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Supplementary data
Tumor microenvironment associated modifications of alternative splicing
Assay reliability
QPsi proof of principle
qPCR QPsi formula
Genorm
: pairwise variations
| MRPL19_G_1_f MRPL19_G_1_r | 1.845 | |||
| B2M_G_f B2M_G_r | 1.713 | 1.420 | ||
| SF3A1_Mullins_FWD SF3A1_Mullins_REV | 1.232 | 1.090 | 0.935 | |
| HPRT1_G_f HPRT1_G_r | 1.166 | 1.010 | 0.902 | 0.902 |
| PUM1_G_f PUM1_G_r | 1.232 | 1.143 | 0.900 | 0.900 |
QPCR Primer Pair List
: primer pair list
| Gene | Forward | Reverse | |
|---|---|---|---|
| VIEW | ABI1 | ABI1_cass_L_2_f | ABI1_cass_L_5_r |
| VIEW | ABI1 | ABI1_cass_S_2_f | ABI1.S.R1 |
| VIEW | ADD3 | ADD3_cass_L_1_f | ADD3_cass_S_r |
| VIEW | ADD3 | ADD3_cass_S_f | ADD3_cass_S_1_r |
| VIEW | APP | APP_cass_S_f | ffpe_APP_cass_S_r |
| VIEW | ARHGEF11 | ARHGEF11_cass_L_1_f | ARHGEF11_cass_L_2_r |
| VIEW | ARHGEF11 | ARHGEF11_cass_S_2_f | ARHGEF11_cass_S_1_r |
| VIEW | ATP11C | ATP11C_cass_L_1_f | ATP11C_cass_L_2_r |
| VIEW | ATP11C | ATP11C_cass_S_2_f | ATP11C_cass_S_2_r |
| VIEW | *B2M* | B2M_G_f | B2M_G_r |
| VIEW | BRCC3 | BRCC3_cass_L_f | BRCC3_cass_L_r |
| VIEW | BRCC3 | BRCC3_cass_S_f | BRCC3_cass_S_1_r |
| VIEW | C14orf173 | C14orf173_cass_L_f | C14orf173_cass_L_r |
| VIEW | C14orf173 | C14orf173_cass_S_f | C14orf173_cass_S_r |
| VIEW | CAMKK2 | CAMKK2_cass_L_2_f | CAMKK2_cass_L_4_r |
| VIEW | CAMKK2 | CAMKK2_cass_S_3_f | CAMKK2_cass_S_3_r |
| VIEW | CD46 | CD46_cass_L_f | CD46_cass_L_r |
| VIEW | CD46 | CD46_cass_S_f | CD46_cass_S_1_r |
| VIEW | CLSTN1 | CLSTN1_cass_L_2_f | CLSTN1_cass_S_2_r |
| VIEW | CLSTN1 | CLSTN1_cass_S_f | CLSTN1_cass_S_3_r |
QPCR Relative Expression Quantification (FF)
: Expression Summary Tables (XLS)
QPCR Relative Expression Quantification (FFPE)
: Expression Summary Tables (XLS)
QPCR Primer Pair List
: event list
| Short | Long | |
|---|---|---|
| VIEW | ABI1_cass_S_2_f ABI1.S.R1 | ABI1_cass_L_2_f ABI1_cass_L_5_r |
| VIEW | ADD3_cass_S_f ADD3_cass_S_1_r | ADD3_cass_L_1_f ADD3_cass_S_r |
| VIEW | APP_cass_S_f ffpe_APP_cass_S_r | ffpe_APP_cass_L_f APP_cassette_L_r |
| VIEW | ARHGEF11_cass_S_2_f ARHGEF11_cass_S_1_r | ARHGEF11_cass_L_1_f ARHGEF11_cass_L_2_r |
| VIEW | ATP11C_cass_S_2_f ATP11C_cass_S_2_r | ATP11C_cass_L_1_f ATP11C_cass_L_2_r |
| VIEW | BRCC3_cass_S_f BRCC3_cass_S_1_r | BRCC3_cass_L_f BRCC3_cass_L_r |
| VIEW | C14orf173_cass_S_f C14orf173_cass_S_r | C14orf173_cass_L_f C14orf173_cass_L_r |
| VIEW | CAMKK2_cass_S_3_f CAMKK2_cass_S_3_r | CAMKK2_cass_L_2_f CAMKK2_cass_L_4_r |
| VIEW | CD46_cass_S_f CD46_cass_S_1_r | CD46_cass_L_f CD46_cass_L_r |
| VIEW | CLSTN1_cass_S_f CLSTN1_cass_S_3_r | CLSTN1_cass_L_2_f CLSTN1_cass_S_2_r |
| VIEW | CSNK1G3_cass_S_5_f CSNK1G3_cass_S_2_r | CSNK1G3_cass_L_5_f CSNK1G3_cass_L_1_r |
| VIEW | GMEB1_alt3_S_f GMEB1_alt3_S_r | GMEB1_alt3_L_f GMEB1_alt3_L_r |
| VIEW | OSBPL9_cass_S_4_f OSBPL9_cass_S_3_r | OSBPL9_cass_L_3_f OSBPL9_cass_L_4_r |
| VIEW | STIM1_cass_S_1_f STIM1_cass_S_3_r | STIM1_cass_S_1_f STIM1_rx_L_r |
| VIEW | refseq_MTMR3.F1 MTMR3_cass_S_r | MTMR3_cass_L_3_f MTMR3_cass_L_3_r |
current - show all
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QPCR Relative Expression Quantification (FFA)
: Expression Summary Tables (XLS)
QPCR Relative Expression Quantification (FFPEA)
: Expression Summary Tables (XLS)
QPCR QPSI (FF)
QPCR QPSI (FFPE)
QPCR QPSI (FFA)
QPCR QPSI (FFPEA)
QPCR Relative Expression Quantification (FF)
: NF pairwise rate map
QPCR Relative Expression Quantification (FFPE)
: NF pairwise rate map
QPCR Relative Expression Quantification (FFA)
: NF pairwise rate map
QPCR Relative Expression Quantification (FFPEA)
: NF pairwise rate map
QPCR Relative Expression Quantification (FF)
: NF Histogram
QPCR Relative Expression Quantification (FFPE)
: NF Histogram
QPCR Relative Expression Quantification (FFA)
: NF Histogram
QPCR Relative Expression Quantification (FFPEA)
: NF Histogram
QPCR Relative Expression Quantification (FF)
: Reports
Comments on the experiments
- vrai nom de primers pour PUM1 et MRPL19
- pas pour B2M
- primers HPRT1 et SF3A1
- pas le bon nom mais primers FFPE (aliquot)
- Lignée SKOV bidon
- reprise avec FPE amp 250 ng
- Lignée SKOV bidon
- Lignée SKOV bidon
- Lignée SKOV bidon
- Lignée SKOV bidon
- Lignée SKOV bidon
- reprise avec amplification sur 250 ng
- Lignée SKOV bidon
- Lignée SKOV bidon
- Lignée SKOV bidon
- Lignée SKOV bidon
- reprise avec FFPE amp 250 ng
- Lignée SKOV bidon
- Lignée SKOV bidon
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- reprise avec FFPE amp 250 ng
- Lignée SKOV bidon
QPCR Relative Expression Quantification (FFPE)
: Reports
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- vrai nom de primers pour PUM1 et MRPL19
- pas pour B2M
- primers HPRT1 et SF3A1
- pas le bon nom mais primers FFPE (aliquot)
- Lignée SKOV bidon
- reprise avec FPE amp 250 ng
- Lignée SKOV bidon
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- reprise avec amplification sur 250 ng
- Lignée SKOV bidon
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- reprise avec FFPE amp 250 ng
- Lignée SKOV bidon
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QPCR Relative Expression Quantification (FFA)
: Reports
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- pas pour B2M
- primers HPRT1 et SF3A1
- pas le bon nom mais primers FFPE (aliquot)
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QPCR Relative Expression Quantification (FFPEA)
: Reports
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- vrai nom de primers pour PUM1 et MRPL19
- pas pour B2M
- primers HPRT1 et SF3A1
- pas le bon nom mais primers FFPE (aliquot)
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