGGQ*GRIA*SQEF NSCLGNKARPCLYNTKIN*CMAALL*SQLL*RL RQEECLSPGVQYFSGLRLCHCAHSSLGSRAGLH L*K*INK*NLQNFKNQMKYVRFVPTTFKLGT*RI KHFITNEALHAQTGT**VVDRC*QFVLLLFSGV QLTNPTVNDITGMQPTRSRIWKLLLDKQLHFFS NNSREREKRSYTF*KAEEIYEPNLYEAIRKTDTD CIKELSNFSVVMRLLLCFLKSHYTLDFHNKIIM NE

Frame 1

KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPS RALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL CCWGPSL*PP**APVEVKTLWLTTLPLVV*TCT SFTVPLASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGL SSANLEVLTRRVH*ETWLWQNTT*TS*LNATTLP LLPMRFLRSQCFPSLP*HWVSPTPSFVLWTTSF LLWSTSHG*AMGSQSQKVFLRPASSPRVIIPSS RSVTSPSSLLLMRFMTARWSTGAWTSLF*NTGVR MSFIIF*FFLVCQVQNFLPFTPISKNLFSTLHG FLFCLSFFFERIKQKKQRFIENESTLYRMGVGL PLHGFLMIDFTLLPKPGALSLCRANPLPHPIPHT CT*AHSAF*PQQLHFHRA*DSSPYVRAHRDCGL CPGVVCGPHGHCGGHCLHHPRPAFSWCFQTPRA IVNPILEGKVRLRLVTVEAAV*KEGKWEGVVDMN VVESCRGIGKWHDDDTGAPSDPLISCLPCCRCI AIYRSRRMDLLNDLALFSGPIYHIPFLLQIFLL SPFLWDLSCYIPSELTNAFTFFP*PPDFFFLFSN VTYKDMPGVSHPAT*FLSNLHLKSPRKQ*IPFM RSMSNFSIFHPGLTETMANNWGTLMFQSNLTSF PRSFFMSSNTEATKYSIA**YVDFLADINISCFL VFPPLALPPTPQFRQQ*N*WIPSALGPELL*QK F*NQKISLY*FQCGF*KYDREIS*DKGNLNLKN IKSKNVFSKL*IYEE**Q*KPSSSLVTLR*KFFR QEKKWKSEKH*NKTIMWVSEKEQILIPHIGLVT MGKGTGVEATDISRSPE*RRSLPHLLNEAVLDN HVAFPVPLWHEGDSIVNMATGCFLETCQYLQKSP ALSPNPS*LRKA*AYERNPRKNNTVETM*QQQW VLCPPLDSPSPRRNSHRGNGSAATSWL*TAMKS MRIFLTMLPASVSLNFNWRKNTKH*CNN*YSIVW CKEP*IQIQDSVL*S*YFKLYKCVKSLTFLALL FSSTM*E**YFPCRVIDKI*IILIFSQCLTHST *THKKTLWLYL*LIYLKEWIILYEKHFCFSQPLN DLGDSNVELWVNFFSYDN*RIFFFFQNERG*DW IGKRTLSTRSCNI*LWFSTL*EGIYSLLMAHKC LFKVYHIQQIFMPVYFGEEVKIVQGENNLKHRLG ISKHRKSEPVMIMKMSITEHR*FSGQ*NYSV*Y HNGEKCHYTFAQIHRIYNTKS*T*CKLWTLGDN DVPM*VHKL*QMYHSDGRCC*WGRLCMCGSRVYL AAVPSLFGSRDQFYGRQFFHR*LGEWGYDLGMK L*NYSTSDQQALVRFS*GTCNLDLLHAQLKIGF ALL*ESNATTDLTEGGAQLVMLAHPLRGPVSNRP PTGTGPWPGGWGPLGYLCTFCSVFL*TYNRFKI RSIFKKEKRR*PIMILNV*NKNFSMKNSHIKMH NVLRSF*Q*GFKYISYTFQ*FVRQEPSILELCAF VCVCVCVCVCL*YKGYTEWHNDQSHAEIYKCCP TQTPSSSSTVESKFNDSSILLKGCIQKIFT*C* NSRIKTNSKK*E*IVLFIS*KCRAYYQ*GYRSTC LI*NHAILKQLFELFELFQITHIKCDFINT*YH TI*NLQN*WVTEARACDLSTLEANRGGLLEARS STAAWATKQDLVSTTQK*INAWRHSCSPSYSRG* GKRSA*AQEFNTSVG*DCATVLTPA*AAEQDSI SKSK*INKTYKILKIK*NMSGLYLPHLN*GLEE LNILLQMKHFMHRLAHSK*SIGVNNLCYCYFLES N*QIPQ*MTSQGCNQQDPEYGNFY*INNSISSA TIQERERREAIHFKRLKKYMNQICMRQSEKLTP TVLRNYLILVW**DCCYVF*KVIIL*IFIIK*L* MK

Frame 2

RFQFNVLPLFIEQFLKSTLSRGCITRGLPRLLP GLLIQTLQLVTEMSP*GIFLIGQNLTWQGLVWV SSDFLVLRSSQLLYSSEHQLLRLPWEEDDPKQS SAAGGPRSDHRDEPLWR*RHCG*PRCLLWCKLVP VLRSLWPVHP*I*WR*AVLRGPGEEGDCLAVA* VQQIWRF*PAGCTEKHGCGKTQLEHHD*TLQLY RCYQ*GS*GHSVFQVSRDTGSAQHPHLSCGQHLS SCGQHHMAEQWAVSHRRCF*DQLPLQE*SFLLQ DQLPHLPPFC**DL*LQGGALGPGPASSETLG* G*VSSFFDSFLSVKFRTSCLLLLYPKTCFPHFMG FFSVSLFFLKE*SKKSRDLLKMKVHSTGWEWAC HFMVF***TSLFSLSLGP*VFAEPTLYPIPSHT HAHEHTLHSDLNNFTSTEPEIPAPMSELTETVVC ALGLSVGLMGIVVGTVFIIQGLRSVGASRHQGP L*IPSWKGR*D*DWLQLKRQYERKESGRALWT* MWLKVVGELGSGMMMTQEPPRTH*SHVCPVAGAS PSTGAEEWTC*MT*HYSLARFIISLFSSKYFSS HLFSGT*AAISPQSSQMPLHSFPDLLIFFFFSQ MLPTKTCLG*ATRLPNSSVTSI*NLQGSNKFLL* DLCQIFPSFIQG*LKLWLIIGVLLCFNPI*PHF PDHFSCPVTQKPPSTV*PDNMLIS*LTLIFLAS LCSHPWHCHPPLNSGNNEINGYRLPLAQNCYSKN FRTKK*VCTNFNVAFKSMTEK*VRIKEI*ISKI SKVKMYSQNFKFMKNDDSRSLPLPLSP*DKNSL GRKRNGSQKNIRIRQ*CGCLKRNKYLFLT*G**Q WEKGRE*KPQTYLGALNRGAVCLTS*MKLY*IT M*LSLCHSGMKETV**IWLQDVSWKHANIFRNP QPFPLTPPD*GKHELMRETLGRTTQLRQCSSSSG CCVLHWIRHLRGETLTEEMGQQRPHGSKQL*NP *GYF*PCYLHQ*V*ILIGEKIQNINAIIDTV*F GAKNPKSKSRTQYFEASILNFINV*SL*HFWPYF SHPQCRSNNTFLAELLIKFE*F*YLVNALHIVH EHIRKHCGYIYN*FI*KNGSYYMKSTFVFLSLL MI*EIQM*SYG*ISFHMIIEGYFSFSRMREAEIG LVRELLALEVVIFDFGFQLSKREYIPSLWPISV YSRYIIYNRSLCLFTLGKK*R*FKEKII*NTDW ESVSTGNLNQ**S*KCPSQSTDDFQGNKTILFDT TMVKNVIIHLLKSTEYITPRVRLNVNYGLWVIM MCQCKFINYSKCTTQMGDVANGGGYACVGAECI WQQSPAFLAAGTSFMEDNFSTDSWGNGGMIWG*N CETIPPQINKH*LDSHKEHAT*ISCMHS*K*GS HSYENLMPPLI*RKAGLSW*CWLTHCVVQFLTG HQLVLVHGPGVGDLWDTSAPSAQFFCEPTTALK* GLFLKRKREGNQL*S*MCKIKILV*KTVTLKCT TC*EAFSNRVSNIFHIHFNDS*GKNPAFWSCVH LCVCVCVCVCVCNIRGILNGIMTRVMQKSTNAAQ LRLLPQAALWKANLMIAVFY*KDVFKKYLRNVK IAELKLILKNKSK*FFLSAKNVGPTINRVTDLP A*FKIMQFLNNYLSYLNYFRLHT*SVTSLILNIT LFKIYKISGSQRLVLVILALWRPIGEDCLKPGV QQLPGQQSKTLSLQHKNKLMHGGTPVVPATLEA EARGVLEPRSSILQWAKIVPLCSLQPRQQSRTPS LKVNK*IKLTKF*KSNEICQVCTYHI*TRDLKN *TFYYK*STSCTDWHIVSSR*VLTICVIVIFWS PTNKSHSE*HHRDATNKIQNMETSTR*TTPFLQQ QFKREREEKLYILKG*RNI*TKFV*GNQKN*HR LY*GII*F*CGNEIAVMFSKKSLYFRFS**NNY E*

Sequence HLA-DQA1.hAug05

GAAGATTCCAATTTAATGTCCTCCCTTTATTCATAGAACAATTCCTCAAGTCCACTCTGAGTAGAGGCTGCATCACAAGGGGATTGCCCCGTCTCCTTCC AGGGCTCTTAATACAAACTCTTCAACTAGTAACTGAGATGTCACCATAGGGGATTTTTCTAATTGGCCAAAACCTGACTTGGCAGGGTTTGGTTTGGGTG TCTTCAGATTTCCTTGTCTTGAGGTCCTCACAATTACTCTACAGCTCAGAACACCAACTGCTGAGGCTGCCTTGGGAAGAGGATGATCCTAAACAAAGCT CTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGTGATGAGCCCCTGTGGAGCTGACCACGTTGCCTCTTGTGGTGTAAACTTGTACCAGTTTTACGGTCCCT CTGGCCAGTACACCCATGAATTTGATGGAGATGAGCAGTTCTACGTGGACCTGGAGAGGAAGGAGACTGCCTGGCGGTGGCCTGAGTTCAGCAAATTTGG AGGTTTTGACCCGCAGGGTGCACTGAGAAACATGGCTGTGGCAAAACACAACTTGAACATCATGATTAAACGCTACAACTCTACCGCTGCTACCAATGAG GTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCGTGACACTGGGTCAGCCCAACACCCTCATTTGTCTTGTGGACAACATCTTTCCTCCTGTGGTCAACA TCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGAAGGTGTTTCTGAGACCAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATCATTCCTTCTTCAAGATCAGTTACCTCAC CTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGCAAGGTGGAGCACTGGGGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAAACACTGGGGTAAGGATGAGTTTCATCAT 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CATGCCTGGGGTAAGCCACCCGGCTACCTAATTCCTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATGAGATCTATGTCAAAT TTTTCCATCTTTCATCCAGGGCTGACTGAAACTATGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTCCCAGATCATTTTTCA TGTCCAGTAACACAGAAGCCACCAAGTACAGTATAGCCTGATAATATGTTGATTTCTTAGCTGACATTAATATTTCTTGCTTCCTTGTGTTCCCACCCTT GGCACTGCCACCCACCCCTCAATTCAGGCAACAATGAAATTAATGGATACCGTCTGCCCTTGGCCCAGAATTGTTATAGCAAAAATTTTAGAACCAAAAA ATAAGTCTGTACTAATTTCAATGTGGCTTTTAAAAGTATGACAGAGAAATAAGTTAGGATAAAGGAAATTTGAATCTCAAAAATATCAAAAGTAAAAATG TATTCTCAAAACTTTAAATTTATGAAGAATGATGACAGTAGAAGCCTTCCTCTTCCCTTGTCACCTTGAGATAAAAATTCTTTAGGCAGGAAAAGAAATG GAAGTCAGAAAAACATTAGAATAAGACAATAATGTGGGTGTCTGAAAAGGAACAAATACTTATTCCTCACATAGGGTTAGTGACAATGGGAAAAGGGACG GGAGTAGAAGCCACAGACATATCTAGGAGCCCTGAATAGAGGCGCAGTCTGCCTCACCTCCTGAATGAAGCTGTACTAGATAACCATGTAGCTTTCCCTG TGCCACTCTGGCATGAAGGAGACAGTATAGTGAATATGGCTACAGGATGTTTCTTGGAAACATGCCAATATCTTCAGAAATCCCCAGCCCTTTCCCCTAA CCCCTCCTGACTAAGGAAAGCATGAGCTTATGAGAGAAACCCTAGGAAGAACAACACAGTTGAGACAATGTAGCAGCAGCAGTGGGTGCTGTGTCCTCCA CTGGATTCGCCATCTCCGAGGAGAAACTCTCACAGAGGAAATGGGTCAGCAGCGACCTCATGGCTCTAAACAGCTATGAAATCCATGAGGATATTTCTAA CCATGCTACCTGCATCAGTGAGTTTAAATTTTAATTGGAGAAAAAATACAAAACATTAATGCAATAATTGATACAGTATAGTTTGGTGCAAAGAACCCTA AATCCAAATCCAGGACTCAGTACTTTGAAGCTAGTATTTTAAACTTTATAAATGTGTGAAGTCTCTAACATTTCTGGCCTTACTTTTCTCATCCACAATG TAGGAGTAATAATACTTTCCTTGCAGAGTTATTGATAAAATTTGAATAATTTTGATATTTAGTCAATGCCTTACACATAGTACATGAACACATAAGAAAA CATTGTGGTTATATTTATAATTAATTTATTTAAAAGAATGGATCATATTATATGAAAAGCACTTTTGTTTTTCTCAGCCTCTTAATGATTTAGGAGATTC AAATGTAGAGCTATGGGTGAATTTCTTTTCATATGATAATTGAAGGATATTTTTCTTTTTCCAGAATGAGAGAGGCTGAGATTGGATTGGTAAGAGAACT CTTAGCACTAGAAGTTGTAATATTTGACTTTGGTTTTCAACTCTCTAAGAGGGAATATATTCCCTCCTTATGGCCCATAAGTGTTTATTCAAGGTATATC ATATACAACAGATCTTTATGCCTGTTTACTTTGGGGAAGAAGTGAAGATAGTTCAAGGAGAAAATAATTTAAAACACAGACTGGGAATCAGTAAGCACAG 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ACAGTGAATGACATCACAGGGATGCAACCAACAAGATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCAACAATTCAAGAGAGA GAGAGAAGAGAAGCTATACATTTTAAAAGGCTGAAGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGACTGTATTAAGGAATT ATCTAATTTTAGTGTGGTAATGAGATTGCTGTTATGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATGAATGAAA

HLA-DQA1.F3 (forward primer)
HLA-DQA1.R3 (reverse primer)
Intron retention

Frame 0

EDSNLMSSLYS*NNSSSPL*VEAASQGDCPVSF QGS*YKLFN**LRCHHRGFF*LAKT*LGRVWFGC LQISLS*GPHNYSTAQNTNC*GCLGKRMILNKA LLLGALALTTVMSPCGADHVASCGVNLYQFYGP SGQYTHEFDGDEQFYVDLERKETAWRWPEFSKFG GFDPQGALRNMAVAKHNLNIMIKRYNSTAATNE VPEVTVFSKSPVTLGQPNTLICLVDNIFPPVVN ITWLSNGQSVTEGVSETSFLSKSDHSFFKISYLT FLPSADEIYDCKVEHWGLDQPLLKHWGKDEFHH FLILSCLSSSELPAFYSYIQKLVFHTSWVSFLS LFFF*KNKAKKAEIY*K*KYTLQDGSGPATSWFS NDRLHSSP*AWGLESLQSQPSTPSHPTHMHMST LCILTSTTSLPQSLRFQPLCQSSQRLWSVPWGC LWASWALWWALSSSSKACVQLVLPDTKGHCESHP GREGKIETGYS*SGSMKGRKVGGRCGHECG*KL *GNWEVA***HRSPLGPIDLMSALLQVHRHLQE QKNGLAK*PSTILWPDLSYPFSPPNISPLTFSLG LKLLYPLRAHKCLYILSLTS*FFFSFLKCYLQR HAWGKPPGYLIPQ*PPSKISKEAINSFYEIYVK FFHLSSRAD*NYG**LGYSYVSIQFNLISQIIFH VQ*HRSHQVQYSLIIC*FLS*H*YFLLPCVPTL GTATHPSIQATMKLMDTVCPWPRIVIAKILEPK NKSVLISMWLLKV*QRNKLG*RKFESQKYQK*KC ILKTLNL*RMMTVEAFLFPCHLEIKIL*AGKEM EVRKTLE*DNNVGV*KGTNTYSSHRVSDNGKRD GSRSHRHI*EP*IEAQSASPPE*SCTR*PCSFPC ATLA*RRQYSEYGYRMFLGNMPISSEIPSPFP* PLLTKESMSL*EKP*EEQHS*DNVAAAVGAVSS TGFAISEEKLSQRKWVSSDLMALNSYEIHEDISN HATCISEFKF*LEKKYKTLMQ*LIQYSLVQRTL NPNPGLSTLKLVF*TL*MCEVSNISGLTFLIHN VGVIILSLQSY**NLNNFDI*SMPYT*YMNT*EN IVVIFIINLFKRMDHII*KALLFFSAS**FRRF KCRAMGEFLFI**LKDIFLFPE*ERLRLDW*EN S*H*KL*YLTLVFNSLRGNIFPPYGP*VFIQGIS YTTDLYACLLWGRSEDSSRRK*FKTQTGNQ*AQ EI*TSDDHENVHHRAQMIFRAIKLFCLIPQW*K MSLYICSNPQNI*HQELDLM*TMDFG***CANVS S*IIANVPLRWEMLLMGEAMHVWEQSVSGSSPQ PFWQQGPVLWKTIFPQIVGGMGV*SGDETVKLF HLRSTSIS*ILIRNMQPRSLACTVKNRVRTPMRI *CHH*SDGRRGSVGNAGSPTAWSSF*QATNWYW SMARGLGTSGIPLHLLLSFSVNLQPL*NKVYF* KGKEKVTNYDPKCVK*KF*YEKQSH*NAQRAKKL LAIGFQIYFIYISMIREARTQHFGVVCICVCVC VCVCVSVI*GVY*MA**PESCRNLQMLPNSDSF LKQHCGKQI***QYFIKRMYSKNIYVMLK*QN*N *F*KIRVNSSFYQLKM*GLLSIGLQIYLPDLKS CNS*TII*AI*IISDYTHKV*LH*YLISHYLKF TKLVGHRGSCL*S*HFGGQ*GRIA*SQEFNSCLG NKARPCLYNTKIN*CMAALL*SQLL*RLRQEEC LSPGVQYFSGLRLCHCAHSSLGSRAGLHL*K*I NK*NLQNFKNQMKYVRFVPTTFKLGT*RIKHFIT NEALHAQTGT**VVDRC*QFVLLLFSGVQLTNP TVNDITGMQPTRSRIWKLLLDKQLHFFSNNSRE REKRSYTF*KAEEIYEPNLYEAIRKTDTDCIKEL SNFSVVMRLLLCFLKSHYTLDFHNKIIMNE

Frame 1

KIPI*CPPFIHRTIPQVHSE*RLHHKGIAPSPS RALNTNSSTSN*DVTIGDFSNWPKPDLAGFGLG VFRFPCLEVLTITLQLRTPTAEAALGRG*S*TKL CCWGPSL*PP**APVELTTLPLVV*TCTSFTVP LASTPMNLMEMSSSTWTWRGRRLPGGGLSSANL EVLTRRVH*ETWLWQNTT*TS*LNATTLPLLPMR FLRSQCFPSLP*HWVSPTPSFVLWTTSFLLWST SHG*AMGSQSQKVFLRPASSPRVIIPSSRSVTS PSSLLLMRFMTARWSTGAWTSLF*NTGVRMSFII F*FFLVCQVQNFLPFTPISKNLFSTLHGFLFCL SFFFERIKQKKQRFIENESTLYRMGVGLPLHGF LMIDFTLLPKPGALSLCRANPLPHPIPHTCT*AH SAF*PQQLHFHRA*DSSPYVRAHRDCGLCPGVV CGPHGHCGGHCLHHPRPAFSWCFQTPRAIVNPI LEGKVRLRLVTVEAAV*KEGKWEGVVDMNVVESC RGIGKWHDDDTGAPSDPLISCLPCCRCIAIYRS RRMDLLNDLALFSGPIYHIPFLLQIFLLSPFLW DLSCYIPSELTNAFTFFP*PPDFFFLFSNVTYKD MPGVSHPAT*FLSNLHLKSPRKQ*IPFMRSMSN FSIFHPGLTETMANNWGTLMFQSNLTSFPRSFF MSSNTEATKYSIA**YVDFLADINISCFLVFPPL ALPPTPQFRQQ*N*WIPSALGPELL*QKF*NQK ISLY*FQCGF*KYDREIS*DKGNLNLKNIKSKN VFSKL*IYEE**Q*KPSSSLVTLR*KFFRQEKKW KSEKH*NKTIMWVSEKEQILIPHIGLVTMGKGT GVEATDISRSPE*RRSLPHLLNEAVLDNHVAFP VPLWHEGDSIVNMATGCFLETCQYLQKSPALSPN PS*LRKA*AYERNPRKNNTVETM*QQQWVLCPP LDSPSPRRNSHRGNGSAATSWL*TAMKSMRIFL TMLPASVSLNFNWRKNTKH*CNN*YSIVWCKEP* IQIQDSVL*S*YFKLYKCVKSLTFLALLFSSTM *E**YFPCRVIDKI*IILIFSQCLTHST*THKK TLWLYL*LIYLKEWIILYEKHFCFSQPLNDLGDS NVELWVNFFSYDN*RIFFFFQNERG*DWIGKRT LSTRSCNI*LWFSTL*EGIYSLLMAHKCLFKVY HIQQIFMPVYFGEEVKIVQGENNLKHRLGISKHR KSEPVMIMKMSITEHR*FSGQ*NYSV*YHNGEK CHYTFAQIHRIYNTKS*T*CKLWTLGDNDVPM* VHKL*QMYHSDGRCC*WGRLCMCGSRVYLAAVPS LFGSRDQFYGRQFFHR*LGEWGYDLGMKL*NYS TSDQQALVRFS*GTCNLDLLHAQLKIGFALL*E SNATTDLTEGGAQLVMLAHPLRGPVSNRPPTGTG PWPGGWGPLGYLCTFCSVFL*TYNRFKIRSIFK KEKRR*PIMILNV*NKNFSMKNSHIKMHNVLRS F*Q*GFKYISYTFQ*FVRQEPSILELCAFVCVCV CVCVCL*YKGYTEWHNDQSHAEIYKCCPTQTPS SSSTVESKFNDSSILLKGCIQKIFT*C*NSRIK TNSKK*E*IVLFIS*KCRAYYQ*GYRSTCLI*NH AILKQLFELFELFQITHIKCDFINT*YHTI*NL QN*WVTEARACDLSTLEANRGGLLEARSSTAAW ATKQDLVSTTQK*INAWRHSCSPSYSRG*GKRSA *AQEFNTSVG*DCATVLTPA*AAEQDSISKSK* INKTYKILKIK*NMSGLYLPHLN*GLEELNILL QMKHFMHRLAHSK*SIGVNNLCYCYFLESN*QIP Q*MTSQGCNQQDPEYGNFY*INNSISSATIQER ERREAIHFKRLKKYMNQICMRQSEKLTPTVLRN YLILVW**DCCYVF*KVIIL*IFIIK*L*MK

Frame 2

RFQFNVLPLFIEQFLKSTLSRGCITRGLPRLLP GLLIQTLQLVTEMSP*GIFLIGQNLTWQGLVWV SSDFLVLRSSQLLYSSEHQLLRLPWEEDDPKQS SAAGGPRSDHRDEPLWS*PRCLLWCKLVPVLRSL WPVHP*I*WR*AVLRGPGEEGDCLAVA*VQQIW RF*PAGCTEKHGCGKTQLEHHD*TLQLYRCYQ* GS*GHSVFQVSRDTGSAQHPHLSCGQHLSSCGQH HMAEQWAVSHRRCF*DQLPLQE*SFLLQDQLPH LPPFC**DL*LQGGALGPGPASSETLG*G*VSS FFDSFLSVKFRTSCLLLLYPKTCFPHFMGFFSVS LFFLKE*SKKSRDLLKMKVHSTGWEWACHFMVF ***TSLFSLSLGP*VFAEPTLYPIPSHTHAHEH TLHSDLNNFTSTEPEIPAPMSELTETVVCALGLS VGLMGIVVGTVFIIQGLRSVGASRHQGPL*IPS WKGR*D*DWLQLKRQYERKESGRALWT*MWLKV VGELGSGMMMTQEPPRTH*SHVCPVAGASPSTGA EEWTC*MT*HYSLARFIISLFSSKYFSSHLFSG T*AAISPQSSQMPLHSFPDLLIFFFFSQMLPTK TCLG*ATRLPNSSVTSI*NLQGSNKFLL*DLCQI FPSFIQG*LKLWLIIGVLLCFNPI*PHFPDHFS CPVTQKPPSTV*PDNMLIS*LTLIFLASLCSHP WHCHPPLNSGNNEINGYRLPLAQNCYSKNFRTKK *VCTNFNVAFKSMTEK*VRIKEI*ISKISKVKM YSQNFKFMKNDDSRSLPLPLSP*DKNSLGRKRN GSQKNIRIRQ*CGCLKRNKYLFLT*G**QWEKGR E*KPQTYLGALNRGAVCLTS*MKLY*ITM*LSL CHSGMKETV**IWLQDVSWKHANIFRNPQPFPL TPPD*GKHELMRETLGRTTQLRQCSSSSGCCVLH WIRHLRGETLTEEMGQQRPHGSKQL*NP*GYF* PCYLHQ*V*ILIGEKIQNINAIIDTV*FGAKNP KSKSRTQYFEASILNFINV*SL*HFWPYFSHPQC RSNNTFLAELLIKFE*F*YLVNALHIVHEHIRK HCGYIYN*FI*KNGSYYMKSTFVFLSLLMI*EI QM*SYG*ISFHMIIEGYFSFSRMREAEIGLVREL LALEVVIFDFGFQLSKREYIPSLWPISVYSRYI IYNRSLCLFTLGKK*R*FKEKII*NTDWESVST GNLNQ**S*KCPSQSTDDFQGNKTILFDTTMVKN VIIHLLKSTEYITPRVRLNVNYGLWVIMMCQCK FINYSKCTTQMGDVANGGGYACVGAECIWQQSP AFLAAGTSFMEDNFSTDSWGNGGMIWG*NCETIP PQINKH*LDSHKEHAT*ISCMHS*K*GSHSYEN LMPPLI*RKAGLSW*CWLTHCVVQFLTGHQLVL VHGPGVGDLWDTSAPSAQFFCEPTTALK*GLFLK RKREGNQL*S*MCKIKILV*KTVTLKCTTC*EA FSNRVSNIFHIHFNDS*GKNPAFWSCVHLCVCV CVCVCVCNIRGILNGIMTRVMQKSTNAAQLRLLP QAALWKANLMIAVFY*KDVFKKYLRNVKIAELK LILKNKSK*FFLSAKNVGPTINRVTDLPA*FKI MQFLNNYLSYLNYFRLHT*SVTSLILNITLFKIY KISGSQRLVLVILALWRPIGEDCLKPGVQQLPG QQSKTLSLQHKNKLMHGGTPVVPATLEAEARGV LEPRSSILQWAKIVPLCSLQPRQQSRTPSLKVNK *IKLTKF*KSNEICQVCTYHI*TRDLKN*TFYY K*STSCTDWHIVSSR*VLTICVIVIFWSPTNKS HSE*HHRDATNKIQNMETSTR*TTPFLQQQFKRE REEKLYILKG*RNI*TKFV*GNQKN*HRLY*GI I*F*CGNEIAVMFSKKSLYFRFS**NNYE*

Sequence HLA-DQA1.lAug05

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GGCCTTGAGTCTTTGCAGAGCCAACCCTCTACCCCATCCCATCCCACACACATGCACATGAGCACACTCTGCATTCTGACCTCAACAACTTCACTTCCAC AGAGCCTGAGATTCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTGTGCCCTGGGGTTGTCTGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGCACTGTC TTCATCATCCAAGGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCATTGTGAATCCCATCCTGGAAGGGAAGGTAAGATTGAGACTGGTTACAGT TGAAGCGGCAGTATGAAAGGAAGGAAAGTGGGAGGGCGTTGTGGACATGAATGTGGTTGAAAGTTGTAGGGGAATTGGGAAGTGGCATGATGATGACACA GGAGCCCCCTCGGACCCATTGATCTCATGTCTGCCCTGTTGCAGGTGCATCGCCATCTACAGGAGCAGAAGAATGGACTTGCTAAATGACCTAGCACTAT TCTCTGGCCCGATTTATCATATCCCTTTTCTCCTCCAAATATTTCTCCTCTCACCTTTTCTCTGGGACTTAAGCTGCTATATCCCCTCAGAGCTCACAAA TGCCTTTACATTCTTTCCCTGACCTCCTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAAATGTTACCTACAAAGACATGCCTGGGGTAAGCCACCCGGCTACCTAATTC CTCAGTAACCTCCATCTAAAATCTCCAAGGAAGCAATAAATTCCTTTTATGAGATCTATGTCAAATTTTTCCATCTTTCATCCAGGGCTGACTGAAACTA TGGCTAATAATTGGGGTACTCTTATGTTTCAATCCAATTTAACCTCATTTCCCAGATCATTTTTCATGTCCAGTAACACAGAAGCCACCAAGTACAGTAT 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TATCAGCTAAAAATGTAGGGCCTACTATCAATAGGGTTACAGATCTACCTGCCTGATTTAAAATCATGCAATTCTTAAACAATTATTTGAGCTATTTGAA TTATTTCAGATTACACACATAAAGTGTGACTTCATTAATACTTAATATCACACTATTTAAAATTTACAAAATTAGTGGGTCACAGAGGCTCGTGCTTGTG ATCTTAGCACTTTGGAGGCCAATAGGGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAACAGCTGCCTGGGCAACAAAGCAAGACCTTGTCTCTACAACACAAAA ATAAATTAATGCATGGCGGCACTCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTGAGGCAAGAGGAGTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAATACTTCAGTGGGCTAA GATTGTGCCACTGTGCTCACTCCAGCCTAGGCAGCAGAGCAGGACTCCATCTCTAAAAGTAAATAAATAAATAAAACTTACAAAATTTTAAAAATCAAAT GAAATATGTCAGGTTTGTACCTACCACATTTAAACTAGGGACTTGAAGAATTAAACATTTTATTACAAATGAAGCACTTCATGCACAGACTGGCACATAG TAAGTAGTCGATAGGTGTTAACAATTTGTGTTATTGTTATTTTCTGGAGTCCAACTAACAAATCCCACAGTGAATGACATCACAGGGATGCAACCAACAA GATCCAGAATATGGAAACTTCTACTAGATAAACAACTCCATTTCTTCAGCAACAATTCAAGAGAGAGAGAGAAGAGAAGCTATACATTTTAAAAGGCTGA AGAAATATATGAACCAAATTTGTATGAGGCAATCAGAAAAACTGACACCGACTGTATTAAGGAATTATCTAATTTTAGTGTGGTAATGAGATTGCTGTTA TGTTTTCTAAAAAGTCATTATACTTTAGATTTTCATAATAAAATAATTATGAATGAAA

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Intron retention

Frame 0

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Frame 2

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